С приходом иезуитов в 1540-х гг. и учреждением инквизиции в Гоа в 1560 г. воинственность миссионеров возросла. Иезуиты и доминиканцы были сильными соперниками за влияние в padroado real и боролись за поддержку вице-королей, которая позволила бы им расширить свои миссии. Вице-короли, на которых лежала ответственность за финансирование миссий, становились все более зависимыми от религиозных орденов в поставке образованных кадров для дипломатических миссий, для управления правительственными учреждениями в Гоа и для обеспечения социальной инфраструктуры, такой как школы и больницы, в разбросанных поселениях Эстадо да Индия.
Миссионеры, в свою очередь, потребовали, чтобы политика Эстадо да Индия имела более сильную религиозную направленность. Сеть союзов с местными правителями, от которой зависели португальцы с тех пор, как они впервые прибыли на Восток, должна была использоваться для распространения христианства. Миссионеры поддержали политику обучения в Гоа членов правящих семей и наследников престолов, чтобы затем приводить их к власти в качестве христианских правителей в азиатских и африканских королевствах. Альтернативой было фактическое завоевание территории и христианизация подвластного населения — политика, сначала проводившаяся на территориях вокруг Гоа, а затем распространившаяся на Восточную Африку и Цейлон в последние годы XVI в. Эта политика имела определенный успех. Христианство быстро распространилось в Японии и на Молуккских островах под влиянием христианизированных правящих элит, а также среди населения, находившегося под прямым португальским правлением, в завоеванных районах Цейлона и Индии. Более того, Синод в Диампере в 1599 г., на котором христиане св. Фомы "примирились" с Римом, и признание папского верховенства эфиопским правителем в начале XVII в., казалось, обещали, что восточные церкви объединятся под главенством Рима.
Однако сами успехи этой политики оказались неоднозначным благом. По мере реального распространения римского христианства и влияния padroado real противостояние нехристианских и некатолических религиозных групп становилось все сильнее и переросло в межобщинный и политический конфликт. Враждебность между христианами и нехристианами уже привела к потере Тернате и изгнанию португальцев с большей части Молуккских островов. Теперь же это угрожало всей стабильности португальских позиций в Восточной Африке, на побережье Канары и, что наиболее серьезно, в Японии.
С другой стороны, там, где португальцы были не в состоянии пытаться принуждать местное население, христианам оказалось возможным жить в разумной гармонии с мусульманами, индуистами и буддистами. После падения Малакки в 1641 г. многие португальцы переехали в Макассар, где они процветали под властью мусульман-сумбанцев, которые оставались решительно пропортугальскими и враждебными голландцам.
Восточная Африка и Эфиопия
В Восточной Африке самый прямой вызов господству Португалии бросили не голландцы, а, что совершенно неожиданно, местная оппозиция. После неудавшегося нападения голландцев на остров Мозамбик другие европейцы не пытались посягать на португальские владения. Их торговля на побережье основывалась на двух капитанах, Мозамбике и Момбасе, каждое из которых располагалось в укрепленных островных цитаделях. На севере Момбаса контролировала торговлю слоновой костью на побережье вплоть до мыса Дельгадо (на границе современного Мозамбика). Со времени первого путешествия Васко да Гамы португальцы поддерживали тесный союз с султанами Малинди, которых они в конечном итоге сделали титульными правителями Момбасы. Султаны и другие прибрежные правители платили дань Португалии и пользовались привилегированными отношениями с португальским капитаном Момбасы. В самой Момбасе и на островах капитанства поселилось некоторое количество португальцев, которые вступали в браки с местным населением и основали афро-португальское торговое сообщество, подобное тому, которое существовало вдоль побережья Гвинеи 37.
В 1631 г., по-видимому, без предупреждения, султан Момбасы поднял восстание, захватил форт Жесус, вырезал всех португальцев, которых смог найти, и призвал других шейхов и султанов побережья также взбунтоваться. Причину такой бурной реакции против португальцев можно объяснить религиозной политикой Эстадо да Индия. Наследника трона Малинди еще в детстве уговорили поехать в Гоа, где его крестили под именем дона Жерониму Чингулия. В 1629 г. он был провозглашен первым христианским султаном Момбасы и Малинди — очевидный триумф миссионерской политики обращения наследников восточных престолов. Однако, похоже, что, снова оказавшись среди мусульманского населения, дон Жерониму не только вернулся к своей вере, но и сделал это с горечью по отношению к португальцам, которую разделяли многие прибрежные мусульмане, решительно выступавшие против самой идеи навязывания им христианского султана. Хотя произошедшее восстание получило широкую поддержку, его не следует рассматривать как ранний пример африканского национализма или антиимпериализма. До 1630-х гг. португальцы сохраняли modus vivendi с мусульманскими правителями и населением побережья, основанный на взаимовыгодной торговле и, возможно, также на общем опыте отражения вторжений зимба. Очевидно, что к восстанию привела попытка Португалии отказаться от политики культурного сосуществования и навязать исламскому населению христианского правителя.
