22 октября за отличия в делах против японцев Мехмандаров был произведён в генерал-майоры. 24 октября 1904 года С. Мехмандаров был награждён орденом Святого Георгия 4-й степени, как сказано в наградных документах, "в воздаяние отличнаго мужества и храбрости, оказанных в делах против японцев в период бомбардировок и блокады Порт-Артура". На военном совете 16 декабря 1904 года Мехмандаров высказался за продолжение обороны крепости во что бы то ни стало. После капитуляции, 20 декабря, весь русский гарнизон крепости оказался в плену. Генералам, адмиралам и офицерам японцами было предложено возвращение в Россию при условии дачи подписки о неучастии в войне. В то время как многие, дав подписку, вернулись на родину, часть генералов и офицеров, в числе которых был и Самедбек Мехмандаров, отказались от подобной подписки, предпочитая разделить участь своих солдат.

Генерал Мехмандаров уехал в плен; он один из ярых противников сдачи и ухода "домой" под честным словом.

С 23 декабря 1904 года по 18 ноября 1905 года генерал-майор Мехмандаров находился в плену в Японии, в городе Нагоя. 4 января 1905 года за отличия в делах против японцев был удостоен ордена Св. Станислава 1-й ст. с мечами. Время пребывания в плену было засчитано за действительную службу.

13 декабря 1905 года был назначен командиром 75-й артиллерийской бригады, которая была переименована в 7-ю Восточно-Сибирскую стрелковую артиллерийскую бригаду. В феврале 1906 года Мехмандаров был командирован в Санкт-Петербург для участия в работе комиссии по рассмотрению наградных представлений по Порт-Артуру. С июля 1906 года по июль 1907 года исполнял обязанности командира 7-й Восточно-Сибирской пехотной дивизии, а также начальника артиллерии 3-го Сибирского армейского корпуса. 15 июля 1907 года высочайшим приказом был назначен исполняющим дела начальника артиллерии 3-го Сибирского армейского корпуса. Во время пребывания с сентября 1907 года в шестимесячном отпуске в Санкт-Петербурге приказом военного министра он был назначен участвовать в заседаниях Верховного военно-уголовного суда по делу о сдаче крепости Порт-Артур японцам. 13 июля 1908 года высочайшим приказом за отличие по службе Самедбек Мехмандаров был произведён в генерал-лейтенанты с утверждением в должности начальника артиллерии 3-го Сибирского армейского корпуса. 24 мая 1910 года был назначен начальником артиллерии 1-го Кавказского армейского корпуса. Неоднократно исполнял обязанности командира корпуса. 6 декабря 1911 года удостоен ордена Св. Анны 1-й ст. 31 декабря 1913 года был назначен командиром 21-й пехотной дивизии 3-го Кавказского армейского корпуса.

Первую мировую войну генерал Мехмандаров встретил в Варшавском военном округе, куда был передислоцирован с Кавказа 3-й Кавказский армейский корпус. Под командованием Мехмандарова 21-я пехотная дивизия заслужила славу одной из лучших в русской армии, особенно отличились 81-й пехотный Апшеронский и 83-й пехотный Самурский полки. За бои 27-29 сентября 1914 года награждён орденом Святого Георгия 3-й степени. Из наградного представления:

В период Козеницких боев, под сильным огнем противника, переправился со 2-й бригадой вверенной ему дивизии через реку Вислу и в течение трех дней отделенный от всякой поддержки рекой без всяких переправ, удерживался с названной бригадой на левом берегу реки, отбивая ряд атак гвардейского германского корпуса, нанося своими частями могучие штыковые удары и сам переходя в наступление, несмотря на то, что бригада буквально со всех сторон расстреливалась жестоким огнем.

11 декабря 1914 года генерал-лейтенант Мехмандаров был назначен командиром 2-го Кавказского армейского корпуса.

