Ахіллесовою п’ятою в обороні прикордоння ВКЛ була відсутність суцільної лінії укріплень із засік, ровів і валів (такими укріпленнями захищало свої володіння на півдні ВКМ). Міста-фортеці на українських землях забезпечували спокій тільки для навколишнього населення, але вони не могли зупинити рух татарсько-турецької кінноти вглиб країни.
Незважаючи на нечисленність, розкиданість і не завжди відповідний тривожному часу стан укріплень, ці міста-фортеці все ж залишалися найбільш надійним захистом для навколишнього населення, особливо на території Київського воєводства й Подільської землі. Стан укріплень і озброєння українських міст-фортець в історіографії, як правило, піддавався нищівній критиці. Причина цього полягала в тому, що вчені складали своє уявлення про замки на основі їхніх люстрацій 1545—1552 рр. Дійсно, вивчаючи ці люстрації, не можна не погодитися з думкою про вкрай поганий стан укріплень замків та їхнього озброєння. У досліджуваний період ми маємо декілька скарг Сигізмунда I і київського воєводи пана Андрія Немировича на незадовільний стан фортифікації київського замку.
Якщо фортечні мури були найбільш ефективним засобом оборони від нападів степовиків, то використання річкового флоту стало найбільш ефективним засобом нападу українських прикордонників на кримські улуси. Уже перші контрнапади українського населення на володіння кримців здійснювалися на човнах. Знаменно, що на першу декаду XVI ст. дії дніпровської флотилії досягли такого розмаху і сили, що хан був змушений прийняти план блокування річки за допомогою ланцюгів. Але це не могло зупинити українських прикордонників. Походи 1519, 1523, 1524, 1529, 1532 рр. продемонстрували безсилля кримців перед цією зброєю. У той же час у ВКЛ з’явилися проекти щодо встановлення флотилії на постійне державне утримання. І хоча ці плани залишилися на папері, українське населення самостійно розвивало цей засіб оборони. Сучасники у 1540-х рр. описують напади на татар по Дніпру як звичайне явище.
Будувалися човни в українських містах, розташованих на Дніпрі. 1529 р. Сигізмунд І згадує «людей челнових… з усіх міст і волостей українних». Часу на створення флоту було замало. Наприклад, у листопаді 1528 р. Іслям Ґерай звернувся до Вільно по допомогу, а вже наступного року, як «скоро ріки пустили», до нього підійшли литовські вояки на човнах. Озброєння екіпажів човнів складалося з гаківниць, ручниць та інших «бронів».
Прийоми використання дніпровської флотилії включали й напади на кочовиків під час переправи тих через річку, блокування переправ (у 1524 р. українські козаки «тижден через Дніпро (татар) не пропускали»), висадку на ворожі території з метою атаки татарських улусів і фортець, а також захоплення татарських і турецьких кораблів. Крім цього, флот міг бути використаний і для деблокади власних міст, як це мало місце у 1532 р. У тому році татарсько-турецьке військо, кероване ханом Саадет Ґераєм І, намагалося захопити Черкаси, але підхід воєнної флотилії по Дніпру з Києва змусив нападників відступити. Правду кажучи, у Кіркорі теж добре розуміли вигоду від використання флоту на Дніпрі. Але економічні можливості ханату були для цього занадто обмеженими. Тому правителі Криму не один раз намагалися залучити на свій бік турецькі або московські судна, щоправда, безуспішно.
Отже, можна констатувати, що у XVI ст. основною воєнною силою були загони шляхти, міщан і козаків. Розташування на Київщині, Волині й Поділлі найманих військ мало періодичний характер, а їхня невелика чисельність не відповідала потребам часу. Несення сторожової служби покладалося на різні стани українського населення. Головними недоліками цього була слабка координація дій сторожових постів і сезонний характер польової сторожі. Що ж до якості вояків, то найкращу характеристику їм дав Михалон Литвин: «(Мешканці Київщини) за короткий час стають такими сильними, що можуть кулаком валити ведмедів і зубрів. Звикнувши до життєвих негараздів, вони стають досить відважними. Тому там дуже легко набрати багато добрих вояків».
Таким чином, бачимо, яку строкату картину являли собою збройні сили України, де старе мало уживатися з новим. Насправді точно такі самі явища і процеси відбувалися в усіх частинах Європи. На прикладі шляхетських застав бачимо, як здійснювалися спроби прилаштувати систему, що вже відмирала, до нових реалій. Нові набори рот багато в чому ще базувалися на старому феодальному праві. У будь-якому випадку командувати таким військом було надзвичайно важкою справою, проте інших сил в державі не було, і тому полководцям доводилося знаходити вихід із ситуації. Наприклад, князь І. К. Острозький провів кілька реформ. Так, користуючись своєю владою на Волині й Поділлі, він саме місцеві полки перетворив на навчену і повністю підконтрольну йому силу. Крім того, за рахунок близьких відносин з панством Київського воєводства, передусім з такими відомими прикордонниками, як Семен Полозович, Андрій Немирович й Остафій Дашкович, князь Острозький зміг налагодити цілісну систему оборони на півдні. Є всі підстави стверджувати, що й діяльність українського козацтва йшла багато в чому під його контролем.
Військо Великого князівства Литовського
Основною військовою силою Великого князівства Литовського була «земська служба», тобто ополчення військового стану, принципи якої були запозичені у довгий час головного ворога Литви — Німецького ордену. На заклик великого князя аристократія Литви й Русі була зобов’язана виступити в похід кінно, збройно та із власним загоном, кількість вояків у якому визначалося залежно від земельних володінь бояр.
