Само русское правительство очень скоро по достоинству оценило свои новые владения, ставшие источником постоянного поступления драгоценной пушнины, и активизировала свои усилия по освоению данных земель. Для чего вербовались путем ''прибора'' ''охочих'' людей (добровольцев) в русских городах и из лиц самостоятельно приходивших в Сибирь служилые люди, из которых комплектовались гарнизоны сибирских крепостей. Другим, немаловажным контингентом колонистов стали военнопленные, особенно после подавления мятежа в Польше и Литве, когда несколько тысяч (включая членов их семей) захваченных в плен мятежников было выслано ''за Камень'', где оказавшись в окружении чужеродного и, подчас, враждебного им населения, где их единственной опорой была только царская власть, они поневоле стали верными проводниками русского влияния в этих местах. На конец 70-х пришлась еще одна волна поселенцев. Прекращение войны сделала ненужным довольно значительную массу т. н. ''служилых казаков'', которые по окончании боевых действий оказались не у дел. Держать их дальше в армии было накладно, распускать же на ''вольные хлеба'' опасно — выброшенное из рядов вооруженных сил большое количество вооруженных, привычных к войне и отвыкших от мирного труда людей могло серьезно дестабилизировать обстановку в стране. Поэтому правительство вместо их демобилизацииначало ''раскидывать'' казачьи отряды по всей стране. В том числе и в Сибирь, куда их заманивали льготными условиями службы.

Помимо направляемой государством колонизации, ежегодно разными путями в Сибирь пробирались сотни торговых и промышленных людей, преимущественного из поморских уездов, и расходились по Сибири в поисках ''угожих соболиных мест''. Среди них выделялись богатые торговые люди, московские гости, действовавшие обычно через своих приказчиков. Торговые люди везли в Сибирь для продажи ткани, обувь, кожи, железные и медные изделия, галантерею, бисер, олово, продовольственные товары и т. д., из Сибири же вывозили закупленную или вымененную пушнину. На свои средства они организовывали мелкие и крупные экспедиции из наемных людей (''покрученников'') на соболиные промыслы. Наряду с крупными торговыми людьми и их представителями в Сибирь шел мелкий промышленный люд, промышлявший на свои скромные средства или нанимавшийся в качестве ''покрученников'' к богатеям. В поисках пушнины, ''рыбьего зуба'' (моржовой кости) и других ценностей ватаги промышленных людей направлялись на новые места и открывали ''новые землицы''. Добывать меха разрешалось каждому, только не в угодьях ясачных и при уплате пошлины — ⅔ шкурок сдавалось в казну (ведь Сибирь считалась государевой вотчиной). И хотя часть этого промыслового населения уходила с добычей обратно в Россию, часть оседала в Сибири, поступала в гарнизонную службу, становилась крестьянами и сибирскими посадскими людьми.

Обратили внимание и на Мангазею. Поморы тут действовали ''самостийно'', основали в 1572 году поселение, торговали с местными и даже, как стало известно, ''дань с них имали на себя''. Правительство взяло этот пункт под контроль, в 1580 году сюда прибыл воевода Глухов, упорядочил ясачное обложение, а позднее был отстроен город и порт Мангазея.

Однако весной того же, 1578 года в худшую сторону изменилась ситуация в Поволжье, где во главе Большой Ногайской орды стал князь Урус, взявший курс на открытый разрыв с Москвой и с избранием которого ногайцы всех улусов вновь возобновили набеги на русские земли. Кроме того, ногайцы стали провоцировать на восстание проживающие в Казанской земле народы, где возникло недовольство русской властью. Русский гонец Кулват Алгазеев доносил из Орды: князь Урус ''на украину на мещерские места и на резанские, и в луговую черемису посылал татарина, что б черемиса с Урусом князем за один с Государем завоевалися''. Поскольку, из-за военных расходов русское правительство было вынуждено поднять размер ясака с тамошнего населения, то призывы Уруса пали на благодатную почву. И в конце апреля 1581 года ногайцы (численностью до 25 тыс. чел.) начали массированное вторжение на русские земли, стремясь поддержать разгоревшееся восстание черемисов. В ответ в Москве был принят ''приговор'', по которому казаки получили приказ устроить засаду на переправах и разгромить ногайцев, которые будут возвращаться с Руси с ''полоном''. Казакам надлежало закрепиться на волжских переправах и помешать ногайцам переходить с берега на берег. Фактически царь предоставил казакам свободу действий, чем те и воспользовались, атаковав практически беззащитные из-за ухода большей части боеспособных мужчин ногайские станы и спалили столицу Ногайской Орды — город Сарайчик. После чего часть из них осела на реке Яик, положив начало Яицкому казачьему войску.

