Тож кримський хан став грозою для своїх північних сусідів саме завдяки міграції ногайців з-за Волги. Перший масовий приплив ногайців на терени Кримського ханства стався 1502 року внаслідок розгрому Великої Орди, підтримуваної Едигейовичами. Сім років по тому Менглі Герай, як свідчить хроніка Олександра Гваньїні, вивів з берегів Дона близько 70 тис. ногайців, «чим він дуже зміцнився». Цей хроніст зазначив спосіб, до якого вдався хан, щоби одноразово впокорити таку велику кількість кочовиків (хоч і, вочевидь, завищену): він спершу захопив кочові аули — жінок та дітей (а також, певно, і худобу — головне багатство кочовиків); чоловіки ж, перебуваючи на віддалі, зібравшись у військові загони, тоді мусили прийняти ханську владу як умову повернення їхніх сімей. Вочевидь, у такий саме спосіб володарям Криму вдавалося, зокрема 1516 року, накидати свою владу на інші великі групи ногайців. Але загалом, ногайське населення в Кримському ханстві ще півстоліття не було надто численним, а Ногайська Орда становила ворожу щодо нього силу.
Міграції ногайців до Північного Причорномор’я почастішали із середини XVI століття, коли в Ногайській Орді спалахнула кривава усобиця. Її винуватцем був Ісмаул-бій, котрий здобув владу незаконно, вбивши бія Юсуфа. Не маючи підтримки в багатьох ногайських мурзах, він знайшов її в московського царя Івана IV, якому й допоміг 1556 року зруйнувати Астраханське ханство. Завоювання Московією Нижнього Поволжя зламало весь усталений на той час порядок речей: порушило караванні шляхи та пов’язану з ними інфраструктуру, зруйнувало чітку систему використання пасовищ кочовиками, що незабаром призвело до страшного голоду. Астраханські воєводи, дбаючи про зміцнення своєї влади, доклали зусиль до того, щоб посилити криваву ворожнечу серед ногайців, втягуючи до неї їхніх сусідів. Іван IV міг тішитися результатами своїх діянь, отримуючи такі повідомлення: «Нагаи... изводятца, людей добрых (заможних, — В. Г.) у них мало. Да голодни необычно и пеши нагаи (втратили коней та худобу. — В. Г.), много с голоду людей мрет, а друг другу не верят меж себя и родные братья. Земля, государь, их пропала, друг друга грабят». Ногайський епос відобразив ті події як вселенську катастрофу, а бія Ісмаула — уособленням вселенського зла. Так був зламаний хребет молодої кочівницької імперії, котра не встигла скористатися своїм величезним політичним та етноінтеграційним потенціалом.
Відтоді починається затяжний розпад Ногайської Орди. Першими відкололися улуси Ших-Мамая — одного зі старших братів Ісмаул-бія; вони відійшли на схід, до р. Емба, якій завдячує їхня назва — джембуйлуки. Тут вони зав’язали тісні відносини з казахами, пізніше — калмиками, намагаючись залучити їх до ногайординських справ. Власне, завдяки джембуй-луковцям калмики й прийшли до Нижньої Волги. Дещо згодом сформувалася ногайська спільнота єдисанців (від еди сан — сімдесят тисяч, що підкреслювало їхню велику чисельність). Та найбільша опозиція неправедному Ісмаул-бію згуртувалася довкола Кази-мурзи (Гази бен Урак) і дістала назву Малого Ногаю (інакше — казиївці). Отже, ті улуси, що лишилися під владою Ісмаула, звалися Великим Ногаєм; пізніше за ними закріпилася назва єдичкульців. Ногайської Орди як єдиного державного цілого вже не було.
