Для того щоб вирішити проблему системно, наказний гетьман розпочинає реформування устрою Гетьманату, зосереджуючи свою увагу передовсім на поліпшенні організації українського судочинства. Дев'ятнадцятого серпня Полуботок видає універсал, яким зобов'язує полкові й сотенні судові інституції ліквідувати стягнення при розгляді справ так званих накладів, що являли собою по суті узаконену форму хабара суддям. Крім того, гетьман закріплює в судочинстві Гетьманату побутування принципу колегіальності розгляду судових справ. Загалом ця норма практикувалась у козацькому судочинстві віддавна. Інша справа, що останнім часом по мірі посилення влади полкової й сотенної старшини над своїми підлеглими цей принцип дедалі більше нехтувався, підмінюючись одноособовим рішенням місцевих полковника або сотника. Отож Полуботок забороняв розглядати судові справи одноосібно, наказуючи чинити це «в присутності й іншої старшини тамошнії, а також безурядових козаків, тільки б чесних і розумних осіб, котрих до тієї справи спеціально назначити належить».
Судова реформа передбачала й суттєве поліпшення формалізації судового процесу. Козацьке судочинство, що зародилось на Січі, під час воєнних походів було абсолютно вільне від усіляких формальностей. І якщо раніше це сприймалось як перевага, то за часів розбудов у Європі регулярних держав це справляло враження відвертого анахронізму. Найбільш очевидні прояви цього анахронізму й намагався ліквідувати Полуботок. Зокрема, він категорично заборонив чинити судочинство на самому нижчому, сільському, рівні в «шинкових дворах, при пиятиці, за якою досконале і зріле в справах розмірковування бути не може». Надалі сільські отамани мали потурбуватись, аби судові розгляди проводилися в спеціальній «судовій ізбі» й обов'язково «неп'янственним, але тверезим і совісним розумом людей жалобливих». Щодо судів вищої інстанції — сотенного і полкового рівнів — то тут встановлювалась чітка ієрархія і відповідно до неї мали здійснюватись апеляційні дії. Аби застерегти права позивача й забезпечити йому можливості для обжалування несправедливого присуду вводилась обов'язкова фіксація розгляду судової справи у спеціальних книгах, з яких кожен міг отримати витяг, необхідний для подачі касаційної скарги. Для поліпшення діяльності Генерального військового суду Полуботок запровадив інститут так званих асесорів, які обирались з-поміж підготовленої старшини і бунчукового товариства у полках і певний час мали спільно з генеральним писарем розглядати подані до вищої судової інстанції Гетьманату справи.
Загалом же запровадженні наказним гетьманом заходи вирізнялись системністю і були покликані суттєво поліпшити стан справ в українському судочинстві, а відтак і зняти надмірну соціальну напругу в суспільстві, що спекулятивно використовувалась російською владою.
Будучи переконливим прибічником міцної гетьманської влади як запоруки процвітання Гетьманщини, Полуботок наполегливо добивається від російської влади дозволу на проведення нових гетьманських виборів. Статус наказного гетьмана не дозволяв повною мірою забезпечувати керованість українськими справами та гарантувати надійний захист українській автономії, яка через реформи Петра І була під загрозою. Проте, якщо реалізація починань Полуботка у сфері судочинства чи адміністрування зустрічали спротив з боку російської влади, то його заходи стосовно організації нових гетьманських виборів — розбивались вщент об мур політики Петра І щодо України.
