Так как в течении последних двух недель с помощью портового ледокоа и подручных средств производились постоянно промеры состояния льда, то 20 февраля была предпринята новая попытка проделать фарватер и в течении трех дней "Надежный" пробил центральный фарватер и обколол суда стоявшие в бухте. Наконец 23 февраля флот в составе "Ретвизана", "Победы", "Пересвета", "Полтавы"; "Баяна", "России", "Громобоя", "Авроры", "Дианы", "Паллады" вышел в море. Целью выхода служила отработка маневрирования в составе эскадры и проведение артиллерийских учений и стволиковых и боевых стрельб. Выйдя за кромку льда, эскадра направилась на юго-восток. Корабли занимались боевой подготовкой и вернулись вечером следующих суток. Спустя неделю в связи с появлением у Владивостока японских кораблей, эскадра вновь была приведена в полную боевую готовность. 25 февраля крейсера вновь выходили в море, проводив германский пароход "Вастфельс", пришедший с грузом угля от залива Америка до Владивостока. Спустя пару дней пришел очередной угольщик — германский п/х "Гроссланд", который доставил 6500 тонн угля Кардифф.
28 февраля наблюдательные посты вновь обнаружили многочисленные дымы на горизонте. Спустя полчаса были опознаны главные силы японского флота, состоявшие из 3 броненосцев, 6 броненосных крейсеров, 4 крейсеров. Все русские боеготовые силы начали выходить в Босфор Восточный, рассчитывая в случае атаки крепости дать бой в виду береговых батарей. Но Того, в свою очередь не рискнул пересекать линию своих прежних минных постановок. Поманеврировав в видимости береговых батарей на о-ве Русском, в течении 4 часов, Того лег на обратный курс. К 17 часам русские корабли стали на якорь в б.Золотой Рог. Штаб эскадры тем временем предложил провести минно-заградительную операцию в районе Майдзуру и выставить там 100 мин с минного заградителя "Амур". "Новик" получил распоряжение произвести поиск у побережья Хоккайдо. Для дальнего прикрытия планировалось использовать все наличные силы, правда согласно телеграммы управляющего морского ведомства было запрещено использовать броненосные корабли дальше чем за сто миль к югу от Владивостока.
Тем временем из Санкт-Петербурга пришло указание усилить оборону Сахалина, в связи с чем, в Корсаков 2 марта был отправлен военный транспорт "Якут", который доставил 4 6"/35 и 6 75 мм/50 орудий с расчетами и боекомплектами. С помощью местного населения орудия были приведены в готовность к бою к 10 марта. "Якут" 12 марта ушел в Николаевск.
3 марта "Новик" вышел в море но из-за аварии в машине вскоре вернулся обратно. Кроме того в ходе плавания в битом льду корпус был поврежден.Выход в море заградительного отряда также был отложен.
5 марта при тралении фарватера у острова Скрыплева подорвался на мине и затонул буксирный параход N2, что опять опять привело к тому что следующие несколько дней 4 основных фарватера усиленно тралились.
8 марта, через полностью очистившийся ото льда Босфор-Восточный отряд под флагом Рейценштейна, следуя за тральщиками вышел в море и направился на юг. Состав отряда: "Аскольд" (флагм), "Аврора", "Диана", "Паллада", "Амур". В заливе Вакаси "Амур" выставил 2 заграждения (всего 120 мин). Первое на подходе к Майдзуру, второе у Цугару. Закончив постановку, корабли, развив 16 узловой ход, направились во Владивосток. На поставленных минных заграждениях впоследствии подорвалось и затонуло вспомогательное судно "Сейкико-мару". При попытке спасения уцелевших подорвался на мине пароход "Сайо-Мару". Так как море очистилось, крепостные минеры приступили к обновлению стационарных заграждений, а с заградителя "Амур" выставлено 500 мин оборонительных заграждений на подходах к крепости.
В конце февраля произошли перестановки в командном составе эскадры. Скрыдлов освобожден от должности по состоянию здоровья и убыл в Петербург. Начальником отряда броненосцев и ВриД командующего эскадры: "Цесаревич", "Ретвизан", "Победа", "Пересвет", "Полтава" был назначен контр-адмирал Матусевич. Начальником отряда броненосных крейсеров: "Громобой", "Россия", "Баян" утвержден Иессен. Начальником крейсерского отряда: "Аскольд", "Богатырь", "Аврора", "Диана", "Паллада" также утвержден Рейценштейн. Начальником минных сил стал капитан 1 ранга Елисеев — "Новик", 6 истребителей "Бесстрашный", "Беспощадный", "Бесшумный", "Бдительный", "Властный", "Грозовой" и 8 миноносцев — NN201,202,203,205,206,209,210,211. Отрядом подплава: "Дельфин", "Касатка", "Налим", "Скат", "Шереметьев", "Форель", "Осетр", "Сом" командовал Плотто. Греве сменен Виреном, а также ему на время стоянки организационно были подчинены вспомогательные крейсера.
