Причини кризового стану радянського руху Опору на окупованій території були зумовлені, по-перше, політичною позицією більшості населення. У перші місяці війни в Україні знайшлося занадто мало людей, готових свідомо ризикувати своїм життям, захищаючи надзвичайно непопулярний комуністичний режим. Більшість українського населення або займала вичікувальну позицію, або демонструвала неприкриту ворожість до радянського режиму. По-друге, несприятливими для розгортання партизанської війни були також природні умови на більшості території України. Професійно діяли німецькі контррозвідувальні органи, яким досить легко вдавалося блокувати будь-які спроби радянського керівництва розвивати партизанський рух у тилу німецьких військ, використовуючи при цьому розгалужену агентурну мережу й спираючись або на активне сприяння, або на демонстративну байдужість більшості місцевого населення.
Перелом у розвитку партизанського руху в Україні відбувся наприкінці 1942 — початку 1943 рр., після поразки німецьких військ під Сталінградом. Передусім на кінець 1942 р. цілком очевидною стала марність сподівань на відміну новою владою колгоспів і повернення до одноосібного господарювання. Гостре невдоволення викликало також примусове рекрутування робочої сили. Молодь, яка переховувалася від насильницького вивезення до Німеччини, охоче поповнювала партизанські загони. Загалом окупаційному режиму знадобилося досить небагато часу, щоб переконати переважну більшість українського населення, що може існувати влада, гірша за радянську.
З кінця 1942 р. зусилля СРСР, спрямовані на дезорганізацію ворожого запілля, стали більш осмисленими. 30 травня 1942 р. при Ставці Верховного головнокомандування було створено Центральний штаб партизанського руху (ЦШПР), а 20 червня 1942 р. розпочав роботу Український штаб партизанського руху (УШПР), який очолив заступник НКВС УРСР Т. Строкач. Важливу роль у розвитку радянського партизанського руху відіграла нарада, яка відбулася в Москві наприкінці серпня — початку вересня 1942 р. в за участі Й. Сталіна та провідних партизанських ватажків Росії, Білорусії й України. За результатами наради було внесено корективи в управління партизанським рухом та вжито заходів для налагодження їх кадрового та матеріально-технічного забезпечення. В Україні виконання завдання з «перетворення партизанського руху на всенародний», сформульованого в наказі наркома оборони СРСР від 5 вересня 1942 р., вимагало поширення партизанського руху на нові території.
З цією метою ЦК КП(б)У і УШПР розпочали перекидання на окуповану територію оперативних груп організаторів партизанського руху. 26 жовтня 1942 р. у рейд на територію Правобережжя вийшли найбільш боєздатні на той час партизанські з’єднання О. Сабурова й С. Ковпака. Цей рейд, відомий як Сталінський, виявив абсолютну незахищеність глибокого німецького тилу. На шляху партизанських з’єднань, які за місяць пройшли понад 800 км територією Сумської, Чернігівської, Гомельської, Поліської, Київської й Житомирської областей, не виявилося військ, здатних чинити серйозний опір партизанам. Це стало цілковитою несподіванкою як для самих партизанів, так і для радянського командування.
З кінця 1942 р. основним районом концентрації партизанських сил стала Правобережна Україна. Партизани відзначалися найбільшою активністю на території українсько-білоруського Полісся. Значні партизанські сили концентрувалися, зокрема, у так званому Мокрому трикутнику — заболоченій місцевості між Прип’яттю й Дніпром.
Чисельність партизанських формувань почала швидко зростати. Станом на 1 квітня 1943 р., згідно з даними УШПР, в Україні діяли вже 74 загони й з’єднання загальною чисельністю 15 000 бійців. Але по-справжньому боєздатними формуваннями були лише шість: С. Ковпака, С. Маликова, О. Сабурова, О. Федорова, М. Наумова, І. Шушпанова — Я. Мельника.
Загалом до весни 1943 р. реалізувати намічені оперативним планом заходи з поширення партизанського руху на всю територію України не вдалося. Показовим у цьому плані був Степовий рейд з’єднання М. Наумова, який розпочався в лютому 1943 р. Спроба прорватися на Кіровоградщину завершилася невдачею. Хоча загін М. Наумова й дійшов із боями до території Одеської області, але його просування окупованою територією більше скидалося на втечу від переслідування, ніж на наступальну бойову операцію. На початку квітня 1943 р. рештки загону прорвалися на територію Білорусії.
За визнанням центральних органів керівництва партизанським рухом, його розвиток в Україні стримувався нестачею зброї й боєприпасів, а також несприятливими для ведення партизанської боротьби природними умовами на півдні й у центрі республіки, розвинутою мережею шляхів сполучень, що дозволяла швидко реагувати на появу партизанських загонів. Окрім того, незначною залишалася активність населення. Були також регіони (насамперед це стосувалося Галичини), де переважна більшість населення була цілком вороже налаштована до радянської влади. Оцінюючи перспективи розвитку партизанського руху на території Тернопільської та Львівської областей, заступник начальника УШПР І. Старинов писав, що радянським учасникам руху Опору в цьому регіоні буде важче діяти, ніж на території Німеччини.
7 квітня 1943 р. ЦК КП(б)У затвердив оперативний план бойових дій партизанських загонів України на весняно-літній період 1943 р. Провідну роль в оперативному плані відводили «завданню супротивникові більш відчутних ударів по комунікаціях у західній і південно-західній частині України, посиленню партизанського руху в цих областях». Для цього було намічено перекинути до Вінницької, Кам’янець-Подільської, Дрогобицької, Львівської, Станіславської, Чернівецької областей радянські партизанські формування з території Полісся.
