Очень скоро выяснилось, что Иеремии и в голову не приходило заботиться об учреждении патриаршего престола в Москве. Он много рассказывал о себе: как управлял Константинопольской патриархией, как был оклеветан перед султаном, как к тому же Феолипт подкупил турецких пашей, обещая давать султану на две тысячи дукатов в год больше. В результате султан велел быть патриархом Феолипту, а Иеремию сослал на Родос. Однако честолюбивый Феолипт переоценил возможности пополнения патриаршей казны. На пятый год патриаршества Феолипт был отставлен султаном, турки разграбили патриарший двор, а из церкви сделали мечеть. Иеремия был возвращен из ссылки и получил распоряжение султана строить патриарший двор и церковь в другом месте Константинополя. Денег не было — и патриарх с разрешения султана отправился за подаянием. Что же касается учреждения на Руси собственного патриаршества, то тут Иеремия проявил упорное нежелание способствовать его учреждению — нежелание, свойственное вообще восточному духовенству, утратившему былое богатство и влияние и потому особенно рьяно отстаивавшему свое номинальное первенство в церковной иерархии. Дмитрий не стал действовать в лоб. Вернув Иеремию и его спутников на подворье, царь словно забыл о них. Недели шли за неделями, русское правительство не обращало на константинопольского патриарха никакого внимания, приставленные к Иеремии люди вели с ним ничего не значащие беседы. А само подворье было строго изолировано от внешнего мира. По сути константинопольский патриарх оказался в безвыходном положении. Без получения милостыни от русской казны нечего было и думать о возвращении назад в Константинополь, где вряд ли бы обрадовались нищему патриарху. С другой стороны затягивание ''сидения'' в Киеве угрожало Иеремии возможным смещением с кафедры и избранием патриархом другого лица.

Одновременно с этим сменило тактику и русское правительство. Не требуя от Иеремии учреждения русского патриаршества напрямую, оно стало избрало окольный путь. Охранявшие патриарха русские приставы как бы невзначай стали намекать Иеремии, что на Руси были бы не против иметь своим патриархом его самого, что оказалось достаточно для самолюбивого патриарха уже успевшего сравнить свою бедствование в Константинополе с достаточно роскошной жизнью в Киеве, и потому приняв намеки своей охраны за желание самого царя и его окружения он сам выступил с инициативой остаться в Киеве навсегда и перенести сюда патриарший престол. Тем более у него не было резонов заподозрить русских в лукавстве. Для всех было очевидно, сколь выгодно Российскому государству переманить к себе первого по значению вселенского патриарха, перенести в Киев или Москву его престол. Даже в том случае, если бы в Константинополе на место Иеремии поставили другого патриарха, русская патриархия, опираясь на идею ''пренесения'' к ней всех святынь с Востока, могла бы претендовать на главное место во Вселенской Православной Церкви. Но относившийся с пренебрежением к ''северным варварам'' Иеремия и его греческое окружение и не подозревало о том презрении, с которым русские относились к своим единоверцам из Эллады. За прошедшие более чем столетие с момента завоевания Константинополя турками греческие священники во множестве прибывавшие на Русь за милостыней или для продажи ''реликвий'' (часто фальшивых, из-за чего еще при Василии III был издан указ о тщательной проверке привозимых греками для продажи ''святынь''), уже успели зарекомендовать себя с не лучшей стороны, а само слово ''грек'' стало синонимом лукавого и двуличного человека. И для русских властей согласие Иеремии о переносе патриаршего престола на Русь было нужно только для того, что этим свои решением он фактически признал, что Россия достойна иметь патриарха.

В результате, после полугодового перерыва царь Дмитрий Иоаннович, посоветовавшись с супругой и поговоря с боярами, объявил о необходимости учреждения в России патриаршества, но так, чтобы константинопольский патриарх Иеремия не стал патриархом Киевским.