2 января 1915 года генерал Мехмандаров был награждён орденом Св. Владимира 2-й степени с мечами. Высочайшим приказом 14 февраля 1915 года был удостоен Георгиевского оружия, украшенного бриллиантами за то, что 9 и 10 октября 1914 г., преследуя в составе войск корпуса разбитую под Ивангородом германскую армию и встретив на линии Полично-Богуцинский лес шедшие ей на выручку превосходные австрийские силы, стремившиеся охватить фланг нашего боевого расположения, рядом штыковых ударов и решительным наступлением, лично находясь в боевой линии войск и неоднократно подвергая жизнь свою явной опасности, остановил движение противника и ударом во фланг обратил его в бегство. 11, 12, и 13 октября 1914 г. отразил с большим уроном для неприятеля неоднократные попытки превосходных сил его обойти правый фланг нашего боевого порядка, принудив противника к поспешному отступлению по всему фронту, причем за один день — 11 октября 1914 г. — нами было взято 1 штаб-офицер, 16 обер-офицеров, 670 нижних чинов и 1 пулемет.

Это отличие было очень редким, за всю Первую мировую войну такой награды удостоились всего восемь человек.

23 марта 1915 года Самедбек Мехмандаров был произведён в генералы от артиллерии. Его корпус участвовал в наиболее тяжелых боях против германских войск, в том числе у Прасныша, на Сане, у Холма и Вильны и по ликвидации прорыва германских войск в районе Свенцяны. 2-й Кавказский армейский корпус был усилен двумя пехотными дивизиями, и это объединение получило наименование "группа генерала Мехмандарова".

9 апреля 1915 года Самедбек Мехмандаров был удостоен ордена Белого Орла с мечами, а 15 октября того же года, ордена Св. Александра Невского с мечами.

За всю войну корпус Мехмандарова не сдал противнику ни одного орудия. Мехмандаров был удостоен высших военных наград Великобритании, Франции, Румынии.

После Февральской революции армия стала стремительно разлагаться. Резко возросло дезертирство, стало нормой насильственное отстранение командиров от управления армейскими подразделениями самозваными войсковыми комитетами. 28 марта 1917 года генерал от артиллерии Мехмандаров был отстранен комитетом офицерских и солдатских депутатов от командования корпусом 18 апреля 1917 года он был зачислен в резерв чинов при штабе Минского Военного округа, а 7 августа 1917 года назначен членом Александровского комитета о раненых. В том же году Мехмандаров оставил военную службу, жил во Владикавказе.

После провозглашения Азербайджанской Демократической Республики в 1918 году он был приглашен на службу в правительство страны. 1 ноября постановлением Совета Министров было учреждено военное министерство. Портфель министра был предоставлен председателю Совета Министров Фатали-хану Хойскому, а помощником его был назначен генерал от артиллерии С. Мехмандаров. 25 декабря 1918 года генерал от артиллерии Мехмандаров был назначен военным министром. Под непосредственным руководством Мехмандарова была сформирована национальная армия Азербайджана. Занимал должность военного министра до занятия Азербайджана XI Красной Армией 28 апреля 1920 года.

После жестокого подавления антисоветского восстания в Гяндже в конце мая 1920 года практически все офицеры азербайджанской национальной армии были арестованы, в числе арестованных были генералы С. Мехмандаров и А. Шихлинский. Их содержали в Бакинской ЧК. По воспоминаниям находившегося с ними бывшего обер-офицера по поручениям при военном атташе АДР в Грузии, а с июля 1921 года, военного атташе Азербайджана в Турции А. Аскерова-Кенгерлинского, в ЧК генералы подвергались различным издевательствам и унижениям. От репрессий их спасло только вмешательство тогдашнего руководителя Совнаркома Азербайджана Н. Нариманова, который отправил генералов в Москву с сопроводительным письмом на имя В. И. Ленина следующего содержания:

Дорогой Владимир Ильич!

Во время гянджинского восстания все офицеры старой азербайджанской армии были арестованы, в числе их были и податели сего известные генералы Мехмандаров и Шихлинский.

После тщательного расследования оказалось, что эти генералы не причастны, но все же до упрочения нашего положения и с целью помочь нашему общему делу мы решили их отправить в Ваше распоряжение для работы в штабе, так как они, как военные специалисты, являются незаменимыми. Один из них, Шихлинский, в царской армии считался "богом артиллерии".