Інструментом ж реалізації цієї політики був президент Малоросійської колегії бригадир російської регулярної армії Степан Лукич Вельмінов. Адже Сенат, отримавши з України звістку про смерть Скоропадського, розробив комплекс заходів, спрямованих на забезпечення російських інтересів в автономному краї через впровадження Малоросійської колегії в адміністративну структуру Гетьманату. Відтак повідомлення генеральних старшин про обрання Полуботка наказним гетьманом у Сенаті особливого ентузіазму не викликало. Навпаки, обер-прокурор Сенату Іван Скорняков-Писарєв з цього приводу зауважив: «От Полуботка правлению надлежащему быть я не надеюсь, ибо он совести худой». Що мав на увазі обер-прокурор — не ясно. Але шлях до гетьманства наказному було перекрито. А ще гірше, що логіка вчинків російської влади пояснювалась не тим, що її не влаштовував Полуботок на уряді гетьмана, а неприйнятним був сам цей уряд. Раптова смерть Івана Скоропадського надала Петру І шанс значно радикалізувати реформу державного устрою Гетьманату. Тим паче що в імператора вже був досвід реалізації такої політики: після смерті патріарха Московського Адріана 1701 р. він заборонив проведення нових виборів патріарха і замість нього запровадив спочатку Монастирський приказ, а згодом Святіший Синод, остаточно ліквідувавши тим самим незалежність духовної влади від світської. Усе вказувало на те, що подібний алгоритм дій було обрано й для України.
«Вот я вас согну так, что и другие треснут».
Російський бригадир у боротьбі з українськими автономістами
Однак відразу оприлюднювати свої плани в Україні російська влада не стала. Відтак відверто нехтувати волею генеральних старшин і полковників Сенат не наважився, і на позір погодився з результатами цих виборів. Щоправда, в офіційних листах з Москви чи Петербурга жодного разу Полуботка так і не було титуловано наказним гетьманом — лише чернігівським полковником. Була в офіційній реакції Сенату на повідомлення старшин з Глухова ще одна важлива деталь: сенатори, дозволяючи Полуботку спільно з генеральними старшинами «Малую Россию до избрания нового гетмана ведать и всей той Малой России управление чинить», разом з тим зобов'язували їх «во всех делах и советах и посылках в Малую Россию универсалов иметь сношение и сообщение с президентом Вельминовым». А тим часом сам Вельмінов отримав нові інструкції, які зобов'язували його рішуче взятись за оволодіння всією повнотою влади в Гетьманаті.
Отож, бригадир Вельямінов, прибувши до Глухова, відразу почав демонструвати зверхність своєї влади над місцевою, вимагати від наказного гетьмана й генеральних старшин звітності у фінансових справах тощо. Бригадир зобов'язав Генеральну військову канцелярію надсилати йому для ознайомлення геть усі універсали й листи, які виходять у полки. На всі засідання генеральної старшини обов'язково потрібно було запрошувати Вельямінова та членів присутності Малоросійської колегії. Аби придушити в самому зародку можливий спротив козацької старшини, бригадир розіслав по всіх українських полках своїх довірених осіб із закликом до рядового козацтва й поспільства безбоязно скаржитись на свою старшину й державців, обіцяючи зі свого боку повний захист і сприяння.
Прагнучи стримати навальний наступ на українську автономію Малоросійської колегії, Полуботок відмовляється виконувати розпорядження нахабного бригадира, які принижують гідність української влади, а сам тим часом наполегливо апелює до Сенату з приводу протиправних, на його погляд, дій та розпоряджень президента колегії. Наказний вправляється у казуїстиці, закидаючи Сенат і Кабінет Його Імператорської Величності скаргами на протиправні дії Вельмінова в Україні, доводячи їх посиланнями на відповідні положення гетьманських статей чи попередніх указів і розпоряджень імператора.
З початку бригадир Вельямінов не звернув уваги на протидію з боку наказного гетьмана. Коли ж під час чергового звернення до Полуботка з наказом Вельямінов отримав чергову відмову опонента, котрий умотивовував своє рішення тим, що дії бригадира виходять за межі повноважень, окреслених у маніфесті Петра І про заснування Малоросійської колегії від 16 травня 1722 р., президент колегії спересердя і вигукнув свою сакраментальну фразу: «Я вам указ! Что вы такое предо мной? Ничто! Вот я вас согну — так, что и другие треснут. Государь указал переменить ваши давнины и поступать с вами по-новому».