Южным из двух прибрежных капитанств был Мозамбик. К 1620-м гг. это капитанство стало в значительной степени частной собственностью капитана и олицетворяло собой способ, которым происходил отказ от королевского и вице-королевского контроля даже внутри официальной империи. В течение трех лет пребывания на этом посту капитан Мозамбика имел исключительное право эксплуатировать торговлю золотом и слоновой костью Замбезии и региона Софала и контролировать все поселения в этом районе. Торговая монополия капитана действовала только в пунктах ввоза и вывоза. Он имел исключительное право импортировать ткани, которые были валютой региона, и исключительное право экспортировать золото и слоновую кость. Торговые караваны, ярмарки и шахтерские лагеря внутри страны фактически управлялись местными португальскими moradores, базировавшимися в Софале или одном из городов Замбези.
Первые годы XVII в. ознаменовались серьезными конфликтами внутри португальской общины. Moradores Мозамбика настаивали на том, чтобы им разрешили создать свой собственный Senado da Camara, в то время как moradores Замбезии беспрестанно жаловались на алчность капитанов, нехватку товаров для торговли и небезопасность своих поселений. Корона, со своей стороны, настоятельно призывала капитанов обеспечить эффективную оккупацию золотых приисков и серебряных рудников, которые, как считалось, все еще находились в глубине страны. Тем временем доминиканцы в значительной степени заменили иезуитов в качестве активного крыла воинствующей церкви и пытались добиться обращения в христианство, воспитывая принцев Каранга как христиан и насаждая христианство при дворе Мономотапы. Во втором десятилетии века самый влиятельный из португальских sertanejos, Диогу Симойнс Мадейра, не только заставил Мономотапу уступить контроль над всеми рудниками королю Португалии, но принял в свой дом двух принцев Каранга, чтобы они воспитывались как христиане 38.
Именно в этом контексте в 1629 г. коалиция вождей Каранга объединилась с вождями Марави к северу от Замбези в согласованной попытке изгнать португальцев из всего региона Замбези. Тот факт, что священники-доминиканцы были одной из главных целей повстанцев, говорит о том, что агрессивная политика миссионеров сыграла важную роль в объединении столь разрозненных элементов. Также целью были ярмарки золота, и, возможно, недовольство, вызванное действиями афро-португальских торговцев с их солдатами-тонга, подтолкнуло вождей к восстанию. На первых порах повстанцы добились широкого успеха. Большое количество афро-португальцев было убито, а золотые ярмарки и города Замбези оказались в осаде.
Ни одно из этих двух восстаний в Восточной Африке не имело ничего общего с голландцами или англичанами, и похоже, что повстанцы не вступали в какие-либо контакты с европейскими врагами Португалии. Они представляли собой местную реакцию на политику Португалии, особенно на религиозную политику миссионеров, которая фундаментальным образом бросала вызов местной культуре и политическим отношениям.
Реакция Эстадо да Индия на эти вызовы была традиционной, но эффективной. Франсишку де Сейшас Кабрейра был отправлен с кораблями и людьми из Гоа. Он отвоевал Момбасу, подчинил мятежные города суахили и изгнал дона Жерониму, увековечив свою победу каменной надписью над главными воротами форта Жесус. Восстановление португальской власти в Замбезии было делом рук недавно назначенного капитана Фелипе де Соуза де Менезиша. Его кампания в Замбезии в 1631 г. была самой успешной из всех, проведенных португальскими полководцами в Восточной Африке. Он быстро разгромил марави и снял осаду Келимане, затем двинулся в Манику, где мятежный король был казнен, а на его место был поставлен друг португальцев. Его победа в центре Каранги была столь же убедительной, и португальцы и их клиенты получили полный контроль над северной частью плато Зимбабве. После этого победители приступили к разделу земель и населения и передаче их ведущим афро-португальцам, которые добивались прав на земли от португальской Короны. Тем временем исследовательские экспедиции были отправлены на юго-запад, в Бутуа, современный регион Матабелеленд 39.
В то время как Португалия столкнулась с сильной местной враждебностью в Восточной Африке, оппозиция также росла в Эфиопии. У Португалии не было крупных коммерческих интересов в Эфиопии, и португальская община там находилась за пределами юрисдикции Эстадо да Индия. Однако это царство воспринималось как важный союзник против любого распространения турецкого влияния в регионе Красного моря, и у иезуитов была миссия в стране. Эфиопия также имела символическое значение, поскольку земля Пресвитера Иоанна была одной из целей, к которым стремились средневековые короли Португалии. Миссия иезуитов, основанная в 1550-х гг., приобрела влияние при дворе и тесно сотрудничала с португальской общиной страны, большая часть которой состояла из потомков солдат армии Криштована да Гамы. В начале XVII в. под энергичным руководством Перо Паиша иезуитам удалось убедить негуса перейти в католицизм. Включение всего царства в состав римского сообщества теперь казалось лишь вопросом времени. Именно эта угроза традиционной эфиопской церкви, а также опасения, что португальское влияние на негуса подрывает положение региональных вождей, привели к восстанию 1636 г. Столкнувшись с широкомасштабным восстанием, поддержанным местной церковью, негус был вынужден уступить и изгнать иезуитов и большую часть лузо-эфиопской общины. Им не суждено было вернуться, и Эфиопия оставалась фактически закрытой для европейцев в течение следующих ста пятидесяти лет.