Переслідувані великими ногаями, малі ногаї відійшли під захист турецької фортеці Азов і прийняли до себе правити Алди Гірея, сина тодішнього кримського хана Девлет Гірея. 1569 року 30 тисяч казиївців взяло участь у невдалому поході османо-кримських військ на Астрахань та відступило спільно з ними. Згодом Алди Герей вийшов з послуху кримського хана і створив у Північному Приазов’ї осібне володіння, у більшості покладаючись на казиївців; їхнім кочів’ям на той час було побережжя річок Овечі Води, Самара та Міус. Алдигіреєва столиця, місто Боли Сарай, розташоване на річці Кальміус, зруйнував 1584 року кримський калга Алп Герей. Опісля того малі ногаї мігрували до Східного Приазов’я й правого берега Кубані. 1635 року між спадкоємцями Кази-мурзи сталась усобиця, під час якої значна частина їхніх улусів опинилася в Перекопському степу. Наступного року кримському ханові вдалося завести до Криму близько 12 тисяч малих ногаїв і розселити їх «нарізно, по п’ять осіб на село»; решта ж опинилася в найбільш західному закутку євразійського степу — Буджаку (степове межиріччя Дунаю та Дністра). Значно втративши у своїй чисельності, малі ногаї змістили свої кочів’я до степів, дотичних до середньої та нижньої течії Кубані, та мусили устійнити своє підданство Кримському ханству. У XVIII ст. вони виступали під назвою Кубанської орди, яку поповнило багато пізніших мігрантів — вихідців з інших ногайських відгалужень.
Опиняючись у причорноморському степу, ногайці намагалися якомога швидше пройти околиці Перекопу, аби не втрапити через його браму в Крим і не стати «брудними селянами». Кочування в Побужжі, пониззі Дніпра або в Північному Приазов’ї було для них небезпечним через запорозьке козацтво, яке вдавалося до «луплення татарських чабанів», себто нападало на незахищені кочові аули, що розсіювалися для кочування. Тривале кочування великим, скупченим колективом — куренем (з монгольської: коло; в курені збивалися кочові аули в разі небезпеки) — загрожувало витолоченням пасовищ, а відтак могло призвести до втрати худоби та голоду. Тому ногайці шукали найбільш безпечних районів степу. Такими були околиці найбільших турецьких фортець у регіоні: Азов, Очаків та Аккерман (Білгород-Дністровський). Згуртованих довкола них кочовиків, у більшості ногайців, джерела другої половини XVI — початку XVII століть називали відповідно Азовською, Очаківською та Білогородською ордами або козаками. Слово «козак» у тодішньому тюркомовному світі адресувалося особам без певного статусу. Одним із відомих козаків свого часу був Кази-мурза, котрий, виступивши проти свого володаря (хоч і сумнівного), в очах тодішньої монархічної свідомості вважався поза законом. Утім, він згодом «легалізувався» через визнання кримського хана за свого сюзерена. Деякі групи ногайців наважувалися кочувати в Перекопському степу, вочевидь, діставши гарантії від правителів Криму в тому, що їх не потягнуть через Перекопську браму. У польських джерелах їх спільно з кримськими татарами називали Перекопською ордою.
Для ногайських мігрантів кочування в Північно-Західному Причорномор’ї, у Буджаку, було значно вигіднішим, ніж на будь-якій іншій ділянці причорноморського степу. Тут їм менше дошкуляло прискіпливе око кримських урядовців, та й від нападів запорожців їхні аули почувалися в більшій безпеці. Ще однією важливою перевагою було близьке розташування густонаселених і багатих країн, у яких вони, часто беручи участь у війнах Османської імперії, могли отримувати багату здобич та ще й здобувати в ісламському світі славу звитяжних воїнів-ґазіїв — передового загону в боротьбі з ворогами-християнами.
Перший великий приплив ногайців до Буджака стався після невдалого османо-кримського походу на Астрахань 1569 року. За наказом кримського хана тут розмістили до 30 тисяч «астраханско-ногайських сімей», мабуть, включно із частиною малих ногаїв. Прийшлим ногайцям доводилося утворювати складні поєднання з місцевими тюркомовними кочовиками, яких дослідники відносять до залишків половецького (західно-кипчакського) та більш раннього, печенізького, населення. Вірогідно, саме воно склало початкову основу Білогородської орди, яку в середині XVI століття зазначив литовський посол до Криму Михалон Литвин. Цей самовидець також зауважив і «добруджських татар». Йдеться про тюркомовне населення Добруджі — регіону в правому пониззі Дунаю, розташованому між його дельтою та містами Силістра і Варна. Дослідники не мають певності щодо походження цього населення, пов’язують його то з печенігами й половцями, то огузами, що прийшли з Туркменії через Анатолію, і виводять від нього сучасних гагаузів.
