Рішучіші за побудову лінії дії були пов’язані з діяльністю талановитого російського управлінця Олексія Шаховського. З 1732 р. він очолив слобідські полки: у кожному полку була утворена регулярна рота з козаків та старшин з належним статутом та муштрою, старшини мали проходити атестацію і стверджуватися у Військовій колегії як офіцери, принцип займанщини спробували скасувати. Доноси заохочувалися по полках, велися слідства щодо непослуху, а коли розпочалася російсько-турецька війна 1735 р., на слобідські полки було покладено утримання війська та його забезпечення. Зловживання, сваволя російських офіцерів, повсюдна корупція, про яку згадував бригадир над слобідськими полками Олексій Лесевицький, у минулому сам охтирський полковник, вирізняють життя слобідських полків у 30-ті рр. Ці реформи були радикальними і дуже швидкими, але ця стрімкість не вирішувала багато суперечностей правління і не призвела до належних наслідків, зокрема регуляризації козацької служби у слобідських полках.
Зміна влади в Петербурзі передбачала і зміну ставлення до цих реформ. 1740 р. нова імператриця Єлизавета почала добу змін із поблажливого ставлення до українських автономій. 1743 р. низку нововведень, як-от регулярні роти, податковий тиск на утримання армії в слобідських полках, було скасовано. Та існування козацької автономії було лише справою часу. У 50-ті роки XVIII ст. спостерігаємо кілька важливих кроків щодо обмеження автономії: скасування внутрішніх митниць 1757 р. та створення на базі слобідських полків гусарського полку. Найбільшої шкоди козацькій автономії завдавали старшинські зловживання та тривалі слідства щодо них.
Час скасування слобідських полків збігся з появою на престолі нової імператриці Катерини II. Щойно зійшовши на престол, імператриця вислухала численні скарги щодо невлаштованості цих полків, особливо від сотника Острогозького полку Прокопа Коневицького, що не знайшов спільної мови зі старшинською корпорацією. До слобідських полків було направлено комісію на чолі з гвардійським майором Євдокимом Щербініним. Сама діяльність комісії — одна із найтрагічніших сторінок історії регіону. Центральний уряд вдавався до соціальної демагогії, стверджуючи, що комісія має врятувати простолюд від сваволі старшин, у зв’язку із чим на старшину посипалися скарги, а між самими керівниками посилилася ворожнеча. Євдоким Щербінін написав змістовну доповідь про непорядки у слобідських полках, з-поміж яких комісія виділяла: неправильний розподіл підпомічників, що мали споряджати козака компанійця в похід, вільний перехід населення й відсутність чіткого обкладення податками, відсутність фіксованих цін, спорядження власним коштом, відсутність обліку коштів, існування найманства (коли козак замість себе наймає іншого вояка), проблему з кіньми через неправильне укомплектування. Ця доповідь була подана на розгляд комісії Сенату (Микита Панін, Адам Олсуфьєв, Яков Шаховськой), що була однозначна у своєму вироку, поданому на розгляд імператриці: слобідські полки слід скасувати, а на їх місці утворити Слобідсько-Українську губернію з великоросійським губернатором на чолі, а на базі слобідських полків створити однойменні гусарські полки.
Але насправді комісія Щербініна мала й основну мету — провести тотальні слідства і примусити місцеве керівництво написати покаянні чолобитні, у яких звинуватити в численних зловживаннях і корупції не себе особисто, а наявний у слобідських полках звичай: «черкасское обикновеніе» (як писалося в російській документації). Отже, основним кроком мало стати скасування цього звичаю, прикордонного устрою та системи суспільних зв’язків, що поволі і було зроблено.
