Однако главный претендент на трон — Генрих де'Бурбон отказался признать это решение и заявил о своих правах на престол. Правда, его позиции были весьма слабы. Разгром Англии лишал гугенотов английской поддержки, а официально оформленное отречение Генриха III в пользу Карла де'Бурбона обеспечило тому поддержку роялистов и королевской армии (в реальной истории перешедшей на сторону Генриха де'Бурбона, после того, как Генрих III назначил его своим преемником). Но это не помешало ему объявить себя королем и возобновить военные действия, начав весной 1588 года наступление на город Дре.

В ответ герцог Генрих де'Гиз выступил из Парижа во главе с 24 тыс. войском с целью сразиться с гугенотами. В июне 1588 года при Иври — торговом пункте на реке Ере, в Нормандии, произошло сражение, в котором католики одержали победу. Генрих де'Бурбон бежал на юг, где опираясь на подконтрольные гугенотам территории (т.н. Соединенные Провинции Юга) продолжил борьбу. Хотя количество гугенотов оценивалось примерно в 1.2 млн. чел., что составляло всего 8% от общего состава населения Франции, но угроза полной победы католиков заставила их мобилизовать все свои силы. Кроме того, некоторые города юга были полностью в их руках (Монтобан, Ла-Рошель, Милло, Кастр, Нерак, Клерак, Монпелье и др.). Около 2 тыс. аристократов и менее знатных лиц насчитывалось среди гугенотских общин. К ним относились, например, семейства Буйон, Роан, Шатильон, ла Форс, ла Тремуй. Они были владельцами собственных замков и в случае необходимости могли выставить собственные армии из числа своих многочисленных арендаторов. В сентябре 1588 года на чрезвычайной ассамблее в Ла-Рошели они решили продолжить вооруженное сопротивление. Ассамблея распорядилась о наборе войск, выплата жалованья которым должно было осуществляться, где возможно, за счет общественных фондов. Контролируемая гугенотами часть Франции была разделена на восемь военных округов (cercles), под верховным командованием Генриха де'Бурбона. Благодаря чему, к началу следующего года ими была собрана 25-тыс. армия, способная сопротивляться королевским войскам, начавшим поход против гугенотов на юго-запад, и 24 июня взявших штурмом Сен-Жан-д'Анжели. 4 августа, после десятидневной осады, сдался Клерак. Однако при Монтобане католики встретили стойкое сопротивление. Осада тянулась с 21 августа по 18 ноября, королевская армия буквально растаяла вследствии дезертирства, измены и эпидемии чумы. Из 20 тыс. человек в строю осталось лишь 4 тыс. Генриху де'Гизу пришлось отступить, и даже начать мирные переговоры с гугенотами. Но зима миновала, а результат так и не был достигнут. В апреле 1589 года де'Гиз собрал свою армию в Нанте, откуда предпринял наступление в западном направлении и столкнулся с большой армией гугенотов под командованием Кондэ, опустошившей Бретань и Пуату. 15 апреля королевские войска разгромили Генриха Кондэ при Иль-де-Рье. Вслед за победой была построена крепость (в реальной истории Форт-Луи), господствовавшая над прилегавшими к Ла-Рошели землями. В середине лета восемь тысяч солдат короля стали лагерем близ городских стен. Но вместо того чтобы немедленно штурмовать Ла-Рошель, де'Гиз предпочел начать осаду другой гугенотской твердыни, расположенной несколько южнее — Монпелье. Осажденные ожидали помощи от Генриха де'Бурбона, но 2 августа 1589 года молодой монах, доминиканец Жак Клеман выдав себя за протестанта проник в лагерь гугенотов, нашел доступ к Генриху де'Бурбону — и в то время, как тот читал поданное им прошение, заколол его кинжалом, лишив гугенотов их предводителя. И хотя сам Клеман заплатил за это своей жизнью, но он добился поставленной цели — после кончины Беарнца протестанты распались на несколько враждующих группировок. Наиболее умеренные из них предпочли пойти на компромисс с королем и вымолить себе прощение. Непримиримые избрали своим предводителем Генриха Кондэ. Но у него возникли сложности с набором войск и денежные проблемы. Когда в октябре он предпринял наступление в направлении Монпелье, то обнаружил, что путь прегражден королевской армией, и не отважился дать сражение. Тем самым обрекая Монпелье на капитуляцию, которая произошла 18 октября 1589 года.

Война 1589 года серьезно ослабила позиции гугенотов. Кроме пяти городов они утратили контроль над нижним Лангедоком. Еще держалась Ла-Рошель, но она систематически отделялась от других территорий, находясь фактически в блокаде. Еще хуже было то, что эти неудачи вдохновили крестьян на более активные действия против протестантов. Еще Колиньи в свое время жаловался на то, что крестьян очень легко поднять на погром гугенотов. И в начале 1590 года доведенные до отчаяния многолетней войной и постоянными грабежами крестьяне в ряде южных провинций восстали, серьезно затруднив положение на этих территориях гугенотов.

