Водночас більшовики обіцяли академії фінансову підтримку, і керівництво УАН робило все можливе, щоб отримати бодай дещо. Лише з квітня 1919 р. із виділених більшовиками грошей почалась виплата місячної платні академікам та нечисленним штатним працівникам Академії наук, а також відпуск так званих операційних коштів (тобто на відрядження і експедиції) як окремим академікам, так і різним інституціям УАН. Звісно, виплати були невеликими, часто-густо кошти було важко отримати у банках, та й на базарах селяни відмовлялись брати паперові гроші, віддаючи перевагу натуральному обміну, тож учені не розкошували. У Політехнічному інституті навіть був організований спеціальний «Комітет для добування продуктів харчування» на чолі із енергійним професором Євгеном Патоном. Як згодом згадував академік Степан Тимошенко, одного разу Комітет «добув» багато пшениці й родина Тимошенків отримала цілий мішок зерна. Вони були надзвичайно щасливі, хоча пшениця була вологою та її довелось сушити на балконі й пильнувати від пташок.

Зрештою, незважаючи на всі труднощі, часто не завдяки, а всупереч УАН функціонувала та розвивалась. Кількість установ та працівників поступово зростала. Були започатковані серійні «Записки», «Труди» та «Матеріали» відділів й інституцій, надруковані кілька наукових студій та «Звідомлення» УАН. Однак надходження паперу не були регулярними. Інколи папір академіки не купували, а знов-таки «добували» завдяки особистим знайомствам із працівниками радянських установ.

З іншого боку, попри кошти, яких час від часу домагались вчені, вони відчували з боку більшовиків постійну небезпеку, сенс якої чітко висловив історик Дмитро Багалій: «Пережити б тільки...».

Учені, які стали до праці в академії, до революції зазвичай мали пристойні доходи та статки і через це ототожнювались із ворожою пролетаріату буржуазією, обходження з якою було відповідним. Після взяття Києва більшовиками без церемоній та зайвих розмов до зазвичай великих й ошатних будинків і квартир науковців ставали на постій червоноармійці. Постій часто супроводжувався насильством, грабунками та знищенням майна, а також домашніх бібліотек і лабораторій. Мали місце накладання контрибуцій та реквізиція житла.

Подібна масова практика більшовиків примусила УАН просити у влади так звані «охоронні листи» для всіх дійсних академіків і директорів академічних установ, а також для будинків УАН. Звернення за цими листами було постійним — академіки практично щомісяця принизливо прохали владу унеможливити реквізицію житла, бібліотек та наукових приладів.

Науковці привертали увагу більшовиків не лише через привабливу приватну власність, яку можна було реквізувати. Серед співробітників УАН було чимало громадських, політичних та державних діячів — колишніх членів Української Центральної Ради (УЦР), Генерального секретаріату УНР, Кабінету міністрів Гетьманату та Директорії УНР. Більшовики ставились до них однозначно вороже, непоодинокими були арешти вчених саме за їхню минулу роботу.

Зокрема, у березні 1919 р. чекістами були арештовані академік Сергій Єфремов (член УЦР, генеральний секретар міжнаціональних справ Генерального секретаріату УЦР-УНР), член академічної комісії для складання біографічного словника діячів України Петро Стебницький (див. вклейку, рис. XVII) (член УЦР, міністр освіти в одному із урядів за часів Гетьманату), а також археолог Левко Чикаленко (член УЦР) та фізик професор Георгій Де-Метц, які в академії на той час не працювали. УАН одразу виступила на захист учених, однак її очільникам довелось неодноразово звертатись із клопотаннями до більшовицького уряду та споряджати депутації до Наркомату освіти, аби визволити науковців із тюрми.

Улітку 1919 р. із наступом Добровольчої армії Всеукраїнська ЧК активізувалась, арешти і навіть розстріли науковців почастішали. 7 липня 1919 р. був заарештований визначний український літературознавець, співробітник І відділу УАН Володимир Науменко (див. вклейку, рис. XVIII), у минулому — міністр освіти в уряді гетьмана Скоропадського. Його «контрреволюційна діяльність», за визначенням чекістів, якраз і полягала у тому, що він «обіймав посаду міністра народної освіти при гетьмані». Незважаючи на те що Науменко винним себе не визнав, колегія ЧК 8 липня засудила його до розстрілу. Вирок був виконаний того ж дня. Щойно дізнавшись про арешт Науменка, 9 липня Вернадський та Кримський від імені УАН звернулись до більшовицьких керманичів із протестом проти свавілля влади, проте запізнились на один день.

Загалом з літа 1919 р. політика більшовиків стосовно УАН зазнає докорінних змін. Відмовляючись від прихильно-пасивного споглядання за діяльністю вчених, радянські урядовці переходять у наступ та намагаються взяти академію під свій контроль. Фактично саме тоді, влітку 1919 р., були закладені засади політики більшовиків щодо «ученого стану» України, що за доби непу набули виразних рис.

Із заняттям Києва військами Добровольчої армії Академія наук офіційно припинила свою діяльність, а фактично вчені щосили вели наукову працю далі. Із поверненням більшовиків до Києва у грудні 1919 р. УАН відновила регулярні засідання Спільного зібрання та мусила знову домагатись від більшовиків того самого мінімуму, що був наданий УАН у період їх попереднього владарювання. Надзвичайно гостро стояли питання фінансування Академії наук (його не було), видачі нових охоронних листів (старі були визнані недійсними), а також нових мандатів на приміщення та земельні ділянки для УАН (попередні були скасовані). Загальне ж ставлення більшовицької влади до вчених з літа 1919 р. не зазнало змін, їх, як і раніше, вважали потенційно небезпечними через соціальне походження, політичну діяльність (здебільшого йшлося про колишню політичну діяльність) та володіння фаховими знаннями.