''И мы о том, прося у Бога милости, помыслили, — говорилось от царского имени, — чтобы в нашем государстве учинити патриарха, кого Господь Бог благоволит: буде похочет быти в нашем государстве цареградский патриарх Иеремия — и ему быти патриархом в начальном месте Вильно, а в Киеве митрополиту по-прежнему; а не похочет цареградский патриарх быти в Вильно — ино бы в Киеве учинити патриарха из российскаго собору, кого Господь Бог благоволит''.

После чего грекам было дано задание решить вопрос о патриаршем престоле в России соборно, и предложено Иеремии ''быти на патриаршестве в нашем государстве на престоле Виленском и всея России''. В ответ Иеремия заявил о том, что он очень хотел стать патриархом на Руси; тем более, что султан все равно уже разорил Константинопольское патриаршество. Но при этом, согласившись патриаршествовать в России, отказался ехать в Вильно, заявив, что ''Мне в Вильно быть невозможно, потому что патриарх при Государе всегда''.

Впрочем, мнение греков русских уже не интересовало. Сразу же после ответа Иеремии от царского имени об этом было четко и определенно заявлено боярам:

''Мы помыслили было, чтобы святейшему Иеремии быть в нашем государстве на патриаршестве Виленском и всея России, а в царствующем граде Киеве быть по-прежнему отцу нашему и богомольцу митрополиту Дионисию. Но святейший Иеремия на виленском патриаршестве быть не хочет, а соглашается исполнить нашу волю, если позволим ему быть на патриаршестве в Киеве, где ныне отец наш митрополит Дионисий.

И мы помыслили, что то дело не статочное: как нам такого сопрестольника великих чудотворцев Петра, и Алексия, и Ионы, и мужа достохвальнаго жития, святаго и преподобнаго отца нашего и богомольца митрополита Дионисия изгнать от Пречистыя Богородицы и от великих чудотворцев и учинить греческаго закона патриарха?! А он здешняго обычая и русскаго языка не знает, и ни о каких делах духовных нам нельзя будет советоваться без толмача.

И ныне, — объявлялось царское решение, — еще бы посоветоваться с патриархом о том, чтобы он благословил и поставил на патриаршество Киевское и Московское из российскаго собора отца нашего и богомольца Дионисия-митрополита по тому чину, как поставляет патриарха Александрийскаго, Антиохийскаго и Иерусалимскаго.

И чин поставления патриаршескаго у него, Иеремии, взять бы, чтобы впредь поставляться патриархам в Российском царстве от митрополитов, архиепископов и епископов. А митрополиты бы, и архиепископы, и епископы поставлялись от патриарха в Российском царстве — а для того бы учинить митрополитов и прибавить архиепископов и епископов, в каких городах пригоже''.

Неизвестно, какие ''аргументы'' еще привели Иеремии, чтобы окончательно сломить его, но в конце концов он сдался. 17 января 1589 года состоялось заседание царя Дмитрия Иоанновича с Освященным Собором, на котором духовенство во главе с Дионисием формально одобрило замысел государя и ''положилось на его волю''. 19 января царь, митрополит и Освященный Собор приговорили направить делегацию церковных иерархов к патриарху Иеремии для ''совета'' о предстоящих церемониях. А 26 января было произведено торжественное поставление Дионисия в патриархи. После чего, щедро отсыпав грекам денег их отпустили домой.

Правда, на этом дело не закончилось. Долгая осада константинопольского патриарха и поведение монемвасийского митрополита, который до последнего сопротивлялся установлению на Руси патриаршества, свидетельствовали, что при утверждении новой патриархии православным Востоком может возникнуть серьезное сопротивление. В такой ситуации позиция Иеремии становилась особенно важной. Когда патриарх, покидая Россию, уже доехал до границы, его нагнал царский посланник с дополнительным денежным пожалованием, грамотами от царя обещавшими дальнейшие милостыни. Особая грамота была направлена турецкому султану. Царь Дмитрий Иоаннович просил его, во имя дружбы между государствами, ''держать патриарха Иеремию в бережении, по старине, во всем''. Русское правительство не желало, чтобы Иеремия был свергнут прежде, чем соборно утвердит учреждение нового патриаршества.

