Наступним великим (після примусової розробки нового статуту) конфліктом Наркомосу з Академією наук став процес обрання та затвердження нового президента ВУАН. Після відмови Володимира Вернадського наприкінці квітня 1921 р. від головування в академії (вчений залишив Київ у грудні 1919 р. і з того часу обов'язки голови-президента виконував академік Орест Левицький), почалась підготовка до обрання нового президента. У липні 1921 р. більшістю голосів на президента ВУАН було обрано академіка Миколу Василенка.
Проте Наркомос це не влаштовувало. У новообраному президенті академії радянські керманичі бачили передусім «класового ворога». Василенку пригадали його членство в партії кадетів, виконання обов'язків голови та посаду міністра закордонних справ й освіти Ради міністрів Української Держави за гетьмана. Цього було достатньо, аби Раднарком, формально спираючись на норму нового статуту, кандидатуру Василенка не затвердив та наполіг на повторних виборах голови ВУАН. Академія погодилась на перевибори, але вчинила по-своєму. У жовтні 1921 р. знову таємним голосуванням на Спільному зібранні були підтверджені результати липневих виборів, причому навіть із більшою перевагою голосів.
Демарш академії не залишився непоміченим. Наркомос на результати виборів не зважив, затвердження не відбулось. Навпаки, у листопаді спеціальним листом до ВУАН нарком освіти Гринько прозоро натякнув, що академія не справляється із тими завданнями, які стоять перед нею в «добу великої революції», і що таке нехтування «бурхливим струменем життя працюючих мас» може позначитись на забезпеченні її положення як центральної науково-дослідної установи України. Нарком фактично погрожував непоступливим вченим. Ситуацію намагались розхитати і зсередини: в кулуарах активно велись розмови про Кримського як про можливого президента.
Зрештою, лише в лютому 1922 р. вдалось «продавити» рішення про переобрання голови-президента та президії ВУАН. Крапку в протистоянні поставив сам М. Василенко. Незважаючи на вмовляння присутніх, він оголосив про відмову від повноважень президента, підкресливши, що йде з посади не з власної волі.
Вибрати нового президента виявилося справою нелегкою. З одного боку, президентом мав стати авторитетний вчений і добрий організатор науки, з іншого — його кандидатура мала влаштувати владу. Втім, пристосовуючись до вимог влади, вчені, попри все, ретельно дотримувались демократичних принципів виборів голови-президента, докладно розписаних ще в статуті 1918 р. Зрештою, після кількох тижнів консультацій та обговорень із другої спроби наприкінці березня 1922 р. більшістю голосів на голову-президента було обрано академіка О. Левицького.
Головувати йому довелось недовго: у травні 1922 р. 73-річний О. Левицький помер. Навчені попередніми виборами, вчені цього разу дуже швидко дійшли згоди. Попри те, що були висунені кандидатами семеро осіб, шестеро з них балотуватись не погодились. У списку на голосування залишився один віце-президент ВУАН Володимир Липський, який і був обраний у червні 1922 р. та невдовзі благополучно затверджений Наркомосом. Липський перебував на посаді президента ВУАН до 1928 р., коли був змушений подати у відставку через тиск, який чинила на нього влада.
Із середини 1920-х рр. до певної міри покращилось матеріальне забезпечення науковців, нарешті більш-менш регулярно стали виходити академічні періодичні видання, з'явились нові науково-дослідні інституції. У цілому в Україні наукові дослідження інтенсифікувались. Бажаючи проводити наукову працю на батьківщині, до України із еміграції стали повертатись учені. У березні 1924 р. до роботи у ВУАН став академік Михайло Грушевський, який спромігся за короткий термін розбудувати Історичні установи ВУАН. Ці установи об'єднували півтора десятка комісій історичного профілю та науково-дослідну кафедру історії України, до них були залучені як постійні, так і нештатні співробітники, понад 200 осіб з усієї України. Переїжджали до радянської України й західноукраїнські науковці. Приміром, 1926 р. у Харкові одну з кафедр Геодезичного інституту очолив колишній професор Вищого педагогічного інституту ім. Драгоманова у Празі, видатний географ та картограф Степан Рудницький. Наступного року він організував та очолив Український науково-дослідний інститут географії і картографії, а 1929 р. був обраний академіком.
