Першою такою політичною акцією став розподіл Ніжинського полку на три полки — Ніжинський, Стародубський та Глухівський. Визначальним мотивом при цьому було прагнення гетьмана за рахунок отриманих вакансій винагородити старшинськими урядами своїх «безурядових» прибічників. Але не менш поважний мотив крився в міркуваннях політичної доцільності. Адже ніжинська старшина тривалий час перебувала в опозиції до Брюховецького як претендента на гетьманство. Розділивши полк на три територіальні одиниці, гетьман тим самим прирівнював його до решти лівобережних полків у територіальному відношенні та підривав підґрунтя для консервації особливих політичних претензій ніжинської старшини.

Повертаючись же з-під Ніжина на південь Лівобережжя, Брюховецький «роспустил новопоставлених полковников, тих которіе з ним з Запорожжа вишли, но усіх столечних городах, придавши каждому полковникові по сто чоловіка козаков, которим по усіх полках жупани давано». Розквартировуючи запорожців по полкових містах Лівобережжя, гетьман також вирішував декілька завдань. Передусім у такий спосіб він матеріально винагороджував своїх прибічників, котрі звели його на гетьманство. Адже, крім того, що запорожцям «по усіх полках жупани давано», вони, користуючись покровительством гетьмана, «з млинов сами розміри брали и куди хотіли оборо чали». Ясна річ, що присутність при поставленій Брюховецьким полковій старшині загонів запорожців паралізувала спротив скинутих з урядів старшин та зміцнювала авторитет нової влади. Але, що не менш важливо, розквартирувавши запорожців по всьому Лівобережжю, гетьман тим самим звільнявся від їхньої опіки в гетьманській резиденції, діставав можливість проводити власну політику, а не бути маріонеткою в руках «дейнеків», які винесли його на гребінь влади й сподівалися, згідно з традицями, що існували на Січі, ділити з ним цю владу.

Переконливим підтвердженням, що саме таким чином Іван Мартинович прагнув визначити місце своїх учорашніх союзників, служить той факт, що в статтях, переданих у Москву через воєводу К. Хлопова, він порушував перед царем клопотання стосовно заборони низовикам зноситися з царським урядом безпосередньо, минаючи гетьмана: «...щоб запорожці їздили про все до нього, гетьмана, а без гетьманського дозволу до Москви б не їздили». Тобто новообраний регіментар, що перебрав владу до своїх рук, передовсім уміло маніпулюючи гаслами обмеження старшинського всевладдя та гетьманського авторитаризму, добивався того, чого свого часу прагнув досягти гетьман Виговський. Намагання наслідувати Виговського вбачається і в інших діях Івана Брюховецького — не даремно ж дещо пізніше лівобережний правитель заявляв, що «буде все так, як було при Виговському».

Прагнення гетьмана зміцнити свою владу змушує його «забути» і про свої взяті напередодні елекційної ради зобов'язання щодо розширення меж міського самоврядування, гарантування міщанам невтручання козацької адміністрації в справи, віднесені до компетенції магдебургій, тощо.

В окрему, досить важливу і вкрай делікатну проблему суспільно-політичного життя Гетьманату виливається питання взаємин гетьманського уряду з православною церквою. Отримавши під час переделекційних перегонів важливу допомогу від духівництва, зокрема тієї її частини, яку очолював місцеблюститель Київської митрополії, Брюховецький, зважаючи на надані напередодні обіцянки, на перших порах свого гетьманування змушений демонструвати особливу приязнь як по відношенню до єпископа Мефодія, так і духівництва загалом. Так, зразу ж по завершенні Ніжинської ради він видає ряд універсалів, якими підтверджує старі та надає нові майнові пожалування цілому рядові лівобережних монастирів: Максаківському, Макошинському, Лубенському, Мгарському, Чернігівському, П'ятницькому, Канівському тощо. Водночас Брюховецький намагається позбутися втручання єпископа Мефодія у світські справи. Так, уже 17 серпня гетьман під час розмови з воєводою стольником Хлоповим висловив побажання, щоб Олексій Михайлович з метою «учинення в цьому краї міцності людям і містам, аби прислав до Києва зі своїх богомольців кого-небудь в митрополити»! Вбивчою для свого вчорашнього союзника й покровителя була аргументація цього клопотання: «...у цих краях духовний чин навчений латинської грамоті і в них, латинських, є прозяб велика, скільки до церкви християнської не прилучаються, скільки до римського костьолу, а Мефодію єпископу митрополитом бути не можна; якщо він учиниться митрополитом, то буде в Малоросії неспокій».

