В сентябре 1560 года были окончательно прекращены все наступательные боевые действия против татар, а в Крым поехал царский посланник Афанасий Нагой для заключения мирного договора. Ситуация этому благоприятствовала. Поскольку Ливония была разгромлена, а с Польско-Литовским государством был заключен "вечный мир", Девлет-Гирей не видел возможности для успешных боевых действий против северного соседа, и согласился на заключение русско-крымского мирного договора, заключенного в марте 1561 года на весьма выгодных для Москвы условиях — Крым соглашался быть в "дружбе и любви" с русским государем, отказывался от требования подарков ("поминок") и признавал за Иваном IV царский титул. Что, в последствии, послужило важной причиной успешной карьеры Афанасия Нагого при Государевом Дворе.

В то же время смерть жены в августе 1560 года натолкнула Ивана IV на мысль о возможности окончательного решения литовского вопроса мирным путем. Король Польский и Великий князь Литовский Сигизмунд II Август был бездетен и с его смертью должна была прерваться правящая Литвой и Польшей династия Ягеллонов. Из ближайших родственников у короля были лишь две сестры — Анна и Екатерина, брак с одной из которых делал русского царя законным наследником Сигизмунда II, тем самым кладя конец долгому русско-литовскому конфликту. И в сентябре 1560 года в Краков отправился казначей Федор Сукин, имевший целью сосватать царя за одну из королевских сестер (какую — на выбор посла). Разведав обстановку и остановив свой выбор на младшей из сестер — Екатерине, Федор Сукин официально довел предложение своего государя Сигизмунду II. Сватовство имело успех. Сам король не прочь был выдать за царя свою сестру и дал предварительное согласие. Но вмешался Сенат, который выдвинул ряд условий, настаивая, чтобы русский государь лишил прав на престол детей от первого брака и уступил Польско-Литовскому государству Ригу. Ответ из Москвы не заставил себя долго ждать. В своем письме Иван IV укорял сенаторов за "непригожие слова", сравнивая их предложение с известным из Священного писания случаем уступки права первородства, но в конце письма... соглашался с их требованиями, с условием ответной уступки — признание возможного ребенка Ивана IV и Екатерины Ягеллон законным наследником Сигизмунда II Августа на престол Великого княжества Литовского, тем самым как бы предлагая панам сенаторам самим поставить точку в вековой мечте инкорпорировать Литву в состав Польши.

Между тем в Польском королевстве и Великом княжестве Литовском вследствии русских предложений возникла странная атмосфера ожидания перемены власти. Гораций Куртиус (Курзо) описывал ее так: "Многие в Польше очень много говорят о будущем избрании короля. Многим нравится Московит... Я слышал это и многое другое на пирах и в частных беседах... все единогласно провозглашают, будто Московит достоин этого королевства благодаря своим всюду прославленным доблестным делам, преимущественно воинственному духу. Не отсутствуют и такие, кто заявляет, что выберут его в короли, если он женится на королевской сестре".

Под давлением "общественного мнения" сенаторы вынуждены были отыграть назад и сняли это свое требование. Однако продолжая твердо стоять на уступке Риги, на что в Москве, в принципе, были согласны. Но тут всплыл вопрос вероисповедания невесты. Будучи католичкой она не могла стать женой православного государя. Дело опять застопорилось, но влиятельная партия сторонников "русского брака" посоветовала отправить посольство в Рим, где добиться от понтифика разрешение на переход Екатерины в православие, подкупив его обещаниями того, что этот брак пойдет на пользу католической церкви, поскольку это поможет подвигнуть русских на заключение унии и антитурецкого союза. Расчет оказался верен. В "Вечном городе" жадно ухватились за эту возможность и понтифик разрешил брак, заодно отправив в марте 1561 года Захария Дальвино, епископа Фаросского, с приглашение Ивану IV принять участие в Соборе, назначенном в Триденте.

В результате чего все эти хлопоты закончились приездом Екатерины Ягеллон в июне 1561 года Москву, где 21 августа она была обвенчана с Иваном IV. Одновременно с этим, 23 августа 1561 года к Риге с 3-тысячным войском подошел Николай Радзивилл-Черный (младший брат Николая Радзивилла-Рыжего) и указывая на русско-литовский договор потребовал от рижан капитуляции и признания власти Великого князя Литовского. Его предложения сводились к следующему: Рига должна перейти под власть короля, при этом подданство должно быть оформлено по королевскому усмотрению. Однако данные предложения вызвали возражения рижских бюргеров, которые апеллируя к посредничеству Священной Римской империи настаивали на сохранении свободы торговли, традиционной городской власти, всех своих владений, привилегий и прав. А отношения города с королем предлагали оформить специальной грамотой, добившись в конце концов, что 4 сентября 1561 года Николай Радзивилл-Черный издал акт о предоставлении рижанам политических и конфессиональных гарантий и признание внутригородских свобод судопроизводства и торговли, а 19 сентября требования бюргеров обсуждались на собрании сословий. Прежде всего представители рижского городского совета потребовали свободы торговли с "московитами", как и с "заморскими гостями" (то есть представителями Ганзы и других северо— и западноевропейских городов). Последние должны были так же без ограничения и пошлин торговать с "московитами" при посредничестве рижан. Кроме того, рижане требовали свободы передвижения по рекам с сохранением старых обычаев берегового права и свободы проезда полочан и витебчан в Ригу. Позднее рижане на переговорах с королем парадоксальным образом выдвинули новые требования, на которых в свое время настаивала русская сторона — сохранения в Риге русских церквей, что навело польского короля даже на мысль о "бунте или заговоре рижан с московскими" (из Листа короля Сигизмунда Августа к Радзивиллу. 1562 г.). Литовская сторона со своей стороны подчеркивала, что Литва расположена ближе всех к Риге, которая снабжается товарами из Полоцка и Витебска, а вся Двина находится в королевских руках, посему иного государя, кроме короля Польского и Великого князя Литовского у нее быть не может.

