Згодом, уже під час вироблення проекту міждержавної угоди, Хмельницький відмовиться від цих пропозицій — що пролунали чи то справді від нього, чи, можливо, від когось з його оточення або ж взагалі були ініційовані російською стороною. До заключних документів переговорного процесу 1654 р. вони так і не увійшли. Але залишились зафіксованими в матеріалах переговорів, і вже згодом на них покликатиметься російська сторона, намагаючись змусити українських державних мужів піти на поступки в тій чи іншій сфері. А чи не востаннє до матеріалів Переяславських переговорів 1654 р. апелюватиме навесні 1722 р. (тобто майже аж через сімдесят років!) російський імператор Петро І, шукаючи правових підстав для запровадження в України власної державної інституції — Малоросійської колегії, яка начебто створена замість тих самих воєвод, проти присутності яких в Україні гетьман Хмельницький не відразу ж почав заперечувати...
А ще (вже по завершенні офіційних перемовин) 12 січня до царського боярина прибула делегація шляхтичів, котрі долучилися до визвольних змагань козацтва і тепер посідали впливові уряди в козацькій службовій ієрархії, — генеральний писар Іван Виговський, генеральний суддя Самійло Богданович-Зарудний, переяславський полковник Павло Тетеря-Моржковський, миргородський полковник Григорій Сахнович-Лесницький. Від імені шляхетської верстви вони звернулися до Бутурліна з проханням дати їм письмове підтвердження права володіти їхніми «маетностями по-прежнему». За відсутності такого письмового підтвердження, переконували старшини царського боярина, «стольникам де и дворяном в городы ехать не для чево, для того что всем людем в городех буде в сумненье».
Покликавшись на відсутність відповідного доручення Олексія Михайловича, Бутурлін відмовився брати на себе будь-які письмові зобов'язання, пообіцявши лише натомість, що «государь вольностей у вас не отимает, и в городех у вас указал государь до своего государева указу быть попрежниму вашим урядником и судитца по своим правом и маетностей ваших отнять государь не велит».
Але тут, крім ще одного запевнення царського посла в непорушності прав, вольностей і майна українського люду після переходу під високу царську руку, важливим є той факт, що високопоставлена шляхта Війська Запорозького намагалась за спиною гетьмана задовольнити власні станові потреби на перемовинах з представником царя! А це не лише підважувало гетьманську владу, яка мала уособлювати собою політичну волю Війська Запорозького, а й створювало вкрай небезпечні прецеденти сепаратного звертання представників різних соціальних верств і груп козацької України безпосередньо до царя. Гіркі наслідки від такої практики українське суспільство повною мірою пожинатиме вже в роки Руїни...
«В начале изволь, Твоє Царское Величество, подтвердити права и вольности наши войсковые, как из веков бывало в Войске Запорожском»
Переговори з посольством Олексія Михайловича, що відбувалися 9—10 січня 1654 р. в Переяславі, носили попередній характер, на них лише «намацувалися» ті важливі питання, що мали скласти основу договірних взаємин Українського Гетьманату з правлячою в Російській державі династією Романових, зверхність якої над Україною гетьман Хмельницький і Військо Запорозьке визнали напередодні на Переяславській раді.
У тому, що взаємини Гетьманату з Олексієм Михайловичем мали базуватися саме на двосторонній договірній основі, українська сторона не сумнівалася навіть у критичні для козацької України дні й місяці другої половини 1651 р., що настали після важкої поразки українського війська під Берестечком. Тоді, у серпні, на переговорах з посланцем російського царя і гетьман Хмельницький, і генеральний писар Виговський заявляли про свій намір їхати до Москви та домовлятися, на яких умовах переходити під зверхність Олексія Михайловича та дати за своїми підписами відповідне «договірне письмо».
І хоча згодом, уже на початку 1654 р., процедура переходу козацької України під «високу царську руку» відбулася за дещо іншим сценарієм, у якому відразу було проголошено акт переходу Війська Запорозького під протекцію Олексія Михайловича, без закріплення на письмі відповідної угоди, ані українська сторона, ані російські представники не заперечили саму ідею укладення такого договору. Боярин Бутурлін, перебуваючи в Переяславі, від імені Олексія Михайловича запросив українського гетьмана до Москви, аби виробити договірні умови та отримати їхнє затвердження в царя.
А ось для того, аби українським уповноваженим було з чим їхати до Москви (спочатку було вирішено, що делегацію очолить не гетьман, а генеральний писар Іван Виговський), гетьманському уряду потрібно було добряче попрацювати. Адже досвід перемовин з Бутурліним у Переяславі наочно продемонстрував: багато з того, що є очевидним у перетрактаціях з комісарами польського короля, у російської сторони викликає внутрішній спротив — надто вже різними були політичні культури станової монархії Речі Посполитої та самодержавної царської влади в Російській державі.
У середині лютого 1654 р. Богдан Хмельницький скликає ряд старшинських рад, спочатку в Чигирині, згодом у Корсуні, на обговорення яких виносить питання характеру та змістового наповнення договору Війська Запорозького з московським царем. І хоча прямої інформації про перебіг цих нарад не збереглося, наявні опосередковані свідчення дозволили Михайлу Грушевському дійти висновку, що дебати учасників чигиринсько-корсунських старшинських зібрань були доволі гострими, а висловлені на них позиції сторін часто-густо не просто відмінними одна від іншої, а просто непримиримими. Це певною мірою й зашкодило виробити концептуально цілісний проект угоди.