Грамоту восточных иерархов, утверждающую поставление первого русского патриарха, привез в Киев митрополит Тырновский Дионисий только в июне 1591 года. Константинопольская Уложенная грамота о русском патриаршестве была подписана Иеремией, антиохийским патриархом Иоакимом, иерусалимским патриархом Софронием, 42 митрополитами, 19 архиепископами и 20 епископами в мае 1590 года. Она сильно отличалась от киевской грамоты, прежде всего тем, что восточные архиереи отводили русскому патриарху последнее, пятое место после патриарха Иерусалимского (а не второе, как в русском варианте грамоты).

Об этом прямо говорилось в грамоте царю Дмитрию: ''...признаем и утверждаем поставление... патриарха Дионисия, да почитается и именуется он впредь с нами, патриархами, и будет чин ему в молитвах после Иерусалимскаго''. В грамоте к Дионисию восточные патриархи с Освященным Собором писали: ''Имеем тебя всегда нашим братом и сослужебником, пятым патриархом, под Иерусалимским'' — и предлагали признавать константинопольского патриарха ''начальным'' себе.

В Киеве, однако, с беспокойством заметили, что поручение выполнено не до конца: Уложенная грамота не имела подписи второго по значению в Восточной церкви александрийского патриарха. Прежний александрийский патриарх Сильвестр оставил престол, а его преемник Мелетий Пигас резко отчитал Иеремию за самоуправное и незаконное создание новой патриархии. Известный ученый-богослов, строгий канонист и весьма влиятельный на Востоке архиерей потребовал отменить это решение. ''Я очень хорошо знаю, — писал Мелетий Иеремии, — что ты погрешил возведением Российской митрополии на степень патриаршества, потому что тебе небезызвестно (если только новый Рим не научился следовать древнему), что в этом деле не властен один патриарх, но властен только Синод, и притом Вселенский Синод; так установлены все доныне существующие патриархии.

Поэтому ваше святейшество должно было получить единодушное согласие остальной братии, так как, согласно постановлению отцев Третьяго Собора, всем надлежит знать и определять то, что следует делать, всякий раз, когда рассматривается общий вопрос. Известно, что патриарший престол не подчиняется никому иному, как только Католической церкви...

Я знаю, что ты будешь поступать согласно этим началам, и то, что ты сделал по принуждению, по размышлении уничтожишь словесно и письменно!''

Русское правительство предвидело это затруднение, а возможно, получило информацию о позиции Мелетия Пигаса, которую могли поддержать многие на Востоке. В феврале 1592 года осыпанный милостями митрополит Дионисий Тырновский отбыл из Киева, везя с собой богатые подарки всем четырем патриархам. В грамоте Мелетию от царского имени предлагалось особо известить государя ''о утверждении'' патриарха Дионисия.

Царь Дмитрий и патриарх Дионисий официально уведомляли каждого из четырех восточных патриархов, что Российская патриархия претендует на третье место во Вселенской Церкви. Льстя Иеремии, московские власти соглашались считать его главой православия вместо ''отпадшего'' Римского Папы. Александрийского патриарха Мелетия приходилось опасаться — и его признали вторым по значению. На большие уступки милостынеподатели соглашаться не желали.

''Мы, Великий Государь, — значилось в русских грамотах, — с первопрестольником нашим Дионисием патриархом, и с митрополитами, архиепископами, и епископами, и со всем Освященным Собором нашего великаго царства советовав, уложили и утвердили навеки: поминать в Киеве и во всех странах нашего царства на божественной литургии благочестивых патриархов, во-первых, Константинопольскаго вселенскаго, потом Александрийскаго, потом нашего Российскаго, потом Антиохийскаго, наконец Иерусалимскаго''.