Земська служба була організована за територіальним принципом. Намісник вищої адміністративної одиниці (з XV ст. він звався воєводою) стояв на чолі земської служби підлеглої йому території. Організаційно-тактичними одиницями земської служби були корогви. Переважали корогви, що формувалися за територіальним принципом, у кожній із земель, що входили до складу Великого князівства Литовського, які очолювали повітові хорунжі. Існували також корогви, які збирали великі можновладці та княжата. Ці пани, що служили окремо від повітових корогов на чолі власних підрозділів, називалися короговними панами.
На відміну від Польського королівства, шляхетське ополчення у Великому князівстві не було на початку XVI ст. настільки зачеплене кризою. Набагато сильніша порівняно з Польщею влада литовського монарха уможливлювала більш ефективне виконання військового обов’язку. На відміну від Польщі, обсяг виконання служби був тісно пов’язаний із розміром земельної власності (кількістю підвладних «служб» чи господарств (дворів), причому норми ці надзвичайно нагадували такі, що діяли під владою Німецького ордену.
У Великому князівстві існували (на відміну від Польщі) докладні реєстри всіх князів і бояр, що вказували розмір загону земської служби, яку вони були зобов’язані забезпечити. У 1528 р. земська служба Великого князівства налічувала 19 858 «коней», тобто важкоозброєних вершників (треба зауважити, що у цьому переписі вказано не всі повіти; крім того, частина «коней» могла не належати до важкої кінноти). Відповідно до кількості «служб» (дворів чи господарств) у власності боярина були пани, князі чи бояри, що виходили до служби з кількома сотнями або десятками воїнів, інші лише з декількома вершниками або навіть поодинці. Деякі збіднілі пани мусили навіть складатися вдвох чи втрьох для відправлення одного вершника.
Коли військо складалося лише із земської служби, ним командував великий князь, але оскільки великий князь був часто в той же час і королем польським, то бувало так, що він перебував у Польщі в той час, коли потрібно було вести військо у бій. Тоді великий князь призначав тимчасовим головнокомандувачем когось із великих бояр. Це рішення не завжди йшло на користь справі через суперництво командувачів окремих корогов.
У Великому князівстві також було відомо про «виправу з добр і міст», коли великі землевласники повинні були спорядити військовий відділ відповідно до розмірів свого маєтку. У випадку скликання такого ополчення власники місцевостей не були зобов’язані брати особисто участь у поході, але на них покладався обов’язок облаштування власним рахунком окресленої кількості озброєних вояків. Оскільки часто накази про таке ополчення не уточнювали, як саме мають ці вояки бути озброєні, то бояри, що мали забезпечити такий загін, нерідко прагнули мінімізувати власні видатки на його озброєння, що негативно впливало на якість війська. Після введення постійної посади гетьмана вдалося забезпечити пристойний рівень підготовки військ.
Треба сказати, що не ясно, чи був у Великому князівстві формальний (як у сусідній Польщі) поділ на посполите рушення (expeditio generalis) і «виправу з добр і міст». Схоже, що основним способом організації війська була саме земська служба, а землевласник особисто не брав участі у поході лише у виняткових випадках, як-от у випадку старості, чи хвороби, чи коли маєток знаходився у володінні удови або духовних осіб.
На початку XVI ст. у Великому князівстві уряд зробив кроки щодо регламентування військової служби загальнодержавними актами, на відміну від традиції. У 1502 р. на сеймі у Новогрудку «король его милось Александр с прелаты и Паны-Радами своими то был установил, иж кожный князь и пан, и дворянин, и земянин мел з именя своего з десяти служб пахолка у зброи на кони з древцем выправити…». Така рознарядка повторювала привілей, виданий Олександром 1492 р., коли він іще не був польським королем, а лише великим князем литовським. На Віленському сеймі 1512 р. великий князь Сигізмунд запропонував схожий норматив, але вже не з десяти служб, а з десяти димів, а «естли бы то всим вашой милости виделося трудно, ино бы з десяти служб два молодцы — конно, збройно».
У Великому князівстві подеколи вдавалися й до скликання загального ополчення, коли до зброї закликали все доросле чоловіче населення краю. Це була знаменита «Погоня», що згадується ще у привілеї Ягайла 1387 р. «Pogonia vulgo dictum», у якій мали брати участь не лише шляхта (non solum armigeri), але всі чоловіки, що здатні носити зброю. Проте таке траплялося рідко. Погоня була скоріше не стільки військом у повному значенні слова, скільки способом організації мирного населення для оборони краю. Її завдання були надзвичайно вузько окреслені як переслідування ворога, що втікає. Крім того, бояри побоювалися озброювати простий люд, тож до загальної Погоні доходило нечасто, і в окреслюваний період великі князі за потреби обмежувалися або частковою мобілізацією чоловічого населення, або притягненням до війська мирного люду поза рамками Погоні у вузьких технічно-допоміжних функціях. На початок XVI ст. Погоня перетворилася на старовинну й майже забуту традицію.
Треба зауважити, що на татарському порубіжжі, що було слабо залюднене, шляхти, що мала виступати земською службою, було небагато. Так, на Київщині у третій чверті XVI ст., коли вже почався процес реколонізації Степу, було усього лише 193 шляхетських сім’ї. На Волині ж шляхта виставляла, за переписом 1528 р., 789 «коней» (кінних бійців). Ще 834 «коні» виставляли волинські магнати, із яких наймогутніший, князь Костянтин Острозький, виставляв 426 «коней». Для розуміння контексту нагадаємо, що усього Велике князівство за переписом 1528 р. виставляло 19 858 «коней» (за мінімальною оцінкою насправді незначно більше).