До января Наместник неоднократно вызывался в Петербург. Был прислан за ним специальный поезд, но он каждый раз отклонял выезд из-за угрозы войны. 12-го января 1904 года Наместником не были получены обыденные ежедневные депеши от наших посланников из Токио, Пекина и Сеула. На запрос дипломатической канцелярии о причинах этого был от всех трех представителей получен одинаковый ответ, что им предписано сноситься непосредственно с Петербургом.
В тот же день Наместник подал Государю прошение об отставке и о снятии с себя ответственности за могущие произойти последствия. Ответа на это прошение до начала военных действий получено не было.
Министр Иностранных Дел граф Ламсдорф, не подозревая об отнятии от Наместника права переговоров с дальневосточными посланниками, выпустил в первые дни войны "Красную книгу", в которой сваливал всю вину на адмирала Алексеева. Книга эта, выпущенная и разосланная в количестве 50-ти экземпляров, была по Высочайшему повелению у всех получивших ее отобрана и уничтожена. Оказалось, что с 12-го января переговоры с посланниками велись контр-адмиралом Абаза.
Таким образом, к началу военных действий Наместник не был даже в курсе дипломатических переговоров. Кончилось все это 26-го января 1904 года...
6-го апреля 1903-го года Евгений Иванович Алексеев был произведен в полные адмиралы с оставлением в звании генерал-адъютанта, а 30-го июля назначен Наместником Его Императорского Величества на Дальнем Востоке. На этом посту Алексеева (впрочем, сам адмирал в официальных документах неоднократно высказывался против учреждения там наместничества и просил, в случае, если таковое будет учреждено, отозвать его с Дальнего Востока) застала в 1904-ом году русско-японская война. В начале ее ему пришлось играть роль страдательную, ибо общественное мнение России, не подготовленное к войне правящими сферами, возложило на него ответственность не только за ее возникновение, но и за нашу неподготовленность к ней. К тому же в качестве же Главнокомандующего он оказался лишенным всей полноты власти в руководстве военными операциями, вследствие назначения ему "самостоятельного помощника" генерала Куропаткина, занимавшего до тех пор пост Военного министра.
В июле 1903-го года японское правительство обратилось к русскому с предложением пересмотреть существующие договоры России, как с Японией, так с Китаем и Кореей, и представило проект их изменений, направленный к созданию полного господства Японии в Корее и к вытеснению России не только из этой страны, но и из Маньчжурии. Алексееву, по Высочайшему повелению, поручено было, совместно с нашим посланником в Токио, рассмотреть его и составить проект русских ответных предложений для представления таковых на Высочайшее благовоззрение. Выполняя это поручение, Алексеев исходил из следующих оснований: не допускать вмешательства Японии в Маньчжурские дела, обеспечить свободу плавания русских судов вдоль корейских берегов, воспрепятствовать образованию из корейской территории стратегической базы для враждебных против России действий Японии, во всем же остальном предоставить ей широкие права в Корее.
Составленный на этих основаниях ответ нашего правительства, как известно, не удовлетворил Японию. В октябре 1903-го года она представила второй проект соглашения, рассмотрение которого, по Высочайшему повелению, опять было поручено Алексееву, с указанием установить примирительную формулу, "отнюдь не отказываясь от основных наших требований".
5 ноября 1903-го года Алексеев представил министру иностранных дел второй проект соглашения, указав, что "необходимо теперь же остановиться на тех последствиях, которые могут произойти, в случае отказа Японии принять наш проект".
Основываясь на энергичной деятельности Японии в Пекине и Сеуле, направленной против России при сочувствии и поддержке Англии и Америки, а также принимая в расчет непрекращающиеся приготовления Японии к усилению ее боевой готовности, Алексеев предположил, что непринятие Японией наших предложений может сопровождаться не только занятием Кореи, как предполагалось прежде. Нам следовало быть готовыми и к жесткому обращению японцев по маньчжурскому вопросу в согласии с Китаем. В виду возможности такого исхода переговоров, он предлагал замедлить передачу нашего проекта, "дабы иметь время привести в исполнение некоторые уже начатые мероприятия, направленные к усилению нашего военного положения на Дальнем Востоке, что, в свою очередь, окажет влияние на японскую притязательность".
После некоторых изменений внесенных в столице, проект был передан японскому правительству 20-го ноября и, как предвидел Алексеев, не удовлетворил Японию, которая, не выжидая уже результатов дальнейших переговоров, перешла от слов к делу.
