Головою нової держави, а також командувачем її війська був гетьман. Він керував козацькими землями за допомогою генеральної старшини, до якої належали генеральний писар, генеральний обозний, генеральний суддя та інші. Військова демократія ранніх козацьких часів, що також мала життєво важливе значення в перші місяці повстання, відходила в минуле. Чорні ради, у яких міг брати участь кожен козак, поступилися місцем старшинським радам полковників та членів генеральної старшини, де вирішувалися найбільш важливі питання. Оскільки повстання проти системи латифундій зруйнувало стару економіку, її провідні гравці — шляхтичі та євреї — були або вбиті, або вигнані геть, або перейшли на бік повсталих, а селяни оголосили себе козаками й відмовилися працювати на полях старої знаті, нова держава поповнювала свою скарбницю за допомогою воєнних трофеїв, митних зборів та податку на млини.
Стара адміністративна система теоретично залишалася, зокрема й посада київського воєводи, що перейшла до православних, але насправді всім керував козацький гетьман, який навіть не інформував короля про свої дії. У районах, що були під їхнім контролем, козаки запровадили адміністративну систему, що базувалася на їхньому прикордонному досвіді та військовому типі соціальної організації й перебувала під впливом військово-адміністративних моделей Османської імперії. Вони поділили територію Гетьманщини на полки, очолювані полковниками, які відповідали за адміністративні, судові та фіскальні органи кожного полку, проте передусім за їхню військову організацію. Кожен із полків, названий за іменем головного міста, повинен був утворювати козацький військовий підрозділ у бойовій готовності. Те саме поєднання військової, адміністративної та судової влади в одних руках було запроваджено й на рівні менших міст і сіл. Ними керували козацькі сотники, яким доручалося зібрати підрозділ («сотню») на час війни.
Союз із кримськими татарами зробив можливими козацькі перемоги в перші два роки війни. Цей альянс природно скерував погляди Хмельницького в бік геополітичного простору Османської імперії, що мала низку васальних держав у Північному Причорномор’ї. До них належали Крим, Молдова, Волощина (частина нинішньої Румунії), і їхні стосунки зі Стамбулом являли для Хмельницького модель здобуття незалежності від короля, що дозволяла не відмовлятися від козацької державності, здобутої ціною важких зусиль. Козацька Україна була готова приєднатися до інших османських васалів як протекторат султана, що було основною темою переговорів, які вів Хмельницький зі Стамбулом навесні та влітку 1651 року. Готуючись до нового потужного протистояння з Річчю Посполитою, він навіть підписав документ про визнання сюзеренітету султана.
В обмін на це Хмельницький зажадав негайного захисту — щоб османські війська увійшли на територію країни й атакували польську армію, як це було під Цецорою 1620 року та під Хотином 1621-го. Але турки були зайняті в морських битвах із венеціанцями. Замість того щоб посилати власне військо, радники 9-річного султана Мехмеда IV наказали кримському хану забезпечити Хмельницькому військову підтримку. Це було не те, чого хотів гетьман: кримці вели власну гру, намагаючись підтримувати конфлікт у регіоні якомога довше, щоб запобігти вирішальній перемозі козаків над силами Речі Посполитої. Так було у випадку зі Зборовом 1649 року, коли хан повів мирні переговори з королем замість того, щоб допомогти Хмельницькому розгромити польську армію. Подібна ситуація могла легко повторитися.
І вона таки повторилася — в обставинах, найгірших з усіх можливих. Улітку 1651 року, у битві під Берестечком на Волині, кримські татари покинули поле бою саме в розпал битви, що призвело до оточення та знищення ядра козацького війська. Хмельницький, який відступив разом із ханом, став заручником свого союзника, поки не звільнився, щоб реорганізувати свою оборону й не допустити повного знищення козацької державності. Його залежність від кримських татар закінчилася катастрофою. Восени 1651 року Хмельницький підписав новий договір з Річчю Посполитою. Козацький реєстр скорочувався вдвічі — до 20 тисяч вояків, територія козацької держави обмежувалася Київським воєводством, а Брацлавське та Чернігівське поверталися під юрисдикцію Речі Посполитої. Оскільки ця умова не була виконана, нова війна була явно не за горами.
Козацька держава потребувала нових союзників. Особливу увагу Хмельницький зосередив на Молдовському князівстві, яке, хоч і було васальною державою Османської імперії, зазвичай балансувало між Стамбулом та Варшавою. 1650 року козацький гетьман змусив Молдавію до офіційного союзу, відправивши туди козацьке військо й домігшись від молдавського правителя Василє Лупу згоди на шлюб між його дочкою Розандою та сином гетьмана Тимошем. Після поразки козаків під Берестечком Лупу безуспішно намагався виплутатися з цієї домовленості. 1652 року Хмельницький знову послав тисячі козацьких «сватів» до Молдавії. На своєму шляху вони успішно розгромили велику польську армію в битві під Батогом, а потім відзначили весілля Тимоша та Розанди при дворі Василє Лупу. У такий спосіб Хмельницький потрапив до вибраного клубу міжнародно визнаних правителів.
Але досягнення від альянсів Хмельницького з турками та їхніми васалами мали свою межу. Це стало болісно очевидним восени 1653 року, коли козаки вступили в ще одну битву з польською армією біля містечка Жванець на Поділлі. Кримські татари знову були на боці козаків і знову утримали їх від перемоги. Битва завершилася саме так, як хотів кримський хан — без вирішального результату. Польське королівство та козацька Гетьманщина повернулися до угоди, досягнутої в Зборові: козацький реєстр на 40 тисяч та 3 воєводства під контролем козаків. Усі розуміли, що це ще один режим припинення вогню, а не істотний компроміс чи міцний мир. Козаки хотіли володіти Україною і частиною Білорусі, у той час як король і особливо сейм були проти визнання їхньої влади навіть у трьох східних воєводствах, якими вони вже й так керували.