Подальше збільшення кількості ногайських мігрантів на теренах Кримського ханства було наслідком розпаду Великого Ногаю. Московія чинила фронтальний наступ на степ засобом будівництва мережі «засічних ліній». Значних ударів по залишках Ногайської Орди завдавало підвладне Москві донське, яїцьке і терське козацтво. 1578 року козаки розгромили ногайську столицю — місто Сарайчик. Примітно те, що один з учасників того розгрому, Іван Кольцо, спільно з Єрмаком нищив Сибірське ханство 1582 року; тоді ж він завдав ще одного удару по ногайцях. Залишки ногайської держави змели калмики, котрі мігрували з Джунґарії до волго-яїцького межиріччя й остаточно закріпилися тут у 30-ті роки XVII століття, прийнявши московське підданство. У ті часи зникли останні носії ногайординських титулів, які могли претендувати на продовження Едигейової династії. Відтепер, згідно з поняттями тієї монархічної доби, ногайці мусили перебувати під владою того чи іншого сюзерена, вибирати між калмицьким ханом, підвладним Москві, або кримським ханом, контрольованим зі Стамбулу. І багато їх схилялося до останнього.
Ногайське населення Буджака значно збільшилося в перші десятиліття XVII століття, що дозволило Кантемір-мурзі, представникові роду Дивеївих (відгалуження кримських Мангитів), вправно протиставляти його місцевій тюркській знаті. Вивищення Кантеміра сталося завдяки його активній участі в Хотинській війні 1621 року. Уряд Османської імперії (Порта) був не вдоволений поведінкою кримського хана в тій невдалій для себе війні і тому передав представництво своєї влади в регіоні Кантемір-мурзі, призначивши його правителем Сілистрії й Бессарабії (Добруджі та Буджака). Виведений з підпорядкування Бахчисараю, він мав звітувати лише турецькому султанові. Це був величезний удар по владних прерогативах Кримського ханства, що призвів не лише до вилучення Північно-Західного Причорномор’я з числа його володінь, але й посилення впливу Мангитів у Бахчисараї. Їхнім опертям були ті самі ногайці, чисельність яких у Криму теж стрімко зростала. Це і стало головною причиною антиосманського виступу кримського хана Мехмед Гірея та калги Шагін Гірея. 1624 року вони пропонували королю Речі Посполитої Сигізмунду III спільно виступити проти Кантеміра й виселити ногайців з Буджака до Криму, обіцяючи йому за те визнання за ним права на фортеці Аккерман, Тягиня й Кілія. Король хоч і відхилив цей авантюрний план, але не перешкоджав запорозьким козакам укласти союз із кримцями та спільно з ними воювати проти Кантеміра.
Кантемір-мурза вийшов переможцем у тій війні й добився призначення Портою свого ставленика на кримський престол — Джанібек Гірея. Його правління в 1628—1635 роках позначене подальшим ростом впливу Кантеміра на Бахчисарай, а також новим масовим припливом ногайців і більш тісним залученням їх до конфлікту всередині Кримського ханства. З інтронізацією Інайєт Гірея 1635 року боротьба кримської знаті проти Кантеміра набула нових обертів. Кримці знову вийшли з послуху Османам і уклали союз із запорожцями. Однак головну ставку Інайєт вирішив робити не на них, а на великих ногаїв, на той час зосереджених у межиріччі Дона й Волги і розділених усобицею між родами Тінмаметівих і Урмаметівих. Складна перипетія усобиці 1636 року привела обидва відгалуження на правий берег Дона, де вони в описаний вище спосіб опинилися під владою кримського хана, котрий і спонукав їх рушити проти Кантеміра. Останній, зміцнившись виведенням з Криму малих ногаїв, певний час протистояв військам, зібраним Інайєт Гіреєм, але згодом мусив шукати допомоги в Стамбулі. Тоді хан спустошив Буджак, однак не зміг закріпити свій успіх через раптовий непослух ногаїв, які вбили його калгу і погрожували атакувати Крим. Аби запобігти тому, кримська знать домовилася з Портою про видання Інайєта і погодилася прийняти призначеного нею нового хана. Тим часом донські козаки, скориставшись кримською смутою, захопили Азов, полишений без прикриття з боку Криму й малих ногаїв. Турецький султан Мурад IV визнав Кантеміра та Інайєта головними винуватцями цього болісного удару по могутності Османської імперії та піддав їх страті.