24 декабря 1903-го года Алексеев телеграфировал в СПб о целом ряде мероприятий японцев, несомненно, свидетельствовавших об их намерениях занять Корею и установить над нею протекторат. Придавая этому готовившемуся событию, значение большой и серьезной опасности для нас в военном отношении, "не с целью вызвать вооруженное столкновение, а исключительно в видах необходимой самообороны", он предлагал принять ряд предохранительных мер, направленных к поддержанию равновесия в стратегическом положении сторон, нарушаемом оккупацией Кореи: или,
— 1-е, объявить мобилизацию в войсках Дальнего Востока и Сибири, ввести в Маньчжурии военное положение для удержания страны в спокойствии, обеспечения целости Китайско-Восточной ж.-д. и подготовки сосредоточения войск и занять войсками нижнее течение Ялу; или,
— 2-е, довести до военного состава и начать перевозку в Иркутск 2-х армейских корпусов, предназначенных для усиления войск Дальнего Востока. Одновременно с тем принять меры по подготовке к мобилизации остальных подкреплений объявив на военном положении Маньчжурию и обе наши приморские крепости (Порт-Артур и Владивосток).
В ответ 30-го декабря 1903-го года через Военного министра Алексеев получил следующие указания: с началом высадки армии японцев в Корее объявить Порт-Артур и Владивосток на военном положении; приготовиться к мобилизации и приготовить к выдвижению на корейскую границу отряды для прикрытия сосредоточения наших войск в Южной Маньчжурии.
Вместе с тем ему указывалось принять все меры к тому, чтобы на корейской границе не произошло каких-либо столкновений, которые могли бы сделать войну неизбежной. В целях во что бы то ни стало избежать разрыва с Японией, в СПб решено было "насколько возможно продолжать обмен взглядов с токийским кабинетом", и посему через Алексеева отправлен был в Токио третий по счету наш проект соглашения с Японией.
Ознакомившись с ним, Алексеев тотчас же, 20 января 1904 года, телеграфировал: "непрекращающиеся военные приготовления Японии достигли уже почти крайнего предела, составляя для нас прямую угрозу". Поэтому "принятие самых решительных мер с нашей стороны для усиления боевой готовности войск на Дальнем Востоке не только необходимо в целях самообороны, но, может быть, послужить последним средством избежать войны, внушая Японии опасения за благоприятный для нее исход столкновения".
Поэтому он полагал необходимым тотчас же объявить мобилизацию войск на Дальнем Востоке и в Сибири, подвезти войска к району сосредоточения и решительными действиями нашего флота воспротивиться высадке японских войск в Чемульпо.
В ожидании ответа на эти насущные запросы Алексеев вывел порт-артурскую эскадру на внешний рейд практически в полном составе, дабы по получения согласия Петербурга на свои предложения, не теряя ни минуты двинуть флот наш к берегам Кореи.
24-го января им была получена из Министерства Иностранных Дел депеша лишь с извещением о разрыве дипломатических сношений с Японией. Не содержа никаких практических, реальных указаний, как надлежит трактовать этот факт, и что следует делать, депеша говорила лишь о том, что ответственность за последствия, которые могут произойти от перерыва дипломатических сношений, остается на Японии.
25-го числа он получил, наконец, краткую информацию из военного Министерства, что... ответ на его предложения будет дан в течение суток! Поэтому вице-адмиралу Старку было дано устное указание иметь эскадру полностью готовой к выходу к Чемульпо немедленно по получении приказа от наместника. В этом и кроется причина запрета штабом эскадры на постановку противоторпедных сетей кораблями в трагическую ночь начала войны, повлекшего столь печальные последствия.
Ожидавшийся ответ адмирал Алексеев получил из СПб лишь 27-го января, когда японцы начали уже военный действия и бомбардировали Порт-Артур! Причем он вновь был составлен столь расплывчато и не определенно, что его положения можно было трактовать как, с одной стороны, перекладывание на плечи Наместника бремени окончательного решения, так и с другой, желательности избежать международной ответственности за инициативу открытия враждебных действий.
Оглядываясь назад, становится очевидным, что имея в виду ясно выраженное Государем горячее желание Его "избавить Россию от ужасов войны", адмирал Алексеев лишен был возможности что-либо предпринять. Он должен был проявить крайнюю осторожность в своих действиях, чтобы посылкою эскадры к Корейским берегам не повести к вооруженному столкновению с Японией, которого в Петербурге избегали до самого последнего момента.
Такое отношение Алексеева к депеше министерства иностранных дел, полученной им 25-го января, нашло себе затем подтверждение в правительственном сообщении о разрыве дипломатических сношений, успокоительно заявлявшем, что таковой не означает еще начала войны.
В общем, роль Алексеева в ходе переговоров с Японией ограничилась лишь совещательным участием его в них и ролью передаточной инстанции дипломатических бумаг, которыми наше Министерство Иностранных Дел обменивалось со своим представителем в Токио и с токийским кабинетом.
