Використання усіх можливих засобів для швидкого будівництва флоту призвело до того, що в 1784 р. у Херсоні було спущено на воду 12 лінійних суден та 17 фрегатів. Взагалі ж, протягом 1779—1826 рр. було побудовано 152 судна, що вказує на поступове формування міста як центру суднобудування.
Одночасно в Херсоні розпочався активний розвиток торгівлі, у тому числі й зерном. Цьому сприяв маніфест 1784 р., який надавав місту право вільної торгівлі. До порту звозили різні товари з українських, російських та білоруських губерній, які тяжіли до басейну Дніпра. 1792 р. за кордон було відправлено 5 338 пудів пшениці та борошна, а через рік ця цифра зросла до 21 831 пуда.
Відвідавши Херсон у 1787 р., Катерина II була дуже задоволена побаченим. У своєму листі, адресованому Я. Брюсу, вона висловлювала захоплення містом, яке нещодавно з’явилось на місці голого степу й мало не тільки військові споруди, але й якісно зведені кам’яні будинки. Величезна кількість людей, які прибули з різних країв, вразила своїм здоровим виглядом. Тож імператриця дійшла висновку, що нове місто можна вважала одним із найкращих у Російській імперії.
Зовсім інші враження склалися в іноземців, які разом із Катериною II побували в Херсоні. Австрійський імператор Йосип II з подивом відзначав, що «тут не шкодують ні грошей, ні людей. Не цінується життя і людська праця: дороги, пристані, фортеці та палаци будуються в болотах; ліси — вирощують у пустелях. Все це робиться без платні робітникам, які не мають нормальних умов для проживання й часто страждають від голоду». Це, у свою чергу, обумовлювало й досить низький рівень виконаних робіт. Він писав своєму фельдмаршалу Лассі, що «херсонські укріплення виконані дуже неякісно. Артилерія — чудова, але відсутні засоби для перевезення гармат великого розміру, до того ж немає й десятої частини необхідних снарядів. Спущені на воду кораблі збудовані із дуже сирого лісу, а тому годяться лише для показу». Імператор був глибоко переконаний у тому, що ні в Австрійській імперії, ні у Франції будівництво з таким розмахом і такими методами, як у Росії, просто неможливе.
Подібні враження залишив у своїх мемуарах і граф Сегюр. Він писав, що Херсон, який несподівано постав перед очима після тривалої подорожі степом, спочатку приємно вразив своїм виглядом. Він побачив майже готову фортецю, казарми, адміралтейство, арсенал, два військових кораблі та фрегат, які готувались до спуску на воду, чудової архітектури новозбудовані церкви, понад 2 000 будинків, лавки, наповнені грецькими, константинопольськими і французькими товарами. У гавані стояло в цей час близько 200 купецьких суден. Ближче ознайомившись із містом, Сегюр дійшов висновку, що воно, подібно до Катеринослава, було засноване на невдало вибраній місцевості, без належного дослідження її кліматичних умов. У безпосередній близькості від Херсона були розташовані численні болота та острови, де буйно ріс очерет. Випаровування від них були надзвичайно шкідливі для здоров’я людей. До того ж завантажені кораблі не могли підійматися угору Дніпром, а військові кораблі, які були збудовані в місті, не могли вільно спускатися річкою.
Запізно зрозумів це й Г. Потьомкін. За його наказом у гирлі Інгулу була закладена нова суднобудівна верф, яка 1789 р. дістала назву Миколаїв. Оскільки уряд був зацікавлений у швидкій розбудові нового міста, то переселив до нього ремісників із різних регіонів імперії, у тому числі й 5 тисяч майстрів та 13 тисяч їх сімей із Херсона. Розвиток міста тривав досить високими темпами, і з 1793 р. Миколаїв набув значення основного центру суднобудування Чорноморського флоту.
З 1794 р. зросла й адміністративна значущість міста: сюди із Херсона була переведена Канцелярія та головне командування Чорноморського флоту, яке очолював М. Мордвинов. За його ініціативою були засновані артилерійське училище, кадетський корпус та училище корабельної архітектури. Ці навчальні заклади мали готувати кадри для армії та новоствореного флоту, з інтересами якого була тісно пов’язана господарська діяльність міста. Про це свідчать і реконструкція старої та будівництво нової верфі.
На короткий проміжок часу (1802—1803) Миколаїв став навіть губернським містом. Упродовж першої половини XIX ст. провідне місце в його економіці посідала промисловість. Торгівля була переважно внутрішньою і здійснювалась для потреб каботажного судноплавства.
Австрійський вчений і мандрівник Бальтазар Гакет, який відвідав Миколаїв 1797 р., визнав його найкращим містом Південної України. Він описав широкі вулиці, гарні площі та будівлі, адміральські будови, які разом із верф’ю займали значну територію.
Посилена увага уряду до розвитку Миколаєва спочатку негативно позначилась на долі Херсона. Позитивні зміни там розпочалися лише з 1803 р., коли губернське управління було переведено до Херсона і він став адміністративним центром губернії. При цьому зберігалася тенденція до промислового розвитку міста. 1806 р. тут почала діяти купецька верф торговельного суднобудування. Вона стала найбільшим підприємством цивільного суднобудування на півдні імперії, де щорічно спускалось на воду від 20 до 30 суден. За рахунок прибутків від продажу вина (Херсон у 1805 р., як і всі міста Південної України, дістав право на торгівлю вином) місту відпускалось 50 тис. крб, за які планувалось збудувати набережну пристань, школи та лікарні.