14 марта, была получена информация о наличии японских миноносцев у Киенчена. Принято решение послать ПЛ "Сом", "Дельфин" в сопровождении миноносцев "201", "202". Отряд достиг м.Гамова, но повернул обратно ввиду ухудшения погодных условий. Информация о японских кораблях при проверке не подтвердилась. Корабли вернулись в б.Патрокла, где получили команду находится в 30 минутной готовности к выходу.
В марте русские подводные лодки неоднократно выходили в море. Так "Сом" 22 марта вышла в Амурский залив и направилась к о-ву Римского-Корсакова, Затем дошла до острова Аскольда и вернулась таким образом через трое суток в б.Золотой Рог. По приходу встала в док на две недели из-за прогорания выхлопных труб. "Дельфин" выходила на боевую позицию к острову Аскольд. В общей сложности подводная лодка находилась на позиции трое суток.
В целом март оказался удачным, были выведены на испытания первые только, что собранные миноносцы типа "Циклон", отремонтирован "Цесаревич", после вступления в строй которого эскадра выходила в море в полном составе на отработку маневрирования и проведения стрельб. Эскадра отработала маневры и эволюции. В начале апреля "Новик" и истребители выходили в рейд в район Цугару, однако без результатов. 9 апреля подводная лодка "Касатка" выходила в трехдневный учебный поход к берегам Кореи.
Тем временем еще в начале марта морской министр запросил у регента разрешение на выход вспомогательных крейсеров на международные морские пути. На обсуждение данного предложения был приглашен министр иностранных дел, который со скрипом согласился на операцию при условии что операция будет проводится в прилегающих к Японии водах и не более 1-2 месяцев, ибо возможны дипломатические осложнения в свете предстоящего выхода 2 ТОЭ. На всех вспомогательных крейсерах были почищены котлы и перебраны механизмы, крейсера были частично перевооружены и по окончании подготовки утром 14 апреля вышли в море и направились в Николаевск-на-Амуре, куда прибыли спустя трое суток. Дождавшись улучшения погоды маленькая эскадра вновь вышла в море. Выйдя из Татарского пролива крейсера повернули на восток, кроме "Лены" которая направилась на северо-восток. Остальные крейсера проскочили через Кунаширский пролив в океан где их пути и судьбы окончательно разделились.
Крейсер "Лена" спустя пару суток с момента выхода в море встретил, досмотрел и затем потопил артиллерией шхуны "Койо Мару" и "Хокузей Мару", занимавшиеся морским промыслом. 25 апреля в районе острова Уруп были потоплены японские зверобойные шхуны "Явата Мару N 3" и "Явата Мару N 1". 30 апреля в районе острова Симушир были обнаружены и потоплены зверобойные шхуны "Яйя Мару" и "Сенрио Мару". 3 мая в районе острова Матуа крейсер потопил промысловые шхуны "Тайо-мару N2", "Санкио-мару" после чего повернул обратно в Николаевск. На обратном пути встретился только небольшой пароход п/х "Саво-мару" (250 тонн в/и) который тоже был пущен ко дну. 11 мая крейсер вернулся в Николаевск-на Амуре. Тем временем кого-то в штабе Манчжурской армии осенила гениальная идея о необходимости проверить, что проиходит в Петропавловске-на-Камчатке, уже более года отрезанном от России и отвезти туда небольшой гарнизон. Руководствуясь полученными инструкциями, на борт крейсера "Лена" была принята сводная пехотная рота и 2 батареи: тяжелая полевая из 4-х 6" 120 пудовых 6" орудий и полевая батарея из 8 87 мм легких орудий с расчетами.Закончив погрузку угля и запасов, а также приняв груз, крейсер вечером 16 мая вышел в море.
Спустя пять дней 21 мая крейсер отдал якорь на рейде Петропавловска-Камчатского, на берег были перевезены солдаты и орудия, притом 6" орудия были установлены на месте старой батареи Максутова. Командир крейсера капитан 2 ранга Берлинский принял решение осмотреть остров Шумшу, так как там по информации дружинников была устроена база, откуда и устраивались набеги на русский берег. Сутки спустя крейсер вышел в море и днем следующего дня подойдя к японскому поселку на Шумшу, открыл по нему артиллерийский огонь, выпустив сотню снарядов разным калибров. Высаженный десант сжег поселок и стоявшие у берега шхуны. В плен взято 44 японца. После разгрома, когда на берегу еще догорали строения, крейсер поднял якорь и ушел во Владивосток, куда прибыл 5 июня.