Втрата козацької автономії не була легким кроком для місцевої еліти. Навпаки, скасуванню слобідських полків почали чинити опір. Передусім це пов’язано з листами опального ізюмського полковника Федора Краснокутського, що з приводу доносу перебував у Петербурзі і написав старшині кілька листів для того, щоб боронили власні інтереси перед центральним урядом: «Бо старшинствувати уміли, а за лихої години і перстом поворухнути не хочуть...». Краснокутський закликав зробити цілком мирні кроки: спорядити від старшин делегацію, аби захистити старий козацький устрій перед імператрицею. Листи Краснокутського поширювалися, зокрема, у Харківському полку, і через було організовано яскраву справу з арештами тих, хто ті листи поширював. Самого ж Краснокутського було заслано до Казані. Значно запекліша боротьба спалахнула за ті частини вольностей, що містили соціально-економічну складову. Передусім йшлося про острах скасування численних пільг для козацтва (безподаткове винокуріння) і насамперед запровадження подушного податку. Лише 1765 р. відбулися заворушення в Огульцях і Соколові (Харківська провінція), Андріївці, Балаклії, Левківцях (Ізюмська провінція), а справи зі спробами оподаткувати чи запровадити підданство в слободі Калитві (Острогозька провінція), у селах Злодіївці, Угроїдах, містечкові Піні (Сумська провінція) затягнулися на тривалі десятиліття.
Скасування козацьких автономій слобідських полків у часі збіглося зі скасуванням гетьманського правління, а згодом — і зі зруйнуванням Запорозької Січі. Власне, Євдоким Щербінін досить швидко, уже з 1768 р., долучився до побудови Дніпровської лінії — системи укріплень, що значно обмежила активність запорожців.
Слобожанщина виявилася «перевалочним пунктом» в русі імперії на південь — Крим та Кавказ. Нарівні із сусідством з подібною Гетьманщиною в подальшому це створювало нові підстави для розуміння регіональної ідентичності. Передусім Слобідсько-Українська губернія зберігала межі колишнього полкового поділу (Сумська, Охтирська, Харківська, Ізюмська, Острогозька провінції), безподаткове винокуріння було дозволене військовим обивателям (соціальному прошарку на основі рядовому козацтва), багато загальноімперських реформ щодо податків, рекрутських наборів, уніфікації управління були запроваджені лише наприкінці XVIII ст. 1780 р. було утворене Харківське намісництво радше за географічно-адміністративним, аніж за історико-традиційним принципом. Велика Острогозька провінція з частиною Ізюмської (з Куп янською округою) відійшла до Воронезького намісництва. Уже 1797 р. Слобідсько-Українську губернію було відновлено, однак 1802 р. основна частина земель колишнього Острогозького полку відійшла знову до Воронезької губернії. З південних слобід колишнього Острогозького полку було оформлено великий Старобільський повіт, що 1824 р. віддано до Слобідсько-Української губернії. Доки зберігалися станові перекази, потреби місцевої еліти довести свої політичні і соціальні права, окремі пільги, допускалося звичаєве право, назва Слобідсько-Українська була важливим наголосом на корінних місцевих звичаях. Але під час чергових уніфікаційних реформ в підімперській Україні, зокрема скасування елементів міського самоуправління та Литовського статуту на землях колишньої Гетьманщини, 1835 р. Слобідсько-Українська губернія була перейменована у Харківську (за назвою губернського центру).
Усвідомлення регіональних особливостей
Питоме обґрунтування особливостей виникнення історичної області відбувається уже після скасування політичних автономій слобідських полків. Спочатку воно базувалося на історичній легітимації, пов’язаній зі спробами місцевих нащадків козацької старшини довести свою шляхетність та рівність із загальноросійським дворянством. Так само нижчі прошарки населення прагнули повернути собі колишні пільги і особливий статус. Однак від самих початків ці регіональні особливості охоплюють значно ширший контекст доби Просвітництва.
Тут слід зробити істотну ремарку. На особливу увагу заслуговує церковне життя на Слобожанщині, яке багато в чому обумовило специфіку регіону і його значення у подальшому. Так, переселяючись на слободи, колонізатори запроваджували особливості церковного устрою з окремими демократичними процедурами, як-от: вибір священників, роль громади в житті церкви, особливості архітектурної побудови, книги київського друку, церковний спів. Окремо слід виділити риси української народної ментальності: шанування окремих свят, традиції святкування Різдва та Великодня. Ці особливості часто були не зрозумілі російським управлінцям, вихованим в інакших церковних традиціях, що призводило до багатьох цікавих казусів. У червні 1656 р. воєвода Іван Караулов з Острогозька скаржився, що українські переселенці на Великдень не моляться і приносять до церкви «байбаків» (так він сприйняв принесених для освячення поросят). А двома роками пізніше харківський воєвода Іван Офросимов нарікав, що місцеві мешканці не «цілували хреста» для присяги цареві і не мають московських образів, а моляться «паперовим іконам, своєму письму та стінам».