Підґрунтям же розходження інтересів старшини стало те, що старшинський корпус, як і саме козацтво загалом, формувався з декількох джерел. І в ньому були представлені як вихідці з православного шляхетського стану, так і «старовинне» козацтво, а також представники селянства та міщанства. Зрозуміло, що така соціальна неоднорідність позначалася як на рівні політичної культури різних відгалужень козацтва, так і на пріоритетності їхніх нагальних потреб. Адже для одних було важливим досягти високого рівня політичної суб'єктності Гетьманату (решту прав і соціальних привілеїв вони, як шляхтичі, вже мали). Для інших передовсім ішлося про те, аби їх ніхто не намагався знову присилити до виконання повинностей на користь пана чи царя, а також не допустити реставрації дореволюційних соціальних порядків, що б частково влаштувало їхніх опонентів зі шляхетського табору.
Утім варто віддати належне укладачам проекту українсько-російської угоди — їм врешті-решт вдалося досягти певного балансу інтересів різних соціальних прошарків і виробити документ, який передбачав застереження загальнодержавних прав на зовнішньополітичній арені, недоторканості політико-адміністративного та соціально-економічного внутрішнього укладу, а також містив гарантії для окремих соціальних верств, прошарків і навіть певних рангів українських адміністраторів тощо. Хоча, зрозуміло, потреба в такому балансуванні поміж різноспрямованими інтересами суб'єктів тогочасного політичного життя козацької України все ж негативно позначалася на концептуальній цілісності документа, внісши до нього, поряд зі справді життєво важливими положеннями державного спрямування, ряд норм, які були зайвими, зважаючи на високу державну репрезентацію Гетьманату, яка збереглася й після переходу козацької України під протекцію царя.
Загалом проект українсько-російського договору, що постав в результаті старшинських нарад, містив у собі 23 статті. Найголовніші з них декларували ідею зовнішньої незалежності Гетьманату, що насамперед проявилася у праві вільного вибору гетьмана як глави держави, керівника уряду та головнокомандуючого українського війська. Крім того, за козацькою Україною зберігалося право зовнішньополітичних зносин з іноземними державами (у разі з'ясування в ході них відомостей, що зачіпатимуть інтереси царя, гетьманський уряд брав на себе зобов'язання інформувати про це Москву). Окремо декларувалася недоторканість внутрішнього устрою Війська Запорозького, непорушність прав і привілеїв цілого українського населення та окремих його соціальних станів і груп.
Російська сторона повинна була надати військову допомогу проти Польщі та сприяти у втриманні від війни керівництва Кримського Юрта. За це гетьманський уряд визнавав царя своїм сюзереном і зобов'язувався сплачувати йому щорічно данину (у попередньо визначених і фіксованих розмірах), так як це робили правителі Трансільванії, Молдавії та Волощини на користь турецького султана.
Крім цих питань, що справді мали принципову вагу, до проекту було внесено ще цілий ряд дрібних положень, що перекочували до нього з тексту Зборівської угоди козацтва з польським королем 1649 р. Зважаючи на принципово інший характер взаємин Гетьманату з царем, вони були абсолютно недоречними і не можуть сприйматися інакше, як певні рудименти політики козацького автономізму, від якої Хмельницький і його оточення вже давно відійшли, поставивши перед собою мету унезалеження України. Проте, незважаючи на певні слабкості проекту, він загалом справляв непогане враження і, за умови прийняття всіх його положень урядом Олексія Михайловича, міг стати основою для розбудови взаємовигідних і міцних стосунків сторін.
Сімнадцятого лютого 1654 р. гетьман Хмельницький завізував український проект, і повноважна делегація Війська Запорозького на чолі з досвідченими дипломатами й високими козацькими урядниками — генеральним суддею Самійлом Богдановичем-Зарудним і переяславським полковником Павлом Тетерею — повезла його до Москви. І якщо проголошення в Переяславі союзу з Російською державою, що відбувався у формі протекції Олексія Михайловича над Україною, по суті, було формальністю, то українсько-російський договір, що мав постати за результатами переговорів у Москві, важив для майбутньої долі Української держави дуже багато.
«Указал государь, и бояре приговорили: быть так по их челобитью». Договір 1654 р.
Українське посольство на чолі з переяславським полковником Павлом Тетерею та генеральним суддею Самійлом Богдановичем-Зарудним під стіни Москви прибуло 11 березня (відповідно 21 березня за новим стилем) 1654 р. Дванадцятого березня відбувся його урочистий в'їзд у царську столицю, 13 — урочиста аудієнція в царя Олексія Михайловича за участі царських бояр і думних чинів. Того ж дня розпочалися переговори Тетері та Богдановича-Зарудного з урядом Олексія Романова, інтереси якого представляли: один з найстарших царських бояр Олексій Микитович Трубецькой, голова останньої російської делегації в Україну боярин Василь Васильович Бутурлін і начальник Посольського приказу думний дяк Алмаз Іванов. У ході цих переговорів українські посли виклали принципове бачення умов угоди, окреслене гетьманською інструкцією від 17 лютого 1654 р. Ряд питань, зокрема щодо впровадження царських воєвод в українські міста та збір податків з місцевого населення, було ініційовано російською стороною. Крім того, обговорювалися питання майбутньої військової співпраці, а також міжнародної ситуації в регіоні.
Чотирнадцятого березня на прохання російської сторони українські посли представили свої пропозиції в письмовому вигляді, тобто по суті подали виготовлений в Корсуні та Чигирині проекти від 17 лютого. Упродовж наступних декількох днів спільних конференцій не було, російське керівництво обмірковувало подані пропозиції. Для остаточного вирішення справи було скликано боярську думу, у засіданні якої брав участь й Олексій Михайлович. Саме на ній було ухвалено постанови по кожному із запропонованих пунктів за формою: «Государ указал и бояре приговорили».