До окончания польского фронта пусть они работают в Москве, а затем попрошу отправить их к нам для формирования наших частей. Необходимо за это время за ними поухаживать.

Политическое убеждение их: они ненавидят мусаватистов, убеждены, что Азербайджан без Советской России не может существовать, являются врагами Англии, любят Россию. 1 августа 1920 года. С коммунистическим приветом.

Н. Нариманов.

В начале августа 1920 года Мехмандаров прибыл в Москву, где был назначен в распоряжение Всероссийского главного штаба, а затем в состав Артиллерийской уставной комиссии. 18 июля 1921 года вновь был переведён в Азербайджан и зачислен в штаб азербайджанских советских войск.

Мирные 20-е годы

Награбленное в соседнем Азербайджане оборудование дало возможность после заключения мира активизировать разведку и добычу нефти на территории Хивинского ханства, а главное из Азербайджана бежали, попробовав советской власти, специалисты-нефтяники. Теперь местные предприниматели получили возможность самостоятельно организовать нефтяной бизнес, что они и поспешили сделать.

Одним из неприятных явлений стали бывшие хозяева предприятий прихватизированных хивинским правительством. Они появлялись и заявляли о своих правах. Тут хивинцы поступали мудро и списывая все убытки на советские власти отправляли бывших хозяев судиться на пять нехороших букв в РСФСР. Однако попадались ушлые товарищи, которые доказывали своё право на здания, станки и другое имущество бумагами. Но и тут им с улыбкой вчиняли встречный иск за охрану собственности от советских бандитов и местных уголовников. Если и на этом хозяин не успокаивался, с ним начинали вести частные индивидуальные переговоры.

Не долго пребывал на лаврах Ермек, правда ему плавненько добавили полномочий назначив полномочным представителем Хивы в Семиреченской области, зато и инструкции из центра стали приходить интересные. Сначало пришла инструкция срочно ввести в действие все производственные мощности и обеспечить стабильный выпуск спирта. Ермек недоумевал, зачем столько спирта в мусульманском в основном крае, пока не прочитал аккуратную приписочку карандашем Марии Николаевны "для импорта в Китай". Всё встало на свои места. И как он сразу не догадался, ведь в одном заштатском Лепсинске спирто-водочных завода было два. Эту проблему Ермек быстро переложил на плечи казаков и генерала Бакича в чью собственность эти заводы перепродал.

Дальше больше. Следующей инструкцией предписывалось создать сахаро-свекольное производство. Ермек сразу начал глазами искать приписку и нашел аж две. Одна Марии Николаевны была "для импорта в Китай и на внутренние потребности", вторая была лаконична и на итальянском "привлеки меннонитов". Тут приписочка на итальянском прям таки выручила Ермека. Таинственными меннонитами оказались немецкие колонисты из Аулие-Аты, правда это была соседняя область, но никто же не запрещает сманить некоторое число колонистов для начала нового производства. Немцы оказались педантичными людьми и задачу понимали и выполняли чётко.

Порадовал указанием и Джунаид-хан. Приказал сформировать из местных, но не русских пехотный полк, для охраны северных границ. Пришлось по этому вопросу связываться с Алты, тот посоветовал набирать из дунган.

Вскоре пришло указание по организации в крае спичечного производства. Ермек понимал, что спички товар нужный, но хоть убей, не мог сообразить, как наладить их производство.

В 1918 г. власти начали организацию спичечной промышленности в новой России. В газете "Известия Исполнительного Комитета Советов" N 100 от 21 мая 1918 г. говорилось, что при "Отделе Химической промышленности в Высшем Совете Народного Хозяйства был учрежден Главный Спичечный Комитет (Главспичка)", в который вошли кроме управленцев и специалистов представители от рабочих групп, избранных на Всероссийском съезде рабочих-спичечников.

К тому времени отрасль почти развалилась, и без коренной реорганизации и материальной поддержки восстановить спичечное производство было невозможно. Об этикетах речи не шло. Спички решили выпускать россыпью или вразнос, или просто в мешках для удовлетворения первейших нужд.