По существу же, представления, сделанные Алексеевым в СПб, проникнуты были духом твердого, энергичного отпора притязаниям Японии на Маньчжурию, деятельной военной подготовки к возможным с ее стороны агрессивным действиям, к захвату в них инициативы.
Вера в благоприятное "разрешение кризиса", царившая в Петербурге, сделала также то, что все мероприятия по усилению нашего военного положения на Дальнем Востоке осуществлялись крайне экономно, не спеша, без сознания их крайней необходимости и неотложности.
Имея в виду неравенство в условиях мобилизации России и Японии, и тревожное положение политических дел уже летом 1903-го года, Алексеев считал необходимым иметь всегда под рукою не менее 50-ти тысяч войск. Для этого сформировать новых 44 батальона пехоты, соответственно сему увеличить количество кавалерии и артиллерии, усилить гарнизон Порт-Артура, приблизить войска к району сосредоточения армии и придать им новую "стратегическую организацию".
Но на совещаниях, происходивших в Порт-Артyре в июне 1903-го года под председательством Военного Министра, генерала Куропаткина, все эти пожелания подверглись сокращению: вместо 44-х батальонов предположено было сформировать лишь 22, а формирование особого Квантунского армейского корпуса признано было и вовсе... ненужным! В октябре же 1903 года адмирала Алексееву предложено было отказаться от одного из 2-х армейских корпусов предназначенных к перевозке в Маньчжурию в случае войны. А когда он на это не согласился, то число формируемых батальонов было сокращено с 22-х до 18-и, формирование 9-й Восточно-Сибирской стрелковой бригады предположено было сделать путем выделения батальонов из состава других Восточно-Сибирских стрелковых бригад, и отложено до весны 1904-го года!
Сокращены были также испрашивавшиеся Алексеевым кредиты. Вместо 12-и миллионов рублей единовременно и 17-и миллионов в течение 6 лет, Особое Совещание под председательством графа Сольского признало более целесообразным "предусмотреть потребности военного ведомства лишь на ближайшее время". (!) И потому ассигновало на усиление обороны Дальнего Востока на истекавший 1903 и предстоящий 1904 годы сверхсметным кредитом — по 3 миллиона рублей, а на 1905 год — 6 миллионов рублей. Несмотря на все тревожные для мира признаки, Алексееву только в первых числах января 1904 года разрешено было расходовать этот 3-х миллионный кредит...
Такое же отношение встречали в Петербурге и требования Алексеева относительно усиления боевой готовности Тихоокеанской эскадры. Еще за два года до войны, и затем регулярно, Начальник доносил об огромном некомплекте в личном составе эскадры, но последний так и не был пополнен к началу войны. Пополнение некомплекта снарядов к орудиям эскадры производилось крайне медленно и несообразно положению вещей. С огромной канцелярской волокитой производилось создание на месте средств, необходимых для починки судов. Так, в течение 3-х лет не мог быть утвержден в Петербурге план устройства порта в Порт-Артуре. Он переходил из одной финансовой или технической комиссии в другую, между тем как в Дальнем порт вырос быстро, и Министерство Финансов не пожалело на него денежных затрат. К постройке сухого дока в Порт-Артуре можно было приступить лишь в начале 1903-го года, и также после неоднократных напоминаний и ходатайств. По соображениям экономическим, для эскадры было введено положение так называемого "вооруженного резерва", сократившее кредиты на плавание и практическую стрельбу.
Таким образом, нося громкий, ответственный титул "Наместника Его Императорского Величества на Дальнем Востоке", адмирал Алексеев, в действительности, вследствие междуведомственной розни трех министерств, имевших непосредственное отношение к делам далекой окраины, и бюрократической централизации управления ею, лишен был реальной полноты власти! В результате чего естественной, к сожалению, реакцией со стороны лучшей части нашего офицерского корпуса, стало и всколыхнувшееся с началом войны мнение о его непосредственной виновности в падении уровня боеготовности флота.
Высочайшим указом Правительствующему Сенату, данным 28-го января 1904-го года, адмиралу Алексееву предоставлены были "для действий военно-сухопутных и морских сил, сосредотачиваемых на Дальнем Востоке", права Главнокомандующего армиями и флотом, а 12-го февраля последовало назначение Командующим Маньчжурской apмией генерала Куропаткина, как "самостоятельного и ответственного начальника".
Создалось двоевластие, пагубность которого увеличивалась тем, что оба они, и Главнокомандующий, и Командующий армией разно смотрели на характер ведения войны. К счастью, в августе 1904-го года эта коллизия разрешилась...
— Глава 7. Порт-Артур — Санкт-Петербург