У другій половині вересня він відправляє до Москви генерального обозного Івана Цесарського та київського полковника Василя Дворецького, доручивши їм допровадити козацьких старшин та ігумена Мгарського монастиря Віктора Загоровського, які визнали себе винними у співпраці зі «зрадником» Якимом Сомком. Одночасно гетьман зобов'язує послів під час переговорів з начальником Малоросійського приказу боярином Петром Михайловичем Салтиковим від імені гетьманського уряду порушити питання про призначення Київським митрополитом московського церковного ієрарха. Більше того, вони мали рекомендувати керівництву російського зовнішньополітичного відомства не відпускати з Білокам'яної дітей нинішнього місцеблюстителя, оскільки він має намір одружити Луку на полячці, аби отримати багатий посаг (старший син єпископа Мефодія, Лука, перебував у Москві ще з 1659 р., а молодший — Костянтин був переправлений батьком на навчання влітку 1663-го). Посли повинні були акцентувати увагу на користолюбстві єпископа Мефодія, зокрема на привласненні ним коштів, виділених царем на ремонт Софійського собору в Києві, а також намаганні вплинути на пом'якшення вироку Якиму Сомкові та Василю Золотаренкові в надії отримати від них щедру матеріальну винагороду. Через послів гетьман інформував московські кола й про те, що напередодні Ніжинської ради місцеблюститель нібито вимагав від нього, аби він подарував йому табун коней чи... одружився на його доньці, а «за це єпископ учинить його на раді повним гетьманом, а самому єпископу бути б київським митрополитом».

«Через одні ворота впускали поляків, а через інші — московітів».

Дивна війна на Лівобережжі 1663—1664 рр.

Допоки на Лівобережжі звучали останні акорди довготривалої і вельми драматичної п'єси під назвою «Вибори гетьмана», на правому березі Дніпра завершувалась підготовка до широкомасштабного воєнного вторгнення на «Задніпров'я». Чому широкомасштабного? Тому що на відміну від попередніх років, коли під проводом якогось полковника в ранзі наказного гетьмана Дніпро форсували переважно по декілька правобережних козацьких полків, поміч яким надавали відділи татар або ж, в окремих випадках, одна-дві коронні хоругви, цього разу очолити похід лаштувався особисто король Ян II Казимир. А під свої знамена монарх мав намір зібрати всі наявні на той час у Речі Посполитої сили — і коронні війська, і литовські полки та корогви, і козацькі полки правобережного гетьмана Тетері. Сподівався король уже звично для практик попередніх років скористатись і військовою допомогою Орди.

Цього разу кінцевим пунктом призначення для королівського походу на Схід була визначена не Правобережна Україна, як це було в 1648, 1649, 1651 чи 1654 та 1655 роках, і навіть не «Задніпров'я» (саме ця назва вживалась поляками для означення Лівобережжя України), а — Москва. Саме в царській столиці або на підступах до неї король мав намір прийняти капітуляцію російської сторони. Звичайно ж, доля українських земель, зокрема Лівобережжя, мала також вирішитися в результаті цієї війни. А ще Лівобережжя мусило прийняти на себе тягар розгортання театру польсько-російського воєнного протистояння. І це породжувало вкрай серйозну проблему для Брюховецького та його поки що не зміцнілої гетьманської влади. Тим часом 5 серпня 1663 р. Ян II Казимир, перебуваючи вже у Львові, проголосив початок походу супроти Московської держави, покликаного, як було сказано в королівському універсалі, вирвати з московських рук Україну — «цю зіницю ока Польської Корони». І вже наступного дня 34—35-тисячна армія (разом з військовими слугами) виступила в похід. Марш королівського війська правобережними теренами протікав доволі швидко. У середині вересня джерела фіксують перебування короля в Шаргороді, наприкінці місяця — у Брацлаві, а 8 жовтня — уже в Білій Церкві. Тринадцятого жовтня відбулася воєнна рада. Її учасники відхилили пропозицію Стефана Чарнецького завдати удару по Києву та вирішили негайно форсувати Дніпро та йти на Задніпровську Україну. При цьому вони дослухались до пропозицій гетьмана Павла Тетері й ухвалили таке рішення: головним силам на чолі з королем Дніпро форсувати трохи нижче Києва, у районі Ржищева, аби потім рухатись на Бориспіль, а далі вздовж Десни до Остра.