Від початку церкви на слободах підпорядковувалися не Київській митрополії, а Патріаршій області під безпосереднім правлінням патріаршого двору в Москві, але з 1667 р. було утворено Білгородську єпархію на чолі з митрополитами (у подальшому — із заснуванням церков та монастирів саме на майбутній Слобідській Україні). З 1702 р., від часу митрополита Юстина Базилевича, єпископську кафедру в Білгороді, за винятком Іларіона Властелинського обіймали «малороси» (і переважно вихованці Київської академії) та серби. Церковний лад на цих землях був абсолютно подібний до Лівобережної України з мандрованими дяками, церковними братствами, літературою і проповідями, особливими святами. 1727 р. єпископ Єпифаній Тихорський з єпископського центру Білгорода переніс до Харкова навчальний заклад — колегіум, що мав за взірець Києво-Могилянську академію і єзуїтські колегії (латиномовна православна традиція була яскраво представлена на цих українських землях). Однак саме митрополит та вихованець Київської Академії Йоасаф Горленко (1748—1754), відомий бароковий письменник і брат бабусі українського прозаїка Григорія Квітки-Основ’яненка, прагнув ті звичаї подолати, забороняючи особливий спів, нищачи книжки «лаврського друку», наводячи суворі порядки серед священників та пастви. Однак за усіма виявами слобідські землі були в культурному середовищі саме тих церковних правил та звичаїв, що виокремлювали українські землі. Значною культурною проблемою, так і не вирішеною до кінця XVIII ст., була відсутність на великому просторі колонізації друкарень. Спроби переосмислення власного минулого були пов’язані не лише з ліквідацією особливого устрою слобідських полків, але і з поступовим переходом від церковної до світської культури.
Хоча регіональні особливості слобідських полків набували чіткості уже під час існування козацьких автономій, сама назва «слобідські полки» досить пізня. Від самого початку українські переселенці селилися на «Полі», тож перші назви козацьких одиниць були «черкаские» (від «черкас» — однієї із назв українців у московській документації). Уперше термін «слободские города» в російській документації було вжито 1668, під час підтримування переселенцями повстання гетьмана Івана Брюховецького. Лише з кінця XVII — початку XVIII ст. термін «слободские черкаские полки» дістав поширення в російській документації. Назва ж «українські» (спочатку «украинные», тобто прикордонні) дістала поширення напевне лише в 30-ті рр. XVIII ст., після спорудження на південь від слобідських полків системи укріплень — Української лінії. Назва ж «Україна» на позначення території колишніх слобідських полків поволі поширювалася, і, коли в 60-х рр. XVIII ст. було утворено Слобідсько-Українську губернію, другий складник у визначенні назви виявився доволі значним для місцевої регіональної ідентичності. У той же час осмислення єдності регіонів посилилося саме після скасування автономії слобідських полків із боку Гетьманщини. Відомий історик та компілятор історії «Малоросії» Олександр Ріґельман у 80-х рр. XVIII ст. зазначав, що «Малоросія» й слобідські жителі «відмін не мають». Автор «Історії Русів», знакового твору «малоросійської історії», виразно міфологізував взаємини між Гетьманщиною й Слобідськими полками, зазначивши, що раніше Слобідські полки перебували під владою Гетьмана й виокремилися через інтриґи своїх полковників. Слобідську Україну залучили до історії «Малоросії»-Гетьманщини. Власне, великий знак єдності між населенням регіонів поставили бюрократичні інструкції та етнографічні описи другої половини XVIII ст. Для подорожнього академіка Василя Зуєва у 1781— 1782 рр. населення Харкова та околиць було «малоросійське».