Осенью подняли восстание ''луговая черемиса''. Попытка чебоксарского и свияжского гарнизонов подавить восстание своими силами потерпели неудачу. Не смотря на то, что в помощь посланной в середине апреля на Волгу воевать против ногайцев флотилии Ф. М. Лобанова-Ростовского7 октября 1581 года были отправлены полки во главе с князем И. М. Елецким, а 10 декабря против ''горной черемисы'' — князя И. М. Воротынского и князя Д. И. Хворостинина, к восстанию присоединились татары, удмурты, чуваши и башкиры. Отряды восставших начали нападения на русские территории. Повстанцы, "пришедши на пределы Российского государства, якоже и прежде, пленующе намнозе", — писал летописец. Отряды повстанцев угрожали Хлынову, ими были сожжены деревни всего в трёх верстах от города. Дозорная книга дворцовых сёл и деревень по Нижегородской земле за 1588 год сообщает, что в 14 сёлах, 116 деревнях и 70 пустошах на 1044 жилых крестьянских двора приходилось 616 пустых и мест дворовых, "а дворы пожгла черемиса". Успехи повстанцев были настолько ощутимыми, что в разрядных книгах вновь появился подзабытый термин "казанские украйны". Обеспокоенное правительство вынужденно было принимать меры . Еще в 1575 году на Переволоке между Волгой и Доном по указу царя был основан город Царицын, а 1576 году построена крепость Самара. А после начала ''черемисского мятежа'' и вторжения ногайцев, для укрепления позиций в Черемисском крае принимается крупномасштабный план сооружения системы городов-крепостей в Поволжье, где поселяли ''служилых людей'', при этом местному, нерусскому, населению запрещалось селиться в районе этих укреплений в радиусе пяти верст от городской стены.

Опираясь на часть оставшегося верным местного населения весной 1582 года ''плавные'' русские рати заняли переправы по Волге, Каме и Вятке и к весне 1583 года восстание на Горной стороне было подавлено. В то же время восстание ''луговых черемисов'' продолжалось. Они не только оборонялись, но и сами совершали дерзкие набеги. В Галицком летописце сообщается о появлении отрядов черемис на правом притоке Унжи р. Виге в Костромской земле. 14 апреля 1583 года на Волгу была направленна ''плавная'' рать из трёх полков для блокады речных путей и переправ. Тогда же был построен еще один город в марийском крае — крепость Козмодемьянск, призванный взять под контроль Волгу и населённую черемисами территорию. Летом в новом городе было сосредоточено войско, которое совершило карательный поход против луговых черемисов. Летопись сообщает, что "тогда Луговую сторону воевали и многие улусы по Луговой стороне разорили... и татар и черемисы побили много." Однако и русские понесли потери, были ранены даже воеводы Ф. Янов и П. Пивов.

Зимой 1583-84 гг. "воевать луговую черемису" было отправлено войско из пяти полков. Повстанцы отчаянно сопротивлялись, но постепенно русские восстанавливали контроль над территорией ''замиряя'' мятежные уезды. И к концу 1584 года восстание было окончательно подавлено.

В целом, в 1570-х — начале 1580-х годов в России продолжается дальнейшее развитие ремесла, совершенствование техники, орудий производства и навыков мастеров. Как и в реальной истории, усилилось развитие как в городе, так и в деревне мелкого товарного производства. Все с большей отчетливостью выделяются районы, специализирующиеся на производстве тех или иных предметов. Развивается металлургическая промышленность. Еще во время войны в Ливонии, когда Священная Римская империя объявила России торговую блокаду, Иван IV обратил внимание на необходимость снижения зависимости страны от ввозного железа и изделий. В традиционных центрах кузнечного ремесла и добычи железа — Туле, Устюжне, Ладоге — организуются ''белые'' (освобожденные от податей) Кузнецкие слободы (позднее называвшиеся также Оружейными), обязанные выполнять государственный заказ (но в остальное время работают на себя и сами сбывают свои изделия). Выплавлять железо для государевых ''белых'' слобод обязаны вместо государева оброка местные черносошные крестьянские волости. Кроме того, недалеко от Тулы, вблизи Дедиловского месторождения бурых железняков, в середине 70-х годов с помощью вывезенных из Нидерландов специалистов были построены Городищенские (Тульские) доменные и железоделательные вододействующие заводы, на которых производились в основном пушки, пищали, ядра, выделывалось прутковое и связное железо.

Ввод в эксплуатацию Городищенских заводов послужил началом строительства ряда других металлургических предприятий в России. В течение второй половины XVI века были построены две плавильни (''домны'') на Олонецких заводах и по одной плавильне на Поротовском, Угодском (Калужский уезд), Вепрейском (Алексинский уезд) и Павловском (Подмосковье, вблизи г. Можайска) заводах.

Во время ливонской войны происходит вывод многих немецких ремесленников с семьями и пожитками из завоеванных городов Ливонии в Москву и другие русские города, где мастерам не развитых на Руси ремесел предоставлялись не только выгодные казенные заказы, но и освобождение от налогов при условии обучать определенное количество русских учеников. Привлекаются по найму так же многочисленные мастера из Швеции, Германии и Нидерландов, которым после подчинения Ливонии ничто не препятствует прибывать в Россию.