Крейсер "Рион" выйдя в Тихий океан, на следующий день встретил и досмотрел барк "Джонстон", шедший в Кобе с грузом ворвани. Барк был отослан с призовой командой в Николаевск. 24 апреля "Рион" обнаружил, остановил и досмотрел британский параход "Джорджия" с грузом металлоконструкций шедший в Кобе. Попытка отослать его с призовой партией не удалась ввиду вывода из строя машины. После чего находившийся в 100 милях от японского побережья командир русского крейсера отдал команду затопить пароход. 3 мая в Тихом океане крейсер задержал, досмотрел и изъял с борта немецкого парахода "Грюндинг" почту адресованную в Японию. Параход был отпущен. Так как уголь расходовался с ужасающей скоростью, то командир принял решение возвращаться и пройдя проливом Фриза, крейсер вошел в Охотское море, после чего направился в Лаперузов пролив. Погода в районе плавания — густая дымка, с переменной видимостью от 5-6 миль до 1-2 миль, юго-западный ветер 3-7 метров в секунду, крупная океаническая зыбь. В 14 ч. 45 мин. 15 мая крейсер следуя 10 узловым ходом и находясь по счислению в 70 милях от мыса Анива, в условиях ограниченной видимости обнаружил с позади левого траверза трехтрубный корабль, следовавший на северо-запад. Спустя 5 минут корабль был опознан как японский крейсер типа "Нийтака". Командир отдал команду немедленно подымать пары для развития полного хода. В 14 ч. 55 мин. противник лег на курс сближения. Дистанция составляла 6 миль. В 15 ч. 30 мин. "Рион" увеличил ход до 17 узлов. Противник за это время приблизился до дистанции 5 миль и находился на левой раковине. К 15 ч. 40 мин. "Рион" увеличил наконец ход до 19 узлов. Японский крейсер за это время сократил дистанцию до 45 кабельтов и в 15 ч. 47 мин. начал пристрелку. "Рион" ответил из кормовой шестидюмовки. В течении 15 минут противники не могли добиться попаданий. В 16 ч. 5 мин. "Рион" получил первое попадание 6" фугасным снарядом. Снаряд пробил борт и взорвался в каюте N13 палубы для пассажиров первого класса. "Рион" довернул вправо, задействовав носовое орудие. Спустя пять минут вторым попавшим в корабль снарядом была полностью уничтожена шлюпка N3. Спустя несколько минут в крейсер одновременно попали два снаряда. Первый снаряд взорвался при ударе о борт в кормовой части на уровне ватерлинии, вызвав затопление кают третьего класса. Другой снаряд взорвался при ударе о трап, ведущий на спардек, нанес осколочные повреждения надстройке и вывел из строя расчет 75 мм орудия. В это же время на японском крейсере наблюдали взрыв между второй и третей трубой. В следующие пять минут японский крейсер получил по наблюдениям с "Риона" еще пару попаданий. Очередной снаряд, пробив 2-ю дымовую трубу у основания, взорвался внутри, осколками выведено из строя 2 котла. Корабль окутался облаком пара. Спустя пару минут следующий снаряд взорвался в носовом шпилевом отделении, вызвав возгорание промасленной ветоши. Пожар был ликвидирован спустя 10 минут. В 16.24 "Рион" начал циркуляцию вправо, поворачивая на N, оставляя "Нийтаку" по корме. Бой продолжился. "Рион" задействовал орудия нестрелявшего правого борта. Дистанция уменьшилась до 25 кабельтов. Японцы смогли задействовать только два 6" орудия. Русские могли использовать кормовую 6" пушку и два 120 мм орудия. Бой продолжился. Тем не менее, в этот раз японцы пристреливались дольше, а русские добились очередного попадания в 16 ч. 40 мин. После чего на японском крейсере замолчала носовая пушка на 10 минут. Правда и "Рион" получил попадание в кормовую часть выше ватерлинии. В 16 ч. 50 мин. "Рион" вошел в полосу густого тумана и ввиду резкого ухудшения видимости "Нийтака" исчезла из вида. Бой прекратился. "Рион" получил в первой фазе 7 попаданий. 