В феврале 1919 г. вышло постановление ВСНХ "О переходе в ведение Российской Республики некоторых предприятий спичечной промышленности". Около сорока наиболее сохранившихся и оснащенных фабрик объявили собственностью республики. На них были назначены "красные директора", установлено плановое ведение производства. Более мелкие предприятия отдали в ведение губернских и городских организаций. Тем не менее с 1917 по 1937 г. общее количество спичечных производств в стране сократилось с 89 до 17.

Цены на спички в условиях их острого дефицита были просто сумасшедшие. В октябре 1922 г. в Петрограде коробок спичек стоил 2500 руб. (доллар США тогда стоил 1700 руб.), в феврале 1923 г. — 165 руб. (курс доллара США — 46 руб.).

Следом, однако, пришёл список пород дерева пригодных для производства спичек и примерные требования к постройке цеховых помещений, там же говорилось, что оборудование и специалисты выписаны из Италии и скоро прибудут. Имелось и маленькое письмо от благодетеля Алты следующего содержания: "Ермек, приложи все старания для налаживания производства спичек. В данном предприятии есть и твоя доля лично. Подыщи место с доступом к лесоматериалам и на тракте. Начинай строить помещения цехов и присматривать надёжных работников. Что касается твоей доли в бумажной фабрике, то пока нет решения, где её строить в Хиве или Хорезме. Аллах Акбар. Твой друг Алты".

Вскоре место он подыскал на берегу озера Иссык-Куль в поселке Рыбачий на западном берегу озера. Главными породами для спичек были выбраны тополь и осина. Благо тополя росли целыми рощами. Опять же озеро не замерзало зимой и с его берегов древесина могла круглогодично доставляться по воде в Рыбачий.

Пока Ермек суетился в Семиречьи, вдали от большой политики и мог лишь догадываться о том, что происходило в далёкой Хиве, там бурлили нешуточные страсти. Дело в том, что после подписания мира началось "головокружение от успехов". Партия консерваторов требовала ужесточения морали вплоть до высылки всех русских, ну или создания для них гетто в городах. Партия Джунаид-хана хотела взять реванш за неудачу под Оренбургом и не хотела терять влияние в мирное время. Партию младохивинцев не устраивало существование Бухарского эмирата как такового, он явно тормозил развитие всего края и только мешал в прошедшей зимней войне.

Интересы всех трех партий внезапно сошлись клином именно на Бухаре. Консервативные муллы обвиняли Бухару в развращении, больше всего им не нравилось почти легальное существование мальчиков-проституток бачи в Бухаре. Тут к ним присоединились младохивинцы и обвинили бухарцев в том, что они мешают делу веры, всячески препятствовали войне с гяурами, теперь же будут сидеть на торговых путях и препятствовать внутренней торговле. Партия Джунаид-хана потребовала, чтобы невоевавшее население Бухары возместило джигитам пролитую в войне кровь финансово. Противоречия нарастали и переплетались как снежный ком с горы. Бухарцам сразу припомнили всё оптом. Не прошло много времени, как начались столкновения между бухарцами и хивинцами. Драки переросли в поножовщину, а поножовщина в погромы и беспорядки. Последней каплей стал опиумный вопрос. Опиум шел через Афганистан из Индии. Хива запретила его провоз, кроме как для медицинских целей, Бухара и Коканд присоединились. Если кто-то думает, что хивинцы загорелись борьбой с наркотрафиком, так он ошибается, всё объяснялось экономикой. Опиум производился в Индии и денежки от его продажи уходили туда же. А как же быть своим родным производителям анаши? А ведь из неё потом и конфетки для детей и сладости для женщин делают. Все при деле, а тут какие-то индусы прибыли сбивают, производство развивать не дают. Непорядок это и разбазаривание народного добра. Даёшь родную среднеазиатскую коноплю, прочь иноземный опиумный мак! Эх Чуя, Чуя. Но через владения Бухары прошёл крупный караван с опием и тут же был перехвачен конниками Джунаид-хана. Разразился скандал.