Согласно данных Пакинхема, в отношении повреждений японских кораблей досконально известно что "Якумо" получил одно и "Асама" получил два попадания 12" снарядами. При этом "Якумо" получил попадание в каземат среднекалиберной артиллерии. Попадание вызвало пожар и ряд взрывов. "Асама" получил попадание, в носовую часть, был пробит броневой пояс и бронепалуба. Корабль получил значительные затопления. И только близость порта вновь избавило японцев от крайне неприятных последствий. Второй снаряд пронизал небронированный борт навылет. Кроме этого "Якумо" получил 2 попадания 6" снарядов, "Асама" получил 3 попадания 6" снарядов, "Акицусима" получил одно попадание 120 мм невзорвавшимся снарядом и 2 попадания 75 мм снарядов(возможно с миноносцев), в "Идзуми" попали 2 6" снаряда и не менее 5 75 мм. Выход Катаоки из боя был вынужденным, из-за повреждений "Асамы". Кроме того, он рассчитывал, оправившись от повреждений вновь вступить в бой. Но ухудшение погодных условий и наступавшие сумерки прервали погоню и он вынужден был отправится в Дальний. Спустя час по окончании боя Эссен собрал военный совет, на котором был сделан вывод о невозможности прорыва во Владвосток ввиду полученных боевых повреждений. Поэтому единственно представлялось возможным следовать в Циндао, чтобы попытаться прозвести ремонт достаточный для океанского перехода, или в крайнем случае, как это предписывала инструкция Скрыдлова интернировать корабли в Циндао.
В 20.00 4 декабря "Севастополь" и истребители отдали якорь на внешнем рейде Циндао. При этом состояние машин истребителей было таким, что "Бодрый" пришлось тащить на буксире последние 6 часов. Перед тем как отправится к Германскому губернатору Эссен, уже знал, что броненосец в установленный срок ввести в строй не удастся. Уж слишком велики повреждения. Уже ночью броненосец втянулся на внутренний рейд и был ошвартован у пирса. Истребители тоже были ошвартованы в порту. В Санкт-Петербург была послана телеграмма в Петербург с отчетом о проведенном сражении и запрос о разрешении интернироватся ввиду полученных повреждений.
На следующий день получено разрешение интернироватся "Севастополю" и истребителям в Циндао. Эссен тем временем предпринял все меры чтобы избежать интернирования, передав с разрешения у Рожественского командование старшему офицеру, и отобрав добровольцев из числа офицеров, унтер-офицеров и матросов смог зафрахтовать небольшой германский параход на котором удалось добраться до Сайгона, а уже оттуда на рейсовых судах добрался до Суэца, где его и членов команды забрал п/х "Святитель Николай". В Севастополь пароход прибыл 16 февраля, где капитана 1 ранга Эссена и членов команды ждал торжественный прием. Вечером корабли Катаоки подошли к Циндао. Был послан паровой катер с офицером к германскому губернатору с визитом. В ходе пребывания в гавани японец осмотрел русские корабли и получил заверение, что русские в настоящий момент уже интернированы и скоро начнут выгружать боезапас.
6 декабря саперы 3-й японской армии взорвали несколько минных фугасов под бруствером узла обороны N 3, начался штурм укрепления, к вечеру гарнизон отошел к батарее Курганной.
В целом на 6 декабря по сводке личного состава на передовых позициях Порт-Артура находились 12 500 человек, 300 моряков в резерве коменданта, на береговых и полевых батареях около 3500 человек, в инженерных отрядах и других нелинейных отрядах свыше 1000 человек (не считая больных, раненых и выздоравливающих).
Японцы начали штурм батареи Курганной. Генерал Горбатовский, усилил гарнизон Курганной отрядом добровольцев, затем Кондратенко прислал ему 2 роты из резерва. Штурм Курганной был с трудом отбит.
