Ожидая прихода испанцев англичане разделили свой флот на две эскадры: Западную, под командованием лорд-адмирала Говарда, числом в 24 корабля, к которой чуть позднее примкнуло собранных английскими купцами еще 30 кораблей под во главе с Дрейком, и которая дислоцировалась в Плимуте; и Восточную, численностью в 40 кораблей под командованием Генриха Сеймура, в чье задачу входило патрулирование Ла-Манша. Была еще небольшая голландская эскадра графа Юстина Нассауского блокировавшая Дюнкерк и Ньюпорт, в которых стояли плоскодонные суда герцога Пармского.

10 ноября 1587 года испанский флот появляется на траверсе Плимута, где была сосредоточена Западная эскадра Ее Величества Елизаветы Английской. 54 английских корабля против 103 испанских. В виду столь превосходящих сил противника командующий английски флотом Говард отказался от предложения Дрейка выйти в море и принять бой с испанцами. Чем не преминул воспользоваться Санта-Крус, решивший напасть на вражеский флот прямо в порту, где английские корабли теряли свое преимущество в маневренности. Англичане открыли по атакующим ураганный огонь и смогли потопить идущих в авангарде четыре испанских галеона. Но остальные испанские корабли прорвались сквозь огонь и сцепились с английскими. Спустя пару часов все было кончено. Испанские солдаты недаром считались лучшими в Европе, не говоря уже об их численном превосходстве. Большая часть английских кораблей была захвачена, немногие уцелевшие английские моряки спаслись вплавь. Командующий флотом лорд-адмирал Говард и его заместитель Дрейк погибли в бою. А испанцы, расправившись с английской эскадрой высадили десант в городе, предав его огню.

Покончив с Плимутом и присоединив к своему флоту захваченные английские корабли Санта-Крус направился в Ла-Манш, где его ожидал герцог Пармский собравший на фламандском берегу около 17 тыс. солдат, которые только и ждали приказа о посадке на суда. Правда проблемой было отсутствие дружественных портов в Ла-Манше, где Армада могла бы пополнить запасы или укрыться от шторма. Испания и Франция, хотя формально и не были в состоянии войны, оставались соперниками, поэтому рассчитывать на радушный прием у берегов Франции испанцы едва ли могли. Франция в это время пребывала в состоянии вялотекущей гражданской войны, и там периодически возникали столкновения между католиками и гугенотами. Тогда 15 ноября Армада двинулась к Кале, комендантом которого в то время был Жиро де'Молеон, католик, симпатизировавший испанцам и ненавидевший англичан (он потерял ногу при штурме Кале в 1558 году, когда французам удалось вновь отобрать этот город у Англии). Гавань Кале была слишком мала для такого огромного флота, но он позволил испанским судам встать на якорь под прикрытием береговых батарей, где они были в относительной безопасности от английских атак, и пополнить запасы воды и продовольствия. Извещенный об этом в тот же день, Александр Фарнезе 16 ноября начал погрузку своих войск на транспортные суда.

Спустя трое суток, 18 ноября, испанцы атаковали эскадру Сеймура. В этом сражении, произошедшем между Гравелином и Остенде, сказалось преимущество английской артиллерии. Англичане пытались избегать абордажных схваток, обстреливая противника, но теперь уже на близкой дистанции, где их пушки причиняли испанским кораблям значительные разрушения, и сосредоточив огонь на отдельных, оторвавшихся от строя кораблях. Испанская артиллерия была не столь эффективна. Но используя свое численное преимущество, к тому же усиленное захваченными в Плимуте кораблями, испанцы медленно, но верно теснили английскую эскадру. Вполне возможно англичане могли бы если и не победить, то хотя бы закончить бой вничью, но тут на ходе боя сказалась ''экономность'' королевы Елизаветы, поскаредничавшей на порохе, запасы которого на английских кораблях были ничтожно малы. Канонада продолжалась около девяти часов и была столь интенсивной, что к концу боя большинство английских кораблей израсходовав все свои заряды, оказались беззащитны перед испанской артиллерией и были вынуждены выйти из схватки, очистив путь Армаде, которая потеряв всего один корабль подошла к Дюнкерку, где прикрыла транспорты герцога Пармского. Позднее проведенную операцию назовут классической. Всего за 36 часов Александру Фарнезе удалось погрузить 17 тыс. солдат на корабли и выйти в море. Вторжение началось.