Хмельницькому та козацькій державі довелося шукати інших союзників. Компроміс із владою Речі Посполитої виявився неможливим, а вистояти наодинці з таким потужним ворогом козаки не могли. Кримці дозволяли їм лише витримати натиск поляків, але не розгромити їх. Турки були не готові вводити в бій свою армію, а молдовський союз став для Хмельницького особистою трагедією. У вересні 1653 року його старший син, 21-річний Тиміш, загинув, захищаючи фортецю Сучава (у сучасній Румунії) від об’єднаних військ Волощини і Трансільванії, чиї правителі були невдоволені союзом Хмельницького й Лупу. Наприкінці грудня 1653 року Хмельницький поховав свого сина на власному хуторі Суботів поблизу Чигирина. Поховання відбулося в недавно побудованому храмі Святого Іллі, що був зразком барокової архітектури в козацьких степах. Він зберігся до наших днів і зображений на українських банкнотах. Зі смертю Тимоша згасли й плани гетьмана, який уже старів, інтегрувати свою країну в політичний простір Османської імперії.
Поворотний момент в інтернаціоналізації повстання настав 8 січня 1654 року в місті Переяславі. Цього дня Хмельницький та поспіхом зібрана група козацької старшини присягнули на вірність новому сюзерену Україну — московському царю Олексію Романову. Розпочалася довга та складна історія російсько-українських відносин. 1954 року в Радянському Союзі відбулося бучне святкування «возз’єднання» України та Росії. Малося на увазі, що вся Україна в Переяславі вирішила возз’єднатися з Росією та прийняти суверенітет царя. Насправді ж те, що сталося в Переяславі 1654 року, не було ані возз’єднанням України з Московською державою (перейменованою на Росію Петром І), ані злукою двох «братніх народів», як про це говорили радянські історики. Ніхто в тогочасних Переяславі чи Москві не думав і не говорив такими етнічними термінами.
Промова Богдана Хмельницького на раді козацької старшини, переказ якої зберігся у документах московського посольства, дає деяке уявлення про те, як український гетьман подав та пояснив свої дії: «Тому зібрали ми сьогодні раду явну всьому народові, щоб ви з нами обрали собі володаря з чотирьох, кого ви хочете. Перший є турецький цар, який багато разів через своїх послів закликав нас під своє володіння; другий — кримський хан; третій — польський король, який, якщо самі захочемо, і тепер ще нас до давньої ласки може прийняти; четвертий є православний государ Великої Росії, цар і великий князь, Олексій Михайлович, самодержець усієї Русі східної, якого ми вже шість років безперестанними моліннями нашими собі просимо — тут котрого хочете, вибирайте»[17].
Безумовно, Хмельницький грав у демократію. Вибір уже було зроблено: він та козацька старшина прийняли рішення на користь царя. Згідно з доповіддю послів, гетьман агітував за це рішення, звертаючись до православної солідарності своїх слухачів. Учасники ради погодилися мати «східного» православного царя своїм правителем.
Це був ще один релігійно вмотивований політичний союз часів Реформації та Контрреформації: Тридцятирічна війна, у якій країни Європи розділилися переважно на основі релігійних поглядів, завершилася лише 5 років тому. На сході Європи релігійна війна тільки починалася. Недолуго було б у дусі міфа про «воз’єднаннчя» звинувачувати московські еліти чи козацьких старшин у тому, що вони не вважали одне одного братами й членами одного народу. Обидві сторони потребували перекладачів, щоб зрозуміти одна одну, і листи Хмельницького до царя, що збереглися в російських архівах, здебільшого є у перекладах, виконаних такими перекладачами. Традиція Київської Русі, представлена історичною пам’яттю та віросповіданням, існувала й тоді, але вона була втілена лише в кількох рукописних хроніках.
Чотири століття існування в різних політичних умовах, під управлінням різних держав, зміцнили давні мовні та культурні відмінності, що відділяли майбутні Україну та Білорусь від майбутньої Росії. Ці відмінності в політичній культурі вийшли на перший план, коли Хмельницький та козацькі полковники хотіли обговорити з московським послом Василем Бутурліним умови майбутньої угоди; той сказав їм, що цар ставитиметься до них краще, ніж король, але відмовився вести переговори. Хмельницький заперечив, сказавши, що вони звикли вести переговори з королем та його представниками, але Бутурлін відповів, що польського короля, який є виборним монархом, не можна прирівнювати до російського царя, чия влада є спадковою. Він також відмовився присягнути щодо щедрих обіцянок, розданих козакам: цар, сказав Бутурлін, не присягає своїм підданим. Хмельницький, який потребував московських військ якнайшвидше, погодився присягнути на вірність цареві без присяги у відповідь.
Козаки вважали Переяславську угоду контрактом, що має зв’язувати обов’язками обидві сторони. З боку Хмельницького, він та його держава потрапляли під протекторат царської влади. Вони обіцяли відданість та військову службу в обмін на захист, пропонований Московською державою. Цар, однак, сприймав козаків як нових підданих, щодо яких він не матиме жодних зобов’язань після того, як надасть їм певні права та привілеї. Що ж стосувалося його прав на нову територію, то він мислив династичними категоріями. Він та його двір перебирали під свій контроль міста Київ, Переяслав та Чернігів, які цар сприймав як свою вотчину, успадковану від Рюриковичів. Те, що нова династія була Романових, а не Рюриковичів, загубилося в пилу переговорів.
