Найперше він реформував судочинство. Реформа була покликана зміцнити шляхетське судочинства та підвищити довіру до нього, забезпечивши шляхті безпосередній контроль над законністю ухвалених судових рішень. Заради того, аби в державі запанували злагода й довіра, король продемонстрував готовність поступитися своїми прерогативами в цій сфері. На Варшавському сеймі 1578 р. було зорганізовано найвищу касаційну інстанцію для вироків усіх шляхетських судів — Трибунал Коронний. Запроваджуючи нову апеляційну установу, король позбавлявся можливостей впливати на рішення Трибуналу, оскільки 50 депутатів щорічно обиралися на повітових сеймиках.
З обранням на королівство Баторія в Речі Посполитій розгорнулась активна підготовка до війни з Московією за Інфлянти (Лівонії — як називали цю територію у Москві), що серед іншого вилилась і в реформу збройних сил республіки. Зокрема, сейм 1578 р. висловив згоду на реалізацію ініціативи короля щодо утворення вибранецької піхоти — війська, рекрутованого з чиншових селян, котрі проживали на королівщинах. Один жовнір вибирався з двадцяти селянських господарств — ланів (звідси й інша назва цієї піхоти — ланова), а члени решти дев’ятнадцяти сімей повинні були озброювати й утримувати вояка-піхотинця. Вибранці були звільнені від виконання феодальних повинностей і сплати чиншу, натомість повинні були регулярно проходити військові навчання, а в разі потреби — на заклик короля виступати в похід.
Крім створення ланової піхоти, Баторій реорганізував і кавалерію, перетворивши гусарські загони на роти важкоозброєної шляхетської кінноти, а також розширивши кількість легкої (козацької) кінноти. Завдяки проведеним Баторієм реорганізаціям польська гусарія у наступному столітті справедливо вважатиметься найліпшою у Європі.
У наступні десятиліття військові реформи Баторія продовжувались і були завершені вже Владиславом IV. У результаті проведених перетворень кавалерію було поділено на важку, середню і легку. Крім гусарів до важкої кавалерії було зараховано рейтарів і аркебузирів. Важка кавалерія була захищена бронею у вигляді кіраси й шолома. Основною наступальною зброєю для гусарів був спис, а для рейтарів й аркебузирів — пістолі чи аркебузи (різновид рушниці з «німецьким» прикладом, яка мала калібр переважно 10 мм). Середня кавалерія (панцирна) мала на озброєнні круглі щити й кольчужні панцири в комплекті з шоломами-місюрками. Їхня наступальна зброя складалася з шаблі й пістолів чи рушниці, подеколи рогатини й лука. Легка кіннота використовувала аналогічне озброєння, проте не мала у своєму розпорядженні захисних засобів.
Стефан реорганізував також і піхотні підрозділи. У результаті проведених заходів на озброєнні в піхоти вже не було захисних обладунків і древкової зброї: драби отримали шаблі, сокири, ґнотові рушниці з порохівницями й ладунками (готовими набоями пороху). Їхні командири, десятники, мали на озброєнні шаблі, сокири й короткі списи (дарди).
Козацька реформа короля Стефана та становлення реєстрового війська
Козацька легенда, що впродовж усього XVII ст. легітимізувала боротьбу козацтва за свої права та вольності, вперто приписувала войовничому Стефану Баторію і пальму першості в наборі запорожців на королівську службу та даруванні їм на цій підставі прав лицарського люду республіки. Насправді ж спроби використати нестримну козацьку енергію і хоробрість, щоб не сказати відчайдушність, на користь королівської влади робилися віддавна. Принаймні зберігся лист Зиґмунта II Августа, виданий ще напередодні Люблінського сейму 1569 р., яким монарх закликав «подданих наших, козаком», котрі «на Низу перемешкивают», вступати за відповідну плату на королівську службу при пограничних замках.
