Отже, 1660 року уже були Сумський, Охтирський, Колонтаївський, Харківський, Зміївський, Острогозький полки. 60-ті роки виявилися доволі буремними, і кількість полків змінилася. Важливим явищем в історії колонізації і слобідських полків було функціонування Балаклійського полку 1669—1677 рр. Очолив полк колонізатор і балаклійський осадчий Яків Чернігівець, що залишився вірним царату під час подій 1668 р. Полковник Чернігівець проводив активну політику колонізації місцевостей понад Донцем, стримував татарські набіги, однак підлеглі йому козаки з Цареборисова побилися з російськими служилими і вбили сина воєводи. Під цим формальним приводом полк було скасовано, а Чернігівця усунуто за старістю від керівництва. Нові слободи було віддано під керівництво харківського полковника Григорія Донця. Балаклійський полк став основою для сформованого пізніше Ізюмського слобідського полку.
Однак справжнє оформлення слобідських полків почалося після побудови Ізюмської лінії 1680—1681 рр. і затвердження старшинських спадкових корпорацій. Ізюмська лінія — система укріплень по річках Оскол та Сіверський Донець, що мала не лише оборонні функції, вона забезпечила безпеку колонізаційних потоків і вивела на особливе місце невеличке до того поселення Ізюм.
Тобто на початку XVIII ст. існувало вже п’ять слобідських полків: Сумський, Охтирський, Харківський, Ізюмський, Острогозький. Ці полки так і залишилися більш-менш сталими структурами до скасування козацького устрою 1764 р. Слобідські козацькі полки формувалися у складний час, що отримав серед українських істориків назву «Руїна». Московський центральний уряд сприяв переселенцям, незрідка керівники цих переселенців були опозиціонерами щодо гетьманського правління, як уже зазначалося, однак уже наприкінці XVII ст. — на початку XVIII ст. можна спостерігати утвердження у слобідських полках полковницьких династій, лояльних і вірних царському уряду. У Сумському полку це була династія полковників Кондратьєвих, в Охтирському — Перехрестових (пізніше Лесевицьких), у Харківському та Ізюмському — Донець-Захаржевських-Шидловських, в Острогозькому — Тев’яшових. Можна говорити і про створення старшинських корпорацій у кожному слобідському полку, пов’язаних родинними зв’язками і круговою порукою. Однак російський уряд намагався уже з другого десятиліття XVIII ст. внести зміни і ширше контролювати місцеві еліти. Першою жертвою тих змін став охтирський полковник Іван Перехрестов, заарештований за звинуваченнями у зловживаннях (хоча скарги почалися ще у 80-х рр. XVIII ст.) і спекуляціях 1704 р. Перехрестов був засланий до Архангельська, а його величезні володіння реквізовані на користь казни.
Основний владний діалог і основні зміни в слобідських полках пов’язували з діяльністю центральної російської влади. У 60-ті рр. XVII ст. слобідські козаки несли службу в містах Гетьманщини і на Запоріжжі у складі московських залог Білгородського полку. У 70-ті рр. XVII ст. слобожани брали участь у протистояннях на Правобережній Україні (1673—1675 рр.) і у Чигиринських походах 1677—1678 рр., під час яких було понищено чимало козаків Охтирського полку. Важливою працею для козацтва і мешканців слобід була побудова за завданнями російського керівництва захисних укріплень та фортець в основних адміністративних центрах, підтримка цих укріплень, створення засік по лісах і охорона на шляхах і перелазах. Царський уряд суворо забороняв нищити ліси як частину захисту, однак, починаючи від середини XVII ст., слобожани протягом століття понищили під час свого господарювання величезні лісові масиви, особливо в околицях полкових міст та понад річками.
Після тривалих походів та побудови захисних ліній для слобідських полків настав час для виявлення їхньої геополітичної ролі у боротьбі з Кримським ханством. Полки стали базою для війська, що вирушало у Кримські походи 1687—1689 рр. Цей час спроб щодо реформувань помісного війська позначився і на слобідських полках. Передусім керівник походів князь Василь Голіцин прагнув реформувати і впорядкувати цивільну та військову владу, для чого було створено центральну структуру «Приказ Великої Росії» з широкою компетенцією щодо слобідських міст. Однією із основних проблем тут була проблема ґрунтів та надбань (зі звичаями вільного зайняття колонізованих земель — займанщини), пільгового безподаткового господарювання (особливо мірошництва та гуральництва) в обмін на службу. Ці питання тривалий час породжували основні адміністративні та господарські суперечки навіть після скасування слобідських полків.
