Катастрофічне становище військ південного угрупування УНР справді загрожувало їм цілковитим оточенням та знищенням. За спогадами учасника тих подій, війська в районі Балти — Бірзули — Роздільної опинилися «без тилу, без коштів, фуражу та їжі і без всякого зв’язку зі своїм урядом, при повній деморалізації й стомленості голих і босих військових частин». У хаосі відступу непоміченою пройшла ліквідація ревкому Південно-західної області УНР: після залишення Вапнярки більшість його членів фактично просто розбіглася.
Отаман О. Волох пропонував пробиватися на зайняті більшовиками території України, щоб підняти там повстання проти окупантів. Оскільки на частини Запорізького корпусу він уже практично жодного впливу не мав, О. Волох спробував реалізувати свій намір за допомогою командира військового формування під назвою «Запорізька Січ» — отамана Ю. Божка, відомого своєю схильністю до невиконання наказів командування. Ю. Божко у цей час займав Бірзулу, де вливав до складу «Запорізької Січі» всі військові частини, що опинялися поблизу. У лавах «Січі» культивувався особливий тип псевдоісторичної козацької дисципліни, за допомогою якої її командир прагнув відродити у війську традиції Гетьманщини XVII—XVIII ст. Ідея прориву крізь більшовицький фронт знайшла підтримку в Ю. Божка, який мріяв дістатися на Запоріжжя й за прикладом гетьмана Б. Хмельницького очолити звідти національно-визвольну боротьбу.
Проте від цього плану довелося відмовитися, коли спроба «Запорізької Січі» контратакувати більшовиків у районі Бірзули зазнала невдачі. Незважаючи на поразку, Ю. Божко оголосив себе командувачем Південно-східної української армії. Він відправив до Румунії делегацію для переговорів про пропуск українських військ через Бессарабію до Галичини для з’єднання з основними силами Армії УНР. Однак уже наступного дня запорізькі командири відновили В. Змієнка на посаді командувача Південно-східної групи. О. Волоха було усунено з усіх командних посад і залишено на свободі лише під зобов’язання не втручатися у військові й політичні справи.
Переважна більшість запорізьких воєначальників підтримала ідею про відступ до Румунії, оскільки боєздатних сил для прориву до Центральної України Південна група Армії УНР фактично не мала. 6 квітня надійшла звістка про захоплення Одеси червоними військами отамана Н. Григор’єва. Переслідуючи польські й білогвардійські частини, які відступали до Бессарабії, григор’євці захопили станцію Роздільна. Водночас червона партизанська бригада Ткаченка захопила Балту й повела наступ на Бірзулу. 13 квітня червоні повстанці змусили запорожців відступити до Тирасполя, куди переїхали штаб Запорізького корпусу та ешелони з військовим майном.
Румунська сторона, побоюючись, що вступ військ УНР до Бессарабії спричинить заворушення серед місцевого українського населення, погоджувалася пропустити до Галичини тільки ешелони з військовим і господарським майном. Лише 16 квітня, коли всі війська південного угрупування Армії УНР скупчилися на лінії Тирасполь — Бендери, румунська влада дозволила евакуюватися до Бессарабії й військовим частинам. Відступ відбувався в умовах безперервного бою з більшовиками. Упродовж 17 квітня запорожці тричі намагалися контратакувати, але зазнали невдачі. Близько 20 ешелонів із господарським майном і муштровими частинами ще залишалися на лівому березі Дністра, коли 17 квітня румуни закінчили переправу й розібрали колію перед залізничним мостом. За домовленістю з румунським командуванням війська УНР негайно після відступу до Бессарабії були роззброєні. Румунський уряд зобов’язався доправити українців до Галичини, де мав повернути їм зброю.
На початку квітня 1919 р. знекровлені у важких боях з’єднання Залізничного корпусу й Північної групи Армії УНР також були змушені відступати. Під Мозирем на бік військ УНР перейшла Тульська бригада 8-ї радянської дивізії, що повстала проти більшовиків. Штаб бригади звернувся до червоноармійців із закликом приєднуватися до українських військ: «Не наша провина в тому, що ми стоїмо проти вас з рушницями в руках, винні в цьому „народні комісари“ — самозванці, які воюють із цілим світом для того, щоб ловити рибку в каламутній воді громадянської війни й анархії. Прокляття їм...»
Але навіть поява такого несподіваного союзника вже не могла зарадити катастрофічному становищу Армії УНР на Правобережжі. 8 квітня радянські війська здобули Коростень. Аби відірватися від ворога, корпус Січових стрільців відступив до річки Случ. Та щойно червоні відновили наступ, січовики відійшли до річки Хомора. Є. Коновалець сподівався втриматися на нових позиціях, але за першого ж натиску ворога 3-й Січовий полк відступив до Шепетівки. Оскільки корпус тимчасово втратив здатність до наступальних дій, А. Мельник 10 квітня доручив січовикам обороняти станцію Шепетівка.
Унаслідок поразок і відсутності підтримки з боку населення боєздатність Армії УНР невпинно знижувалася. Голова УСДРП І. Мазепа так описав розмову з А. Мельником про військові справи: «Далі от. Мельник казав, що наше становище на фронті просто трагічне. Большевики кинули проти нас на Волинському фронті свої найкращі частини місцевого формування. Наприклад, Таращанську дивізію, що складається переважно з українців. Це деморалізуюче впливає на наших вояків. Багато з них просто втікає з фронту. Фактично йде боротьба всередині самого українського народу. Воюють ліві українці проти тих, які по цей бік фронту... Козаки не хотять битися проти своїх братів-українців. Виходить так, начебто ми тут провадимо боротьбу не за українську справу, а за уряд Директорії, який втратив популярність у народних масах».