Как и ожидалось, первый удар оказался сокрушительным. Англичане оказались совершенно не готовы к войне на суше. Не смотря на то, что о готовящемся вторжении было давно известно, их приготовления опасно запаздывали. Лишь 7 ноября, когда Армада уже приблизилась к английским берегам, Елизавета объявила сбор южного ополчения, тогда же приказав ему выступать в Тилбери (графство Эссекс) — место, отделенное от выбранной Филиппом точки высадки восемьюдесятью милями пути и рекой Темзой. Плавучее заграждение на реке, предназначавшееся, чтобы помешать проходу неприятельских кораблей, разрушил первый же высокий прилив. Мост из соединенных между собой лодок, по которому войскам следовало пройти из Эссекса в Кент, так и остался незавершенным. Даже в Тилбери, сосредоточии английской обороны, фортификационные работы начались лишь 13 ноября — в тот день, когда Армада прошла мимо острова Уайт. Два дня спустя, когда испанцы бросили якорь в Кале, среди собравшихся в Кенте войск началось повальное дезертирство. А ведь они и без того насчитывали лишь около 4 тыс. человек — смехотворно мало для того, чтобы остановить закаленных в боях испанцев, да и командование англичан не имело единой стратегии. Местный командир, сэр Томас Скотт, призывал рассредоточить силы вдоль побережья, чтобы ''встретить врага на берегу моря'', а возглавлявший юго-восточную группировку сэр Джон Норрис настаивал на отводе войск в Кентербери, чтобы закрепится там и ''не пропустить врага в Лондон или в сердце королевства''.

Но после высадки Фламандской армии у Маргейта (графство Кент) оба этих плана рухнули как карточный домик. Получив известия об этом английская армия стала стремительно отступать к реке Медуэй, где планировалось закрепиться в районе Рочестера. Сложнее было с остатками флота. Сеймуру удалось собрать около 30 кораблей, но стал вопрос, что делать дальше. Многие корабли по прежнему не имели пороха, получить который в ближайшее время не было никакой возможности. На посланные Сеймуром запросы в сначала в Тилбери, а затем и в Лондон никакого вразумительного ответа не последовало — в Лондоне сами не знали что делать дальше. Столица Англии была охвачена паникой. Все дороги на север были забиты груженными экипажами, пытавшихся спастись от приближавшихся испанцев жителей юго-восточных графств. В самом городе начались погромы католиков, которые доведенные до отчаяния постоянными преследованиями в целях самообороны стали вооружаться против соотечественников. В ряде мест даже вспыхнули уличные бои. Впрочем, сама королева в этот критический момент проявила немалую храбрость, заявив, что останется в Лондоне и призвав ''истинных англичан'' сражаться с противником ''на земле и на воде''. 21 ноября на реке Медуэй произошла решающая битва. Хотя битвой это можно было назвать с большой натяжкой. Испанцы одним ударом смяли нестройные ряды англичан, которые дрогнули и стали разбегаться после первого же натиска. Дорога на Лондон была открыта. Но Фарнезе не решаясь форсировать Темзу на виду английских батарей, двинулся на запад, где без боя переправился на левый берег Темзы в районе Кингстона, откуда начал марш на столицу Англии.

