Маючи ж за собою татарську допомогу, гетьманський уряд переходить в наступ і наприкінці травня блокує заколотників у Полтаві. Після двотижневої облоги міста Виговський віддав наказ про підготовку до штурму. Розуміючи катастрофічність наслідків збройного розв'язання громадянського конфлікту, полковник Пушкар встановлює контакти з гетьманським урядом та висловлює готовність особисто зустрітися з Виговським і спробувати спільними зусиллями зупинити катастрофу. Однак іншими були настрої в оточенні полковника. Довідавшись про миролюбні плани Пушкаря, радикально налаштовані старшини й козаки полковника з міста не випустили і «миритися з гетьманом не веліли». Натомість козаки-неофіти, переважно вчорашні «дейнеки і гультяї з винокурень і буд», вимагали від заслуженого старшини (до слова, одного з найдосвідченіших козацьких полководців, за плечима котрого був багатющий досвід кампаній 1649 і 1651 рр.) не зважати на військову перевагу супротивної сторони та першими його атакувати.
Встояти перед натиском свого оточення Мартин Пушкар не зумів і в ніч з 31 травня на 1 червня віддав наказ про штурм табору Виговського. Захопивши гетьманців зненацька, повстанцям вдалося відбити в них артилерію та на чверть милі вибити з табору. Контрудар Виговського дещо вирівняв ситуацію, але своєчасна допомога Пушкарю з боку кошового отамана Барабаша знову віддала ініціативу в руки заколотників. Оволодівши гетьманським табором удруге та захопивши при цьому гетьманський скарб, «різні п'яниці, — пише Самійло Величко, — коло куф горілчаних засівши, вже не сподівалися відміни своєму щастю». Тим часом Виговський, котрому пощастило вирватися з оточення, зумів переформувати власні сили та привів на поле бою татарську кінноту. Розпорошені противником гетьманці, побачивши бунчук Виговського, припинили відступ і вдарили по пушкарівцях.
Цього разу Фортуна була на боці урядових сил. У бою під Полтавою Виговський спільно з Ордою знищив близько 15 тисяч повсталих. Загинув у бою і вождь повсталих козаків. Один з гетьманців відрубав голову полковника Пушкаря і, настромивши її на спис, приніс до намету Виговського. За наказом гетьмана її було відіслано до Полтави. Саме ж місто гетьман наказав спалити, «полтавських де козаков велел всех вырубить, а жон их и детей и мещан и мужиков всех отдать татаром». За підрахунками дослідників, у ході цих репресій було страчено ще понад 7 тисяч козаків, а тисячі полтавських міщан, посполитих і козацьких жінок і дітей віддано татарам у ясир як плату за військову допомогу.
Така поведінка гетьманського уряду на певний час вселяє в непокірних страх. Але в перспективі — ще більше послаблює позиції Виговського. Отож, коли проти нього незабаром підніметься нова хвиля невдоволення, захищати гетьмана виявиться нікому. Відтак, характеризуючи результати Полтавської битви 1658 р., доречним буде застосувати таку словесну форму: мало переможців — багато переможених...
«Козаки хочуть собі бути Голландією чи Швейцарією».
Приваби Гадяцької унії 1658 р.
Окрім уже згаданих вище чинників, додатковим стимулом до українсько-польського зближення служило й те, що політичні реалії, які запанували наприкінці 1650-х рр. у Речі Посполитій, були вкрай сприятливі для того, аби переписати історію польсько-українських взаємин, поклавши в її основу принцип рівноправності й взаємоповаги. Справа в тому, що у Варшаві зацікавленість в українсько-польському порозумінні в цей час була не меншою, ніж у Чигирині. Причому обумовлювалась вона не лише приватними інтересами колишніх українських землевласників чи фіскальними потребами королівського двору. На цей раз потреба у розв'язанні конфлікту з Військом Запорозьким диктувалася ще рядом надзвичайно важливих для уряду Яна II Казимира обставин, як міжнародного, так і внутрішньополітичного плану. Зокрема, король впритул наблизився до проведення реформи державного устрою, спрямованої на істотне зміцнення королівської влади, через посилення позицій як монарха, так і сенату та відповідно звуження прерогатив сейму. Для того ж, щоб змусити шляхетську опозицію піти на поступки в цій вкрай важливій справі та провести проект через сейм, королю та його прибічникам потрібно було використати нові, потужні та несподівані для опонентів аргументи. У майбутніх запеклих політичних баталіях саме така роль — потужного політичного, а при певних обставинах і військового союзника короля — і відводилася Війську Запорозькому. Платою ж за допомогу якраз і могли стати далекосяжні поступки короля й Речі Посполитої козацькій Україні.