Хотя Эфиопия не имела большого значения для Эстадо да Индия, утрата миссии иезуитов и прекращение неофициального португальского присутствия в стране стали частью общей картины. Усиливающееся давление со стороны иезуитов и доминиканцев с целью добиться обращения в христианство, и в частности их тактика нападения на правящие семьи, были формой культурного империализма, который начал вызывать бурную местную реакцию.
Япония
Гораздо более серьезным, чем изгнание иезуитов из Эфиопии, было их изгнание из Японии и последующая потеря японской торговли. Преследования христиан в Японии начались еще в 1590-х гг., когда централизующая власть Хидэёси (умершего в 1598 г.) все больше вступала в противоречие с привилегиями, которыми пользовались христианские даймё и их последователи. Однако опасения, что распространение христианства ослабит центральную власть и даже может угрожать иностранным вторжением и завоеванием, сдерживались огромной ценностью торговли, которую осуществляли португальские корабли, приходившие из Макао. Ежегодные торговые путешествия продолжались, и японский диктатор Иэясу (умер в 1616 г.) использовал иезуитов в качестве посредников для импорта золота с целью оплаты его войн, а также шелка, но подозрения в отношении христиан росли, и возобновились преследования христианской общины. Позиции португальцев начали ослабевать, когда они начали терять свое доминирующее положение в торговле шелком. На рынок пришли голландские, испанские и даже японские купцы, и объем импорта в Японию увеличился вдвое. К 1610 г. португальский импорт шелка-сырца составлял лишь 30 процентов от общего объема 40. В начале XVII в. португальцы также несли большие потери при транспортировке. Между 1599 и 1617 гг. nau do trato отплывал из Макао всего десять раз за девятнадцать лет, в результате чего в 1618 г. "Большой корабль" был заменен галиотами меньшего размера. Несмотря на это, потери продолжались.
Однако относительный спад торговли шелком, однако, с лихвой компенсировался португальским экспортом серебра из Японии. Одной из аномалий истории того периода является то, что по мере ухудшения политических и дипломатических отношений объем экспорта серебра резко возрос. В то время как экспорт серебра между 1580 и 1597 гг. колебался от 18,7 до 22,5 тонн в год, с 1610 по 1635 гг. его объёмы резко возросли до 150-87 тонн 41. Огромный рост экспорта серебра из Японии, особенно в 1630-х гг., возможно, был стимулирован сокращением его добычи в Перу. Если это так, то это яркий пример того, как экономика Дальнего Востока реагировала на факторы глобального спроса. Другим фактором, однако, могло быть эмбарго, введенное японцами на торговлю с голландцами между 1628 и 1633 гг., что снова сделало японцев зависимыми от португальских купцов.
Гонения на христиан продолжались в течение 1620-х гг., когда произошло множество громких мученических смертей, а десятки тысяч христиан были вынуждены отречься от веры. Однако христианство уже пустило глубокие корни, и искоренить его среди крестьянства оказалось труднее, чем среди высших классов. Более того, до тех пор, пока португальская торговля с Японией была разрешена, миссионеры продолжали прибывать под чужим обличьем на борту торговых кораблей, и миссии могли финансировать себя за счет прибыли от торговли 42.
В 1630-х гг., несмотря на бум торговли серебром, отношения между португальцами и японцами еще больше ухудшились. Хотя главной причиной этого был религиозный вопрос, высокий уровень задолженности португальских купцов перед японцами, от которых они теперь получили большую часть своего торгового капитала, и частые неплатежи по этим долгам обеспечили чисто коммерческую подоплеку этого ухудшения ситуации.
Движимый растущим страхом перед иностранцами, боровшимися за влияние в Японии, сёгун начал разрывать связи с внешним миром. Отношения с Манилой закончились в 1624 г., и японским купцам было отказано в паспортах для торговли за границей на собственных кораблях. В 1628 г. даже голландцы оказались под эмбарго. Португальская торговля становилась все более рискованной, и любое португальское присутствие за пределами порта Нагасаки, предусмотренного договором, было невозможным. В 1637 г. вспыхнуло восстание среди преимущественно христианского населения Амакуса и Симабары недалеко от Нагасаки. Трудности, возникшие при подавлении восстания, заставили сёгуна отказаться от разработанного им плана нападения на испанцев на Филиппинах, но это также привело к окончательному разрыву всех отношений с Макао. В 1639 г. португальцы были окончательно изгнаны, а японские порты для них закрылись. Когда они попытались вернуться в 1640 г., все члены делегации, за исключением тринадцати, были казнены, и почти столетние португальско-японские отношения подошли к концу.