Одновременно с этим стали поступать тревожные сообщения с севера. В ряде графств заполыхали крестьянские мятежи. А шотландский король Яков Стюарт получив известия о высадке испанских войск объявил Англии войну и во главе 20-тыс. армии пересек реку Твид, устремившись к Йорку. И хуже всего было то, что северная английская армия вместо сопротивления начала отступать, а ее командующий вступил в переговоры с шотландцами о возможном признании Якова английским королем и переходе на его сторону сосредоточенных на севере королевских вооруженных сил. Это стало последней каплей. Королева покинула столицу и бежала на север, где, возможно, надеялась своим присутствием отвратить местные силы от перехода под знамена Якова. 25 ноября войска Фарнезе подошли к Лондону. Одновременно с ним, в Темзу вошли корабли испанского флота, начавшие обстрел города со стороны реки. Остатки лондонской милиции пытались организовать сопротивление, но вспыхнувший в результате бомбардировки пожар, с которым не было никакой возможности бороться, вскоре охватил значительную часть города, вынудил его последних защитников больше думать о спасении собственных жизней, чем о борьбе с неприятелем. И 26 ноября выгоревший большей частью город пал к ногам победителей. А спустя трое суток к Якову прибыли представители английского парламента, укрывшегося в Кембридже с сообщением, что королева Елизавета отреклась от трона в его пользу, а потому господа парламентарии нижайше просят Его Величество принять английскую корону и взойти на трон в качестве английского короля Якова I.

Получение этих известий (отречение Елизаветы и восшествие на трон Якова) застало Александра Фарнезе в Лондоне, несказанно его обрадовав. Испанцам совершенно ''не улыбалось''продолжать боевые действия на Британских островах, где, безусловно, после того как прошел бы первый шок, англичане начали бы вооруженную борьбу по примеру голландцев. А заполучить еще один долгий и изматывающий театр военных действий испанцы не горели желанием. В результате чего обе стороны были заинтересованы в скорейшем урегулировании отношений, и соглашение было довольно быстро достигнуто. Яков брал на себя обязательства уравнять католиков в правах с последователями англиканской церкви, вывести английские войска из Нидерландов, и прекратив поддержку пиратов наказывать тех англичан, которые будут нападать на испанские суда. Правда Яков отказался вернуть католической церкви конфискованные у нее земли и возместить испанской короне все убытки от действий английских пиратов и расходы на снаряжение Армады. Но и испанцы, понимая несбыточность этих требований не стали на них настаивать и начали эвакуацию своих войск обратно в Нидерланды, где разгром Англии сильно подорвал позиции ''партии войны'' и активизировал ''партию мира'', требующей заключения мирного соглашения с королем Филиппом II. Чем воспользовался Фарнезе, без боя занявший капитулировавший Флашинг, что еще более посеяло разброд и сомнения в стане мятежников.

Но основные события развернулись во Франции. Получив в 1587 году крупный заем от Елизаветы I, Генрих де'Бурбон собрал крупную армию и заключил союз с курфюрстом Пфальца, который в обмен на обещание отдать ему в случае успеха города Мец, Туль и Верден двинул на помощь гугенотам 10-тыс. армию, которая в сентябре 1587 года вторглась в Лотарингию и несмотря на отчаянные попытки лотарингских принцев отбросить захватчика, 17 сентября пфальцские войска подошли к французской границе, и провинция Шампань также оказалась оккупированной. Переправившись через Сену и Понну, они двинулись к Луаре, пересекли Берри, чтобы как можно скорее воссоединиться с армией гугенотов, которая в это время была расквартирована в Пуату и в Сентонже. Генрих III, которому с трех сторон грозили одновременно немцы, Лига и гугеноты, задумал довольно смелый план, по которому собирался разом избавиться от всех своих противников. На юго-запад он отправил одну из своих армий под командованием герцога де'Жуайеза, в надежде, что эта армия разобьет Генриха де'Бурбона и даст возможность герцогу де'Гизу беспрепятственно пройти на Восток, а уж там герцога наверняка сомнут немцы. Видя опасность и желая любой ценой добиться, чтобы встреча войск Лиги с войсками немцев произошла в Гатине (на севере Луары), Генрих III приказал тщательно охранять, а если понадобится, то и разрушить все мосты, переброшенные через реку на отрезке между Орлеаном и Шарите.

