Первые годы своего существования семинарии объединяли три класса — низший, средний и высший. Обучение начиналось с подготовительного класса, так называемой русской школы, где изучалась отечественная и мировая история, география, литература, поэзия, нотное пение, арифметика, церковнославянский, русский и польские языки. После него ученики переходили в ''школу греческого книжного писания'', штудировали славянскую и греческую грамматику и латынь, затем приступали к изучению иных предметов, соответствующих высшей ступени обучения (риторика, диалектика, богословие, физика). Впоследствии, семинарии имели уже 8 классов, делившихся на младшее (4 класса), среднее (2 класса) и старшее (2 класса) отделения.

Еще одной важной проблемой вставшей перед страной стал вопрос флота. Прошедшая война с Швецией выявила ряд недостатков последнего, главным из которых было отстутствие единого командования и финансирования. До этого постройкой кораблей ведали местные воеводы. Да и сам флот не представлял из себя единого целого, будучи разделен на несколько, совершенно независимых от друг друга флотилий, подчиняющихся тем же воеводам, которые строго блюли свой контроль над ''своими'' кораблями, поскольку на их содержание по царскому указу напрямую шла часть ''морских'' сборов, что позволяло местному начальству пользоваться оными средствами по своему усмотрению, держа в тоже время подотчетные корабли ''в большой скудости и небрежении''. Кроме того, не смотря на то, что действия шведского флота заметно вредили русским интересам (например, подвоз припасов шведскому корпусу под Гданьском и нападения на русские торговые суда), воеводы предпочитали отпускать корабли в море ''для добычи'' (значительная часть захваченного добра шля им) и всячески противились использованию подконтрольных им флотилий для боевых операций против неприятеля.

В результате, для пресечения данной порочной практики, по царскому указу строительство кораблей и командование над ними было выведено из ведения воевод и поручено особому Приказу Морского дела. Все отдельные флотилии на Балтийском море были сведены в единый флот, насчитывавший в своем составе 20 кораблей и около полусотни галер, предназначенных для деятельности в финских шхерах. Командование которым было поручено назначенному ''государевым морским гетманом и военачальником'' Карстену Роде (в отличие от реальной истории, где он в 1570 году был арестован датчанами, а с 1573 года о нем нет никих известий, в этой реальности он не попадает в тюрьму и к 1578 году жив и здоров), который расположил главную морскую базу в Риге. Еще одна база (для гребной флотилии) была создана недалеко от Колывани, в местечке Рогервик, откуда можно было оперировать возле финского побережья, прикрывая идущие в северной части Балтийского моря торговые суда.

Продолжалось и русское движение ''встречь солнцу''. После прихода в Западную Сибирь русских войскам под началом Даниила Адашева местное население было обложено натуральной данью — ясаком. А для закрепления новых территорий начато широкое строительство укреплений, с постепенным усилением численности русских войск. Еще в 1563 году, во время похода Адашева, был построен Верхне-Тагильский городок. Позднее, в связи с неудобством Искера (Кашлыка) недалеко от него в 1567 году был построен Тобольский острог, ставший новым центром Зап. Сибири. В 1570 году постройкой Лозьвинского городка был закреплен путь в Сибирь Вишерой с переходом на Лозьву и Тавду. Поставленный приблизительно в это же время Березов должен был обеспечить сообщение с Сибирью ''чрезкаменным путем''. К середине 70-х была открыта новая прямая дорога от Соли Камской до Верховьев Туры, ставшая почти на два столетия правительственным трактом, на котором был основан город Верхотурье (1578). С постройкой Туринска (1580) на среднем течении Туры путь Кама-Тура-Иртыш был окончательно закреплен.

Дальнейшее освоение Западной Сибири опиралось на Тобольск и укрепленную линию, связывающую его с Россией, и шло в трех направлениях: вниз по Оби на север, вверх по Оби на восток и вверх по Иртышу на юг. Почти тотчас же после постройки Тобольска были обложены ясаком остяцкие (хантские) княжества, по Оби до ее устья, — Ляпинское, Кодское, Казымское и Обдорское. С постройкой Обдорска (1573) на нижнем течении Оби за Россией был закреплен и новый камский путь на Обь и старый печорский путь. В 1574 году был основана Тара, надолго оставшаяся самым южным русским укреплением по Иртышу и передовым форпостом в борьбе с степными кочевниками. А в 1578 году, после принятия русского подданства чатскими и барабинскими татарами, их примеру последовали и эуштинские татары. Их племя было малочисленным, насчитывало всего лишь 300 человек мужского населения, и переходом "под высокую государеву руку" с постройкой русского укрепления на их земле они рассчитывали обеспечить свою безопасность от ударов куда более многочисленных и сильных соседей. Благодаря чему, почти на стрелке Томи и Оби, откуда можно было контролировать верховья Оби, верховья Томи с Кузнецкой котловиной и Причулымье с Толы-Хоорай (союз киргизских княжеств) в верховьях, был построен город Томск, который стал базой для дальнейшего русского продвижения в верховья Оби, в Кузнецкую котловину. И что немаловажно — уже через несколько лет в районе Томска была заведена небольшая государственная пашня для казаков, благодаря чему удалось хотя бы частично обеспечить поселенцев не привозным, а местным хлебом.