Наявність торговельного флоту давала можливість для активізації зовнішньої торгівлі й викликала нагальну потребу у подальшому будівництві нових торговельних міст. До того ж низка причорноморських і середземноморських країн виявили зацікавленість у торгівлі з Росією. Встановити торговельні відносини з нею прагнули Франція, Португалія, Італія, Іспанія, Туреччина та інші країни. Тож потреби економічного життя обумовили розбудову причорноморських портів, насамперед Одеси, Таганрогу, Євпаторії та Феодосії.
В історичній літературі вже традиційною стала версія, що головний порт на Чорному морі, за указом Катерини II від 27 травня 1794 р., мав бути побудований на місці фортеці Хаджибей, враховуючи її вигідне положення та глибоководність бухти, що майже не замерзала взимку. Насправді ж для Хаджибея в планах імператриці відводилось більш ніж скромне місце — фортеця з невеликим грецьким поселенням Тираспольського повіту Вознесенської губернії. Катерина II надавала Одесі значення головного морського порту регіону, який простягався між Південним Бугом і Дністром, де конкурентом Одеси міг бути лише Очаків. Про жодну перевагу або навіть порівняння з Херсоном, Миколаєвом, Севастополем та іншими містами в планах цариці та її оточення не могло бути й мови. Відповідно, й кошти на будівництво, порівняно з іншими портами, були зовсім незначними. Неабияку роль у подальшому розвитку Одеси відіграв той факт, що місто мало свої давні торговельні традиції, які давали перспективи для зовнішньої торгівлі. Навіть сам генерал-губернатор та фаворит Катерини II П. Зубов підтримав ідею будівництва порту в Хаджибеї. Ним був підписаний рапорт на ім’я імператриці з проханням виділити 2 061 200 крб на здійснення першочергових робіт, але надано було лише 1 993 025 крб. Проте й цю суму не було сплачено — в останні три роки правління Катерини II (1794—1796) виплатили лише 400 000 карбованців.
У сучасній історіографії відбувається активна дискусія стосовно дати виникнення міст Південної України, зокрема Одеси. Так, Ю. Мицик піддав різкій критиці так звані «ювілейні» твори дослідників XIX ст. як спробу фальсифікації «віку південноукраїнських міст». Посилаючись на джерела, він висловлює думку, що Одеса (Хаджибей) нараховує близько 600 років.
Одеський дослідник О. Болдирєв розцінював ювілей Одеси як певну умовність. Указ Катерини II від 27 травня 1794 р. він вважав юридичною підставою для будівництва в реальному населеному пункті Гаджибей, заснованому в 90-х роках XIV ст., військової гавані та купецької пристані. Рескрипт має діловий характер, і в ньому не йдеться про урочисте заснування міста, що неодмінно сталося б, якби з ним пов’язували сподівання на велике майбутнє. На основі документальних матеріалів автор доводить, що місто Одеса нараховує понад 600 років.
Т. Гончарук, досліджуючи історію Хаджибея (Одеси) в період з 1415 по 1795 рр., дотримується думки, що, незалежно від дискусій науковців, 400-річна історія Хаджибея, чим би вона не була — «передісторією» чи першим найдовшим періодом минулого міста, є досить незвичайною і насиченою масою цікавих подій. Спираючись на потужну джерельну базу, він переконливо доводить, що місто бере свій початок 1415 р., а 1795 р. воно дістало назву Одеса. Вірогідним автором цієї назви Т. Гончарук вважає статс-секретаря Катерини II Андріана Грибовського. Інші версії, які пропонували в історичній літературі (легенди про те, що назву Одесі дала сама Катерина II, припущення, що до цього була причетна Російська Академія наук тощо), не були підтверджені опублікованими документами.
На сучасному етапі, в умовах розгортання дискусії стосовно віку Одеси, значна кількість науковців підтримує точку зору про початок історії міста з 1415 р. Ця версія здобула свою підтримку у Верховній Раді України, про що свідчить Постанова від 11 лютого 2015 р. (№ 184-VIII) про святкування ювілейної дати «600 років від часу першої писемної згадки про місто Одесу (1415)».
Після проголошення Хаджибея містом (1794) розпочався період його активної розбудови. Тут планувалося будівництво воєнної гавані та купецької пристані, щоб відкрити вільний вхід торговельним судам, у тому числі й іноземним. План міста й пристані був вдало розроблений інженер-полковником де Воланом та інженер-полковником Андрієм Шостаком. Для покращення адміністративного управління та активізації торгівлі в Одесі, як і в інших портових містах, 1803 р. була введена посада градоначальника, на яку був призначений генерал-лейтенант де Рішельє. Згідно з рескриптом Олександра І від 30 січня 1803 р., йому підпорядковувалося усе господарське життя Одеси, фортифікаційні та портові споруди, митниця й карантин. Він мав не лише удосконалити управління містом та забезпечити справедливе судочинство, але й сприяти збільшенню чисельності населення, у тому числі й за рахунок іноземних купців, які володіли капіталом для подальшого розвитку торгівлі. Розвиток міста супроводжувався швидким зростанням населення. Якщо 1793 р. у Хаджибеї налічувалося лише 10 дворів, де проживало 22 особи, то 1795 р. кількість жителів Одеси становила вже 2 349 осіб, 1797 р. — 3 153 особи, а 1803 р. вона зросла до 9 000 осіб. При цьому облік населення не можна назвати досконалим. Наприкінці XVIII ст. близько 1/3 всього населення становили іноземці та жителі без паспортів, які не були прописані в місті. Протягом літа й осені тут проживала значна кількість тимчасових робітників, яких вабила високооплачувана робота в порту. У 1815—1820 рр. за перевезення товарів із порту на склад візник отримував 5—6 крб на день, що більше ніж у 4 рази перевищувало звичайний щоденний заробіток в інших містах. Тож не дивно, що з квітня до жовтня населення Одеси збільшувалося на сім, а іноді й на десять тисяч осіб.