Впрочем главной проблемой производства вооружений и пороха остается отсутствие на Руси собственных месторождений меди (будут обнаружены несколько позднее). Пока приходится закупать ее в Германии и Англии. Расцветает железоделательная промышленность Устюжны (получившей даже название Устюжна Железная). Железо производилось также в Новгородском районе, Тихвине, Белозерском крае, Карелии, Ижорской земле. Так, согласно Писцовой книге Водской пятины конца XVI века в 3-х уездах — Ямском, Копорском, Ореховецком — зарегистрировано до 215 домниц, в каждой из которой за сезон (с декабря по апрель) выплавлялось от 1.5 до 3 тонн металла.

По окончании войны с Османской империей, по результатам первых столкновений русской судовой рати с турками, было принято решение о создании галерной флотилии в Азове. В основанном в 1575 году городе Воронеже была заложена верфь, на которой под руководством нанятых в Европе (в первую очередь в Венеции) мастеров началось строительство галер. Уже тогда русским пришлось самим организовать производство канатов и парусины, что и было сделано. Под руководством нидерландцев возникает канатная мануфактура — в Вологде, традиционном районе производства пеньки, и мануфактура по производству парусины в Вязьме.

В это время появились еще более важные соображения на счет торговли с Персией, которая была вынуждена большую часть своего шелка продавать европейским купцам транзитом через Османскую империю. Чем пользовались турецкие султаны, установившие государственную монополию на торговлю персидским шелком, и бравшие пошлину в размере 100% стоимости купленного товара. Как писал в XVII веке член шведского посольства Кильбургер: "шах очень неохотно видит, что ежегодно идет караванами в Алеппо через Турцию еще значительное количество [шелка], которое потом продается из Смирны, Триполя, Александретты и других мест в Италию и Францию, ввиду того, что наибольший его враг — турок — извлекает из этого такую большую пользу и этим увеличивает свою казну; он потому тем более и старается отвлечь эту торговлю и всецело направить ее в Россию''.

Торговые связи с Ираном были установлены сразу же по завоевании Астрахани. Русские товары, экспортируемые в Иран — пенька, смола, юфть, сало и меха — составляли монополию казны. Казенные же монополии традиционно сдавались московским правительством на откуп группе богатейших московских купцов — гостям. Гости должны были вернуть в казну установленную правительством цену товара, за что отвечали своим имуществом. Все что им удавалось взять сверх того, составляло их прибыль. Поскольку в некоторых случаях один купец подобный откуп потянуть не мог, гости умели работать группами, объединяя свои капиталы. Именно они и произвели первые закупки шелка в Иране еще до установления монополии.

В 1563 году персидский посол в Москве предложил государю закупать у шахской казны иранский монопольный шелк и продавать его на запад. В гавани Низабат между Баку и Дербентом была основана русская фактория. Оттуда шелк вывозился Каспием в Астрахань. Поскольку вверх по Волге приходилось в ряде мест идти "бечевой", караваны сопровождались военными конвоями — как стрельцами, размещенными на судах, так и шедшими берегом отрядами конницы. За лето речными путями товар перевозился в Балтийские гавани, откуда торговая флотилия, конвоируемая русскими военными кораблями, отплывала к берегам Франции и Нидерландов. Но русские купцы не ограничиваются шелком — в обратную сторону, в Иран, она экспортирует продукцию русской железоделательной промышленности, выделанные кожи, предметы вооружения, в том числе огнестрельное оружие, весьма редкое на Востоке, а так же реэкспортирует в Иран западноевропейские товары, закупаемые на европейских рынках — в первую очередь английские и фламандские сукна, а так же бумагу, стекло и цветные металлы — олово, медь, свинец. Из Ирана купцы кроме шелка ввозят так же многие виды готовых тканей — шелковых (камка, тафта, атлас, бархат и др.) и хлопчатобумажных (бязь, пестрорядь), ковры, хлопок, пряности, изюм, чернослив, миндаль и сахар, рис, москательные товары (краски, камедь, квасцы), нефть, употреблявшуюся на Руси главным образом в качестве растворителя в живописной технике, ладан, мыло, и наконец драгоценные камни и жемчуг, которые сдаются в казну государеву.

На северо-западе активность развивает новгородско-псковское купечество. Новгородская земля в торгово-промышленном отношении в то время продолжала оставаться наиболее развитой областью России, и новгородцы и ранее вели обширную торговлю на экспорт, но вынуждены были продавать товары ливонским купцам. Новгородцы сразу же включились в торговлю с иноземцами через Ругодив и Колывань. В 1567 году по челобитью новгородских купцов им было позволено вывозить свои товары за рубеж на государевых кораблях. Новгородцы вывозят в основном лен, пеньку и воск, которые, составляя казенную монополию, продаются новгородцами "в доле" с казной, а из готовых изделий — парусину, канаты и канатную пряжу, кожи и кожевенные изделия. Строго подлежат вывозу на государевых кораблях только монопольные товары, остальные иноземцы имеют право закупать на месте. На северо-западе это в основном продукты промыслов — лес, деготь, смола, вар, зола, поташ, мед. На поморском севере англичане и нидерландцы закупают в большом количестве продукты морского промысла и рыболовства: моржовую кость, ворвань, акулий и тресковый жир, кожи морских животных, икру, рыбу ценных сортов — треску, палтус, семгу. За границу направлялись так же мачтовый лес, алебастр и слюда.