Загальні риси історичної схеми Грушевського простежуються у його працях, датованих 1896—1902 рр. В узагальненій формі вона викладена у статті «Звичайна схема „русскої“ історії й справа раціонального укладу історії східного слов’янства». Квінтесенцією авторських роздумів і переконань були думки про те, що старий погляд на історичне минуле східного слов’янства є пережитком старомосковської історіографічної схеми і подає лише калікувату, неприродну комбінацію, а не «общерусску» історію. «Зрештою, — робить висновок історик, — „общерусскої“ історії й не може бути, як нема „общерусскої“ народності. Може бути історія всіх „русских народностей“, кому охота їх так називати, або історія Східного Слов’янства. Вона й повинна стати на місце теперішньої „русскої історії“»[182]. Зазначена публікація програмного характеру більшою мірою була розрахована на фахівців-гуманітаріїв.
Справжнє суспільне визнання нова концептуальна схема самодостатньої української історії отримала завдяки тому, що вона була покладена Грушевським в основу фундаментальної «Історії України-Руси», яка почала виходити з 1898 р., численних науково-популярних праць. А саме: «Очерка истории украинского народа» (1904 р.), «Про старі часи на Україні» (1907 р.), «Ілюстрованої історії України» (1911 р.). Особливе значення для загальнонаціонального усвідомлення мали «Очерки». Не випадково майже всі більш-менш впливові фахові та масові видання відгукнулися на появу цієї праці (рецензії в «Историческом вестнике», № 2 за 1905 р., «Вестнике Европы», № 3 за той же рік, «Мире Божьем» № 2 за той же рік). В. Черепін у «Киевской старине» відзначав величезну роль «Очерков» у справі пробудження національної самосвідомості, виховання громадськості та вироблення поглядів молодого покоління.
Дискусійною проблемою на зламі XIX — XX ст., яка мала безпосередній вихід на національну ідентифікацію, була боротьба української наукової громадськості за визнання за українською мовою статусу самостійної мови (а не «наріччя»). Серед найпомітніших виступів варто згадати публікації К. Михальчука[183] та B. Науменка[184].
Серед конфронтаційних явищ, якими супроводжувався процес становлення та визнання української історичної думки на цьому етапі, потрібно назвати протести наукової громадськості у зв’язку із забороною проголошення українською мовою рефератів на Археологічному з’їзді 1899 р. та наукову критику спроб реанімувати погодінську теорію О. Соболевським. В останньому випадку чимало прислужився українській справі А. Кримський.
Становлення національної історичної науки спиралося на солідну археографічну працю. І це цілком зрозуміло, адже без створення відповідної джерельної бази — віднайдення, наукової обробки, публікації історичних пам’яток — виокремлення самодостатньої історичної думки було б неможливе. В українській ситуації другої половини XIX ст. така праця з уведення джерел у науковий обіг була значною мірою виконана Київською археографічною комісією, створеною 1843 р. Зусиллями співробітників, насамперед М. Максимовича, М. Іванішева, В. Антоновича, М. Владимирського-Буданова, побачили світ такі цінні видання: «Памятники комиссии» — 4 т., «Древности», «Сборник летописей, относящихся к истории Южной и Западной России», «Архив Юго-западной России» — 31 т., літописи С. Величка, Г. Грабянки, Самовидця тощо. У редакційній статті єдиного на той час українознавчого журналу «Киевской старины» з нагоди 50-річного ювілею діяльності Київської археографічної комісії відзначалося, що в ній значно посувається вперед українська (південноросійська) історія, а цілі, які стоять і перед журналом і перед комісією, — однорідні: сприяти розкриттю історії українського народу, вивченню його особливостей, його світобачення. А М. Грушевський вважав, що Київська археографічна комісія виданням багатьох цінних джерел з історії України «поставила собі віковічний монумент»[185]. Тому має цілковиту рацію О. Пріцак, зауваживши, що в діяльності Київської комісії випадково збіглися інтереси українства та царського уряду. Імперська влада вочевидь сподівалася, що видання давніх документів з історії Правобережної України продемонструє безпідставність польських претензій на цю територію. Але згромадження і видання документів стало основою для розуміння історичного розвитку України, на якій постала концепція українського історичного процесу, української свідомості й української ідентичності.
Важливу роль у справі становлення національної історичної науки відіграли Губернські вчені архівні комісії, які, хоча й зі значним запізненням, з’явилися у деяких українських губерніях. Своєю архівною та археографічною діяльністю вони сприяли накопиченню джерельної бази для усамостійнення історичного знання. Цьому ж сприяла і громадська діяльність провідних діячів цих комісій.
