В Дубне Владимир Иосифович Векслер известен как научный руководитель строительства атомного гиганта на 10 ГэВ, а в историю физики он вошёл как автор принципа автофазировки. По образованию инженер-электрик, и физиком себя не считал. В начале 30-х он занимался усовершенствованием счётчиков Гейгера-Мюллера, механизм действия которых в то время ещё не был полностью раскрыт. Это была наука на грани мистики и искусства, действовали методом проб и ошибок. Здесь отступал разум и торжествовала интуиция. Никто не мог объяснить, почему (в том числе и сам Векслер), но его счётчики работали лучше остальных.
В 1934 году он защитил диссертацию и почувствовал, что его зовёт к себе Большая Наука. По стечению обстоятельств он попадает в докторантуру Физического института Академии наук (ФИАН). Два человека в это время сыграли в его жизни важную роль. Первый — С. И. Вавилов, директор ФИАН. Вторым был патриарх отечественной ядерной физики и физики космических лучей Д. В. Скобельцын. С. И. Вавилов был оптик, и чтобы его институт не оказался в обозе научной революции, он пригласил в свой институт Д. В. Скобельцына. Тот и определил тему докторской диссертации В. И. Векслера: разработка и применение пропорциональных счётчиков в физике космических лучей.
После защиты докторской, перед самой войной, Векслер попал в "циклотронную бригаду" С. И. Вавилова. Сергей Иванович поставил перед молодыми учёными задачу: построить циклотрон с магнитом двух, а ещё лучше сразу четырёх метров в диаметре. Как вспоминал потом один из участников проекта, задача казалась неразрешимой. И всё-таки молодые люди приступили к работе. Е. Л. Фейнберг занимался теорией и делал расчёты, П. А. Черенков и С. Н. Вернов — изготовлением модели будущего циклотрона.
Работу прервала война. Векслер подал заявление с просьбой отправить его на фронт, получил отказ. Ему, как секретарю парткома Института, поручили организовать эвакуацию Института в Казань. Два года в Казани, работа над радиопеленгаторами.
В конце 1943 года ФИАН возвращается в Москву. В. И. Векслер продолжает думать о том, как преодолеть так называемый "релятивистский барьер", возникающий в циклотроне при ускорении частиц до энергии 30 МэВ. Он понял, как это сделать, стоя в одной из нескончаемых продовольственных очередей военного времени. Ванна Архимеда, яблоко Ньютона, сон Менделеева, очередь Векслера...
Опытные люди брались за эту задачу и отступали назад. Векслер нашёл ошеломляюще простое решение. Е. Л. Фейнберг, сделавший первые расчёты, рассказывал, что в феврале 1944 года В. И. Векслер попросил у него вузовский учебник "Электронная теория" Беккера. Е. Л. Фейнберг дал ему эту книгу и уехал в санаторий, а вернувшись узнал, что поставленная С. И. Вавиловым задача решена. "Он прочитал первую главу Беккера, и этого оказалось достаточно, чтобы придумать, как перескочить релятивистский предел! Я сказал: а если бы ты прочитал вторую главу?"
Владимир Иосифович всю жизнь занимался самообразованием. Проштудировал литературу по газовому разряду — и на материале разработанных пропорциональных счётчиков на одном наитии написал и защитил кандидатскую диссертацию. Одолел "Электричество" Абрагама — и на материале применения пропорциональных счётчиков к исследованию космических лучей написал и защитил докторскую. Прочитал первую главу из "Электронной теории" Беккера — и... Но оставалась проблема устойчивости, и Фейнберг сел за расчёты. "Получилось устойчиво...". И тогда В. И. Векслер произнёс ключевую фразу: "А это потому что автофазировка!".
Векслер упростил выкладки Фейнберга и сдал работу в печать; две его статьи, с описанием ускорителей нового типа и обоснованием принципа автофазировки, были опубликованы в "Докладах Академии наук", а в начале 1945 года появились в советском физическом журнале на английском языке.
Его работу, которую он представил на ежегодный институтский конкурс, приняли холодно. Отклонили с формулировкой: если работа верна, не нам её оценивать, если нет — тем более награждать нет оснований. И тогда Векслер приступил к строительству первого синхротрона, чтобы доказать явление автофазировки на опыте.