11 декабря два полка 9-й японской пехотной дивизии заняли Китайскую стенку и штурмом взяли Заредутную батарею, защитники отошли к Митрофаньевской. Японцы развили наступление в сторону Большого Орлиного Гнезда, гарнизон был усилен 2 ротами 14-го полка и три штурма были отбиты. На следующий день японцы после штурма Большое Орлиное Гнездо взято. Отряды восточного фронта заняли оборону на линии: Курганная-Митрофаньевская-Малое Орлиное Гнездо-Укрепление N2. Потери японцев составили 1500 чел, русских около 600. Русские войска, на восточном фронте в основном отошли на 2-ю линию обороны, наступательный порыв японской армии иссяк. Основными узлами обороны стали: Малое Орлиное Гнездо, Курганная, Форт N5.
Японская армия выдохлась, огромные потери, большое количество раненых и больных вынудило генерала Ноги прекратить штурм и вновь перейти к планомерной осаде и к обстрелу города и укреплений.
На фронтах воцарилось затишье. Крепость имела: муки на 47 дней боев, крупы на 43 дня, сахара на 60, сухарей на 41, сухофруктов на 90 дней. Кроме того, в крепости были еще 2944 лошади, составляющих определенный резерв мяса (для них овса, ячменя и жмыха хватило бы еще на 34 дня). В крепости оставалось 410 орудий разного калибра, 207 855 снарядов, 20 пулеметов, 4 500 000 винтовочных патронов. Кондратенко убедил Стесселя отменить запрет на рыбную ловлю, что вкупе с приходящими кораблями снимает проблему продовольственного кризиса. На заседании военного совета крепости 16 декабря, большинство офицеров высказалось за продолжение борьбы, отвергнув предложения начальника Квантунского укрепрайона генерала Стесселя и генерала Фока о капитуляции.
Время до конца года прошло в относительном затишье, велась минная война, японцы вели обстрел города, но активных действий ни одна из сторон не принимала. Защитники крепости восстанавливали 2-ю линию обороны, в спешном порядке заканчивали работы на 3-й линии. Бездействие Ноги крайне вызвало критику в Токио и маршала Оямы. Ояма хотел перевести 3-ю армию в Манчжурию, ибо стоящие перед японцами русские части постоянно усиливались и начали проявлять активность. Основным направлением нового штурма Ноги выбрал западный фронт, с расчётом прорвать русскую оборону и занять Новый город.
5 января после трехчасового артиллерийского обстрела 1-я дивизия в 10.00 четырьмя штурмовыми колоннами начинает атаку. Из Саншугоу одна штурмовая колонна начала атаку батареи "Д", другая пошла на штурм Укрепления N5. Остальные две группы атаковали на полуразрушенный после саперной войны и артиллерийских обстрелов Форт N5. В форте, под командованием подполковника Трентовиуса было 630 защитников. В 14.00 японцы сумели захватить линию траншей между Укрепления N5 и батареей "Д", однако вовремя подошедшие добровольцы с редутов N3 и N1 и рота из резерва сумели отбросить японцев и заняли окопы. Атака на батарею "Д" также не увенчалась успехом. В 15 часов ФортN5 был полностью занят японцами. Из защитников форта, после отчаянной рукопашной внутри форта, сумело вырваться только 15 чел., все офицеры погибли. Организованная контратака силами 3 стрелковых рот и сотни казаков из Укрепленич N5 и редута N3 успеха не принесли. Русские войска отошли на редут N5 и Голубиную батарею. Ночью Кондратенко прислал на редут N5 две стрелковых роты. Части между Укр.N5 и батареей "Д" также получили пополнение — морскую, и три стрелковые роты. Ночью была предпринята неудачная попытка отбить ФортN5. На следующий день японцы перенесли направление атаки — и предприняли массированную атаку на укрепления горы Рыжая, с целью прервать сообщение между 5 и 27 стрелковыми полками (Северным и Западным фронтами) и выйти к Новому городу. К обеду гора взята, но контратакой из Укрепления N4, поддержаной нестроевой ротой из резерва японцы были выбиты. За ночь Кондратенко перебросил с Восточного фронта сводный батальон (3 стрелковые роты). В 11 часов этими силами и частями с редута N5 была проведена атака форта N5. Атака увенчалась успехом, преследуя отступающих японцев русские сумели захватить прилегающие траншеи. Однако в 14 ч. 20 мин. японцы, после сильного артиллерийского обстрела сумели выбить защитников крепости из траншей и ворвались в форт. Однако вовремя поддержаные, русские части сумели выбить японцев из форта. Несмотря на успехи, русские войска понесли большие потери, за два дня боев западный фронт потерял около 1000 чел., потери японцев составили порядка 3-4 тыс. чел. Кондратенко планировал снять еще ряд частей с Восточного фронта, однако Ноги предпринял ряд атак на Заредутную и Курганную батареи.
