Вместе с тем в Венгрии обстановка опять изменилась не в пользу Священной лиги. В сентябре 1604 года турецкие войска отвоевали Пешт. Кроме того, очень скоро венгры убедились, что ''освободители'' ведут еще хуже турок. Императорская власть потребовала, чтобы все землевладельцы, имевшие собственность в освобожденных районах, предоставили документальные свидетельства законности своих прав. Тем, кто смог это сделать, было предложено заплатить репарацию за ущерб, принесенный Австрии войной. Таким образом, многие поместья были проданы с аукционов иностранным генералам, аристократам и армейским снабженцам. По сути вся ''освобожденная'' территория была передана на разграбление. Многие венгерские дворяне были вынуждены покинуть свои имения, и уйти в горы или в области, занятые турками. Что привело к тому, что симпатии венгерского общества оказались на турецкой стороне. Результаты этого не замедлили сказаться на ситуации уже в самом ближайшем времени.

Наиболее острой была обстановка в Трансильвании, где правление Рудольфа II так и не получило поддержки населения. И с течением времени число недовольных габсбургским управлением только увеличивалось. Императорский двор не торопился с выполнением союзнических обязательств и не оказал Трансильвании должной помощи в борьбе с Портой. Более того, императорские войска Георгия Басты грабили местное население и творили бесчинства. Вопреки договору1595 года, Георгий Баста преследовал протестантов, разрушал их церкви — началась контрреформация. По стране прокатилась волна политических репрессий, трансильванские магнаты, недовольные Габсбургами, бежали из своих владений, которые потом конфисковывались и передавались немцам. Положение Трансильвании осложнили голод и чума, поразившие в это время княжество. Трансильванские сословия, не смирившись с приходом к власти Габсбургов, начали поиски нового князя, который смог бы возродить страну и вернуть ей независимость от императора.

Это оказалось довольно сложной задачей. В течении двух лет трансильванская политическая элита не могли найти подходящей кандидатуры князя. Во время восстания против Михая Витязула и Георгия Басты самые авторитетные семьи Трансильвании погибли. Наследник Сигизмунда Батори был еще слишком молод. Вождь трансильванских эмигрантов Габор Бетлен не пользовался популярностью с самой Трансильвании. Среди кандидатов, достойных княжеского титула, чаще всего упоминались двое — Стефан Чаки и Стефан Бочкам. Причем последнего из претендентов поддерживала трансильванская эмиграция.

Стефан Бочкаи родился в 1557 году в небольшом венгерском городе Коложваре. Род Бочкаи принадлежал к той части магнатов, чьи интересы — в силу расположения земельных владений — были связаны как с Трансильванией, так и с Венгрией. Являясь родственником князя Трансильвании, Стефан Бочкаи с юных лет был объектом пристального внимания как Габсбургов, так и сторонников независимости княжества: их интересовало, какую позицию он в дальнейшем займет. Детство и юность Бочкаи, как и многие представители известных венгерских фамилий, провел в Вене и Праге при императорском дворе — Габсбурги пытались воспитать молодых венгерских дворян верными сторонниками свой династии. Поэтому за Стефаном Бочкаи на долгие годы сохранилась репутация горячего приверженца Габсбургов. Этому способствовала и его служба в качестве посла трансильванского князя при дворе Рудольфа II. В самой Трансильвании Стефан Бочкаи также занимал ряд важных постов: был ишпаном комитата Бихар, командующим гарнизоном Надьварада.

Однако настоящая слава пришла к Стефану Бочкаи во время войны с Османской империей. Он вместе с князем Михаем Витязулом одержал ряд важных побед над турками. В 1595 году именно Бочкаи возглавил трансильванское посольство в Прагу, увенчавшееся заключением антиосманского союза. Габсбурги оценили его мужество, военный и дипломатический таланты — он был награжден землями и деньгами. Несколько позже, по предложению императора Рудольфа II, Стефан Бочкаи поехал в Трансильванию в качестве неофициального представителя Габсбургов. Однако его дипломатическая деятельность в княжестве продолжалась недолго: трансильванские сословия — как сторонники, так и противники Габсбургов — не доверяли Бочкаи. Одни считали его шпионом Рудольфа II, другие недолюбливали за верность князю Сигизмунду Батори, которому Бочкаи не раз помогал вернуться на трон. Поддержка, оказываемая Стефаном Бочкаи Сигизмунду Батори, не устраивала часть сословий Трансильвании, которые видели в этом причину нестабильности в княжестве. Вмешательство Бочкаи стоило некоторым противникам князя власти, а иногда и жизни. В ноябре 1600 года Стефан Бочкаи, обвиненный в шпионаже и государственной измене, был арестован. Однако вскоре его выпустили из тюрьмы и выслали из княжества. У него конфисковали все владения в Трансильвании.

