Пожалуй, наиболее влиятельным лицом в Государственном совете был боярин Никита Романович Юрьев. Он, как и И. Ф. Мстиславский, тоже был ''в возрасте'', служил при дворе около 40 лет. Первая его жена была внучкой Д. В. Ховрина, а вторая — дочерью князя А. Б. Горбатого. Дети Никиты Романовича с их мужьями и женами составляли сплоченный клан. Так, второй сын Никиты — Александр женат на дочери князя И. Ю. Голицына; дочь Анна была замужем за князем И. Ф. Троекуровым; Ефимия — за князем И. В. Сицким; Марфа — за служилым князем Б. К. Черкасским; племянница Фетинья — за князем Ф. Д. Шестуновым. Через Троекурова Юрьевы состояли в родстве с Шереметьевыми (отец И. Ф. Троекурова был шурином И. В. Шереметьева). Известно также, что ''Федор Романович и князь Иван Сицкий и князь Александр Репнин меж собой братья и великие други''. К старинной знати принадлежали и свойственники бояре князь В. Ю. Голицын и князь П. И. Татев (Голицын был женат на дочери князя Ф. И. Татева). Примыкал к этой группе и окольничий Ф. В. Шереметьев. Несколько особняком держались князья Шуйские, связанные родством с Григорием (Малютой) Скуратовым-Бельским и опричной службой, хотя боярин князь В. Ф. Скопин-Шуйский женат был на дочери П. И. Татева.

Разнородной коалиции земских княжат и бояр противостояла группировка ''Двора'', включавшая в себя Григория Скуратова, назначенного опекуном Дмитрия, оружничего Богдана Бельского, боярина Д. И. Годунова, окольничего С. В. Годунова, боярина Б. Ю. Сабурова, окольничего Федора Нагого и его брата, главы Посольского приказа Афанасия Нагого. Поддерживал их опричный боярин князь Ф. М. Трубецкой, окольничий князь Дмитрий и дворецкий князь Фёдор Хворостинины, служившие ранее в опричном войске. Кроме того к ним примыкали поступившие на службу русскому царю князья — выходцы из бывшего Великого княжества Литовского, которые не смотря на всю свою знатность и богатства оказались на самом конце русского местнического списка. Их в окружении Дмитрия представляли молодые князья Константин и Адам Вишневецкие.

Не было единодушия и в административном аппарате государства. Влиятельные дьяки Андрей и Василий Щелкаловы, а также казначей П. И. Головин поддерживали кандидатуру Фёдора, а дворцовый аппарат — Дмитрия. По сути, линия противостояния проходила не по вопросу большей легитимности того или другого претендента, сколько по вопросу дальнейшей политики новой власти. Многие представители знати связывали со смертью царя надежды на изменение внутренней политики, расформирования ''Двора'', и возвращения к ''старому порядку''. Дмитрий и его окружение, в котором на первых ролях были представители ''худородных'' фамилий, олицетворял собой сохранения прежней ''опричной'' политики. В то же время, как воцарение слабовольного Фёдора делало бы возможным реванш старой родовитой аристократии. Сложившаяся ситуация вызывала смятение в Кремле, где не были уверены в том, что высшая знать пойдет на признание в Дмитрии царя. По степени влияния безусловно лидировала ''земщина'', которая имела достаточно оснований, чтобы после смерти Ивана IV укрепить свои позиции. Но реальное соотношение сил определялось не столько формальными данными, сколько активными действиями. А в этом ''земщина'' явно уступала ''двору''. К тому же в момент смерти Ивана IV в Москве не было нескольких бояр, в их числе трех Шуйских (Иван Петрович находился в Вильно, В. Ф. Скопин — на наместничестве в Новгороде, В. И. Шуйский — в Смоленске). Кроме того, преклонный возраст Мстиславского не давал ему возможности выступить с большой энергией.