Унікальне місце у становленні української історичної думки як національної у передреволюційну добу посідав згаданий журнал «Киевская старина». Цей часопис, навіть в умовах заборонно-репресивних дій імперської влади, 25 років лишався єдиним легальними осередком українознавчий досліджень у підросійській Україні. У своєму історіографічному огляді Д. Дорошенко приділив видавцям журналу, змісту та проблематиці спеціальну увагу, зауваживши його «велике, просто епохальне» значення, й погодився з інтерпретацією видання як «українського історично-філологічного факультету»[186]. Ці досягнення були заслугою співробітників «Киевской старины», у першу чергу редакторів — Ф. Лебединцева (1882—1888 рр.), О. Дашкевича (1888—1889 рр.), Є. Кивліцького (1890—1891 рр.) і В. Науменка (1892—1906 рр.). Помітну роль у визначенні наукового обличчя журналу відіграв фактичний співредактор (у певні періоди неформальний редактор), постійний автор вартісних публікацій з історії Гетьманщини XVII — XVIII ст. — О. Лазаревський (за словами М. Грушевського, «центральна постать гуртка „Киевской старины“»). Важливо зауважити, що українська орієнтація виявлялася й самими видавцями. Так, у редакційній заяві в першій книзі «України» 1907 р. (продовження попереднього видавничого проекту) зазначалося, що видавці «Киевской старины», незважаючи на несприятливі політичні умови, мали на меті «наукове розроблювання української історії в найширшим розумінні цього слова» і докладали всіх зусиль для того, щоб, «удержуючи своє наукове обличчя, по змозі виявляти себе все більше національною по формі». Як показала видавнича практика, ця провідна редакторська ідея була здебільшого дотримана.
Окремої уваги потребує з’ясування ролі університетських центрів у становленні національної історичної думки. Жорстка казенна регламентація, що існувала як у російських, так і дещо менше в австрійських університетах, була серйозною перепоною для впровадження в їхніх стінах навчальних українознавчих курсів і досліджень. Але за сприятливих умов проукраїнській професурі вдавалося робити певні кроки на користь національної справі. Такі спроби мали поодинокий характер. Як зазначає Д. Дорошенко, навіть у Київському університеті лише В. Антонович протягом 1880—1890-х рр. іноді читав спорадичні курси з української історії. Певний час нерегулярні курси з історії української козаччини читав Д. Яворницький наприкінці 1890-х рр. у Московському університеті. Найбільшим досягненням у цій справі було відкриття 1894 р. у Львівському університеті спеціальної кафедри «Всесвітньої історії з окремим узагальненням історії Східної Європи» (фактично української історії) і призначення М. Грушевського її завідувачем та професором цього університету.
Тодішня українська громадськість досить проникливо оцінила перспективи, які відкривалися перед українством. Зокрема, один із безпосередніх організаторів кафедрального проекту О. Барвінський зазначав: «Як Галицька, так і Придніпрянська Україна бачила в молодім професорі (Грушевськім) представника культурної злуки українського народу, котрий матиме нагоду науковим способом на широкім лоні нашої історичної минувшини поширити, поглибити й зміцнити національну свідомість й почування єдності всього українського народу без огляду на його розмежування державними кордонами»[187]. Тож появу першої університетської кафедри української історії громадськість оцінювала передусім у суспільно-політичнім ключі.
Проте розвинути здобутий успіх в інших навчальних закладах, навіть у більш ліберальних на території Австро-Угорської імперії, не говорячи вже про підросійську частину України, не вдавалося. Своєрідним виходом для українських викладачів, особливо молоді, яка торувала собі шлях у науку, була приват-доцентура. Посідання цієї посади забезпечувало певну свободу викладання й обмежувало втручання офіційних інституцій з-за меж університету. Так, приват-доцент (з 1880 р.), а пізніше ординарний професор (з 1893 р.) кафедри російської історії Новоросійського університету О. Маркевич, незважаючи на тиск, 15 років викладав низку українознавчих курсів: «Історія Південно-Західної Русі до XIII ст.», «Історія Південно-Західної Русі з XIII до XV ст.», «Внутрішній побут Західно-Руської держави у XVII ст.», «Історична географія і етнографія Південної Русі» тощо. Хоча М. Грушевський і вважав українофільство Маркевича поверховим, значення його викладацької діяльності для становлення національної історичної думки, надто в умовах південного регіону, було непересічне. У тому ж Новоросійському університеті з 1896 р. починає викладати І. Линниченко, який у своїх лекційних курсах і на практичних заняттях також торкався української проблематики. Революційні події 1905 р. дещо поліпшили ситуацію з українознавчими викладами у власне російських університетах. У 1907—1908 рр. приват-доцент Новоросійського університету О. Грушевський читав курс української історії українською мовою. Професор О. Єфіменко читала аналогічний курс у Петербурзі, на Вищих жіночих курсах.
Важлива робота була проведена науковими товариствами, які існували у найбільших університетських центрах: Історичним товариством Нестора-літописця, Харківським історико-філологічним товариством, Одеським товариством історії та старожитностей. Уперше звернув увагу на значення цих інституцій Д. Багалій у нарисі про М. Грушевського. Хоча у своїй діяльності вони декларували офіційну лояльність, та й значна кількість їхніх членів була далека від симпатій до українства, але увага до місцевої української історії та взагалі українознавства об’єктивно сприяли становленню національної історичної думки.