Достеменно невідомо, що стало причиною такої короткочасної оборони: чи загалом слабкість оборонних мурів гетьманської резиденції, чи суттєва перевага російської сторони, чи зрада окремих козацьких старшин, натяки про яку містять тогочасні джерела. Значно більше певності є в документах щодо тотального знищення Батурина. Анонімний автор Лизогубівського літопису з сумом писав: «Много там людей пропало от меча... много ж на Сеймі потонуло людей, утікаючи через лід ще некріпкий, много і погоріло, крившихся по хоромах, в льохах, в погребах, в ямах, де паче подушились, а на хоромах погоріли».
І справді, захисників столиці та її мирних жителів, у тому числі жінок і дітей, переможці показово для остраху всієї України жорстоко покарали — за різними відомостями загинуло від 6 до 15 тисяч. Жорстока розправа над гетьманською столицею вповні вписувалась у промовистий наказ Петра І: «А Батурин в знак изменникам (понесе боронились) другим на приклад зжеч весь».
У наступні місяці, за словами очевидця, царські слуги козаків, «запідозрених у прихильності до Мазепи, вишукували по домах і віддавали на різні тортури: колесували, четвертували, вбивали на палю, а вже зовсім за іграшку вважалося вішати та рубати голови». Французький посол у Москві з жахом доносив у Париж: «Україна залита кров'ю, зруйнована грабунками і виявляє скрізь страшну картину варварства переможців».
Жорстоко розправившись із прибічниками гетьмана, Петро І водночас демонстрував неприховану щедрість щодо його опонентів, роздаючи їм майно та землі «мазепинців». Вельми показовим у цьому відношенні є приклад священика з Новгород-Сіверського монастиря Афанасія Заруцького, котрий ще недавно писав хвалебні оди на честь Івана Мазепи, тепер же у вірші «на злобу дня» гнівно картав гетьмана за «зраду». Авторський гонорар Заруцького, який він отримав від Петра І, склала... ціле село з підданими!
У другій половині листопада 1708 р. підручні Петра влаштували імітацію страти українського правителя, віддавши в руки ката опудало, що мало символізувати Мазепу. На дев'ятини після символічної страти одночасно в храмах Москви та Глухова (куди за наказом царя було перенесено гетьманську столицю) було інсценоване анафемування гетьмана, яке відтоді понад 200 років проголошувалося по всіх церквах Російської імперії у першу неділю Великого посту аж до її урочистого зняття гетьманом Павлом Скоропадським 10 липня 1918 р.
«Этот очень хитер, может Мазепе уравниться».
Вибори без вибору 1708 р.
Ще за часів облоги Батурина, 1 листопада, цар видав указ, яким зобов'язав козацьку старшину прибути на раду до нової гетьманської столиці — Глухова, аби обрати нового гетьмана. Спочатку Петро І мав намір привести на гетьманство миргородського полковника Данила Апостола, котрий, як він добре знав, свого часу ворогував з Мазепою. Утім виявилось, що Апостол на чолі частини свого полку перебуває... разом з гетьманом у таборі шведського короля. Відтак потрібно було шукати нового кандидата. Тим часом на раду до Глухова 6 листопада прибули лише двоє полковників — стародубський Іван Скоропадський та чернігівський Павло Полуботок. Переяславський і Ніжинський полки представляли наказні полковники, полтавський полковник Іван Левенець волів очікувати, яка сторона виявиться сильнішою, і на раду не прибув. Решта полковників була разом з Мазепою. Відтак і вибір претендентів звузився до двох кандидатур — Скоропадського й Полуботка.
Скоропадський сприймався в Москві як креатура Мазепи, котрий «его постановил и обагатил», а тому не видавався надто певним кандидатом. Адже невідомо, з ким би був Скоропадський, якби шведські війська замість того, аби блукати лісами Сіверщини, вчасно прибули до Стародуба, випередивши в цьому російську кавалерію...