Водночас влада робила чергові кроки щодо контролю над ученими та їхніми контактами, передусім закордонними. Для того щоб виїхати за кордон у відрядження, потрібно було докласти чималих зусиль. Академічним працівникам, наприклад, крім підтримки Спільного зібрання ВУАН треба було домогтись дозволу Укрнауки (у віданні цього органу Наркомосу перебували всі науково-дослідні інституції УСРР). Дозвіл цей давався лише після розгляду питання у секретаріаті ЦК КП(б)У або навіть на політбюро ЦК, а це передбачало кількаразове відвідування урядових установ із відповідними клопотаннями. Навіть президент ВУАН академік В. Липський, попри свій статус, у травні 1925 р. писав, що не розраховує на закордонне відрядження, бо не може «49 разів бути в Наркомосвіті плюс 13 разів десь у другому місці, як зробив [акад.] Μ. М. К[рилов]», а без кількаразових відвідин Наркомосу в Харкові годі було й сподіватись на дозвіл.
До деяких українських учених (переважно гуманітаріїв) більшовики ставились із упередженням і дозволу на виїзд на давали, незважаючи на численні офіційні запрошення від закордонних поважних наукових інститутів та дослідників. Зокрема, було відмовлено у закордонному відрядженні для участі в VI Міжнародному конгресі істориків в Осло Академіку Михайлу Грушевському та професору Михайлу Слабченку — навіть попри те, що обидва були включені до складу радянської делегації на конгрес.
З іншого боку, приїзд закордонних учених до України також знаходився під контролем більшовиків. Саме урядовці визначали, хто і до кого може приїхати, а хто — ні, а під час візитів коло спілкування гостей намагалися всіляко обмежити. Приїзд однієї із таких делегацій яскраво описав у своєму щоденнику Сергій Єфремов. 2 вересня 1925 р. він занотував: «Огидна метушня із „закордонною делегацією“ все ще тягнеться. Вчора її возили до Преображення, в дім одпочинку. Делегації одинадцятеро чоловіка, а „почту“ десятків з п'ять. Пансіонерам з дому відпочинку наказано було не турбувати гостей зайвими запитаннями, взагалі не розпускати язика, навіть записочки роздано з питаннями, які можна ставити. Всі інші заборонено. Потім наїзжа сарана з'їла обід, приготований для аборигенів, і на автомобілях покотила собі до Києва».
Із осені 1924 р. знову актуалізувалось бажання уряду реформувати ВУАН, бо, мовляв, вона продовжувала своє існування «в рамках традиційної чистої науки, відокремленої від проблем сучасного економічного, соціального й політичного життя». Чергові перетворення мали бути проведені під гаслом «Наука є підпорою пролетаріату в боротьбі за визволення». Втім, запропоновані згори зміни ВУАН підтримувати не збиралась і, навпаки, висунула свої вимоги до уряду, чим вчергове роздратувала своєю непоступливістю більшовицьких керманичів. У хід пішли різні методи переконання, зокрема кулуарні. На фоні начебто публічних обговорень структурних реорганізацій ВУАН на пленумах Укрнауки мали місце напівтаємні обіцянки влади сприяти тому або тому вченому в обмін на певну поступливість та підтримку вигідних Наркомосу рішень, підбурювання одних науковців проти інших, зіштовхування їх між собою. Саме так було із роздмухуванням протистояння між академіками Агатангелом Кримським та Сергієм Єфремовим з одного боку та Михайлом Грушевським і Павлом Тутковським — з іншого.
У березні 1927 р. синусоїда тиску на вчених знов пішла вгору. На політбюро ЦК директивно було ухвалено реорганізувати ВУАН впродовж наступних трьох місяців. Форсування ухвалення нового статуту з боку Наркомосу, як і раніше, наштовхувалось на опір ВУАН, що принципово не бажала міняти кількість відділів та заперечувала проти розширення загальних зборів за рахунок представників Наркомату освіти і громадських організацій.