Реалізуючи доручення короля, тогочасний коронний гетьман Єжи Язловецький 1570 р. сформував перший козацький почет із трьохсот осіб, старшим над якими був поставлений барський шляхтич Ян Бадовський. За поданням Язловецького, набрані на службу козаки повністю знімалися з-під юрисдикції королівської адміністрації на місцях і як окрема військова одиниця підпорядковувалися владі коронного гетьмана. Безпосереднім їхнім урядуванням опікувався призначений гетьманом старший і військовий суддя. Щоправда, 1575 р. майже одночасно пішли з життя і гетьман Язловецький, і козацький старший Бадовський. А створений їхніми зусиллями козацький загін припинив своє існування. У вересні 1578 р. у Львові уповноважений короля Стефана Янчі Бегер уклав із козацькими представниками угоду, у відповідності з якою на королівську службу вступало 500 запорожців.
Верховне командування загоном передавалось у руки черкаського старости князя Михайла Вишневецького (родича славетного козака, князя Дмитра (Байди) Вишневецького), а безпосереднім начальником номінувався брацлавський шляхтич, що вже здавна козакував на пограниччі Дикого Поля, Ян Оришовський. За Оришовським королівський універсал визнавав титул гетьмана, хоч на практиці в офіційній урядовій термінології частіше вживалося визначення «старший Війська Запорозького». Писарем реєстровців призначався довірений короля Янчі Бегер.
Як символ належності до державного війська козаки одержали від короля прапор. Їхньою резиденцією оголошувався Трахтемирів. Там же розташовувався козацький шпиталь.
За службу державі козаки-реєстровці отримували платню у розмірі 15 флоринів на рік кожному. Виплата королівського жолду мала відбуватися на день святого Миколая у Черкасах.
Формально-правове підґрунтя козацької служби створювалось так званою «Постановою про низовців» від 16 вересня 1578 р., в якій було конкретизовано умови королівської служби. Попри те, що зазначений документ стосувався лише незначної частини козацтва, на практиці він став важливим елементом легітимізування статусу всього козацького загалу в Речі Посполитій.
Ні для кого не було таємницею, що найперше Баторій розраховував використати нову військову одиницю у війні з Московією, що на той час перетворилася на його головну зовнішньополітичну проблему. Причому нагальність вирішення проблеми зумовлювала й певні відступи в реалізації королівського універсалу 1578 р. Так, 1583 р. платню за похід на Московію отримали не 500, а 600 козаків. А вже 1590 р. на офіційній службі перебувало аж тисяча запорожців.
Загалом же на боці Баторія у війнах із Московським царством узяло участь близько чотирьох тисяч козаків. На знак вдячності за допомогу Речі Посполитій король підтвердив надані Війську Запорозькому права й вольності, зокрема на власну самоврядність і юрисдикцію, звільнення від сплати податків, закріпив за козаками право володіння землею. Щоправда, обіцянки щодо гідної платні запорожцям здебільшого так і не матеріалізувались. Але зрештою, як відомо, скупий платить двічі. Економлячи кошти на козаках, уряд привчив їх самим дбати про свій «лицарський хліб» — жити на війні за рахунок війни. Козацтво, сповідуючи цей звичний для тогочасної Європи принцип, зуміло вижити й навіть чисельно вирости. Але відчуття Речі Посполитої як справжньої матері-вітчизни, що про них постійно дбає, на цьому ґрунті, звісно, не прищепилось.
«Чия влада, того й віра». Релігійні війни в Європі та їх відлуння в Речі Посполитій
«Я не хочу бути королем ваших сумлінь».
Поширення реформаційних ідей у Речі Посполитій
Поширення реформаційних ідей у Європі, що розпочалось із саксонського міста Віттенберг, де 31 жовтня 1517 р. монах августинського монастиря та професор Віттенберзького університету Мартін Лютер (1483—1546) оприлюднив свої знамениті заперечення проти продажу римо-католицькою церквою індульгенцій — паперових сертифікатів, які «гарантували» звільнення їх власників від скоєних і навіть ще не скоєних, можливих гріхів, дуже скоро докотилось і до теренів Речі Посполитої. На польських теренах реформаційні ідеї почали поширюватися уже в перші десятиліття XVI ст. Зокрема, з 1519 р. твори Лютера почали друкувати у Вроцлаві. З 1544 р. у васальній щодо польського короля Пруссії почав діяти лютеранський університет у Кенігсберзі, що справедливо вважався другим після Віттенберга центром протестантизму в Європі. Лютеранська ідеологія знаходила поширення серед міського населення і головним чином у містах польської Пруссії. У Галичині ж неабиякої популярності набув рух послідовників іншого протестантського лідера — Жана Кальвіна, погляди якого були ще більш радикальні, аніж у Лютера. Кальвіністи проповідували дешеву церкву, з демократизованою структурою церковної влади і світським контролем за нею.
