Напади загонів УПА на підрозділи й частини Червоної армії тривали також улітку й восени 1945 р. З кінця 1945 — початку 1946 рр. рейдів уже практично не фіксували: повстанці повністю зосередилися на боротьбі проти НКВС і радянських адміністративних структур.
Протистояння між УПА та внутрішніми військами НКВС розпочалося одразу ж після проходження лінії фронту територією, де діяли повстанські сили. З лютого до квітня 1944 р. запеклі бої між куренями та сотнями УПА й внутрішніми військами НКВС розгорнулися в лісах Житомирщини, Бердичівщини, Костопільщини, Кременеччини, Дубенщини. Під час цих зіткнень внутрішні війська втратили 850 осіб убитими. На території Кам’янець-Подільської та Вінницької областей загони УПА-«Південь» провели в січні-серпні 1944 р. 24 бої з військами НКВС.
5 березня 1944 р. секретар Рівненського обкому партії В. Бегма в доповідній записці до ЦК КП(б)У інформував, що лише на території Рівненської області діє 56 великих збройних формуваннь УПА чисельністю 9000 — 10 000 осіб, які за перші дні березня здійснили 7 нападів на районні центри, убивши 109 співробітників НКВС та адміністративних органів радянської влади, а також провели 64 акції в селах, знищивши понад 500 представників радянської влади й сільських активістів. B. Бегма підкреслював, що районний актив боїться покидати райцентри, у багатьох селах зовсім не з’являється, а всі заходи з мобілізації та хлібозаготівлі зірвані загонами УПА.
Уже в середині березня 1944 р. у Рівному було створено оперативний штаб для боротьби з ОУН й УПА. Його роботу організували заступники наркома внутрішніх справ СРСР C. Круглов та І. Сєров. До кінця березня в розпорядження штабу зі східних регіонів СРСР було перекинуто 29 ешелонів внутрішніх військ НКВС, які, за даними С. Круглова, до 7 квітня 1944 р. провели 109 антиповстанських операцій, під час яких убили 2600 повстанців і захопили в полон 3256 підпільників, втративши при цьому 112 службовців НКВС убитими й 90 пораненими. Очевидно, що такі дані навряд чи є цілком об’єктивними. Швидше за все, до числа убитих та арештованих повстанців зараховували й мирне населення, зокрема чоловіків, які ховалися від мобілізації, й інші категорії громадян. Адже попри те, що заступник наркома внутрішніх справ обіцяв найближчим часом «нормалізувати ситуацію», вона не стабілізувалася ще впродовж десятиліття.
Найбільший бій Повстанської армії з радянськими внутрішніми військами відбувся у квітня 1944 р. у районі села Гурба на півдні Рівненської області. З початком квітня, коли зазеленіли дерева, командування УПА-«Південь» віддало наказ своїм з’єднанням концентруватися в лісах на південному сході Рівненщини для того, щоб розпочати масштабний рейд у напрямку сучасних Хмельницької, Вінницької та Черкаської областей з метою вийти до Дніпра. До 20-х чисел квітня 1944 р. у лісах на межі Рівненської й Тернопільської областей зібралося 4000— 5000 бійців УПА-«Південь», з яких 2500—3000 були озброєні, а 1000—1500 — новобранцями. Також у лісах розташувалося кілька таборів із місцевими цивільними чоловіками, які переховувалися від мобілізації до Червоної армії. Велика концентрація людей була помічена радянськими органами безпеки, які 21— 27 квітня 1944 р. провели масштабну антиповстанську акцію на кордоні Рівненської й Тернопільської областей. 21 квітня до сіл поблизу лісу було стягнуто велику кількість внутрішніх військ (за радянськими даними — 15 000 солдатів та офіцерів, за повстанськими — 25 000 — 30 000 з артилерією, легкими танками (15 одиниць), авіацією й кавалерією).