Попри нерівність сил Павлу Полуботку все-таки вдалось відчути смак перемоги. За тривалої відсутності в Петербурзі Петра І, котрий на чолі військ улітку 1722 р. вирушив на Північний Кавказ, наказному гетьману вдалось таки відшукати в царському оточенні «найслабшу ланку» і, вхопившись за неї на певний час, приструнити бригадира Вельямінова, заборонивши йому зверхньо ставитись до українських старшин і, що головне, руйнувати державний уклад Гетьманату. І, як це не фантасмагоричне звучить, тим, хто виступив на захист українських давнин, був сумнозвісний в Україні погромом Батурина восени 1708 р. генерал Меншиков. Знаючи про неймовірну слабкість князя в питаннях особистого збагачення за рахунок державної казни, Полуботок виявив йому сприяння під час межування його маєтностей в Україні. У відповідь Меншиков допоміг наказному гетьману отримати в Сенаті позитивні резолюції на подані ним клопотання «в загально малоросійських потребах».
Задобрений підтримкою наказного гетьмана у вирішенні власного майнового інтересу, Меншиков у надісланому до Глухова листі запевнював «и впредь оное патронство на народ малороссийский оказывать». І це неабияк надихнуло Павла Леонтійовича. Проте повернення імператора з походу розставило все по своїх місцях. Прибувши до Москви в другій половині лютого 1723 р., президент Малоросійської колегії представив проект поглиблення реформи устрою Гетьманату, який отримав схвальні відгуки в Сенаті. А шістнадцятого квітня після особистої зустрічі президента колегії з імператором було видано указ, який перетворив Малоросійську колегію з контролюючої установи Російської держави, розміщеної в Україні, на власне місцеву владну інституцію. Зокрема, колегія отримувала право безпосередньо зноситись з місцевими органами влади Гетьманату, причому могла це робити і «мимо генеральной старшини». Натомість наказний гетьман і генеральна старшина позбавлялись права надсилати в полки будь-які розпорядження, не узгодивши їх попередньо з колегією. Підтверджувались усі заведені Вельміновим збори й податки. Крім того що в полкових містах напередодні з'явились російські коменданти, передбачалась можливість призначення російських офіцерів безпосередньо козацькими полковниками.
Указ від 16 квітня був грубим порушенням автономії Гетьманату. Власне, з цієї автономії залишалась лише бліда тінь. Отож, остерігаючись можливого вибуху невдоволення українського суспільства, передовсім старшинської верстви, у російських владних колах розробили складну модель реалізації указу. У відповідності з нею оприлюднення відбувалось поетапно: спочатку оголошувались положення, які могли сподобатись широким козацьких верствам, оскільки обмежували всевладдя старшини, а вже згодом спливали деталі, які стосувались практично кожного. Водночас, з Петербурга надійшов до Глухова наказ гетьману Полуботку, генеральному судді Івану Чарнишу і генеральному писарю Василю Савичу прибути «для ответа» до столиці імперії.
«Как всем известно, что со времен первого гетмана Богдана Хмельницкого, даже до Скоропадского, все гетманы явились изменниками»
Поки Полуботок і генеральні старшини долали шлях з Глухова до Петербурга, 23 червня 1723 р. імператор видав новий указ, що стосувався українських справ. Цього разу Петро І був вельми відвертий у своїх намірах і безпощадний в аргументах: «Как всем известно, что со времен первого гетмана Богдана Хмельницкого, даже до Скоропадского, все гетманы явились изменниками, то и надлежит приискать в гетманы весьма верного и известного человека, о чем и имеем мы непрестанное старанне; а пока оный найдется, для пользы вашего края определено правительство, которому велено действовать по данной инструкции; и так до гетманского избрания не будет в делах остановки, почему о сем деле докучать не надлежит». Тобто імператор фактично ліквідовував гетьманський уряд. Більше того, смертельно небезпечним відтепер ставало саме нагадування про проведення нових гетьманських виборів.