Утром 7 января на Укрепление N5 и ФортN5 обрушился шквал артиллерийского огня. Через два часа обстрела сооружения ФортаN5 полностью разрушены. В 11 часов японцы в очередной раз пошли на штурм ФортаN5 и к полудню сумели вытеснить русские части к РедутуN5. Одновременно. Силами 9-й дивизии начался штурм Форта N4. После захвата форта японцы ввели в бой части 1-й резервной бригады, которые сумели захватить батареи "Д" и "Голубиную", РедутN5. Защитники отошли к границе города и закрепились на Каменоломной. К 16 ч. 30 мин. японские части подошли к РедутуN3. Положение на участке фронта стало критическим. Между японцами и Новым городом оставался только РедутN3. Японцы яростно рвались к городу, постоянно атакуя редут. К шести часам вечера, на редуте N3 в живых осталось не более 300 человек. К этому времени на северном фронте японцы достигли определенного успеха — были заняты траншеи перед укреплением N4, все попытки выбить японцев оттуда не увенчались успехом. К вечеру были заняты люнеты Фугасный, Новый и г. Рыжая. Штаб 5-го полка был отведен в Укр.N4. Для достижения значительного успеха 1-я дивизия понесла значительные потери. Всю ночь Кондратенко подтягивает резервы, включая все нестроевые роты и легкораненых. Рано утром 8-го января, начинается контратака русских по двум направлениям — части из Укр.N4 и Каменоломной атакуют г. Рыжую и РедутN5. Части 27 полка из укрепления 5 и редута N3 атакуют батареи "Д" и "Голубиная". В 11 часов взята г. Рыжая, батареи Голубиная и "Д". Дальнейшее наступление русских было остановлено введением резервных частей и начавшейся атаки на форт N4. Сильно упал боевой дух осадной армии.
Вечером генерал Ноги отдал приказ об окончании штурма. Линии фронтов стабилизируются. Восточный фронт тянется от г. Лаперовская через Митрофаньевскую-Морской Кряж-г.Отрожная-Укрепление N1 и завершается на Форте N1. Западный фронт расположился на линии: Укр.N5-РедутN3-Батарея "Д"-РедутN5-Укрепление N4. Северный фронт — на линии: Батарея "Г"-ФортN4-Батарея "В"— д.Шаличедза.Потери составили: японцы 11-12 тыс. Русские убитымии ранеными — около 6 тыс.
По итогам штурма был созван военный совет. На совете Стессель ни слова не говорил о положении крепости, да истинного состояния ее и не знал. Обратившись к присутствовавшим, он предложил высказаться "что делать"? Хотя Стессель не поставил вопроса прямо, сдавать крепость или продолжать оборону, офицеры поняли, что он собрал их именно для этого. По обычаю говорили сначала младшие чином. Практически все офицеры, кроме Фока высказались за продолжение борьбы. Японцы не сумели взять 2-ю линию обороны. Оставалась еще 3-я. Положение с припасами не было критическим.
После неудачного штурма 3-я армия Ноги, в составе 11-й, 9-й дивизий и 4-й резервной бригады перешла в Манчжурию, где впоследствии сыграла основную роль в нанесении поражения русским войскам под Мукденом. Под Порт-Артуром остались 1-я дивизия, две резервные пехотные бригады и саперные части. Активных действий до апреля 1905 года в районе Порт-Артура более не происходило. Периодически шли вялотекущие спорадические перестрелки, изредка стреляла осадная артиллерия. Еще реже ей отвечала крепостная артиллерия. В крепость в январе и феврале приходили пароходы с припасами. Осадная армия вела "беспокоящий" обстрел крепости. Единственные части, ведущие активные действия были саперы, ведущие минную войну и прокладку траншей и разведчики. В крепости все время шли работы по достройке 3-й линии обороны, восстанавливаются разрушенные фортификационные сооружения. Наиболее крупным успехом японских саперов в это время стал подрыв стены Форта N4.