В результате этих переговоров, получив в конце сентября требуемый гарантийный акт от Сигизмунда II Августа, Рига наконец присягнула ему на верность. Попытка Кристофа Мекленбургского организовать сопротивления литвинам не встретили отклика, после чего коадъютор рижского архиепископа покинул Ригу и уехал в Европу, где еще некоторое время пытался поднять Священную Римскую империю на борьбу за ''свободу Ливонии'', но не достиг на этом поприще существенных результатов.

А в Москве, тем временем, шли переговоры с Дальвино, который познакомил русское правительство с предложениями Рима. Правда, с самого начала возникла заминка — русских возмутило то, что в папской грамоте Иван IV назван "Его Высочеством", а не "Его Величеством". Епископ Фаросский согласился со справедливостью этого требования и отправил в Рим человека с просьбой прислать новую верительную грамоту, что затянуло переговоры на год, пока 29 сентября 1562 года в Москву не прибыла грамота, где признавался царский титул Ивана IV. Что позволило официально утвердить результаты переговоров, по которым были достигнуты следующие соглашения:

Во-первых, Россия отправляло новых послов в Рим для продолжения переговоров по устройству унии и набору "мастеровых людей" для работы в России (что оговаривалось соглашением).

Во-вторых, живущим в России католикам разрешалось свободно справлять свои обряды и строить костелы, но сохранялся запрет на миссионерскую деятельность католических священнослужителей.

В-третьих, по просьбе Дальвино царь согласился набрать молодых людей для посылки их в Рим, где им дано будет даровое обучение и откуда обеспечено возвращение в Россию.

Отдельной строкой шли такие вопросы, как предложение Рима организовать на Руси собственное, независимое от Константинополя, патриаршество, и присоединение России к Священной лиге для борьбы с турками. В принципе Иван IV не возражал против этих предложений, но в свою очередь увязывал их с решением ряда вопросов, а именно, временно опуская вопрос о создании собственного русского патриаршего престола, Иван IV соглашался на вхождение в антитурецкий союз, но при условии вхождения туда и Польско-Литовского государства, что фактически ставило на Священной лиге крест. Хотя папские дипломаты всячески побуждали Сигизмунда II Августа начать вместе с Россией войну против турок, обещая отдать Польше Трансильванию, Молдавию и Валахию (а может даже и Болгарию), шляхта и магнаты Польши и Литвы не смотря на весь соблазн этих предложений, не желали начинать войну со всеми ее тяготами и вотировать на нее налоги. Тем более было опасение появления в руках короля мощной боеспособной армии, которую после войны он мог бы использовать в борьбе против разгулявшейся внутри страны знати.

Внутри России окончание войны привело к целому ряду важных изменений. Прежде всего шло обустройство на новых, захваченных в Прибалтике землях. Владения Ордена, церкви и ленников, отказавшихся поступить на царскую службу, перешли в царскую казну и пополнили фонд государственной земельной собственности, из которой стали наделяться "дачами" переселяемые туда русские помещики. На присягнувших царю ленных рыцарей распространялись права и обязанности поместной военно-служилой системы. Часть ливонского рыцарства была переведена в центральные русские уезды, где наделенные поместьями они вошли в личное войско царя. Кроме того, появление большого количества безземельного рыцарства на русской службе, которых не могли сразу наделить "дачами" привело к появлению нового рода войск — рейтаров. В отличие от поместной конницы, рейтары служили на постоянной основе, за денежное жалование. И лишь спустя 10-15 лет "беспорочной службы" могли получить "дачу" и перейти в разряд помещиков.