Сразу же после смерти Ивана IV, когда все находящиеся в столице члены Государственного совета собрались у постели покойного царя, дворцовые стрельцы подчинявшиеся Богдану Бельскому заперли Кремль и отказались выпускать из него кого либо. Одновременно с этим Григорий Скуратов потребовал от собравшихся немедленно принести присягу Дмитрию. Оказавшийся в безвыходной ситуации Государственный совет в эту же ночь присягнул на верность новому царю и только после этого всех отпустили по домам. Несколько сложнее было с сидящим в Польше царевичем Федором Ивановичем. Сам Федор, как уже указывалось, к власти не стремился. И воспринял коронацию своего брата даже с облегчением. Но действующее тогда на Руси понятие ''старшинства'' с трудом воспринимало мысль о том, что третий царский сын внезапно оказался ''старше'' второго сына Ивана IV. Кроме того, его шурин Борис Годунов был человеком крайне властолюбивым и действуя через свою сестру царевну Ирину вполне мог сподвигнуть царевича на выступление за свои ''законные права'', против младшего брата. Тем более, что группировка сторонников Федора по прежнему была сильна. Особенно ярко это проявилось на Земском Соборе 20 апреля 1584 года, созванном по инициативе митрополита Дионисия. Хотя большинство собравшихся поддержало Дмитрия, но тут в очередной раз сказалась русская традиция ''единогласия'' — часть собравшихся, как среди духовенства — Иов, епископ Коломенский, так и среди знати — мощный клан Годуновых, Сабуровых, Клешниных, Телятевских, Морозовых, Салтыковых и Шеиных и ''примкнувших к ним'' Захарьиных-Юрьевых, высказалась в пользу Федора упирая на то, что ''негоже младшему брату быть выше старшего''. После долгих и ожесточенных споров возобладал компромиссный вариант — вспомнили про восточно-римскую традицию соправления ''кесарей'' и для окончательного урегулирования ситуации в Польшу выехал глава Посольского приказа Афанасий Нагой, который должен был просить Фёдора прибыть в Москву, дабы он мог занять свое законное место рядом с братом в качестве Великого Государя и соправителя. Сам Фёдор воспринял эту идею без энтузиазма, но подталкиваемый своей женой и шурином поехал в столицу.

14 июня 1584 года Москва торжественно встречала царского брата. Въезд Фёдора в город был торжественным: сам Дмитрий выехал, чтобы за 5 верст от столицы встретить своего брата. Встреча прошла со взаимными земными поклонами и весьма растрогала ее очевидцев. А 22 июня состоялось наречение Фёдора титулом Великого Государя. Правда царское титулование сохранялся единолично за Дмитрием, который таким образом оставался царем и Великим Государем всея Руси, а Федор получал титул Государя и Великого князя Московского.

Первоначально предполагалось, что оба брата будут оба иметь свой ''стол'' в Москве, что было для Дмитрия даже удобно, поскольку в этом случае он своим ''братским влиянием'', мог воздействовать на слабовольного Фёдора. Было даже установлено два одинаковых трона, на которых братья восседали во время официальных мероприятий. Однако в дело вмешался ''проклятый польский вопрос''. Находясь только в личной унии в Россией поляки были весьма недовольны отъездом Фёдора и требовали его возвращения, связывая с этим возможность сохранения унии, которая в случае дальнейшего ''пренебрежения интересами Короны Польской'' могла быть по их мнению расторгнута. Но Фёдор не горел желанием возвращаться в Краков, где чувствовал себя чужим среди тамошних иноверцев. В дело вмешались и сторонники Фёдора, указавшие, что Дмитрию, как потомку польских королей сподручней править Привисленским краем. Что вызвало, в свою очередь, сопротивление со стороны уже сторонников Дмитрия, усмотревших в этом предложении, и вполне справедливо, попытку клана Годуновых оттеснить Дмитрия и поставив на Москве в качестве единоличного правителя Фёдора, править за его спиной. Дело чуть было не дошло до прямой драки в Государственном совете и только личное вмешательство митрополита Дионисия остановило конфликт. Именно он предложил братьям разделить управление страной. Фёдор оставался на Москве, где под его властью, в качестве удела, оставалась большая часть ''старых'' московские владений, Казань, Поволжье и Сибирь. При нем формировалась своя Государева Дума — правительство удельных земель, но при этом Фёдор не имел право самостоятельно вести внешнеполитические сношения, объявлять войну и заключать мир, что оставалось в единоличном ведении царя. Кроме того, Дмитрий оставлял за собой право отменять неугодные ему решения Фёдора, в то время как Фёдор обязывался держать сторону своего брата и быть с ним ''заедин'' во всем.