Между тем интерес к автофазировке усиливался, особенно после того как осенью 1945 года Эдвин Макмиллан, известность которому присло открытие первых трансурановых элементов, опубликовал статью, в которой излагались практически те же идеи. Векслер в своей пионерской работе не упомянул Фейнберга. Теперь Макмиллан не упомянул Векслера. Как потом оказалось, статью Векслера он просто не читал.
Векслер расстроился. Но после того как сами же американские физики указали Макмиллану на приоритет Векслера, он его сразу признал. О Векслере заговорили все агентства мира. Как пишут в добрых сказках о великих людях, на следующий день он проснулся всемирно знаменитым.
Ему дали лабораторию, из соображений секретности назвали её Эталонной. В ноябре 1946 года американцы построили протонный ускоритель, основанный на принципе автофазировки. В том же году в Советском Союзе приняли решение о строительстве более мощного ускорителя. В этом мирном соревновании двух общественно-политических систем рождалась физика высоких энергий.
Пуск первого электронного ускорителя Векслера состоялся уже после Беркли, в конце 1946 года, и завершился неудачей: магнит, сделанный на Московском трансформаторном заводе, оказался непригоден. На сооружение нового ушёл ещё год (а американцы на месте не стояли), и всё-таки 28 декабря 1947 года в ФИАН был пущен синхротрон с энергией 30 МэВ. В том же году в Беркли заработал электронный ускоритель на 300 МэВ. В 1949-м был пущен ещё один фазотрон, на этот раз — на 200 МэВ. В ФИАН запустили синхротрон на 250 МэВ. В том же году в будущей Дубне состоялся запуск фазотрона на 480 МэВ, и с этого момента начинает свой отсчёт физика высоких энергий в СССР. В США началось строительство космотрона, названный так потому что его энергия была уже сравнима с энергиями частиц в космических лучах.
В США уже обсуждался проект протонного ускорителя на 6,5 ГэВ, на котором планировалось зарегистрировать рождение антипротона. В Советском Союзе было принято решение построить ускоритель на 10 ГэВ. Научным руководителем работ был назначен В. И. Векслер, к тому времени уже член-корреспондент Академии наук.
Владимир Иосифович был государственный человек. Его амбиции совпадали с амбициями государства. Синхрофазотрон был одной из них. Он дался ему тяжело. В сроки не укладывались. В 1953 году даже ставился вопрос о замене Векслера М. Г. Мещеряковым, уже показавшим себя при строительстве первого дубненского ускорителя.
В 1955 году, когда начался монтаж дубненского синхрофазотрона, американцы открыли антипротон. Пуск синхрофазотрона состоялся только в 1957 году, и вскоре после этого павильон, в котором находился ускоритель-гигант, стал похож на павильон ВДНХ. Здесь были: генеральный секретарь ООН Даг Хаммершельд, премьер-министр Великобритании Макмиллан, лидер арабской революции Абдель Насер, лауреат Нобелевской премии Жолио-Кюри и многие-многие другие. В 1961 году синхрофазотрон посетил Нильс Бор. На похвалу Бора: "Чтобы задумать и построить такое сооружение, нужна была очень большая смелость" — Векслер самокритично заметил, что талант изобретателя обратно пропорционален размерам созданного им прибора.
Принцип автофазировки так и не был отмечен Нобелевской премии. Векслера не один раз выдвигали, Нобелевский комитет запросил документы о техническом воплощении принципа, а в Советском Союзе работы над синхротроном были включены в Атомный проект и, как следствие, засекречены. Награждать одного Макмиллана было неудобно. Он получил свою Нобевскую премию за другие работы. А в 1963 году они вдвоём удостоились престижной премии Американского физического общества "Atom for Peace".
Когда пришло время писать историю, выяснилось, что за 10 лет до Векслера принцип автофазировки качественно описал известный физик Лео Сцилард в своей заявке на патент с описанием ускорителя, известного сейчас как синхротрон. Так как подробное описание в патентное бюро так и не поступило, заявка была объявлена несостоявшейся. В научных журналах ничего не было, и на развитие науки его заявка не повлияла. Сам он нигде не упоминал о ней и никогда не претендовал на приоритет. Описание синхротрона и явления фазовой стабильности (другое название принципа автофазировки) было обнаружено в его архиве, среди прочих бумаг, при подготовке к публикации его научного наследия.