Стремясь восстановить свой контроль над охваченными пламенем мятежа территориями Генрих Кондэ был вынужден пойти на жесткие репрессии. Целые села сжигались, а их жители полностью уничтожались не взирая на возраст и пол. Разьяренные гугеноты не щадили никого. В ответ ожесточившиеся крестьяне, часто под предводительством местных католических священников, устраивали безжалостные расправы над всеми заподозренными в сочувствии гугенотам и сжигали замки сеньоров-протестантов. Напуганные размахом движения многие исповедующие протестантизм аристократы начали переходить в католический лагерь, официально отрекаясь от своих ''заблуждений''и возвращаясь в лоно римской католической церкви. Королевская власть относилась к таким ''раскаявшимся''довольно милостиво, сохраняя за ними титулы и имущество. Но при этом обрушивая жестокие репрессии на головы ''упорствующих''. На территориях возвращенных под власть Короны протестанты, даже из ''благородного сословия'', подвергались всевозможным утеснениям. Заподозренных в содействии Кондэ либо казнили, либо отправляли на каторгу (как правило гребцами на галеры), их имущество конфисковывалось, а женщин и детей отправляли ''для покаяния и на перевоспитание'' в монастыри и католические школы. Тех же, кто приносил клятву на верность королю, облагали повышенными налогами и ставили на постой солдат.

Правда, воспользоваться столь благоприятным моментом для возобновления наступления католики не смогли по внутренним причинам. 9 мая 1590 года скончался король Карл X, объявивший своим наследником Генриха де'Гиза, который и взошел на трон под именем Генриха IV. Кроме того, королевская казна была пуста и требовалось собрать средства для финансирования боевых действий. Нужда в деньгах вынудила Генриха де'Гиза в очередной раз обратиться за помощью к испанскому королю. Но Филипп II уже израсходовавший на поддержку ''божьего дела'' во Франции за период 1587-1590 годы около 1.5 млн. дукатов на этот раз выдвинул условие — получение денег увязывалось с браком ставшего наследником французского трона Карлом де'Гизом (сыном Генриха) с испанской инфантой Изабеллой Кларой Евгенией. Правда невеста была на пять лет старше жениха, но на такую ''мелочь'' никто не обратил внимания. Тем более, что это брак был выгоден и Гизам — по материнской линии Изабелла была из рода Валуа, и имела право на французский престол. Таким образом брак между Карлом и Изабеллой окончательно укреплял и узаконивал восхождение на трон Гизов.

Осенью 1590 года Генрих IV повел армию на юг, стремясь захватить Беарн, бывшую личную вотчину Генриха де'Бурбона. Приближение королевской армии вызвало раскол среди чинов Беарна, большинство которых стали склоняться с прекращению борьбы. Что, впрочем, легко объяснялось тем, что одновременно с этим, у границ сосредотачивалась крупная испанская армия, готовая, по мнению гасконцев, в любой момент оккупировать этот последний осколок Наваррского королевства. 15 октября, в По беарнские штаты пошли на капитуляцию и лишь умоляли короля о прощении. Двумя днями позже был отправлен в отставку губернатор-протестант и назначен на его место католик. 19 октября официально объявили о союзе Беарна и Наварры с Францией. В то же время было дано распоряжение о восстановлении католического богослужения на обеих территориях, равно как и о возвращении собственности церкви.

Аннексия Беарна Францией подорвала моральный дух защитников Ла-Рошели, последнего крупного оплота гугенотов в стране. Осажденные как с суши, так и с моря ларошельцы не могли рассчитывать самостоятельно, без помощи извне, снять блокаду. Некоторое время они уповали на Кондэ, ставшего после смерти Генриха новым лидером протестантов. Однако многие гугенотские города отказались поддержать его, что привело к затруднениям для Кондэ в сборе денег, необходимых для армии. Он довольно успешно сражался против королевских войск на юге, но постепенно оказался в безвыходном положении в Севеннах. Таким образом, он был не в состоянии прийти на помощь Ла-Рошели. 26 октября крепость решила сдаться на милость короля. Мнения католиков разделились: одни были сторонниками сурового наказания мятежников, другие желали, чтобы наказание понесли лишь предводители. В конце концов Генрих де'Гиз склонился к тому, чтобы проявить милосердие. Ларошельцам была сохранена жизнь, имущество и даже вера, но отнюдь не укрепления и привилегии. У них не было иного выбора, кроме капитуляции. В связи с этим к Генриху направили делегацию. На следующий день его армия вступила в город, получив строжайшие указания не обижать жителей. 18 ноября, определив свои правила для городской администрации, Генрих покинул Ла-Рошель, оставив в городе в качестве гарнизона четыре полка.

В некотором смысле корона обошлась с ларошельцами милостиво, но они лишились всего того, что придавало им совершенно исключительную степень независимости среди прочих французских городов. Управление крепостью было передано королевским чиновникам, а их доходы присвоены короной. Законная власть, которой официально обладал городской муниципалитет, была передана гражданскому и уголовному судьям, действовавшим под началом местного сенешаля. Утрата Ла-Рошелью привилегий, которыми она обладала еще с XIV века, оставила ее беззащитной перед суровостью королевской налоговой политики. Она должна была теперь уплачивать пошлины на импорт и экспорт товаров, и выплачивать ежегодную субсидию, для того чтобы освободиться от тальи. Корона получила также непосредственный доступ к соляным месторождениям близ Ла-Рошели, с которых извлекала высокие пошлины.