Натомість Наркомос у червні 1927 р. нагадав про обов'язкове затвердження ним членів Академії наук (раніше ВУАН ухилялась від цього) та зажадав, аби академія надала такі списки. У листопаді до ВУАН надійшла директива про обов'язкову присутність уповноваженого Укрнауки Наркомату освіти у Києві на засіданнях президії академії та її управи. Наприкінці грудня 1927 р. на засіданні політбюро ЦК КП(б)У за участі секретаря ЦК ВКП(б) В'ячеслава Молотова були деталізовані дії Наркомосу щодо підпорядкування ВУАН. Ішлося про підтримку лояльних до більшовиків науковців та залучення їх до складу президії, відсторонення Єфремова і Кримського від керівництва Академією наук, висунення на пост президента ВУАН мікробіолога, етнічного українця Данила Заболотного, який на той час проживав у Ленінграді, та проведення перевиборів уже в січні 1928 р. Заохочувались дії Наркомосу щодо затвердження в званні членів академії лояльних науковців та, навпаки, незатвердження вчених, що висловлювали ворожі більшовикам погляди. Таємні голосування мали бути замінені відкритими. Єдиним легітимним керівним органом ВУАН визнавалась Рада ВУАН у складі затверджених Наркомосом дійсних членів ВУАН та представників Наркомосу.
У середині січня до ВУАН була надіслана сформована згідно з рішенням політбюро ЦК спеціальна комісія на чолі з головою Укрнауки Юрієм Озерським. Хоча формально її метою було начебто нейтральне «вивчення роботи» ВУАН, основне завдання комісії полягало у виявленні усіляких хиб у науковій, організаційній та господарській діяльності академії (причому за весь період її діяльності) для проведення подальшої радянізації ВУАН. Цю тенденцію, до речі, добре вловив Грушевський, який тоді ж у приватній розмові з Єфремовим зауважив, що «Російську академію починають комунізувати, а потім черга й за нами».
Наввипередки задумав грати колишній голова Укрнауки історик Матвій Яворський. На противагу ВУАН він запропонував створити другу, «радянську», Академію наук — у Харкові, і навіть знайшов прибічників цієї ідеї серед чільних академіків ВУАН. Проте його пропозиція підтримки в Наркомосі не знайшла — влада зосередилась на приведенні до бажаного їй стану ВУАН й уникала зайвих клопотів. «Що ж до нової академії, — зауважував нарком освіти УСРР М. Скрипник у січні 1928 р., — то в нас же є вже академія, і коли б ми й з нею дали якийсь лад, то й то було б добре. Двох академій наша держава не видержить. Ми повинні всі кошти і всі сили кинути на те, щоб хоч ту одну поставити на потрібну височінь та забезпечити їй можливість працювати».
Ситуацію із реформуванням ВУАН тримали на контролі і в Кремлі. ЦК ВКП(б) отримував докладні звіти про розв'язання питання з радянізацією ВУАН, що, за твердженням ЦК КП(б)У, мало не лише академічний характер, а й політичне значення. Серед іншого, у Москві розглядались і кандидатури на пост президента ВУАН.
Українські вчені, розуміючи очевидну невідворотність перевиборів в Академії, знову спробували протистояти партійно-радянському тиску. У численних кулуарних розмовах обговорювались різні варіанти конструювання президії ВУАН. Але все завершилось безсумнівною перемогою Наркомосу, на аргументи вчених геть не зважали. Академія де-факто втрачала свою самостійність. До складу Ради — найвищого органу ВУАН, що керував усіма академічними установами та господарськими справами — були включені не лише всі дійсні члени ВУАН, затверджені Наркоматом освіти, але й представники Наркомату освіти, причому кількість останніх не вказувалась. Був зафіксований безпрецедентний для Академії порядок виборів відкритим голосуванням — піднесенням рук. 47 раніше обраних академіків були визнані Наркомосом; взято до відома, що 15 померлих академіків вибули зі складу ВУАН; затвердження ще 14 осіб було відкладено — до отримання додаткових даних. Двох видатних вчених-істориків Костянтина Харламповича та Федора Міщенка Наркомосвіти не затвердив через, як було визначено, політичні й ідеологічні мотиви та начебто «недостатню кваліфікацію». Єфремов прокоментував ухвалені карколомно-трагічні рішення лаконічно: «finis Academiae».