В захваченных портовых городах активно развивалась торговля, которая, после присоединения этих городов к России переживала буквально взрывной рост. Так, к середине 60-х гг. одних нидерландских кораблей приходило ежегодно от 200 до 300. Не считая английских (более 70 кораблей в год), ганзейских (из одного Любека около 70 кораблей в год), французских и пр. Возможность прямого, без посредников, торга привлекло внимание как и русских, так и европейских купцов. В отличие от торга в Холмогорах, где торговля была в основном сосредоточена в руках имевших привилегии англичан, в Ругодиве и Колывани все иноземные купцы были поставлены в равные условия. Попытки англичан добиться распространения своих привелегий и на балтийские порты не имела успеха. Результатом стал массовый наплыв как английских, так и французских, нидерландских и германских купцов, кипение деловой жизни и масштабное строительство в городах.

Зато сильно пострадали шведы, у которых рухнула приносящая им до этого большие доходы ''выборгская торговля'' — теперь как и русские, так и иноземные (включая собственно шведских) купцы предпочитали торговать в Ругодиве и Колывани. Особенно пострадала Финляндия, правитель которой, принц ЮханВаза для борьбы с "колываньско-ругодивским торгом" стал даже организовывать каперские экспедиции. Что, в свою очередь, вызвало недовольство в России и Дании, которая немало выиграла от оживления балтийской торговли, благодаря которой возросли сборы т.н. "Зундской пошлины" — платы взимаемой с каждого входящего в Балтийское море и выходящего оттуда корабля датским королем. В Москве даже стали подумывать о войне с Финляндией, но неожиданно шведский король Эрик заподозрив Юхана в измене, арестовал брата. А спустя некоторое время началась датско-шведская война, и шведское каперство временно утихло.

Рост внешней торговли сказался и на хозяйстве внутри страны. И до присоединения Прибалтики, русская знать, в отличие от европейской, не считала для себя зазорным заниматься торговлей. А уж после получения возможности вывозить продукцию своих имений ''за море'', их интерес в увеличению экспорта резко возрос. Но, поскольку, в отличие от той же европейской и польской аристократии, они не могли произвольно повышать четко зафиксированные в "послушных грамотах" повинности крестьян, то главным полем деятельности дворян в целью повышения собственных доходов становится расширение собственной запашки, заведение в своих усадьбах различных "художеств" (ремесленных мастерских и мануфактур — особенно кожевенных и текстильных) и участие в торговых компаниях (куда дворяне как правило вносили свой капитал, но сами, будучи занятые на "государевой службе", не участвовали). Русское правительство очень быстро оценило всю важность этого, тем более, что рост экспорта (особенно хлеба) увеличивал доходы казны. С целью стимулирования расширения дворянской запашки Иван IV даже пошел на ее частичное "обеление" — так, личная запашка дворян (но не земля находящаяся в обработке зависимых от них крестьян) на время прохождения ими "государевой службы" освобождалась от налогов сроком на пять лет, что привело к расширению дворянского приусадебного хозяйства и превращение его в русский вариант фольварков. Благодаря чему к концу XVI века, помимо хлеба и мехов главными предметами русского экспорта в Европу стали кожевенные изделия (в первую очередь юфть), и льняные ткани, а так же "хлебное вино" (водка), продажа за рубеж которого вскоре превратилась в один из наиболее прибыльных источников пополнения русской казны.

Кстати о водке. Поскольку из-за окончания войны в государстве не наблюдалось финансового дефицита, и не было необходимости изыскивать чрезвычайные средства для наполнения казны, все запретительные меры на производство, торговлю и потребления алкоголя с стране остались неизменными, благодаря чему уровень потребления алкоголя внутри страны продолжал быть (по удивленным отзывам иностранцев) весьма низким. Что, впрочем, не мешало развитию винокуренного производства (которое было государственной монополией), поскольку огромное количество произведенного алкоголя шло на экспорт (в Швецию, Данию, Литву и Польшу).

Однако рост экспорта, особенно хлеба, имел и отрицательную сторону — рост цен на продовольственные товары внутри страны, что, естественно, не могло не встревожить правительство, которое стало изыскивать способы повысить количество находящегося внутри страны товарного хлеба. Особое внимание привлекли крупные вотчинные хозяйства. Как показала практика, большую часть товарного хлеба производили общины черносошных крестьян и мелкие дворянские поместья. В то же время, крупные вотчины, будучи самодостаточными хозяйствами, не поставляли на рынок большого количества хлеба, тем самым тормозя дальнейшее развитие товарооборота в стране. Следствием чего стала разработка правительством ряда мер, направленных на сокращения крупного вотчинного хозяйства. Одним из первых и важнейших шагов в этом направлении стало новое уложение о княжеских вотчинах принятое 15 января 1562 года, запрещавшее землевладельцам продавать или дарить свои "старинные" родовые вотчины. Сделки подобного рода объявлялись незаконными. И главное — подвергались конфискации вымороченные вотчины. "Великие" вотчины, завещанныекнязем-вотчинником жене или отданное за дочерями и сестрами в приданое, отчуждались с известным вознаграждением, земельным и денежным. Даже ближайшие родственники по мужской линии (братья и племянники, исключая сыновей) могли наследовать старинные княжеские вотчины лишь по царскому указу.