У складі головної королівської армії, що нараховувала до 20 тисяч коронних жовнірів, було також долучено 12-тисячний козацький корпус під командою наказного гетьмана Івана Богуна та близько чотирьох тисяч татар під орудою нураддина Мехмед Ґерая. Для забезпечення тилів і гарантування спокою на Правобережжі тут було залишено полковника Себастьяна Маховського з коронними військами, а також правобережних козаків з Чигиринського, Канівського, Київського і Брацлавського полків. Ще одна група військ під командою коронного хорунжого Яна Собеського (близько чотирьох тисяч жовнірів) та придані йому три козацькі полки на чолі з правобережним гетьманом Павлом Тетерею та частиною татар під орудою Сефер Ґерая, переправившись на лівий берег Дніпра, мали йти в південні полки Лівобережжя, аби навернути тамтешнє товариство і посполитий люд під владу короля та гарантувати в такий спосіб від несподіваного нападу тили головних королівських сил.

Виступаючи на Лівобережжя, Ян II Казимир видав королівський універсал до української шляхти, наказуючи їй ставитись до своїх підданих і козаків, що на той час мешкали в їхніх маєтностях, якомога толерантніше та лагідніше. І, як видно з листування гетьмана Брюховецького з воєводою Ромодановським, у середині — другій половині жовтня королівські універсали активно поширювались лівобережними теренами, завдаючи лівобережному регіментарю додаткового головного болю.

До пори до часу серйозного опору такій поважній військовій силі, що рухалась під королівським стягом, на Лівобережжі ніхто не чинив. Отож, уже 20 листопада король зупинив війська в Острі на відпочинок. Перерва в русі була необхідна й для того, аби мороз покрив льодом річки і зміцнив шляхи, що в умовах осіннього бездоріжжя були вкрай непридатними для руху армії. Тим часом на півдні Лівобережжя військам Собеського та Тетері на початку листопада вдалося оволодіти Кременчуком. Упродовж листопада — першої половини грудня вдалося опанувати Манжелією, Говтвою, Миргородом, Остап'їм, Балаклією, Коваленками, Лубеньками, Райсанкою, Переволочною, Біликами. Відбилась лише залога Кишеньків, яку очолював наказний полковник Степан Красна Башта.

На початку грудня Тетеря разом з Собеським приступили до гетьманської резиденції свого опонента — до Гадяча. Окрім коронних жовнірів і козаків правобережних полків, під командою правобережного гетьмана й коронного хорунжого перебували також загони татар і відділи німецької піхоти. Хизуючись цією поважною силою, гетьман Тетеря почав засилати мешканців міста «многими прелестные листы, чтобы они здались», а коли ті не захотіли прислухатися до його закликів, почав нищити околиці гетьманської резиденції. Утім, простоявши під Гадячем два дні й «видя гадицких жителів крепкое стоянье, от Гадича отступили, а около города посады все повыжгли». Усього ж «від Кременчука до Гадяча» було захоплено 52 міста і містечок, а 12 населених пунктів, які вчинили опір, спустошено. Після безуспішної спроби оволодіти гетьманською резиденцією Брюховецького правобережний гетьман і коронний хорунжий скерували війська до Ромен. А здобувши місто, рушили в напрямку Прилук, на шляху оволодіваючи Лохвицею, Лубнами, Барвою. Прилуки також не встояли перед нападниками.