Вернувшись к императорскому двору, Стефан Бочкаи впал в немилость у Рудольфа II. Он был арестован по тем же обвинениям, что и в Трансильвании, и заключен под стражу а Праге, где в ''почетном плену'' провел два года (В 1600-1602 гг. Габсбурги особенно активно пытались утвердить свою власть в Трансильвании. Возможно, Рудольф II предполагал, что в противостоянии императора и Батори Бочкаи встанет на сторону князя. Стремясь обезопасить себя, Рудольф II на время изолировал Бочкам. В 1602 году генерал Баста утвердился в Трансильвании, и Бочкаи уже не представлял опасности для Габсбургов). Выпущенный на волю в 1602 году, лишенный монархом почти всех своих венгерских владений, он стал persona non grata как для Габсбургов, так и для трансильванцев. Стефан Бочкаи сразу же удалился в свое имение недалеко от Варада. Возможно, он так и прожил бы остаток жизни в уединении, отвергнутый всеми, вдали от двора и политики, если бы не стремительно разворачивавшиеся события в Трансильвании.

Еще весной 1604 года Габор Бетлен предложил трансильванским сословиям избрать на пустовавший княжеский престол Стефана Бочкаи. Удивительно, но сословия, еще два года назад обвинявшие последнего во многих преступлениях, теперь благожелательно отнеслись к выдвижению его кандидатуры. Однако одного согласия трансильванских сословий было не достаточно. Для того, чтобы стать трансильванским князем, Стефан Бочкаи должен был заручиться поддержкой султана. Ведь только Порта, приняв Бочкаи как князя Трансильвании, а, следовательно, и своего вассала, могла помочь ему самому и его сторонникам в борьбе с Габсбургами.

Великий везирь Лала-Мехмед попросил Бочкаи сообщить ему свои планы как претендента на трон. Бочкаи совместно с Бетленом сформулировалконкретные условия договора с Портой, которые были одобрены султаном. В итоге Лала-Мехмеду было поручено заключить с ними союз. Султан обещал оказать Стефану Бочкаи военную помощь против Рудольфа II. Вероятно турки предполагали, что Бочкаи, преданный императором и посаженный им в тюрьму, не пойдет на соглашение с Габсбургами и будет до конца защищать свои и османские интересы в Трансильвании.

Имперский генерал Джакомо Бельджойозо, находящийся с императорскими войсками в княжестве, узнал о планах турок вторгнуться в Трансильванию и нанес опережающий удар по лагерю трансильванских эмигрантов в Темешваре, который считался оплотом всех смут. Никакого военного значения нападение на лагерь эмигрантов не имело, зато большие проблемы в дальнейшем вызвало то, что солдаты Д. Бельджойозо захватили часть переписки Стефана Бочкаи с Габором Бетленом и султаном, которая могла бы погубить потенциального князя, если бы ее прочел Рудольф II.

Напуганный таким поворотом дел и возможными репрессиями со стороны императора, Стефан Бочкаи обратился за помощью к своим друзьям и пересказал им содержание пропавших писем. Его сторонники решили, что надо использовав обещанную султаном помощь оказать вооруженное сопротивление Бельджойозо, если генерал начнет военные акции против Бочкаи. Но один из сторонников Бочкаи, капитан крепости Сент Йобб, побоявшийся открытых военных действий против Габсбургов, выдал Бельджойозо планы трансильванцев. Оказалось, что генерал впервые слышит о пропавшей переписке Бочкаи и о его договоре с Портой. Оповещенный таким образом о планах претендента на трансильванский трон, в октябре 1604 года Бельджойозо попытался захватить крепости Стефана Бочкаи, чтобы подавить мятеж в зародыше. Однако с первого раза штурм крепостей не удался. Имперский генерал, не заинтересованный в их длительной осаде, пошел на переговоры. Он предложил Стефану Бочкаи сдаться, поехать к императору в Прагу и больше не бороться за трансильванский трон.

Одновременно Бельджойозо направил капитанов своих гайдуков в лагерь Бочкаи, чтобы переманить на свою сторону гайдуков последнего и тем самым лишить его части военной силы. Эта дипломатическая миссия закончилась переходом всех гайдуков на сторону Стефана Бочкаи. Союз гайдуков и Стефана Бочкаи был закреплен в Октябрьском дипломе. В нем говорилось, что гайдуки под началом Бочкаи будут сражаться ''за Отечество и правую веру''.

Таким образом, осенью 1604 года Стефан Бочкаи нашел своего первого союзника — гайдучество — в войне против Габсбургов. Однако имевшихся у него в наличие сил и союзников было недостаточно, чтобы противостоять династии: армия Бельджойозо наступала, османы были заняты и не могли прислать своевременную помощь, гайдуцких войск не хватало. Положение Бочкаи могла изменить только поддержка серьезных союзников. События того времени в Венгрии и политика Рудольфа II помогли Стефану Бочкаи решить проблему. Сословия Верхней Венгрии (совр. Словакия) предложили ему совместные действия.

Положение Рудольфа II с течением времени осложнялось. Война с Портой затягивалась, присоединение Трансильвании вылилось в движение Стефана Бочкаи. Все это требовало от Габсбургов больших финансовых затрат; денег, собранных сословиями, не хватало. По монархии прокатилась новая волна конфискаций. Основной удар пришелся по владениям венгерских магнатов: самые богатые и авторитетные аристократы (часто сторонники Габсбургов) были обвинены в государственной измене и вероотступничестве.

