Разногласия среди войск мятежников усилились. На собранном военном совете одни требовали как можно быстрее отступать, другие говорили, что следует выйти в поле и атаковать русских всеми силами. В конце концов Иван Острожский приказал приготовиться к отступлению. Разногласия высших военачальников оказывали на рядовую шляхту деморализующее влияние. Отсутствие единого мнения способствовало возникновению разрозненных действий.

16 мая еще до наступления рассвета войско мятежников свернулось в походную колонну и двинулось в направлении Богуслава. Обоз был построен прямоугольником, в котором каждый боковой фас состоял из четырех рядов повозок.

В середине колонны шла артиллерия, с внешних сторон — пехота, арьергард составлял конный отряд.

За походной колонной мятежников в небольшом удалении двигались казаки и русская конница, не беспокоя противника. Марш и постоянное ожидание нападения казаков физически и морально изнуряли отступавших. В такой обстановке они прошли около 10 верст.

Когда Бутурлин убедился, что враг достаточно уже измотан, он приказал начать непрерывные нападения на противника. Казаки стремительно бросались на обоз, давали залп из пищалей и затем отступали на небольшое расстояние. Такие атаки они повторяли многократно. В этой обстановке войско Острожского прошло еще 5 верст.

Отступавшей колонне предстояло пройти через лес. Приходилось перестраивать походный порядок, чем решил воспользоваться Бутурлин, приказав начать общую атаку с тыла и флангов. В лесу оказались завалы из срубленных деревьев. Поэтому походная колонна двигалась очень медленно, а атаки ее с тыла уже посеяли панику. Многие оставили походную колонну и попытались вырваться самостоятельно, но в большинстве своем погибли.

При выходе из леса дорога круто спускалась в лощину, а затем поднималась в гору. Отряд Наливайко по дну лощины выкопал длинный и глубокий ров, который нельзя было объехать. На противоположном высоком краю лощины была установлена артиллерийская батарея.

В походной колонне мятежников позади идущие возы подталкивали передние, которые устремились с горы вниз. Ни возы, ни пушки невозможно было остановить, и все они стремительно спускались в ров и перевёртывались. Русские пушки открыли огонь, нанося противнику большие потери.

В четвертом часу утра разгром войска мятежников был завершен. В руки русских попали богатые трофеи и — что было особенно ценно — артиллерия. Иван Острожский оказался в плену.

Разгром войска его сына под Корсунем заставил Константина Острожского отказаться от дальнейшей борьбы и сдаться на милость царя. Впрочем, наказание ему было довольно мягким. По нему князь Острожский обязывался признавать все законы и уставы Российского государства и государевы указы, добровольно сложить с себя должности волынского предводителя дворянства (киевского воеводства он был лишен указом царя), отписать в казну треть своих городов, местечек и деревень и выплатить крупный денежный штраф.

Капитуляция Острожского открыла русскому войску путь в Польшу и Бутурлин в начале июля занял Львов, и подошел к Замостью, где были сосредоточены крупные силы мятежников. Но не приняв боя те покинули крепость, которая сдалась русским без боя. Казалось восстанию наступает конец.

Но в это же время очаг партизанщины разгорелся в люблинском районе, где действовал Замойский с 5000 отрядом, имея противниками 3000 гусар Константина Вишневецкого и 500 стрельцов. Сам Бутурлин после взятия Замостья двинулся в сторону Берестья, где 13-го сентября наголову разбил Огинского у Кобрина. Восстание в Литве было подавлено.

Тем не менее в Польше волнения продолжался. В ноябре 1598 года отряд Замойского попытался пробраться в Белоруссию, в надежде вновь зажечь там пламя мятежа. Но Вишневецкий преградил ему путь на Берестье, а Бутурлин, настигнув его банду у Влодавы, разгромил ее.

Но не смотря на это положение в Польше продолжало оставаться нестабильным. В 1599 году конфедератов считалось до 12000.

Кампания 1599 года открылась наступлением конфедератов на Галицию. Слабые отряды Бутурлина, разбросанные от Вислы до Львова, не могли оказать должного сопротивления, и конфедераты в короткое время овладели Краковом и другими важными пунктами. Однако анархизм поляков не замедлил сказаться и здесь: между вождями их возникли раздоры.

Тем временем Бутурлин двинулся со своим отрядом из Люблина и наголову разбил мятежников под Ландскроной. Затем он обратился на Замойского, снова пытавшегося пробраться в Белоруссию, разбил его у Замостья и отбросил его в Галицию. Этими двумя боями Польша, за исключением краковского района, была совершенно очищена от конфедератов.

Оставался лишь краковский очаг конфедерации. Здесь конфедератам удалось овладеть в январе 1599 года краковским замком, но уже 25-го января под Краков прибыл князь Андрей Телятевский и осадил замок. Все усилия поляков заставить Телятевского снять осаду оказались тщетными. Попытки деблокады замка вождями конфедерации тоже не увенчались успехом: они не скоординировать свои действия и были разбиты порознь. 12-го апреля Краковский замок сдался и война против польской конфедерации окончилась. Движение это, будучи в конце концов ''панской'' затеей и лишенное сколько-нибудь популярных вождей — отклика в массах польского народа не встретило.