Загалом, значна грошова скрута, відсутність відповідних приміщень, невизначеність із підпорядкуванням УАН, а також перенесення столиці до Харкова утруднювали відносини академії із владою. Разом з тим деяка віддаленість від центру мала певний позитив, бо давала можливість УАН далі самостійно розв'язувати свої внутрішні проблеми. Попри матеріальні труднощі, голод (так звані «академічні» пайки були виділені лише дійсним членам, всі інші науковці були їх позбавлені), арешти, від'їзд деяких її членів з України і, навпаки, неможливість деяких академіків повернутись до Києва з-за кордону, смерть кількох дійсних членів, УАН не лише вижила як інституція, а й розвивала структуру та напрямки досліджень, почала готувати до публікації наукові праці.

Зрозуміло, що самоорганізація та самостійність, які виявляла академія, непокоїли владу. Побудувати таке омріяне ними комуністичне суспільство більшовики без науки не могли, і вони це добре розуміли. Однак більшовикам, згідно з їхньою доктринальною лінією, від вчених потрібна була лише повністю контрольована наукова робота винятково в інтересах соціалістичного будівництва. Досягти цього можна було за рахунок «правильних» кадрів та «правильних» наукових установ. Але ані того, ані іншого у більшовиків після революції не було. Отже, перед ними постало двоєдине завдання. Потрібно було залучати так званих «старих буржуазних спеціалістів» (тобто осіб, які прийшли в науку до революції) і відповідно «перевиховувати» їх. Водночас ішлося про використання існуючих науково-дослідних інституцій і поступове перебирання контролю над ними. З іншого боку, за допомогою цих «старих спеціалістів» та під партійним наглядом треба було якнайшвидше готувати молодих «марксистських» науковців та створювати мережу нових «комуністичних» державних наукових осередків із планомірним та централізованим керівництвом.

Перший рішучий крок у напрямку підпорядкування собі академії більшовики зробили вже 1921 р. Справедливо вважаючи, що однією науковою установою керувати легше і простіше ніж кількома, як, зрештою, одну установу ефективніше контролювати, більшовицькі очільники зробили все можливе, щоб об'єднати УАН та Українське наукове товариство разом з його місцевими філіями та іншими науковими організаціями та установами України в «єдину всеукраїнську наукову організацію». Влада, позірно підтримуючи самоврядність УАН, всіляко квапила вчених, вимагаючи ухвалення нового статуту академії з наперед визначеними самою владою положеннями.

Тиск, який чинила на академію влада, захоплення у вчених не викликав. Однак оскільки від держави залежало фінансування академії, Спільне зібрання змушене було виконувати вказівки урядовців. Узгодження йшло непросто: комісія та підкомісії з розробки нового статуту збирались 14 разів, а нарком освіти Григорій Гринько мусив кілька разів приїздити до Києва для погодження положень статуту. Найбільш інтенсивно обмірковувались структура Академії наук та її господарсько-управлінських органів. Зрештою, 14 червня 1921 р. Раднарком УСРР спеціальною постановою ухвалив новий статут Академії.

Згідно зі статутом академія дістала назву Всеукраїнської та підтвердила свій статус вищої наукової установи УСРР. В іншому, здавалось, академія капітулювала. Права ВУАН були суттєво обмежені. Відтоді вона безпосередньо була підпорядкована Наркомату освіти УСРР. Представники Наркомату призначались до складу Ради (тобто Спільного зібрання) ВУАН без будь-якої на те згоди вчених або будь-якого обговорення кандидатур. Президія ВУАН — так званий «виконавчо-керівний орган», що складалась із президента, товариша президента (заступника) та ученого секретаря, затверджувалась Наркомосом, як і всі обрані на Раді академіки. Значні зміни були зафіксовані у структурі ВУАН: замість попередніх трьох відділів (історично-філологічного, фізично-математичного та соціальних наук) були організовані п'ять (природничо-математичних наук, суспільно-історичних, народного господарства, педагогіки та медицини) із секціями та бюро у складі відділів.

Незважаючи на затверджений статут, члени ВУАН намагались відстояти свої академічні свободи та зберегти незалежність як під час ухвалення рішень, так і навіть у діловодних дрібницях. Всупереч ухваленому статуту аж до початку 1930-х рр. відбувались не засідання Ради ВУАН, а, як і раніше, засідання Спільного зібрання. Два додаткові зафіксовані у статуті відділи (педагогіки та медицини), на необхідності яких наполягали урядовці, так ніколи і не були організовані. Були збережені навіть назви та порядкові номери утворених ще 1918 р. відділів.

По суті, ВУАН опиралась практично всім намаганням Наркомосу втрутитись у її наукове життя та регламентувати наукову діяльність, будь-які інструкції та розпорядження «згори» зустрічали спротив. Приміром, у відповідь на повідомлення Наркомосу про відносини ВУАН із закордоном винятково за посередництва свого спеціального підрозділу — так званого «Наукового комітету» — на Спільному зібранні було ухвалено відстоювати право академії безпосередньо спілкуватись із зарубіжними вченими та установами.