Від середини століття в Польщі знайшли також притулок члени вигнаної з Австрії та Чехії протестантської спільноти «Брати чеські». А ще релігійна толерантність королівської влади у конфесійних справах привабила в країну англійських і шотландських релігійних дисидентів, голландських анабаптистів та згаданих вище італійських унітаристів. У Галичині протестантів узяли під свою опіку магнати Мацей і Миколай Стадницькі, перемиський каштелян Станіслав Дроговський, руський воєвода Миколай Синявський, подільський воєвода Єжи Язловецький. На Волині ширилося вчення польських братів, якими опікувалися місцеві пани Кадян Чаплич-Шпановський, Кідрей, князь Костянтин-Василь Острозький. Натомість княжі роди Заславських, Сангушків, Збаразьких і Вишневецьких, піддаючись тогочасній конфесійній «моді», надавали підтримку кальвіністам. Социніанами в Україні були київський каштелян Роман Гойський, маршалок двору князя Костянтина-Василя Острозького Гаврило Гойський. Одна з доньок князя Острозького побралася з протектором социніан на Литві Яном Кошкою, а інша — з лідером кальвіністів, князем Миколаєм Радзивіллом. Близько 1610 р. з ініціативи Стефана Немирича на Київщині виникла социніанська громада в Черняхові. 1612 р. Мартин Чаплич-Шпановський заснував у своєму маєтку в Киселині на Волині (нині село Локачинського району Волинської обл.) першу социніанську школу.
Апогеєм реформації в Речі Посполитій стало ухвалення акта Варшавської конфедерації 28 січня 1573 р. Акт проголошував віротерпимість щодо всіх християнських віровизнань — «ті з нас, котрі відрізняються за вірою, зберігатимуть між собою мир і не проливатимуть крові через різну віру і відмінність у церквах». Світська влада позбавлялася права за релігійні переконання карати «винних» смертю, конфіскацією майна, ув’язненням чи вигнанням з країни.
Ухвалення акта Варшавської конфедерації Річ Посполита першою серед європейських країн задекларувала впровадження в державне життя засад релігійної толерантності. Прикметним є й те, що ця знаменна подія сталася лише рік по тому, як у Парижі за одну Варфоломіївську ніч, з 24 на 25 серпня 1572 р., тисячі гугенотів стали жертвою своїх релігійних опонентів. Здобуті в боротьбі з католицькою церквою успіхи певною мірою були зумовлені тим, що державу очолював загалом індиферентний у питаннях віри Зиґмунт II Август, котрий любив повторювати: «Я не хочу бути королем ваших сумлінь».
Тридентський собор та Контрреформація в Речі Посполитій
Нова епоха в історії церковного життя Європи розпочалася 1563 р. з прийманням ухвал Вселенського собору католицької церкви, що з 1545 до 1563 р. (з перервами) засідав на півночі Італії, в місті Тридент. На соборі перемогу здобула радикально налаштована щодо опору протестантизму точка зору. Відтак собор накреслив радикальну й масштабну програму оновлення життя римо-католицької церкви, засудивши при цьому найменші відхилення від церковної догматики й віровчення. Собор підтвердив верховенство папи римського в церковній організації та проголосив його непомильність у справах віри. Крім того, посилив владу єпископів у межах їхніх єпархій, розробив заходи щодо зміцнення дисципліни серед духовенства та членів чернечих орденів. Також було підтверджено статус латинської мови як єдино можливої мови проведення католицьких літургій. 1542 р. було реорганізовано інквізицію. А 1559 р. вперше опубліковано «Індекс заборонених книг» — список видань, зміст яких розходився з ученням і практикою римо-католицької церкви. Кількома роками пізніше, 1564 р., було оприлюднено «Тридентське сповідування віри», в якому викладалися головні положення, ухвалені на соборі. Католицьке духовенство всіх рангів, а також усі викладачі католицьких університетів були зобов’язані складати обов’язкову присягу в непорушному його дотриманні.