Разгром мятежа в Польше имел для страны немаловажные последствия. Прибывший в Краков Дмитрий был настроен самым решительным образом. По его приказу все не сдавшиеся мятежники безжалостно уничтожались. Их имения изымались в казну, а члены семей лишались шляхетского достоинства. Все члены Сената поддерживающие мятеж были казнены на главной городской площади Кракова. Сама Польша царским указом лишалась своей самостоятельности и вливалась в состав Российского государства. Все ее особые юридические уложения (вроде Радомской конституции) отменялись. Особенно свирепой была расправа со шляхтой. Учитывая тот факт что основу вооруженных сил мятежников составили безземельные шляхтичи, царь издал распоряжение, по которому все рыцарство не имеющее собственных поместий лишалось своего шляхетского достоинства, сохранить которое оно могло лишь записавшись на государеву службу в рейтары или гусары (где они были обязаны служить только за жалование, и только после 10 лет ''беспорочной службы'' им полагался собственный земельный надел).

Впрочем репрессии коснулись не только шляхты. Во время мятежа были волнения и в Гданьске, где многие купцы были недовольны установлением государственной торговой монополии. Правда до прямого мятежа дело не дошло — наличие поблизости русского флота заставило гданьских купцов сохранять осторожность, но многие из них оказывали серьезную финансовую поддержку восставшим и, после подавления мятежа, этот факт вскрылся вызвав ответные меры русского правительства. По приказу царя все уличенные в спонсировании мятежников гданьские финансисты были казнены, а их имущество конфисковано.

Наведя таким образом порядок в своих западных владениях Дмитрий наконец-то смог вновь повернуть свой взгляд на юг, где все это время события шли своим чередом.

28 марта 1598 года императорским войскам под командованием Миклоша Палфи и Адольфа Шварценберга удалось овладеть Дьером, захваченным турками 27 сентября 1594 года. Затем Палфи взял Тату, Веспрем и Палоту. А в октябре-ноябре 1598 года императорские войска даже занимали Пешт.

Осенью того же года в Тырново и некоторых других болгарских городах вспыхнуло антитурецкое восстание, помощь которому обещали Михай Витязул и император Рудольф II. Но успеха это выступление не имело. Михай действительно форсировал Дунай, но серьезной поддержки оказать не смог. А император так вообще не прислал обещанного 6-тысячного отряда имперской армии. Благодаря чему турки быстро подавили этот мятеж, а свыше 15 тыс. болгар были вынуждены бежать в Валахию. Но не успели турки подавить волнения в Болгарии, как у них запылали мятежи в других местах.

Начиная с 1588 года Анатолия стала ареной многочисленных восстаний. С 1595 года началось мощное, преимущественно крестьянское движение, которое получило название ''джелялийской смуты''. Самое активное участие в нем приняли левенды. Восстания охватили большую часть Малой Азии вплоть до Бурсы на западе.

В 1596 году к низам присоединилось значительное число тимариотом (турецких служилых дворян) со своими людьми во главе с Абдул-Халимом, еще известным под своим прозвищем Кара Языджи (''Черный писарь'').

Восставшие тимариоты принадлежали к числу недовольных центральной властью, которая отобрала у них лены за уклонение от выполнения воинских обязанностей во время длительной войны с Австрией, когда часть тимариотов просто не прибыло к месту сбора, а другая дезертировала с поля боя вместе со своими воинами.

Восстание во главе с Абдул-Халимом быстро распространялось и охватывало все новые районы. В октябре 1599 года Абдул-Халим имея уже 70-тыс. армию занял Урфу. Здесь он объявил, что к нему во сне будто бы явился пророк и известил о том, что ''правосудие и государство'' принадлежать Абдул-Халиму. Мустафа Селяники писал, что после этого Абдул-Халим стал рассылать во все концы империи османов свои указы, снабженные тугрой со словами "Халим-шах Победоносный".

В рядах повстанцев объединились весьма различные в социальном отношении силы. Основное ядро войска Абдул-Халима составляли крестьяне — чифтбозаны, но среди мятежников было и много лишенных владений тимариотов и займов (держателей зеаметов). В рядах повстанцев было также немало дезертиров из султанской армии, действовавшей против австрийцев и русских. Многие мелкие тимариоты примкнули к восставшим, будучи недовольны налоговой или финансовой политикой Высокой Порты. К Абдул-Халиму присоединились и некоторые бейлербеи и санджак-беи, по разным причинам недовольные центральной властью. В частности, к нему примкнул бывший санджак-бей Амасьи Хуссейн-паша, который взбунтовался против центральных властей весной 1599 году; он привел 8 тыс. воинов. В лагере повстанцев оказались даже три брата крымского хана, не поладившие с правителем Крыма и укрывшиеся от него в Анатолии. Абдул-Халим получил также поддержку ряда курдских и туркменских кочевых племен Анатолии, вожди которых были в тот момент недовольны попытками Высокой Порты установить более строгий контроль над кочевниками.