Сам же Дмитрий переносил свой ''стол'' в Киев, откуда он мог часто бывать наездами в Польше, тем самым удерживая её ''под своей рукой''. Под его властью напрямую оставались земли бывших Великого княжества Литовского и Ливонского ордена, за исключением Ругодива, который передавался в управление Фёдору. Кроме того, Дмитрий ''взял на себя'' Смоленск, Новгород-Северский и Чернигов. В Киев также переезжали Государственный совет и митрополит.

Помимо этого, Дмитрием были предприняты шаги по укреплению своего положения собственно в Москве, и ослаблению позиций сторонников Фёдора. Прежде всего было объявлено о желании царя вступит в брак. Ничего удивительного или неожиданного в этом не было. Дмитрию уже перевалило за 20 лет, и по русским понятиям ему давно было пора жениться. Несколько неожиданным, хотя вполне объяснимым, стал выбор невесты — юной княжны Ирины Ивановны Мстиславской. Хотя княжна Мстиславская и была писаной красавицей, но мотивы брака все же были явно политическими. Её отец, могущественный князь Иван Фёдорович Мстиславский принадлежал к стану противников Дмитрия (точнее к стану противников партии Государева Двора), и брак царя с его дочерью менял его политическую позицию на прямо противоположную, превращая Мстиславских в опору царской власти в Москве. Кроме Мстиславского, в Думу при Фёдоре по настоянию Дмитрия были включены державшие его сторону князья Шуйские, а также вызванный из Твери в столицу Симеон Бекбулатович, возглавивший командование поместной конницы. Таким образом в окружении Фёдора образовалась мощная группировка, способная противостоять влиянию Годунова и проводить линию Дмитрия.

С первых же дней своей деятельности правительство царя Дмитрия столкнулось с рядом трудностей. На проведенном в июне 1584 года Освященном соборе правительству удалось добиться издания соборного приговора 10 июня 1584 года об отмене податных привелегий монастырей, которые во время правления Ивана IV все же получили от царя иммунные грамоты. Было подтверждено запрещение монастырям приобретать земли путем покупок и вкладов, держать закладчиков, так как ''крестьяне вышед из-за служилых людей, живут за тарханы во льготе, и от того великая тощета воинскому чину прииде''. Продолжалось восстание ''черемисы'', представлявшее из себя серьезную опасность: они ''побиваху московских людей овогда на станех, овогда на походех, бояре же и воеводы не можаху их обратити''. 20 июля 1584 года в Казанскую землю ''луговые черемисы воевать'' послан был князь Д. П. Елецкий. Но его военная экспедиция большого успеха не имела. Тогда, 11 ноября 1584 года новый поход возглавил князь И. А. Ноготков. На этот раз воеводы ''татар и черемисы много побили... и тогда Луговую сторону воевали и многие улусы разорили''. В итоге черемисы ''добили челом... вековым миром''. Продолжая политику отца Дмитрий ''чая от них впредь измены'', повелел ставить города ''во всей Черемиской земле'', причем ''насади их русскими людьми и тем... укрепил царство Казанское''.