Поводом для открытого выступления части венгерских сословий стало требование генерала Бельджойозо, предъявленное им в сентябре 1604 года общему собранию верхневенгерских комитатов — собрать налог для оплаты комитатского войска. Этим Бельджойозо нарушил законы, согласно которым только Государственное собрание имело право вотировать налоги. Кроме того, верхневенгерские комитаты уже собрали и передали Сепешскому казначейству необходимую сумму. Верхневенгерские сословия обратились к Рудольфу II с протестом на действия генерала, и одновременно потребовали от суверена прекращения религиозных преследований и конфискаций имущества. Кроме того, верхневенгерские сословия выступили за отмену 22-й статьи действующего законодательства, по которому аннулировались все решения венгерских Государственных собраний. Таким образом, сословия хотели уничтожить не следствие, а причину всех действий центральной власти. В постановлении сословий говорилось, что они не только отказываются предоставить солдат и оказать военную помощь суверену, но и будут жить с ''правом ненаказуемой самозащиты''. То есть, сословия заявляли, что могут оказать вооруженное сопротивление Габсбургам на основе Золотой буллы 1222 года. Неизвестно, чем закончилось бы это первое серьезное выступление венгерских сословий, если бы они действовали одни. Однако к этому времени у них появился потенциальный союзник — Стефан Бочкаи. Известность Бочкаи в Венгрии и Трансильвании, его успешное выступление против Бельджойозо, большой военный потенциал (войско самого Бочкаи, трансильванская армия и отряды гайдуков) позволили верхневенгерским сословиям увидеть в нем достойного вождя их движения. Бочкаи же в условиях наступления императорского войска и занятости турок охотно пошел на союз с сословиями Верхней Венгрии.

Одержав небольшую победу, Бочкаи обеспечил себе массовую поддержку. Города и крепости открывали перед ним ворота. И хотя его плохо организованные войска часто терпели поражения, габсбургский военачальник Георгий Баста, которому было предписано выступить против него, оказавшись во враждебном окружении, смог лишь медленно отходить на запад.

Политика Габсбургов по отношению к венграм в этот переломный период как будто бы работала на Бочкаи: Рудольф II своими действиями способствовал тому, чтобы у его противника появлялись новые союзники. Захват императорскими войсками кальвинистких церквей заставлял принять сторону Стефана Бочкаи даже тех, кто боялся его связей с Османской империей и противостояния законному государю. Осенью 1604 года к Бочкаи присоединились сепешские города. Причиной этого стала начатая епископом Ф. Форгачем в Сепешском крае контрреформация. Пять сепешских городов отказались выполнить требования прелата вернуть католикам протестантские храмы и постановили присоединиться к движению Бочкаи. Таким образом, к концу 1604 года вокруг Стефана Бочкаи сплотились трансильванские, вержневенгерские сословия, сепешские города и гайдуки. Это была заметная политическая сила выражавшая чаяния значительной част венгерской нации.

Восстанием Бочкаи и вызванным им ослаблением позиций Габсбургов не преминули воспользоваться турки, перешедшие в 1605 года в контрнаступление. 3 октября 1605 года туркам удалось снова занять Эстергом, освобожденный имперцами 3 сентября 1595 года.

Более удачно шли дела у персидского шаха. Зиму 1604-1605 гг. шах провел в Тебризе, готовясь к летней компании. Турки, увидев разоренную землю, повернули назад и зазимовали в крепости Ван. Поход союзников шаха, кахетинских войск, в Ширван весной 1605 года закончился неудачей и гибелью царя Константина. Осенью Джелал-оглу Синан-паша начал новое наступление против персов и двинулся из Вана к Тебризу. 7 октября 1605 года у Суфиана происходит одно из самых крупных сражений в истории войн шаха Аббаса, во время которого военный талант Аббаса проявляется особенно ярко. Все сражение велось под его командованием. Шах Аббас так распределил основные силы и резервы, что сумел справиться с превосходящими силами противника, применяя неожиданные военные хитрости. Войскам шаха удалось захватить огромное количество трофеев, в том числе около 100 орудий. Сразу после этой победы шах Аббас посылает корпус Зульфугар-хана Караманлу на север с приказом осадить Гянджу, взять которую удалось только через 2 месяца, зимой 1606 года. Сам шах с главными силами преследует разбитую армию Джелал-оглу и берет Ван. До 1607 года персидские войска постепенно очистили от османов Ширван, захватывая после осад крепости (Гянджа, Баку, Шемаха). Были заняты и другие территории.

Впрочем, Россия после 1605 года активно в боевых действиях более участвует, направив все свои силы на закрепление уже занятых территорий. Из активных действий можно разве что отметить окончательную зачистку Буджака и вытеснение тамошних ногайцев за Дунай, и захват расположенной в устье Дуная турецкой крепости Измаил.

В начале 1606 года, окончательно удостоверившись в невозможности в существующих условиях развить наступление на Турцию со стороны Кавказа, по приказу царя был выведен из Грузии отряд Телятевского.