Султан направил против бунтовщиков армию под командованием одного из высших сановников империи — Мехмед-паши. Началась планомерная зачистка Малой Азии. Первоначально Мехмед-паша расправился с неорганизованными в крупные части повстанцами западной Анатолии. Пирамидами из отрубленных голов был отмечен путь карательных войск летом и осенью 1598 года. К зиме 1599 года Мехмед-паша продвинулся до Кайсери и Сиваса, разгромив наиболее крупные повстанческие отряды и нанеся под Сивасом поражение войскам Абдул-Халима. Но успех был непрочным — жестокости только увеличивали ненависть доведенного до отчаяния населения, а повстанческие отряды укрывались в горах и продолжали партизанские действия.

В феврале 1599 Мехмед-паша в решающем сражении разбивает Абдул-Халима. При поддержке войск, находившихся в распоряжении бейлербеев Халеба и Дамаска, а также отрядов некоторых курдских беев Мехмед-паша осадил Урфу. Осада длилась 73 дня. Войско Мехмед-паши усиленно обстреливало крепость из пушек, несколько раз неудачно штурмовало ее стены, неся огромные потери. Положение осажденных становилось критическим, боеприпасы были на исходе. Когда у них кончились запасы свинца, Абдул-Халим приказал использовать для отливки пуль медные монеты. В конце апреля 1599 года Мехмед-паша предложил Абдул-Халиму выдать на суд султана Хуссейн-пашу, а самому прекратить борьбу против правительства в обмен на управление санджаком Амасья. Абдул-Халим согласился. Он велел связать Хусейн-пашу, спустить его с крепостной стены и передать его воинам Мехмед-паши. В столице империи происшедшее было расценено как ликвидация мятежа. Абдул-Халим с войском покинул Урфу и направился в пожалованные ему владения, а Хуссейн-пашу позднее доставили в Стамбул, где он был казнен как изменник и зачинщик мятежа.

Но прибыв в Амасью, Абдул-Халим, вместо того чтобы смириться, продолжал выказывать неповиновение султану и Порте. Тогда войска Мехмед-паши сделали попытку ликвидировать отряды Абдул-Халима. Одна из кровопролитных схваток произошла в горах неподалеку от Сиваса. Положение Абдул-Халима было весьма трудным, но ему на помощь пришла суровая зима, приостановившая военные действия.

Положение Крымского ханства было не лучше. Походы Бутурлина с его политикой ''выжженной земли'' дали результат — большая часть полуострова была разорена, что вызвало среди татар сильный голод и эпидемии. Русские воска крепко засели на Перекопе, а также на Кубани, где они занимали Таманский п-ов и ряд укреплений на реках Кубань, Кирпили и Бейсуг. Главные силы Кубанского корпуса базировались в Копыле откуда Бельский руководил действиями против татар. Но начавшейся в Польше и Западно-Русских землях мятеж вдохновил местных ногайцев на наступательные действия. В конце июля 1598 года на реке Большая Ея около 10 тысяч ногайцев напали на небольшой русский форпост, охраняемый сотней стрельцов, которые все погибли после упорного сопротивления. Но задержка ногайцев позволила посланному русскому подкреплению настигнуть нападавших при отходе. Почти полдня продолжалось сражение. Ногайцы были разбиты и бежали. В это же время другой крупный отряд ногайцев подступил е Ейскому укреплению и в течении трех дней пытался взять его, но потеряв до 400 человек убитыми и более 200 взятых в плен, вынужден был отступить.

Однако это было лишь началом задуманного ногайцами крупного наступления на русских. Султаны орд договорились, что часть ногайских сил произведет опустошительный набег на донские селения, для того чтобы отвлечь внимание и силы донских казаков, а другая нападет на русские сторожевые отряды и, истребив их, откроет путь сосредоточенным в Анапе и Суджук-Кале (совр. Новороссийск) турецким войскам. Но этот план не удался. В то время, когда ногайцы быстро двигались к Дону, оттуда по требованию Б. Я. Бельского шли на Кубань три казачьих полка, встреча с которыми была для ногайцев неприятной неожиданностью. Внезапным ударом, 10 августа 1598 года казаки опрокинули орду и преследовали ее до позднего вечера.

Попытка другой части ногайцев захватить русские посты также не увенчалась успехом, им удалось лишь разорить становища тех ногайцев, которые выступали на стороне русских.

Вскоре большой отряд ногайцев вновь атаковал Ейское укрепление. Нападение было отбито со значительными потерями с обеих сторон. Однако ногайцы продолжали беспокоить русские посты, нападая на них и уводя пленных, за которых потом требовали большой выкуп.

Создавшаяся ситуация вынуждала русское командование ускорить решение ногайского вопроса. На рассвете 1 сентября русские напали на ногайские стойбища около Малой Еи. Бой продолжался до полудня, пока в радиусе 30 верст не были уничтожены все ногайцы. После чего подобные ''зачистки''последовали и в ряде других мест. Встревоженные этим ногайцы решили уйти в Закубанье, где некоторые черкесские князья обещали им защиту и помощь.