Активний учасник вироблення нової концепції взаємин з Україною воєвода познанський Ян Лєщинський у березні 1658 р. в листі до польного гетьмана Єжи Любомирського констатував: «Підгрунтям нашого благополуччя є примирення з козаками». Й аби досягти цього самого «благополуччя», воєвода закликав визнати за козаками «вольностей, на які вони заслуговують». Щоправда, польський можновладець і уявити не міг, що апетити козаків щодо меж цих вольностей будуть аж надто великими...
«Козаки хочуть собі бути Голландією чи Швейцарією» — так визначив запропоновану українською стороною концепцію угоди Лєщинський, коли ознайомився з пропозиціями гетьманського уряду. І дійсно, один з промоторів українсько-польського діалогу, вихованець декількох європейських університетів, ерудит і впливовий український магнат Юрій Немирич, що повернувся в Україну ще за життя Б. Хмельницького, а в уряді Виговського посів настільки впливову позицію, що іноземні дипломати називали його канцлером, тобто главою уряду, подорожуючи Європою, всерйоз захопився досвідом функціонування цих найбільш передових у політичному плані європейських країн — Голландії та Швейцарії — і намагався перенести його на ґрунт оновленої Речі Посполитої.
Польський король Ян Казимир потребував миру не менше, ніж український гетьман. Отож, як доповідав австрійський посол барон Франц Лізолі, на липневому сеймі 1658 р. королівська партія задекларувала готовність об'єднатися з Військом Запорозьким не на засадах підлеглості останніх, як це було раніше, а союзництва з Польською Короною на кшталт унії польсько-литовської. Так само як литвини, козаки мали отримати привілеї, власних урядовців, право вибирати послів земських на сейм і загалом «становити власне відрубне тіло в організмі Речі Посполитої».
Шостого вересня неподалік Гадяча було підписано угоду, яка, за задумом її творців, мала докорінно змінити політичний ландшафт Європи. Договір передбачав повернення України до складу Речі Посполитої, але за умови збереження за Гетьманатом політичної автономії та трансформації Польсько-Литовської держави у триєдину федерацію через створення на землях Київського, Брацлавського й Чернігівського воєводств Великого князівства Руського. Головна концептуальна ідея Гадяцької угоди полягала власне в тому, що замість Речі Посполитої Двох Народів (як офіційно називалася тогочасна Польсько-Литовська держава) на політичній мапі мала постати Річ Посполита Трьох Народів. Тобто відтепер федерацію мали складати не лише Корона Польська та Велике князівство Литовське, а й Велике князівство Руське.
Усі три частини федерації мали об'єднуватися особою спільно обраного короля, спільним вальним сеймом і зобов'язаннями проведення спільної зовнішньої політики та справами організації оборони держави.
Вищим органом законодавчої влади на території Великого князівства Руського мали бути виборні Національні Збори. Виконавчу владу очолював пожиттєво обраний всіма станами й затверджений королем гетьман, який одночасно виступав у ролі київського воєводи, першого сенатора Великого князівства Руського і чигиринського старости. Аналогічно як і у Великому князівстві Литовському, у Великому князівстві Руському запроваджувалися державні посади канцлера, маршалка, підскарбія з сенаторським титулом та інші уряди. На території князівства мали діяти власна система станового судочинства та вища апеляційна установа.