В феврале 1572 года из Москвы была направлена небольшая группа служилых людей для закрепления в составе России земель Приобья выше устья Иртыша. Соединенный отряд направился вверх по течению Оби в пределы земель остяков (хантов), которые добровольно приняли русское подданство и оказали русским помощь в постройке крепости в центре подвластной ему территории на правом берегу Оби при впадении в нее реки Сургутки. Новый город на Оби стал называться Сургутом. Все селения остяков в Приобье выше устья Иртыша вошли в состав нового Сургутского уезда. Сургут стал опорным пунктом царской власти в Приобье в борьбе с союзом племен, известным в источниках под именем Пегой Орды. А вслед за ним, в 1574 году с целью предотвращения набегов Кучума в центре Пегой орды, был построен Нарымский острог.

Управлять Сибирью, далекой и огромной "государевой вотчиной", было очень трудно, поэтому здесь рано сложилось областное деление (разряды), предварившее областное введенное позднее управление. Уже с середины XVI в. в Москве стремились к созданию непосредственно в Сибири административного центра, главенствующего над другими уездами.

С постройкой в 1567 году Тобольска роль такого центра была отведена ему. В наказах воеводам Сибирских городов предписывалось всякие дела согласовывать с Тобольским воеводой, который должен был сообщать о них в Москву. Такой порядок был необычным для административной практики Русского государства и встречал сопротивление со стороны уездных воевод, но систематическое и настойчивое проведение его в жизнь скоро выработало определенную традицию. К началу 1580-х гг. Тобольский разряд окончательно сложился и включал в себя все уезды тогдашней Сибири.

Начиная с самых первых дней освоения Сибири на царскую службу стали привлекать представителей коренного сибирского населения. Татарские отряды принимали участие уже в военных действиях против Кучума как составная часть служилых. Постепенно в этот процесс вовлекались и другие народы, в том числе угры — остяки и вогулы (ханты и манси). Чаще всего это происходило в отдаленных городах, таких как Пелым, Березов, Сургут и др., где явно ощущалась нехватка людских ресурсов.

Деятельность служилых ''из местных'' была многогранной и помимо участия в военных акциях и охраны рубежей именно они возводили города и остроги, исполняли таможенную службу, обязанности, связанные со сбором налогов и ясака, изыскивали новые для освоения пригодные земли, были послами и участниками дипломатических миссий, сопровождали грузы и казну, выступали в роли переводчиков-толмачей, писарей — короче, выполняли все необходимое для нормальной жизни Сибири как части Российского государства в соответствии с царскими указами и предписаниями местных воевод.

Чтобы попасть в этот престижный слой общества, получать жалованье, иметь оружие, пользоваться определенными льготами и статусом человека, состоящего на государственной службе, прежде всего необходимо было принадлежать к единственно признававшейся государствам конфессии — православию. В полиэтничной Сибири этническое самосознание в большей степени было связано с осознанием религиозной принадлежности. Первым и необходимым условием для поступления на государственную службу неправославных было крещение. Следует отметить, что в XVII веке (с развитием миссионерской деятельности) определенная часть сибирских угров (особенно это касается манси, проживающих вблизи Урала) довольно безболезненно приняла православие. В подавляющем большинстве новоявленные христиане будучи фактически ''двоеверцами'' носили кресты, посещали по праздникам церкви (если такие имелись в близлежащей округе), назывались данными при крещении именами, но не понимали и не делали попыток понять чуждую им религию, оставаясь в душе приверженцами своих богов и духов.

Сибирская администрация и духовенство сибирских городов достаточно лояльно относилось к внутреннему неприятию ''инородцами'' православия. И дело здесь не только в установках русского правительства, требовавшего любыми способами избегать конфликтных ситуаций со вновь обретенными государевыми подданными. Немаловажную роль в выработке такой позиции играло то обстоятельство, что среди служилых было немало иноземцев с Запада, католиков или протестантов по происхождению, как правило, занимавших высшие должности в иерархии служилого сословия. Поступив (или попав, если речь вести о пленных) на службу к русскому царю и приняв православие, многие из них в душе оставались приверженцами католицизма и лишь формально, по долгу службы, посещали православный храм. Документальные свидетельства того времени отмечают, что поляки, немцы и пр. нередко сохраняли свои исконные имена, читали и писали только на латинице и говорили на родном языке. Нужда в грамотных и военнообученных людях в Сибири была столь велика, что духовенство и воеводская администрация, зачастую сама состоящая как минимум на треть из иноземцев, смотрела на формальное отношение к православию сквозь пальцы. Стереотипы поведения по отношению к крещенным в православие бывшим католикам отчасти переносились и на обращенных в христианство бывших язычников.

