Каганович вважав своїм новим завданням в Україні посилення ідеологічного контролю Москви. Максим Рильський, поет-неокласик та голова Спілки письменників України, став головною жертвою влаштованого ним ідеологічного «полювання на відьом». Він зазнав нападок у пресі за український націоналізм і був відсторонений від своєї посади восени 1947 року. Хоча Сталін невдовзі відкликав Кагановича до Москви і Хрущов отримав назад свою стару посаду, цькування українських діячів культури тривало й далі. Воно було частиною всесоюзної кампанії, ров’язаної ідеологічним наглядачем Сталіна Андрієм Ждановим, який ганив радянських письменників та митців через «буржуазний індивідуалізм», «відсутність ідеологічної чистоти» та «поклоніння перед Заходом». Серед жертв кампанії Жданова були сатирики Михайло Зощенко в Росії та Остап Вишня в Україні. У своїх творах письменники могли зображувати лише один конфлікт — між добрим та кращим, що залишало сатириків без роботи. Пошук ідеологічних ухилів, що почався з письменників, поширився на композиторів та істориків. В Україні полювання на «націоналістів» досягло піку 1951 року, коли у «Правді» з’явилася критична стаття про вірш відомого поета Володимира Сосюри «Любіть Україну», що був написаний 1944 року. Тепер режим став розглядати те, що під час війни сприяло мобілізації українського патріотизму проти німецької агресії, як прояв націоналізму, оскільки прагнув зміцнити контроль над раніше окупованими територіями.
Велика Вітчизняна війна, як називали радянсько-німецьку війну 1941—1945 років у Радянському Союзі, забезпечила нову легітимність режиму, що зміг вижити й відбити іноземне вторгнення. Але війна також змінила політичний ландшафт Радянського Союзу, надавши людям можливість для мобілізації та самовизначення в масштабах, небачених з часів революції. Спроби Москви повернути ідеологічну однорідність та ступінь централізації на довоєнний рівень, були лише частково успішними, особливо в такій республіці, як Україна, де націоналістичний опір радянському режиму тривав роками. Західна Україна, зокрема Галичина та Волинь, залишалися фактично під військовою окупацією протягом багатьох років після війни й управлялися іншим чином, ніж решта республіки.
Українська повстанська армія продовжувала кидати виклик радянському пануванню в галицьких селах протягом 1950-х років — значно довше, ніж будь-який інший збройний рух опору в окупованій Радянським Союзом Східній Європі. Близько 1947 року командири УПА змінили тактику, розділивши великі підрозділи на дрібніші одиниці, не більш як 50 бійців, а потім ще на менші групи, кількість яких не перевищувала 10 осіб. Вони уникали великомасштабних військових зіткнень з набагато численнішими радянськими військами, заощаджуючи свої сили для нової війни між СРСР і Заходом, що, як вони розраховували, мала вибухнути в будь-який момент. У той же час навіть невеликі повстанські підрозділи продовжували створювати проблеми для радянського режиму, нападаючи на представників партії та державного апарату, тероризуючи прихильників режиму й підриваючи зусилля з колективізації сільського господарства та радянізації регіону через систему освіти. Режим відповідав репресивними заходами, у тому числі примусовими депортаціями сотень тисяч українців, яких підозрювали в підтримці підпілля.
Лише навесні 1950 року радянським спецслужбам вдалося вистежити та вбити головнокомандувача Української повстанської армії Романа Шухевича. Його замінив інший командир, але в найближчі кілька років організований опір було в основному придушено, а невеликі підпільні осередки втратили зв’язок один з одним. Деякі з повстанських підрозділів пройшли через польські та чехословацькі території на Захід і приєдналися до націоналістичної еміграції на чолі зі Степаном Бандерою у Західній Німеччині. 1951 року британці та американці почали десантування членів бандерівської та інших націоналістичних організацій в Україну з метою збору розвідувальної інформації. У відповідь режим активізував спроби вбивства Бандери та інших лідерів української еміграції. Їм вдалося це зробити восени 1959 року, коли радянський агент Богдан Сташинський убив Бандеру, що мешкав тоді в Мюнхені, з пістолета-розпилювача, виготовленого КДБ і зарядженого ціанідом. 1961 року вбивця втік на Захід і зізнався у вбивстві Бандери та Льва Ребе-та, іншого лідера української еміграції, скоєному ще 1957 року. Його свідчення в західнонімецькому суді не залишали сумнівів, що накази про вбивство лідерів еміграції походили з вищих ешелонів радянської влади — нагороду за вбивство вручав сам голова КДБ Олександр Шелепін.
Українські націоналісти, і реальні, й уявні, були не єдиною мішенню радянської пропаганди й таємної поліції в останні роки правління Сталіна. У той самий час на верхівці ієрархії ворогів режиму з’явилася нова група — радянське єврейство. Євреї були серед жертв сталінських чисток 1930-х років, але до кінця 1940-х їх не виділяли в окрему групу, варту переслідування. Ця зміна відбулася з початком «холодної війни» та заснуванням держави Ізраїль. Тепер єврейські громадяни СРСР потрапили під підозру в подвійній лояльності та змові із Заходом проти своєї радянської батьківщини.