Уранці 22 квітня розпочався масштабний артилерійський обстріл і бомбардування лісів, які тривали протягом доби з невеликими перервами. Зранку 23 квітня війська НКВС почали наступ на позиції повстанців, який місцями переростав у рукопашний бій. Після цілоденних зіткнень повстанці відійшли на нові оборонні рубежі в районі сіл Гурби, Велика Мощаниця, Чернява, Святе, Грабовець і вздовж річок Замишівка й Понура. Військам НКВС протягом першого дня боїв вдалося відрізати від основних сил і розбити курінь О. Кайдаша (Лиха), а також знищити табір утікачів від мобілізації. 24 квітня найзапекліші бої з використанням авіації, танків та артилерії розгорілися в районі Гурб, де бійці внутрішніх військ намагалися прорвати повстанську оборону. За іронією долі Гурби обороняв курінь І. Сала (Мамая) — колишнього майора Червоної армії, уродженця Полтавщини, який після втечі з німецького полону в 1943 р. приєднався до УПА. Під час бою під Гурбами війська НКВС втратили підбитими два танки, але не зуміли зламати оборону супротивника. Протягом ночі на 25 квітня командування оточених повстанських з’єднань ухвалило рішення розділитися на три групи й під ранок вирватися з оточення в трьох різних напрямках. Рано-вранці 25 квітня 1944 р. повстанці групами приблизно по 1000 бійців прорвалися в напрямку дерманського й суразького лісових масивів.
Протягом 26—27 квітня 1944 р. війська НКВС здійснювали «зачистку» лісу й навколишніх сіл, а переслідування з’єднань УПА, які відступали, не було організоване. Протиборчі сторони подали діаметрально протилежні дані про втрати. За радянськими звітами, війська НКВС у боях втратили тільки 11 убитих і 46 поранених проти 2018 убитих і 1570 полонених упівців. За повстанськими звітами, енкавеесівці втратили до 2000 убитими проти 200 повстанців і 100 цивільних, які ховалися в лісах. Більш-менш точні дані про втрати УПА можна почерпнути зі звітів НКВС про захоплену зброю. Чекісти після бою як трофей мали один літак У-2, сім гармат калібру 45 мм, 15 мінометів, 42 ручні кулемети, 31 МП (МП-40, пістолет-кулемет німецького виробництва), 298 гвинтівок, 5 мотоциклів, 120 возів і 129 коней, 56 т зерна. Зважаючи на кількість зброї, можна припустити, що підрозділи УПА втратили близько 400 осіб убитими й полоненими. Скільки загинуло цивільних чи втікачів від мобілізації, сказати складно; також залишається таємницею кількість убитих енкавеесівців, але, очевидно, ідеться також про кількасот осіб.
Черговий масштабний бій між УПА й військами НКВС відбувся 17 вересня 1944 р. у районі села Урмань Бережанського району Тернопільської області. Після невдалої акції із зачистки лісу до повстанської засідки потрапила 3-тя рота 187-го батальйону внутрішніх військ НКВС, яка була майже повністю знищена перехресним вогнем. У бою загинуло 97 військовослужбовців НКВС.
Наприкінці вересня 1944 р. розвідка НКВС отримала інформацію про перебування великого повстанського з’єднання в лісах на північ від райцентру Перемишляни Львівської області. Ішлося про курінь «Сіроманці» (чисельністю близько 1000 бійців) під командуванням колишнього лейтенанта-танкіста Червоної армії, полтавчанина Д. Карпенка (Яструба), який у другій половині вересня 1944 р. прибув на територію Перемишлянського району з Тернопільської області. 30 вересня 1944 р. 19-та бригада внутрішніх військ НКВС, якою на той час командував підполковник Бромберг, посилена чотирма танками, оточила ліс і почала артобстріл та атаки. З 9.00 до 23.00 було проведено 22 безуспішні спроби захопити повстанські позиції. Уночі упівці відступили до села Пнятин і зайняли нові оборонні рубежі. Наступного дня в боях під Пнятином енкавеесівці втратили підбитим один танк, а повстанці зуміли вирватися з оточення й відійти в північному напрямку. Унаслідок боїв обидві сторони зазнали значних втрат. Курінь УПА втратив 165 осіб убитими й 15 полоненими, а 19-та бригада НКВС — 170 убитими.