Продолжалась политическая борьба и в Москве. Опираясь на поддержку влиятельных боярина Никиту Романовича Захарьина-Юрьева и дьяка Андрея Яковлевича Щелкалова Борис Годунов получил в Думе высший боярский чин — конюшего, упраздненный было при Иване IV, но восстановленный Федором. Помимо этого Годунову удалось протолкнуть на должность командующего дворцовыми стрельцами своего родственника — князя И. С. Туренина. А после того, как в конце лета 1584 года скончался Никита Захарьин-Юрьев, Борис Годунов опасаясь усиления партии Мстиславского нанес упреждающий удар. В сферу конфликта было втянуто центральное финансовое ведомство — Казенный приказ, находившийся в ведении противостоящих Годунову двоюродных братьев Петра и Владимира Головиных. По настоянию Годунова Дума постановила провести ревизию казны. Проверка обнаружила большие хищения, за что ''приговорили бояре Петра Головина за государеву краденую казну Казенного двора казнить смертию''. С его двоюродным братом Владимиром обошлись мягче: его сослали в Казанский край, где он и умер в тюрьме.

Суд нал Головиными послужил поводом к смене высшей приказной администрации, куда Борис стал проталкивать своих родственников и друзей. Пост главного казначея занял думный дворянин Д. И. Черемисин. Приказ Большого дворца и Казённый приказ возглавил Г. В. Годунов. Одновременно с этим Годунов стал проталкивать вверх по церковной иерархии своего верного клеврета, епископа Коломенского Иова, который в 1586 году получил должность архиепископа Ростовского и открыто стал претендовать на московскую митрополию, вступив в конфликт с митрополитом Московским и Киевским Дионисием. Утверждая, что негоже одному человеку занимать обе кафедры (тем более, что после переезда Дмитрия в Киев, Дионисий также постоянно обосновался в этом городе, бывая в Москве лишь наездами) Иов при поддержке Годунова стал требовать, чтобы Дионисий освободил одну из кафедр. Правда на этом пути у него лежало серьезное препятствие. Хотя большинство священников московской митрополии было недовольно тем, что глава русской православной церкви в качестве своей постоянной резиденции избрал Киев, но Иов в качестве кандидатуры нового митрополита Московского не вызывал у них энтузиазма (в реальной истории, когда удалось сместить Дионисия митрополичий престол пустовал почти два месяца — священнослужители долго отказывались выбрать новым митрополитом Иова — и это при том, что кандидатура Иова открыто поддерживалась царем ) и возможный Освященный собор не свел бы Дионисия с кафедры. Тогда Годунов пошел иным путём. Летом 1586 года, через Львов на Русь для сбора денег на нужды своей епархии приехал Иоаким, патриарх Антиохийский. И во время посещения Киева с ним случился казус — при встрече Иоакима и Дионисия, русский митрополит первым благословил патриарха, что вызвало неудовольствие последнего, заметившего, что вообще-то должно быть иначе, но не посмевшего протестовать открыто — слишком велик был контраст между роскошью русского святителя и бедностью приехавшим в качестве просителя ''восточного патриарха''. Чем не преминул воспользоваться Годунов, пригласивший Иоакима в Москву, где устроил ему торжественную встречу, после чего неожиданно негласно предложил тому поставить на Руси патриарха, кандидатом в которые выдвинул ростовского архиепископа Иова, который таким образом стал бы главой Русской православной церкви и оттеснил бы Дионисия. Патриарх Иоаким поблагодарив за все милости, признал, что в России учредить патриаршество ''пригоже'', и обещал посоветоваться с остальными патриархами: ''То дело великое, всего собора, а мне без этого совета учинить то дело невозможно''. Предложение Годунова в обмен на 8 тыс. дукатов, не откладывая дело в долгий ящик, самому поставить патриарха, а задним числом искать потом подтверждения, Иоаким отверг, хотя обещал содействовать делу среди своих восточных собратий.

Не смотря на то, что в Москве не добились своего, столь настойчивые попытки свести Дионисия с митрополии и поставить во главе ее ''своего'' человека не на шутку встревожили Киев, где стали готовить ответные меры. Но вскоре события на южных границах страны отвлекли внимание на иные проблемы.