Надо сказать, что крещение привлекало аборигенов не только возможностью стать членом привилегированного служилого сословия со всеми вытекающими последствиями в будущем, но и вполне конкретными благами в настоящем (получением при крещении денег, сукон, сапог и других крайне привлекательных и престижных вещей). Грамота 1603 года приводит сведения о том, как "...крестился на Верхотурье, Верхотурского уезда Часовские вагуличи... да тагильский вагулятин... а нашего жалованья тем новокрещенам дано на Верхотурье для крещения по два сукна средних, да по рубашке, да по сапогам".

Русское правительство на протяжении всего рассматриваемого периода вело целенаправленную политику на подчинение родоплеменных угорских объединений (княжеств) и сохранение мирной обстановки в регионе, откуда поступал ясак, ''мягкое золото'' в русскую казну. Именно интересами казны следует объяснить четкую установку ''нежесточить'' коренное население. Эта позиция сохранялась и по отношению к родоплеменной знати угорских княжеств, признавших вассальную зависимость от русского царя и по отношению к рядовым общинникам (ясачным).

Теоретически каждый ясачный мог креститься и подать прошение о поверстании в служилые люди. На практике же, как правило, ряды служилых пополняли представители родоплеменной знати. И дело здесь не только в имущественном положении, более высоком социальном статусе. Рядовой общинник по роду занятий, образу мышления был несравненно менее подготовлен к вступлению в ряды служилого сословия.

Угорское общество до прихода русских в политическом плане представляло собой множество небольших племенных объединений (княжеств), возглавлявшихся князцами, власть которых уже переросла власть племенных старейшин. Социальный состав таких княжеств был несложен: княжеский род, простые люди и немногочисленные рабы. Представители княжеского рода формировали ''дружину'' князя. Положение мало изменилось с подчинением русскому царю. Заинтересованное в мирном развитии событий русское правительство оставило нетронутыми существующие структуры власти у угров, требуя лишь признания царской власти и исправных поставок ясака. В наиболее могущественном Кодском княжестве даже в конце XVI века все население распалось преимущественно на две группы: военную знать, куда входил и княжеский род, освобожденную от уплаты ясака, и ясачных людей. Первые должны были составлять войско князя, вторые — поставлять к сроку ценные меха. Вооруженные из княжеского арсенала панцирями, шлемами и другими необходимыми предметами обмундирования, воины по первому зову должны были являться к своему князю. Такая же или подобная организация существовала и в других родоплеменных объединениях остяков и вогулов. Поэтому представители угорской родоплеменной знати, принявшие крещение и поверставшиеся в ряды государевых служилых людей, по сути меняли одного господина на другого, подчиняясь теперь не князцу, а русскому воеводе. Структура отношений оставалась в целом привычной и понятной, как и круг обязанностей, ибо служилые люди несмотря на многоплановость своей деятельности прежде всего являлись войском, формирующим гарнизоны сибирских городов. И многие из которых, подчас достигали высокого положения. (Примером такого рода из реальной истории может служить родословная вогульсткого князя Аблегирима, отмеченного в документах XVI века. Его сын был крещен в Москве, а внук проживал в Пелыме в качестве государева служилого человека. Правнук Аблегирима Семен в 40-х годах XVII в. был поверстан в Пелыме в ''дети боярские'' с высоким окладом, женат на дочери ссыльного литвина Андрея Вернадского. Сыновья от этого союза были также поверстаны в Верхотурье в ''дети боярские'', а внуки впоследствии определены в сибирские дворяне. Конечно далеко не все служилые новокрещены достигали такого положения, однако оседая в городах и слободах, их потомки по своей культуре и образу жизни практически не отличались от русских жителей).

Кроме ясака одним из источников доходов для местного населения стала торговля со среднеазиатскими государствами. Однако постоянные нападения Кучума, отряды которого постоянно грабили купеческие караваны ставили оную под удар. Что вынуждало русское правительство регулярно отправлять в степь вооруженные экспедиции для преследования шаек ''кучумовичей'' и охраны торговых путей. В 1573 году к казахскому хану Хак-Назару было отправлено русское посольство во главе с Чебуковым с целью склонить казахов на активные действия против Кучума. Пытавшийся создать единое казахское государство и ведший тяжелые войны с Моголистаном и Бухарой хан Хак-Назар встретил посольство благосклонно и обещав русскому царю мир и дружбу в свою очередь просил прислать ''огненный бой'' для борьбы против своих врагов. Зажатый таким образом со двух сторон, Кучум попытался вступить в союз против русских с Большой Ногайской ордой, но без успеха. К нему ненадолго примкнули только несколько мелких ногайских отрядов, в то время как большая часть ногайских родов предпочла сохранить в русскими мир. Наконец, весной 1578 года был собран большой отряд из 700 русских стрельцов и 300 ясачных татар, который под командованием воеводы Болховского 9 мая 1578 г. вышел в поход на Кучума. 20 августа русские окружили его ставку и после ожесточенного боя татары потерпели полное поражение, потеряв в бою около 400 человек. Сам Кучум попал в плен и был отправлен в Москву.