Чи не найбільш дошкульним ударом по українському самостійницькому підпіллю на початку 1945 р. стало вдале «полювання» на командувача УПА-«Північ» Д. Клячківського (Клима Савура). Здобувши агентурну інформацію про заплановане на 30 січня 1945 р. перебування Д. Клячківського на хуторі Оржів Клеванського району Волинської області, радянські спецслужби спланували й вдало провели Клевансько-оржівську операцію. Силами 20-ї й 24-ї бригад внутрішніх військ НКВС було заблоковано найближчі ліси й населені пункти в районі Оржева. Під час «прочісування» лісу 10 лютого 1945 р. бійці 233-го батальйону 20-ї бригади внутрішніх військ несподівано натрапили на групу з трьох повстанців, які спробували вислизнути з оточення. Після бою й переслідування упівці були вбиті. Ними виявилися Д. Клячківський, його помічник Б. Куницький та охоронець М. Колосюк.
Попри важкі втрати, загони УПА не зменшували активності. Протягом липня-листопада 1944 р. тільки на Волині й Поліссі упівці здійснили 800 нападів на військові, господарські та адміністративні об’єкти. Намагаючись розширити територію свого впливу, повстанське командування наприкінці 1944 р. активізувало рейдову війну. Зокрема, 12 грудня 1944 р. загін УПА «Стародубський» вирушив у рейд на територію Білорусії, пройшовши з боями понад 300 кілометрів північніше від річки Прип’ять і 10 січня 1945 р. повернувшись на українське Полісся. На зламі 1944—1945 рр. територією Житомирської та Київської областей просувалися сотні зі з’єднання УПА «Хмельницький».
Рейдували упівці досить значними силами. Так, за даними радянських спецслужб, 25 грудня 1944 р. група повстанців чисельністю близько 200 бійців зайняла село Хотино Олевського району Житомирської області, а наступного дня інший відділ УПА чисельністю понад 100 осіб увійшов до села Кам’янка. Під час спроби перетнути річку Дніпро й дістатися Чернігівщини було розбито з’єднання УПА «Базар». Північною Житомирщиною й Київщиною в перші місяці 1945 р. рейдували з’єднання «Крути» та «Петлюра». Окремим групам повстанців зі з’єднання «Петлюра» вдалося протриматися на Київщині до середини 1945 р. У цей самий час, за даними НКВС, на території сучасної Хмельницької області просувалося 10 повстанських груп, які з листопада 1944 р. до лютого 1945 р. провели 79 боїв із внутрішніми військами. До кінця листопада 1944 р. Вінницькою областю рейдували загони УПА-«Південь» під командуванням Вира та Ясеня.
Для боротьби з повстанським рухом радянські спецслужби невпинно нарощували свою присутність у регіоні. На початку осені 1944 р. до Волинської, Рівненської, Львівської, Тернопільської, Дрогобицької та Станіславської областей було передислоковано понад 32 000 бійців внутрішніх військ, танковий батальйон (22 танки), 5 бронепоїздів (екіпаж — 7700 осіб). Окрім цих сил, до боротьби з повстанцями залучили чотири прикордонні полки, 2000 оперативних співробітників НКВС, декілька тисяч бійців внутрішніх військ, які дислокувалися в Житомирській, Кам’янець-Подільській, Вінницькій та Київській областях, армійські частини й до 10 000 колишніх партизанів. Загалом постійно проти УПА наприкінці 1944 р. боролося щонайменше 70 000 осіб, для збільшення мобільності яких було виділено 200 вантажних автомобілів.