Подальші події засвідчили цілковиту нереальність цих планів. 27 квітня 1943 р. було видано черговий наказ ставки ОКВ (від нім. Oberkommando der Wehrmacht, нім. OKW) — Верховне головнокомандування вермахту) про боротьбу проти партизанів. Відповідно до цього документа в першій половині травня були атаковані партизанські формування, що базувалися вздовж адміністративного кордону України й Білорусії. Наприкінці червня розпочався масований наступ у районі Сарн і Коростеня, де в той час зосереджувалася більшість партизанських формувань Правобережжя. Частина з них встигла вийти з небезпечного району, решта ж зазнала важких втрат і була змушена відступити на територію Білорусії.
Ще більших втрат зазнали партизанські формування Сумщини й Чернігівщини. Під час наступу окупаційних військ у районі Брянських лісів були розбиті партизанські загони Сумщини під командуванням М. Бойка, С. Гнибіди, П. Логвина, К. Горюнова та ін. Загальні втрати партизанів становили близько 4500 осіб. А серед численних загиблих Чернігівського партизанського з’єднання був і командир М. Попудренко.
Зіткнувшись із посиленням протидії, партизанські командири під різними приводами всіляко зволікали з початком виконання бойових завдань. Для того, щоб змусити ватажків перейти до активних бойових дій, знадобилася особиста присутність у партизанських формуваннях керівників ЦК і УШПР. У квітні-липні 1943 р. на окупованій території побували секретар ЦК КП(б)У Д. Коротченко й група керівників УШПР на чолі з Т. Строкачем. Попри всі зусилля радянського командування, переважна більшість партизанських ватажків до літа 1943 р. лишалася пасивною. Найбільший протест спричиняла вимога просуватися на територію західноукраїнських областей. З усіх партизанських ватажків у рейд на Західну Україну погодився піти тільки командир Сумського партизанського з’єднання С. Ковпак.
Знаменитий Карпатський рейд Сумського з’єднання розпочався 12 червня 1943 р. З важкими боями воно пробилося на територію Станіславської області. Кілька разів ковпаківцям довелося проривати кільце оточення. Попри героїчні зусилля бійців та вмілі дії командування, виконати своє основне завдання — втриматися на території Прикарпаття — з’єднання С. Ковпака не змогло. Знищивши важке озброєння й розділившись на дрібні групи, радянські партизани були змушені прориватися до місць своєї постійної дислокації на Житомирщині.
Вище керівництво партизанського руху оцінило Карпатський рейд, який тривав понад 100 днів, як найвдаліший з усіх, які здійснювали партизани України. Однак реальні результати цієї операції були досить скромними. Ціною важких втрат (під час рейду загинуло 600 партизанів — близько третини особового складу з’єднання) ковпаківці спромоглися завдати незначної шкоди нафтовій промисловості регіону й здійснили низку диверсій на залізниці (було підірвано 19 ешелонів, 47 залізничних і шосейних мостів). Більш важливим стало політичне значення рейду: радянські партизани вперше за роки війни змогли засвідчити радянську присутність у регіоні й продемонстрували свою високу боєздатність. Однак у цілому ця воєнна операція показала, що західноукраїнські землі були недоступні для тривалого перебування радянських партизанських формувань.
Не виправдали сподівань ні масштаби, ні ефективність диверсійної діяльності радянських партизанів в Україні. Згідно зі звітом про роботу партизанських загонів України за весну-літо 1943 р. було підірвано 713 поїздів. Повідомлення німецьких військових установ свідчили про значно менші масштаби партизанських диверсій. Приміром, за даними командування оперативного тилу групи армій «Південь», за червень 1943 р. було зафіксовано 11 диверсій на залізницях та 11 випадків пошкодження ліній зв’язку. За серпень повідомляли про 34 диверсії на залізницях.
Більш дошкульним для німців було руйнування транспортної інфраструктури: підривання мостів, руйнування залізничних колій тощо. До найбільш вдалих акцій подібного штибу належить здійснений під час Карпатського рейду підрив з’єднанням С. Ковпака залізничного мосту через річку Гніздечна, яким щодоби проходило близько 70 ешелонів. Однак завдяки розвиненій залізничній мережі республіки противникові зазвичай вдавалося організувати рух альтернативними маршрутами на час, необхідний для ремонту.
Зростання чисельності партизанських формувань в Україні навесні-улітку 1943 р. також було нижчим за очікуване. Загалом станом на 1 серпня 1943 р. УШПР мав на постійному зв’язку 116 загонів і 31 партизанську групу, які налічували близько 25 000 бійців. За рахунок притоку добровольців вдалося створити 42 нові загони. Почасти повільне зростання чисельності партизанських сил було зумовлене важкими втратами внаслідок каральних акцій окупаційних військ. Іншою причиною вважають нестачу зброї: у багатьох загонах 30—60 % особового складу взагалі не мали озброєння. Проте центральне командування брало на себе лише забезпечення мінно-підривними засобами й відмовлялося постачати зброю, сподіваючись підштовхнути партизанських командирів до більш активної бойової діяльності. Вважали, що партизани мають забезпечуватися всім необхідним за рахунок ворога.
Загальна кількість стрілецької зброї, яку українські партизани одержали з радянського тилу, становила лише 33 % від озброєння, яке отримали білоруські партизани лише в 1943 р. Слід відзначити, що на середину 1943 р. серед усіх партизанів, які діяли на території СРСР, частка партизанських формувань України становила лише 15,7 %. Вище радянське керівництво було взагалі доволі скептично налаштоване щодо перспектив розвитку партизанського руху в Україні. У середовищі еліти СРСР були поширені уявлення про «зраду» українців і їхню загальну нелояльність до комуністичного режиму.