У грудні 1948 року лідер радянського єврейства, відомий актор і художній керівник Соломон Міхоелс був убитий за наказом Сталіна. До кінця року Сталін запроторив до в’язниці дружину-єврейку своєї правої руки В’ячеслава Молотова, Поліну Жемчужину, уродженку Південної України та палку прихильницю Міхоелса. Радянські ЗМІ оголосили війну «космополітам» (евфемізм для позначення євреїв) та «вичистили» багатьох євреїв з партійного апарату та з органів державної безпеки. Євреї України опинилися серед основних об’єктів дискримінації. Було зачинено іврейські школи та тетри, заарештовано багатьох єврейських письменників, включно із головним редактором журналу «Дер Штерн» Гершлем (Григорієм) Полянкером. У «космополітизмі» було звинувачено Леоніда Первомайського. 1952 року антисемітська кампанія сягнула нових висот з арештом низки єврейських лікарів, звинувачених разом зі слов’янськими колегами у вбивстві членів радянського керівництва, у тому числі Андрія Жданова, який помер від природних причин 1948 року. В Україні були звільнені з медичного управління, яке обслуговувало керівників партії та держави, усі єврейські лікарі. Частина з них заарештована. Лише смерть Сталіна поклала край цим репресіям. Радянське керівництво зупинило кампанію на півдорозі та випустило з ув’язнення ще вцілілих лікарів, але антисемітизм залишився в коридорах влади Москви, Києва та інших радянських центрів.
Йосип Сталін помер 5 березня 1953 року, завершивши найжахливішу епоху в радянській історії і залишивши спадок, що переслідуватиме його наступників та країну, якою вони правитимуть протягом декількох поколінь. Боротьба проти спадщини Сталіна стала однією з визначальних рис правління його наступника Микити Хрущова. Але знадобився час, щоб колишній партійний керівник України здобув усю повноту влади в партії та державі і проявив свою антисталінську орієнтацію.
Сходження Микити Хрущова на вершину радянської влади почалося в грудні 1949 року, коли Сталін відкликав його зі Львова, де він боровся з націоналістичним підпіллям, до Москви та призначив на стару посаду голови московської партійної організації. Він прибув до радянської столиці за кілька днів до бучного святкування 70-річчя Сталіна. Під час офіційної церемонії диктатор посадив Хрущова поруч себе, а гостя з Китаю, Мао Цзедуна, по інший бік.
Відразу ж після смерті Сталіна Хрущов виявився одним із чотирьох найвпливовіших радянських лідерів, які перебрали владу в Москві. У червні 1953 року він організував арешт свого найнебезпечнішого конкурента, «голови держбезпеки» Лаврентія Берії. У лютому 1955 року він позбувся колишнього союзника Берії — глави радянського уряду Георгія Маленкова. У червні 1957 року він розгромив опозицію колишніх помічників Сталіна В’ячеслава Молотова й Лазаря Кагановича, а в березні 1958 року став головою і Комуністичної партії, і радянського уряду. Успіх Хрущова став можливим завдяки допомозі його українських підлеглих. Республіка мала найбільшу (за кількістю членів) партійну організацію в Союзі, якщо враховувати те, що росіяни не мали власної компартії, і тому найбільший блок голосів у всесоюзному ЦК.
Хрущов нагородив своїх українських прибічників сторицею, перевівши їх до Москви. У числі перших, хто зробив цей кар’єрний стрибок, був Олексій Кириченко, перший етнічний українець на посаді партійного керівника України з часів революції. 1957 року він став секретарем Всесоюзного Центрального комітету та другою найвпливовішою людиною в країні. До протеже Хрущова також належав і колишній партійний секретар Запорізької та Дніпропетровської областей Леонід Брежнєв, який став головою Верховної Ради і де-юре головою Радянської держави при Хрущові. Іншим продуктом української партійної машини був Микола Підгорний, колишній перший секретар ЦК КПУ, призначений Хрущовим до всесоюзного ЦК 1963 року. Ці та десятки інших протеже Хрущова перевозили своїх власних протеже з України до центру. Якщо Сталін більшу частину своєї кар’єри спирався на кадри з Кавказу, Хрущов покладався на людей з України. Просуваючи українські партійні кадри на керівні посади в Москві, Хрущов робив українську комуністичну еліту молодшим партнером російських урядових та партійних кіл в управлінні багатонаціональною радянською імперією. Її члени здобули чималий вплив на рішення, що ухвалювалися в центрі, а також отримали більше автономії у вирішенні внутрішніх українських справ.
Підйом України на почесне друге місце в ієрархії радянських республік та національностей почався в січні 1954 року всесоюзним святкуванням 300-річчя Переяславської ради (1654). Офіційна партійна пропаганда оголосила раду, яка схвалила перехід Гетьманщини під заступництво московського царя як акт «возз’єднання України з Росією». Це формулювання походило з імперської традиції XIX століття, коли російську історію представляли як історію «возз’єднання Русі» завдяки зусиллям та під егідою російського самодержавства. Спеціальний документ, офіційно затверджений у Центральному комітеті в Москві під назвою «Тези до 300-річчя возз’єднання України з Росією», пояснював, що це формулювання означає в нових умовах. Цей документ ґрунтувався на сталінській політиці представлення росіян як «найбільш видатну націю з усіх націй, що входять до складу Радянського Союзу» — це формулювання було вперше вжито Сталіним під час виступу з тостом на бенкеті з нагоди закінчення радянсько-німецької війни в травні 1945 року. «Тези» підвищували українців до статусу другої за значущістю радянської національністі. Згідно з цим документом, росіяни й українці були окремими народами, хоча й тісно пов’язаними історією та культурою.