11 квітня новим наказним отаманом став генерал О. Осецький, який водночас залишився командувачем Хомської групи Армії УНР. Вважали, що О. Осецький на новій посаді не приймав самостійних рішень і виконував указівки С. Петлюри. Утім, на нараді представників військового командування УНР наказний отаман виступив за укладення перемир’я з більшовиками й продовження війни з Польщею. Однак після обміну думками було вирішено й далі продовжувати війну на два фронти.
12 квітня червоні захопили Житомир. Радянські війська вже розгорнули наступ на Шепетівку, коли 18 квітня у сформованому з українських селян 14-му Миргородському радянському полку спалахнуло антикомуністичне повстання. 16 командирів і близько 250 вояків полку перейшли на бік Січових стрільців. Повстання миргородців деморалізувало інші радянські частини, які діяли на шепетівському напрямку. Контратакувавши червоних, січовики дещо вповільнили ворожий наступ. Але в жорстоких і затяжних боях 1—3 травня радянським військам удалося завдати поразки Січовим стрільцям і захопити Шепетівку. «Корпус СС у боях за Бердичів і Шепетівку зазнав дуже великих втрат, був сильно перевтомлений і до активних акцій міг бути готовий тільки після відпочинку», — згадував начальник штабу Січового корпусу М. Безручко.
Через численні поразки знизилася й боєздатність військ Північної групи Армії УНР. 29 квітня командувач групи отаман В. Оскілко відмовився передати свою посаду іншому воєначальникові й спробував здійснити державний переворот. Заколот не вдався, і отаман був змушений разом зі своїми найближчими соратниками тікати до Польщі. Однак виступ В. Оскілка остаточно деморалізував війська Північної групи. І хоча низку воєначальників було одразу ж замінено на посадах, відновити боєздатність групи не вдалося. Залишки 17-ї, 18-ї та 19-ї дивізій відступали до Рівного. Галицький полк майже розбігся. У 3-му полку ледь удалося зупинити під загрозою розстрілу 150 дезертирів.
Фактично після заколоту отамана В. Оскілка й втрати Шепетівки фронт утримували лише Січові стрільці. У розмові з громадськими діячами С. Петлюра так виклав своє бачення стратегічних перспектив української армії: «Констатуючи невдачу боротьби з більшовиками на Волині, головний отаман покладав велику надію на передишку в Галичині і на то, що коли проб’ється Запорізький корпус із півдня, можливо буде переорганізувати й поповнити бойові кадри на сей час розпорошеної й стомленої армії».
Однак пересування Південної групи Армії УНР через Бессарабію несподівано призвело до дипломатичного демаршу з боку Польщі. Наприкінці квітня 1919 р. польський уряд надіслав Румунії протест проти передислокації військ УНР до Галичини, що була головною ареною українсько-польської війни. Після цього румунська влада під загрозою застосування сили відібрала в українців не лише ешелони зі зброєю та спорядженням, але й господарське та санітарне майно, запаси продовольства та коней. Усі спроби уряду УНР домогтися від Румунії бодай часткового повернення військового майна залишилися безуспішними. «Відход на територію України через Румунію знищив і останні, які тільки були обози, позаяк майже все було відібрано румунами...» — свідчив командир Запорізького корпусу І. Дубовий.
Наприкінці квітня 1919 р. частини південного угрупування Армії УНР почали прибувати до станції Заліщики в Галичині. Звідси війська похідним порядком переходили на більшовицький фронт. «Поволі почали прибувати частини Запорожського корпусу, — згадував В. Кедровський. — Люде мали вигляд страшенно стомлених, обідраних, але всі були бадьорі й горіли запалом скорше одержати зброю та стати знову до бою з більшовиками. Декому, але дуже небагатьом, пощастило привезти із собою зброю й навіть скоростріли в розібранім стані, які їм пощастило заховати від румунських грабіжників». Уже в перші дні травня основні сили Запорізького корпусу та рештки Східної й Південно-східної груп прибули в розпорядження українського командування.
Зосереджену в південно-західному регіоні Волині Армію УНР рятувало від остаточного розгрому лише те, що більшовики були змушені в цей час перекидати значні сили проти повстанців у Центральній і Південній Україні. Однак важким ударом для Армії УНР став неочікуваний наступ польських військ на Волині. У середині травня польські частини зайняли Луцьк, змусивши капітулювати війська Холмської групи Армії УНР. Величезна кількість військового майна, що перебувало на тилових складах, потрапила до рук поляків. А 19 травня сталася катастрофа під Рівним: частини 19-ї дивізії вчинили заколот і здалися більшовикам, видавши червоним свого командира разом із начальником його штабу. 24 травня радянські частини захопили Рівне.
Основні сили Армії УНР відступили на лінію Рівне — Дубно — Крем’янець — Острог. У районі Радзивілова розгорнувся повстанський рух проти Директорії; радянська розвідка нарахувала в цій місцевості близько 6000 червоних повстанців. Повсталі навіть тимчасово захопили Дубно. Уряд і штаб Дієвої армії УНР були змушені переїхати до Тернополя. На цей час у лавах українських військ залишилося близько 9000 багнетів і шабель. Оскільки зв’язок зі штабом Дієвої армії було втрачено, командувачем об’єднаними військами Січових стрільців, Холмської й Північної груп тимчасово став Є. Коновалець. Січовий корпус і Північна група відступали до Кременця, а Холмська група відходила на лінію річки Ікви.