Что касается религии, то ларошельцы должны были согласиться с возрождением католичества. Корона разработала положение о реорганизации церковных округов, поддержке священнослужителей и патронаже католической церкви над больницами. Протестантская церковь в центре города превратилась в католическую, хотя гугенотам и разрешили построить новый храм. Были предприняты шаги, чтобы получить от Рима разрешение учредить епископство в Ла-Рошели. Гугенотам запрещалось селиться в городе, если они не жили в там до 1590 года. Что, в купе, привело к росту численности католического населения, которое, спустя десять лет составило большинство, хотя гугеноты продолжали занимать господствующее положение в торговой и морской жизни Ла-Рошели.

Падение Ла-Рошели в 1590 году почти неизбежно вело к капитуляции гугенотов в центральных районах страны. Правда это произошло не сразу, а только после того, как в мае 1591 года королевские войска после десятидневной осады безжалостно разграбили город Прива, что привело другие города к покорности и отказу от борьбы. 28 июня 1591 года в городе Нанте Генрих IV издал эдикт, по которому гугенотам гарантировалась неприкосновенность и право исповедовать их религию, что привело к их умиротворению. И хотя этот эдикт запрещал протестантам занимать государственные должности и накладывал на них ряд ограничений, но уставшие от войны и не видя никаких иных перспектив, кроме бегства из страны, большинство гугенотов пошло на заключение мира и признание власти короля. Принц Кондэ в обмен на полное прощение (и щедрое вознаграждение в 2.5 млн. ливров) сложил оружие, официально объявил о своем возвращении в католицизм и отказавшись от своих прав на престол присягнул на верность королю. Во Франции наконец-то воцарился мир.

Что имело последствия и за ее пределами, поскольку победа католиков во Франции окончательно деморализовала мятежников в Нидерландах, где большинство склонилось к соглашению с испанской короной. В 1592 году в Брюсселе было подписано соглашение, по которому мятежные провинции складывали оружие и признавали власть Испании, но при этом Нидерланды выделялись из числа остальных владений короны, получали широкую автономию (но при этом лишались права свободной торговли с Испанией) и передавались под управление одному из родственником короля Филиппа. Покончив таким образом со своими делами в Европе, Испания наконец-то смогла вернуть свои взоры на Восточное Средиземноморье, где в это время события шли своим чередом.

В мае 1585 года у Дмитрия от Ирины Мстиславской родился сын, названный Иваном. А в ноябре 1586 дочь Мария. В Константинополе произошла перемена патриархов. Султан низверг патриарха Феолипта и на место его возвел в третий раз Иеремию II, находившегося в заточении, и который возвратившись на свою кафедру увидел, что все патриаршее достояние разграблено Феолиптом, кельи обвалились и даже патриаршая церковь Богородицы Всеблаженной, ограблена и обращена в мечеть. Ему велено было строить себе новую церковь и кельи в другом месте Константинополя, а средств не было никаких. И Иеремия поневоле должен был обратиться за милостыней к православным и решился предпринять путешествие на Русь. В начале мая 1588 года он прибыл в Трансильванию, откуда послал письмо русскому царю с просьбой разрешит ему въезд на территорию России. В Киве это известие вызвало легкую сумятицу. Незадолго до этого русское правительство вело с патриархом Феолиптом переговоры об учреждении патриаршества на Руси и даже, зная сребролюбие греков послало в Константинополь крупную сумму денег. И сообщение о смещении проворовавшегося Феолипта и возвращении патриаршего престола Иеремии было для Киева неприятным сюрпризом. Тем не менее разрешение на прибытие Иеремии в Киев было выдано, а местным властям по пути проезда константинопольского патриарха дозволено проявлять приличествующий случаю энтузиазм. Однако само правительство встречало прибывшего 3 июня в столицу Иеремию заметно прохладнее. После многолюдной встречи у ворот столицы Иеремия со спутниками был препровожден на подворье и устроен на житье со всеми почестями, но под крепкой стражей. Никому не дозволялось ни приходить на подворье, ни выходить из него без специального разрешения — ни русским, ни иноземцам, включая живших в Киеве православных с Востока. ''И когда даже монахи патриаршие ходили на базар, — пишет митрополит Иерофей Монемвасийский, — то их сопровождали царские люди и стерегли их, пока те не возвращались домой''.

Через неделю после прибытия патриарха в столицу ему была дана краткая аудиенция у Государя, причем Дмитрий, после окончания обмена дарами бесцеремонно выдворил из палаты всех спутников Иеремии и прямо спросил патриарха: зачем он приехал в Киев, кто, собственно, ведает Константинопольской патриархией, где старый патриарх Феолипт и что сам Иеремия хочет сообщить государю?