Слобідські полки брали активну участь у побудові Ново-богородицької фортеці (біля сучасного Дніпропетровська) та укріплень по Самарі. Власне, участь слобожан у цих військово-політичних проектах, певно ж, сприяла просуванню слобідських переселенців на нові території, попри бажання російської влади. Йдеться про просування до річок Оріль та Самара. Є низка дуже цікавих фактів, що стосуються прохань мешканців Охтирського, Сумського, Ізюмського полків переселитися на Самару. Однак повноцінного дослідження з цієї теми бракує. На початку XVIII ст. колонізаційні потуги слобідських козаків зіткнулися з донським козацтвом. Йдеться про боротьбу за соляні варниці (видобуток солі) на Тору, біля Бахмута та суперечки між слобідськими та донськими козаками під час колонізації на річках Красній та Жеребцеві. Центральний уряд стояв на боці слобідських козаків. Для пошуку утеклих та з’ясування низки конфліктів уряд послав на Дон князя Юрія Долгорукова. У цей же час отаман Бахмута Кіндрат Булавін, вочевидь, за походженням з російських служилих слобідського міста Салтова, що свого часу утік на Дон, зібрав вагому вольницю з донських та запорозьких козаків, утікачів зі слобідських полків. Булавінці розгромили загін Долгорукова, а самого князя убили і рушили на слобідські полки, захопивши місто Ямполь. У степу під Валуйками уночі 8 червня 1708 р. булавінці на чолі з Семеном Драним знищили Сумський полк. Однак під час наступу на Ізюмський полк булавінці були розгромлені ізюмським полковником Федором Шидловським, розгром завершили російські війська Василя Долгорукова. Попри значне виснаження після такого протистояння перед слобідськими поселенцями відкрився значний простір до колонізації спалених та знищених донських поселень та конфліктних територій. До всього, унаслідок дій російського уряду з 1700 р. почалося переселення українських поселенців Острогозького полку з місцевостей на північ від Острогозька; понад річками Бірюч, Біла, Айдар, Жеребець, Калитва осідали нові поселення, з Ізюмського полку тривала колонізація понад річкою Красною та з нового центру — Сватової Лучки.
Оцінювання значення слобідських полків для російського керівництва було очевидним: як і під час Кримських походів, слобідські землі стали важливим тилом і також певною мірою плацдармом для Азовських походів нового російського царя, реформатора Петра І. Хоча, варто визнати, що османську політику започаткування Російської імперії важко назвати вдалою. Саме це давало змогу продовжити автономію слобідських полків. Однак нововведення та реформування найперше, як і надалі, стосувалися слобідських полків. Наприкінці 90-х рр. XVII — на початку XVIII ст. було здійснено розмежування між слобідськими полками; визначено розподіл по службі (відтепер козаки, що несли безпосередню службу, називалися компанійцями, уся інша пільгова частина населення повинна була їх споряджати на службу й називалася «підпомічники»); в основних слобідських містах, де переважало українське населення, підпорядковане козацьким адміністраціям, було скасовано воєводське управління. Козацька старшина зосереджувала повноту влади у полках. Для кращого військового підпорядкування на прикордонні було створено так звану «Українську дивізію», а на чолі усіх полків вирішено було поставити «бригадира» — спочатку із провідних козацьких полковників, а потім із російських офіцерів. Реформи насправді у багатьох випадках були непродуманими і половинчастими, натрапляли на опір під час здійснення, однак з перетворення та втручання імперської влади продовжувалися і надалі. Тим більше, що від початку XVIII ст. прикордонні утворення були залучені в ширші геополітичні ігри. Передусім матеріальна база та військові сили зі слобідських полків було використано під час походів у Прибалтику 1701—1702 рр. Велика Північна війна виявила надто багато суперечностей в існуванні полків. Наприкінці 1708 р. слобідсько-гетьманське прикордоння стало місцем боїв між шведськими військами (з козаками гетьмана Мазепи) та російською армією (із союзними козаками, і зі слобідськими також). Крім сплюндрування прикордоння, на слобідські полки лягла важка ноша квартирування регулярних військ. Самовпевнений і невдалий Прутський похід проти Османської імперії теж дався слобожанам взнаки. Після походу постало питання про облаштування молдавського господаря Дмитра Кантемира та його оточення, що перейшли на бік Росії під час походу. Це питання досить швидко було вирішене. 1711 р. за зловживання під час походів на території Речі Посполитої було ув’язнено бригадира над слобідськими полками Федора Шидловського, а його небожа Лаврентія усунуто від полковництва у Харківському полку. Місце для керування полком та численні маєтності Шидловського були віддані молдавській політичній еміграції. Харківський полк очолив «іноземець незаобичний» (як його називала місцева старшина) Прокіп Куликовський. Протидія цим емігрантам була досить помітною, доки харківський полковник не помер 1713 р. раптовою смертю. Старшини обрали зі свого середовища полковника Григорія Квітку, що походив зі значного старшинського роду. Молдавська політична еміграція виявилася серйозним подразником для місцевої спільноти. Саме відтоді починаються набіги запорожців, що прийняли османський протекторат, на територію слобідських полків. Останнім акордом щодо реформ Петра І була участь слобідських полків разом з гетьманцями у копанні Ладозького каналу та несення служби під час Гилянських походів і в Закавказзі. Ці злигодні дуже об’єднували і ріднили слобідські полки з гетьманськими.
На 20-ті рр. XVIII ст. припадає й чергова спроба реформувати слобідські полки через спроби віддати судові повноваження до Білгородської губернської канцелярії, навести лад у митній системі і, урешті, підпорядкувати слобідські полки новоствореній Військовій колегії у 1726 р.
Однак найбільші зміни сталися у 30-ті рр. XVIII ст. З 1730 р. на південь від слобідських полків почали споруджувати Українську лінію — нову систему укріплень. Неподалік меж слобідських полків створювали нові фортеці, зокрема Більовську, Орловську, св. Параскеви, Єфремівську, Олексіївську, Михайлівську, Слобідську, Тамбовську, Петрівську. Насправді треба було відмежувати тридцять верст на північ, захопивши слобідські землі. Нові фортеці заселяли ландміліцією (однодворцями), росіянами, переведеними з південного прикордоння, часто з-під Курська та Воронежа. Це створило велику розмаїтість в регіоні і черговий великий міжетнічний контакт. Після переходу Запорізької Січі під російську імперську юрисдикцію 1734 р. та освоєння запорожцями земель на південь від лінії та поблизу Ізюмського полку можна говорити про згасання колонізаційного потенціалу слобідських полків та їхнього прикордонного значення.