А тем временем герцог де'Жуайез ускоренным маршем добрался до Пуатье, имея под началом восемь тысяч человек и две тысячи лошадей и желая дать бой гугенотам, чтобы помешать их воссоединению с союзниками. Столь стремительное наступление встревожило Генриха де'Бурбона, и он срочно вернулся в Гиень, чтобы там набрать дополнительное войско.

Жуайез следовал за ним по пятам и вечером 19 октября оказался неподалеку от города Кутра, где остановилась армия гугенотов. Бурбон, который теперь чувствовал себя готовым принять бой, решил начать наступление на рассвете следующего дня.

И вот взошло солнце, осветив стоящие лицом к лицу два войска, и сражение началось.

С самого начала бой был жарким. Яростно нанося удары направо и налево, хватая противника за горло, разрывая на части, убивая на месте, обезглавливая, роялисты и гугеноты без устали уничтожали друг друга в течение нескольких часов. В конце концов войско Бурбона, хотя и меньшее по численности, добилось преимущества, и королевская армия обратилась в бегство, оставив на поле боя три тысячи убитых, в том числе четыре сотни дворян и самого герцога де'Жуайеза. В Париже нарастала паника. Все ожидали, что после этой победы гугеноты всем своим войском двинутся к Луаре, переправятся через нее южнее Шарите, доберутся до Монтаржи и соединятся с немцами.

Однако Генрих де'Бурбон промедлил и 24 ноября Генрих де'Гиз во главе отрядов Священной (католической) лиги нанес поражение пфальцким войскам при Вимори. Возросший авторитет Гизов в католическом лагере вызвал опасения короля, который стал склоняться к соглашению с протестантами. Откровенно опасаясь Гизов больше чем гугенотов Генрих III запретил герцогу де'Гизу приезжать в Париж. Не смотря на это Генрих де'Гиз прибыл во французскую столицу 10 мая 1588 года. Когда де'Гиз приехал в город, народ встречал его как спасителя; женщины осыпали его цветами. Народ только что не нес его на руках. Генрих III был в ярости и когда де'Гиз прибыл во дворец представиться королю, то вместо поздравлений по поводу победы, был встречен строгими упреками — зачем он приехал в Париж.

12 мая король решился подавить движение в Париже, королевские войска (около 6 тыс. чел.) заняли главные тракты города: но было уже поздно — в городе вспыхнуло восстание против короля (День баррикад). Вскоре горожане, благодаря численному перевесу, одолели королевских солдат. Тогда король вынужден был послать за герцогом де'Гизом, в надежде, что тот успокоит взбунтовавшихся парижан. Но вместо этого, вдохновленный успехом испанцев в Англии, Генрих де'Гиз прибыв в Лувр в сопровождении 400 вооруженных дворян, предъявил королю ультиматум с требованием об отречении от трона. 13 мая Генрих III предпринял попытку бежать из Парижа в Шартр. Но схваченный городской милицией был возвращен под конвоем в Лувр, где его под угрозой применения силы заставили подписать отречение в пользу престарелого Карла де'Бурбона, представлявшего католическую ветвь рода Бурбонов, который таким образом взошел на французский трон трон под именем Карла X. Впрочем, все понимали, что он лишь переходная фигура, должная узаконить передачу власти в руки Генриха де'Гиза, который был возведен в звание генерал-капитана и назначен майордомом (наместником королевства). Сам Генрих III Валуа после отречения был сослан в один из ближайших к Парижу монастырей, где содержался под строгим надзором до 20 июля 1587 года, когда стране объявили, что последний король из рода Валуа ''скончался от желудочных колик''.