Чому Полуботок відрікся від свого гетьмана та прибув до Глухова на заклик царя? Однозначної відповіді на це питання російські сановники не знали. Так само і наявні історичні джерела не містять підказок з цього приводу. Можемо лише припускати, що, зважаючи на серйозні конфлікти Полуботків з Мазепою в минулому, Іван Степанович не поспішав розкривати перед Павлом Леонтійовичем карти своєї небезпечної гри. А коли Полуботку про неї стало відомо, часу для переходу на бік Карла XII вже не залишилось. Але, як би там не було, на Глухівській раді 1708 р. переважна більшість козаків воліла бачити своїм регіментарем саме полковника чернігівського. Навіть суперник Полуботка в боротьбі за булаву полковник Скоропадський, відмовляючись від регіментарства, вказував на Павла Леонтійовича як на найбільш гідну кандидатуру.
Утім вирішальне слово на раді належало російській владі. А цар Петро був категоричним: на гетьманство поставити Скоропадського, оскільки Полуботок «очень хитер, может Мазепе уравниться».
«Изменническое гнездо разорено и искорено!»
Російсько-шведське змагання за Запорозьку Січ
Готуючись до вирішальної битви, і російський цар, і його супротивник шведський король наполегливо шукали союзників. Зокрема, Карл XII та Іван Мазепа активно зносилися з Османською Портою і Кримським ханатом, схиляючи їх до вступу у війну, намагались нав'язати стосунки з бунтівними донськими козаками і кавказькими народами. Проте найактивніше розвивались контакти із Запорозькою Січчю. Попри те що формально впродовж усього гетьманування Мазепи Січ перебувала в його підпорядкуванні, шанси на залучення низового товариства на свій бік у гетьмана були не такими вже й великими. Адже попередні кроки Мазепи, що йшли у фарватері політики царського уряду й були спрямовані на встановлення контролю за діяльністю Коша, не сприяли зростанню його популярності серед січовиків. До того ж активну боротьбу за Січ розгорнув і Петро І, засилаючи на Запорожжя своїх посланців, обдаровуючи старшину і товариство царським жалуванням і бойовими припасами. До агітації запорожців було залучено навіть настоятеля Києво-Межигірського монастиря Ірадіона Жураковського, що й не дивно — Петро активно використовував церкву у власних політичних інтересах.
Спершу все вказувало на те, що Січ залишиться нейтральною у цій війні. Адже одна частина, переважно старшого та заможнішого, козацтва виступала за збереження лояльності до царя, інша, молодша і політично радикальніша, на чолі з Костем Гордієнком, була готова вибачити Мазепі його попередні помилки та підтримати в прагненні звільнитись з-під влади Петра І. Врешті перемогу здобули прибічники Гордієнка. На початку березня 1709 р. в Переволочній відбулись переговори гетьманських послів — генерального судді Василя Чуйкевича, генерального бунчужного Федора Мировича й чигиринського полковника Костя Мокієвського з Гордієнком і запорозькою старшиною, а вже 12 березня військова рада на Січі ухвалила підтримати гетьмана Мазепу. Двадцять шостого березня в Диканьці відбулась зустріч Гордієнка з Мазепою, а наступного дня кошовий відбув аудієнцію в Карла XII у Великих Будищах. Ще за день між Січчю, гетьманом Мазепою та королем Швеції було укладено союзну угоду, що містила зобов'язання сторін продовжувати боротьбу з Петром І до остаточної перемоги та звільнення Гетьманату й Січі з-під його влади. Разом з Гордієнком на війну виступило понад 8 тисяч запорожців.
Крім військових дивідендів, вибір запорожців міг мати важливі політичні наслідки. Адже історично склалось так, що січові впливи були надзвичайно сильними на півдні Гетьманату, зокрема в Полтавському полку. Відтак, довідавшись про вибір Коша, до виступу приєднались козаки Переволочної, Келеберди, Нехворощі, Маячки, Царичанки, Нових Санджарів тощо. Князь Г. Долгоруков на початку квітня доповідав цареві, що Гордієнко «яд свой злой» намагається перекинути й на Правобережжя. І для того аби втримати тамтешніх козаків від виступу, командування було змушене перекинути драгунський полк князя Г. Волконського з Києва до Чигирина.