Пятый штурм
В конце марта в распоряжение 3-й армии возвращены 11-я и 9-я дивизии, 1-я пополнена резервами, дополнительно Ояма передал в распоряжении Ноги 3-ю и 7-ю дивизию. Осадная артиллерия начала интенсивный артобстрел крепости. Последний штурм начался после 2-х дневной артподготовки, атакой со всех сторон, в штурме участвовало порядка 50000 японцев. Ноги планировал атаковать Порт-Артур со всех сторон, чтобы не дать гарнизону возможности оперировать резервами, что принесло неудачу во время предыдущего штурма. После артобстрела частично разрушены оборонительные сооружения на РедутеN3, Укрепление N4. Полностью разрушено Укрепление N5, защищавшие его части вынуждены были покинуть укрепление и перейти к Редуту N3.
На каждом из направлений ударов японцы имели, в среднем, 5-6 кратное превосходство над защитниками. 27 марта в 9 часов утра японская армия семью штурмовыми колоннами начала последний штурм. На Западном фронте одна колонна наступала на Редут N3, вторая на Укрепления N4. На севере основными объектами атаки стали — г.Кладбищенская и ФортN5. На восточном фронте — позиции русских на ггг. Курганная, Скалистый кряж, Митрофаньевская.
В течении всего дня японцы пытались взять штурмом высоты Митрофаньевскую, Лаперовскую, Укрепление N4, Батарею "Д", но все атаки были отбиты. Атаки чередуются с сильным артиллерийским огнем. Генерал-майор Белый отдал приказ о минировании всех батарей береговой обороны, из состава артиллеристов формируются резервные роты.
После серии подрывов фугасов японцы 29 марта сумели взять Форт N4, люнет Двуугольный, перебив всех защитников. Батареи "Г" и "В" сумели отразить атаку. Стоявшие в бухте Белого Волка замаскированные под берегом "Сторожевой" и "Статный" подготовлены к выходу в море. Вечером к Порт-Артуру подошла "Монголия" под флагом красного креста. Оставшиеся на плаву паровые катера и портовые баарказы с тралами расчистили фарватер.
В 9 часов 29 марта японские штурмовые группы начинают очередную атаку на позиции Митрофаньевской и Лаперовской, одновременно с ними штурмовая группа атакует позиции на г. Кладбищенской. Гора Лаперовская в течении дня переходит из рук в руки, ожесточение боев достигает предела — пленных и раненых не берет ни одна сторона. Русские части, испытывающие недостаток боеприпасов, постоянно переходят в штыковые. В одной из атак погиб генерал Горбатовский, и наконец, сломив соспротивление русских, к 15 часам японцы, наконец, окончательно сумели захватыватить Лаперовскую и Митрофаньевскую. Остатки защитников, а также штаб восточного фронта отошли к Арсеналу и Морскому кряжу. На г. Владимирской защитники оказались в окружении и расстреляв все патроны пошли в штыковую. Ночью к Арсеналу подошли сводные роты, сформированные из артиллеристов, во главе с генералом Белым. Стессель ранен осколком и полностью потерял управление вверенными ему частями. Вечером началась погрузка раненых на "Монголию". Врачей и медсестер грузили на корабль чуть ли не силой, объясняя, что завтра их помощь уже никому не понадобится. Многие раненые, понимая, что на корабль они не попадут, уходили в сторону города, где полыхало зарево, и шел бой. На плавгоспиталь привезли раненых Стесселя и Григоровича. В процессе погрузки произошел достаточно забавный казус, жена Стесселя — Вера Алексеевна попыталась погрузить на корабль свое имущество, как рассказывали очевидцы — несколько десятков чемоданов и баулов, увидивший сие непотребство капитан Монголии, обычно спокойный и сдержаный Измаил Дмитриевич, послал генеральшу матом и приказал все баулы выкинуть за борт. Инцидент имел продолжение, когда уже в безопасной обстановке Стессель пытался призвать Костюнина-Охотского к ответу, однако морское руководство, оценив ситуацию, не только проигнорировало Стесселя, но и повысило Измаила Дмитриевича в должности и дало награду.