2 котла выведены из строя. Затопления в корме. Русский крейсер продолжал уходить на север. В 17 ч. 35 мин. в результате аварии во 2-м котельном отделении, пришлось снизить ход. Видимость составляла не более 5-10 кабельтов. В 17 ч. 45 мин. "Рион" повернул на W. Скорость снизилась до 14 узлов. Командир корабля капитан 2 ранга Маниковский рассчитывал проскочить в пролив, в крайнем случае укрыться в Корсакове. Смеркалось. В 19 часов ветер усилился до 10-12 метров в секунду, порывами до 17 и туман развеялся, видимость увеличилась до 4-5 миль и слева по борту обнаружился японский крейсер "Нийтака", который немедленно открыл огонь. "Рион" ответил всем бортом. Дистанция была три мили. Первое попадание "Рион" получил спустя 10 минут после начала боя, в носовую часть у ватерлинии. "Рион" вел огонь всем бортом включая 75 мм орудия. Бой шел на дистанции 20-25 кабельтов на паралельных курсах и сразу приобрел черты ожесточенного поединка — попадания шли одни за другим. Прямым попаданием выведена из строя кормовая 6" пушка. Вслед за ней было разбито среднее 120 мм орудие. Но русский крейсер продолжал вести ответный огонь течении последующих 40 минут. Смеркалось. За это время "Рион" добился нескольких попаданий в японский крейсер, который загорелся. Как стало известно уже после войны, самое тяжелое попадание "Нийтака" получила в 19 ч. 30 мин. занырнувшим стальным фугасным снарядом. Неразорвавшийся снаряд пробил борт в подводной части, прошел через угольную яму и попаданием вывел из строя котел, вызвав тем самым значительные затопления. Спустя несколько минут окутавшаяся клубами пара "Нийтака" резко отвернула в сторону выходя из боя. Состояние Русского крейсера было ощутимо хуже. Корабль получил не менее 25-30 попаданий 6" и 12-и фунтовых снарядов. На стрелявшем борту действовало носовое 6" и бортовое носовое 120 мм орудия. Уцелела так же одна 75 мм пушка. Разгорался пожар на палубе пассажиров 1 класса. Трубы изрешечены осколками. Пригодными для плавания остались только три шлюпки. Корабль сильно зарывался носом и имел крен на левый борт в 5 градусов. Скорость упала до 10 узлов. Вода начала поступать в машинное отделение. В связи с окончанием боя собран военный совет крейсера, после которого, было принято решение идти в Корсаков, так как поселок прикрыт береговой артиллерией. В 20 ч. 15 мин. радиотелеграфисты услышали близкие переговоры. К часу ночи корабль осел еще больше. Машинные отделения были полузатоплены. Правда, пожар удалось ликвидировать. В 2 часа ночи "Рион", обогнув мыс Анивы, направился к Корсакову. В 5 часов утра крейсер отдал якорь в 1 миле от берега. Маниковский немедленно послал сообщение лейтенанту Тундерману, начальнику береговой обороны Корсакова, о необходимости приготовить береговые орудия к бою. С корабля начали свозить команду на берег. По приказанию Маниковского минеры приготовили крейсер к взрыву. К 9 ч. 30 мин. команда была свезена на берег, кроме того, продовольствие и стрелковое оружие, в том числе и пулеметы. В бою погибло 22 человека. 37 получили ранения. Из них скончалось за ночь 4 человека. Корабль притоплен на мелководье. Надстройки и трубы, возвышались над водой. Спустя полчаса в видимости берега появился японский двухтрубный крейсер (опознан как "Идзуми"), по которому в 10 ч. 7 мин. с дистанции 40 кабельтов открыла огонь береговая батарея N1 состоящая из 6" орудий. Русские сделали 7 залпов, добившись близких разрывов. Японцы в свою очередь обстреляли "Рион", который естественно не отвечал, и, рассмотрев, что русский крейсер сидит на мели и не отвечает на огонь, ушли на юг. После ухода японцев Маниковский немедленно дал команду начать разгрузку боезапаса и демонтаж исправных орудий. Работы заняли 4 суток. Проводились они при помощи местных жителей, матросов и солдат гарнизона Корсакова. Всего с крейсера сняли одно 6" орудие, 4 120 мм орудия и 5 75 мм орудий, с боезапасом. Шетидюймовое орудие передали Тундерману для усиления береговой батареи N1, а из наличных орудий сформировали батареи N3 (4 120 мм) и N4 (5 75 мм). Командирами батарей Маниковский назначил лейтенанта фон Нидермиллера и мичмана Майкова.