Після того як запорожці під орудою кошового Гордієнка вийшли на Полтавщину, на Чортомлицькій Січі залишилась незначна частина січовиків, які обрали собі за старшого Петра Сорочинського. В оточенні царя Сорочинського вважали за «самого доброго чоловіка» і сподівались, що з його приходом настрої січового товариства зміняться кардинально. Аби переконати січовиків воювати на боці царя, за наказом російського командування миргородський полковник Данило Апостол (пізно восени 1708 р. старшина за нез'ясованих донині обставин повернувся в табір Петра І) вислав на Січ «добрих козаків», які замолоду козакували на Низу та навіть обирались курінними й кошовими отаманами. Але попри щедрі подарунки, які вони привезли товариству, послів Апостола було прикуто до гармат, а листи, які вони привезли на Січ, переправлено до Гордієнка.
Втративши можливості політичними методами впливати на запорожців і розуміючи стратегічну важливість Січі, російське командування вирядило на розорення «изменнического гнезда» з Києва вниз по Дніпру три піхотних полки під командою полковника Петра Яковлєва, допомогу якому мав надавати компанійський полк Гната Галагана. Дорогою на Січ полковник Яковлєв захопив і знищив містечка Келеберду, Переволочну, Новий і Старий Кодак. У середині квітня російські війська були вже на Запорожжі. Ураховуючи, що кошовий Сорочинський на той час перебував у Криму і січовики сподівались, що він ось-ось приведе на допомогу кримських татар, січова старшина з готовністю вступила в переговори з Яковлєвим, намагаючись затягнути час. Проте задум було розкрито і полковник повів полки на штурм Січі.
Перший штурм було успішно відбито. Яковлєв втратив близько 300 солдат. Але саме тоді до Січі прибув зі своїм полком козацький полковник Галаган, у розпорядженні котрого перебували й виділені генерал-майором Г. Волконським драгуни та якого запорожці сприйняли за так своєчасно приведену Сорочинським допомогу. Вони необачно зробили вилазку — і цим скористались нападники. Згідно з іншими версіями, роль Гната Галагана в здобутті Січі була ще більш важливою, оскільки він замолоду козакував на Низу та добре знав усі сильні й слабкі сторони січових укріплень, а також потаємні ходи, якими можна було б їх оминути.
«Изменническое гнездо разорено и искорено!» — з пафосом доносив на початку травня цареві князь Меншиков. Із Січі вдалось вирватись лише незначній частині козаків. Переважну ж більшість запорожців було ув'язнено, а «знатнейших воров», читаємо в донесенні того ж Меншикова, — страчено. Для того аби втримати цей стратегічно важливий пункт під своїм контролем, за наказом царя Меншиков розмістив в Кам'яному Затоні близько півтисячі піхоти й драгунів, зобов'язавши їх пильно слідкувати за тим, аби запорожці не повернулись на Чортомлик. Тим часом в Україні розпочалося справжнє полювання на запорозьких козаків. Шістнадцятого травня Петро І видав маніфест, яким наказував тих запорожців, які добровільно склали зброю й погодились зректись козацьких прав, поселяти в Гетьманаті як простих посполитих, решту ж — затримувати, ув'язнювати й страчувати.
«Тріщать, бряжчать шаблюки голі, грім із гармат заклекотів».
Полтавська битва
Улітку 1709 р. майбутнє Європи великою мірою залежало від того, як завершиться протистояння Росії та Швеції, епіцентр якого перемістився на південь Гетьманату, під Полтаву. Чому саме Полтава стала місцем вирішального герцю? Невелика Полтавська фортеця була на перетині важливих стратегічних шляхів — на Правобережжя і Польщу, на Запорожжя, Крим і Причорномор'я і врешті на Дон і Москву. Перебуваючи в Полтаві, Карла XII міг належним чином зустріти підкріплення від короля Станіслава Лещинського і генерала фон Красау, війська якого перебували на польських землях. З Полтави зручно було підтримувати контакти з Бахчисараєм, Стамбулом і Доном, схиляючи їх до вступу у війну проти російського царя, а у випадку їхньої згоди — ефективно взаємодіяти з ними. Ще більше зросло значення Полтави після переходу Запорозької Січі на бік Карла XII. В Україні віддавна побутував вислів, що полтавці із запорожцями живуть «як муж з жоною», а відтак можна було сподіватись і на прихильне ставлення полтавчан до союзників запорожців — шведів.