Велике князівство Руське отримувало право проводити власну внутрішню політику, карбувати власну монету та організувати автономну фінансову систему. Збройні сили Великого князівства Руського формувались із 60-тисячного (за пізнішими таємними домовленостями гетьмана І. Виговського з представниками короля та за постановою вального сейму Речі Посполитої 1659 р. — 30-тисячного) іррегулярного козацького та 10-тисячного вільнонайманого регулярного війська, підпорядкованого гетьману. Коронні або литовські війська Речі Посполитої мали право вводитися на територію князівства лише тимчасово й обов'язково за погодженням з гетьманом і з перепідпорядкуванням під його командування.
Питання ведення зовнішньої політики, оголошення війни та підписання миру, а також виділення коштів на ведення війни проголошувалися винятковою прерогативою спільного для всієї Речі Посполитої вального сейму. Сенаторські посади Речі Посполитої від Великого князівства Руського мали право посідати лише представники православної шляхти. Козацька старшина Війська Запорозького отримувала можливість нобілітації королем і вальним сеймом республіки за поданням гетьмана. На території князівства церковна унія православних з католиками підлягала ліквідації, а захоплене раніше уніатами церковне майно підлягало поверненню православній церкві.
Сенаторські посади та вищі адміністративні уряди на території Руського князівства мали обіймати лише особи православного віросповідання. На його землях скасовувалась церковна унія, а православна церква урівнювалась у правах з католицькою. У спільному сеймі федерації постійні місця сенаторів отримували київський православний митрополит і п'ятеро єпископів.
Неабияку увагу гетьман Виговський звертав у цей час і на задоволення культурно-освітніх і релігійних запитів православного населення. Саме в контексті реалізації гадяцького курсу Виговський уперше добився затвердження королем за Києво-Могилянським колегіумом статусу академії, а також закріплення права відкривати в необхідній кількості школи, друкарні тощо. Наполегливо шукав він і способи досягнення міжконфесійного миру в Україні через визнання за православними прав, якими володіли римо-католики й уніати (греко-католики), планував реалізацію універсальної церковної унії, яка б ліквідувала розкол в тілі православної церкви.
Менш привабливим для широкого суспільного загалу були постанови щодо вирішення проблем соціально-економічного плану. Адже на українських землях поновлювалися дореволюційні поземельні відносини, і селяни мали повернутися до «звиклого послушенства» своїм панам. Нехтування ж витвореними в ході революції стосункам у сфері поземельних відносин, взаємин «селянин — пан», а також спроба обмеження козацького реєстру лише 30 тисячами осіб становили неабияку загрозу для реалізації українсько-польського порозуміння на практиці.
Відповідно до задуму творців угоди, вона була призвана не лише забезпечити мир у стосунках України та Польщі — при збереженні державності першої та визнання нею зверхності короля польського, — ай розпочати процес умиротворення всієї Центрально-Східної Європи. По-перше, Гадяч повертав Україні мир із Кримським ханством. По-друге, український уряд брав зобов'язання виступити посередником в укладенні польським королем миру зі своїм союзником — Швецією. По-третє, політичне врегулювання українсько-польського конфлікту позбавляло Москву приводу для продовження війни. Зрозуміло, що гетьман був свідомий того, що остання так легко не відмовиться від завойованих територій. А тому він настійливо рекомендував Яну Казимиру негайно, навіть ціною певних поступок, примиритися зі Швецією, аби силою змусити московське керівництво визнати нові реалії. Щоправда, крім тиску на Москву, Виговський допускав і можливість політичного примирення, більше того, висловлював пропозиції щодо приєднання царя до центрально-східної федерації держав. Своєрідним підґрунтям такого альянсу мала стати спільна оборона від османської загрози, про що вже давно говорили керівники Венеціанської республіки та Габсбурзької імперії. Таким чином, за умови успішної реалізації задуму Україна мала стати потужним фактором європейської системи безпеки.