В феврале 1593 года в Константинополе составился новый Собор восточных иерархов во главе с Иеремией Константинопольским, Мелетием Александрийским (он распоряжался и правом голоса недавно умершего Иоакима Антиохийского) и Софронием Иерусалимским. Русские подарки оказали самое благотворное влияние на Мелетия, игравшего ведущую роль на Соборе. Ссылаясь на канонические правила, он успешно доказал правильность действий константинопольского патриарха и законность учреждения Российской патриархии. Однако, ссылаясь на другие правила, наотрез отказал новой патриархии в притязаниях на третье место во Вселенской Церкви. Это решение было единодушно принято и подписано участниками Собора.

Учреждение в России патриаршества было с полным соблюдением формальностей признано Восточной Православной Церковью, но русскому патриарху отводилось лишь пятое место в ряду других патриархов. Многольстивые послания Мелетия Пигаса царю, царице и патриарху Дионисию, сопровождавшие соборное деяние, не могли скрасить недовольства русских таким решением. Однако, на данном этапе, в Киеве решили не настаивать. Главное было сделано — возникла пятая по счету патриаршая кафедра. Русская Церковь считавшаяся доселе только одною из митрополий Константинопольского патриархата, сделалась сама независимым патриархатом и самостоятельною отраслью церкви вселенской.

Впрочем, за церковным переустройством на Руси не забывали и о делах более насущных. Неудача с попыткой посадить в Крыму ''своего'' хана, а также отказ австрийских Габсбургов от заключения военного союза и конкретных договоренностей, временно остудила ''горячие головы'' и снизило влияние ''партии войны''. Кроме того в 1587 году во всей Восточной Европе стояла продолжительная и суровая зима. В Крыму снег лежал в течении пяти месяцев. В районе Пскова сильные снегопады прошли в конце мая. Значительная часть посевов пострадала и начался голод. В этой обстановке правительству было не до широких экспансионистских планов. И русская политика временно приобрела вновь оборонительный характер. В 1588 году по приказу царя в устье Терека было заложена еще одна Терская крепость. В то время как старая Терская крепость (на месте впадения Сунжи в Терек) была усилена и переименована в Сунженскую. Однако замышлявшийся до этого военный поход на шамхала тарковского был отменен (первоначально строительство новой Терской крепости задумывалось как начало боевых действий против турок и их союзников в Дагестане). Что повлияло и на позицию персидского шаха Аббаса I, который видя нежелание России вступать в войну против Турции, принял окончательное решение о заключении в 1590 году мира с Османской империей, который по договору отходили почти весь Азербайджан с Тебризом, Армения, Грузия, Карабах, а также западные области Ирана (Нехавенд, Луристан, Шахризур). Граница прошла с севера на юг от Каспийского моря по линии Зенджан — Хамадан до Персидского залива. Не смотря на крайне тяжелые условия мирного договора, Аббас тем не менее пошел на них, поскольку нуждался в передышке как для отражения агрессии узбеков на свои восточные владения, так и наведения порядка внутри страны.

В свою очередь вдохновленная победой Турция покончив с войной на востоке повернула свои взгляды на запад, где у нее как раз возник конфликт с Австрией, государь которой, император Священной Римской империи Рудольф II отказался выплачивать Османской империи ежегодную дань в 200 тыс. дукатов. Впрочем, дело было не только в этом. На новую войну Турцию толкало и внутреннее положение в стране. В XVI веке положение крестьянства Османской империи ухудшилось из-за серьезных финансовых затруднений страны. Государственную казну опустошали все возраставшие военные расходы, содержание огромного штата двора султана, центральной администрации. Все чаще в обращение выпускались неполноценные монеты, вследствие чего вес турецкого акче по сравнению с началом века снизился к концу столетия в два раза.