В скором времени после основания ордена иезуиты превращаются в самую мощную и влиятельную духовно-политическую корпорацию католического мира, «становятся нервом католической церкви». Наибольший рост их могущества приходится на время высшего подъема Контрреформации, ее крупнейших успехов. Активнее всего оно росло в районах, пораженных протестантской «ересью» и, как правило, сопредельных с теми странами, где победила Реформация, — в Южных Нидерландах, землях по Рейну, Южной Германии, Австрии, Богемии, Венгрии и Речи Посполитой.
Если в иезуитах католицизм обрел свое главное наступательное оружие для борьбы с Реформацией, то инквизиция и книжная цензура использовались прежде всего как охранительные меры. Введенные для борьбы с религиозным инакомыслием, они нанесли сильнейший удар по гуманизму, по всей ренессансной культуре, прежде всего в Италии. В 1542 г. была реорганизована инквизиция и в Риме создан верховный инквизиционный трибунал с неограниченной властью в делах веры и юрисдикцией, распространяющейся на все католические государства. Инициатором учреждения римской инквизиции и первым ее руководителем был кардинал Караффа. В различные страны посылались комиссары «Святой службы». В новом своем статусе инквизиция была допущена далеко не всюду и не без ограничений: во Франции, в Венеции и Флоренции она действовала под контролем светских властей; Карл V в Неаполитанском королевстве, а Филипп II в Миланском герцогстве принуждены были отказаться от попыток ввести инквизицию по испанскому образцу.
В самой Испании инквизиция жестоко расправлялась с обращенными в христианство магометанами и иудеями, а затем с «алумбрадос» — течением христианской мистики, и с сочувствовавшими протестантским учениям. Действия ее в Нидерландах встретили упорное сопротивление населения и сыграли значительную роль в развертывании антииспанской борьбы. В Италии возобновление инквизиции совпало с началом широкого исхода сторонников новых религиозных учений в протестантские земли. С 40-х годов начались аутодафе с отречениями или казнями еретиков, сперва в папском, а затем и в других итальянских государствах, не исключая и Венеции.
«Святая служба» приобрела невиданную власть. Великие инквизиторы Караффа и Микеле Гисльери, став папами Павлом IV (1555—1559) и Пием V (1566—1572), даровали ей исключительные права, отменили все изданные до этого ограничительные постановления и фактически лишили Святой престол верховной власти в делах веры в пользу инквизиционного трибунала. Инквизиция развила издревле присущий католической церкви дух авторитарности и нетерпимости, почти маниакальной подозрительности ко всему новому и беспощадной жестокости к противникам. Казни протестантов приобрели невиданный размах, инквизиторы вдохновляли резню вальденсов в Южной Италии, походы против них в Пьемонте, массовое избиение мятежных морисков в Испании. Контрреформационный католицизм не желает отныне мириться ни с какой формой свободомыслия. Он вступает в непримиримое противоречие с критически-рационалистическими тенденциями в гуманизме, с развивающимися в науке принципами независимого исследования, которые подвергаются с его стороны систематическому преследованию. На эшафоте погибают бывший апостолический протонотарий, сторонник религиозного обновления Пьетро Карнесекки (1567 г.), гуманист и реформатор Аонио Палеарио (1570 г.), утопист Франческо Пуччи (1597 г.), философы Джордано Бруно (1600 г.) и Джулио Чезаре Ванини (1619 г.), Томмазо Кампанелла 33 года томится в тюрьмах, Галилео Галилея в результате затеянного против него процесса вынуждают к отречению от своих научных воззрений.
Террор инквизиции дополнялся строжайшей книжной цензурой. В 1543 г. Караффа запретил печатать любые сочинения без дозволения инквизиторов, которые надзирали также за торговлей книгами и их пересылкой. Первые каталоги запрещенных книг были составлены по инициативе местных церковных властей в Лувене, Париже, Венеции, Флоренции и Милане, в 1559 г. в Риме появился пресловутый Индекс запрещенных книг, обязательный уже для всей церкви. В него вошли сочинения реформаторов и книги, не соответствовавшие контрреформационному пониманию католического благочестия, даже одобренные прежними папами, например Эразмовы «Примечания к Новому завету» или «Проект исправления церкви», одним из составителей которого был сам Караффа. Законы о книжной цензуре имели в виду не только издателей и торговцев, но и частных лиц, которым угрожало инквизиционное преследование за чтение, хранение, распространение запрещенных книг или недонесение о них. Католическая реакция прибегала к самым крайним средствам в борьбе против любых проявлений независимого духа и завещанных Возрождением, а затем подхваченных передовыми протестантскими мыслителями принципов свободы совести.
Долгое время папству, наученному опытом XV в. опасаться притязаний собора на верховную власть в церкви, удавалось затягивать его созыв, на котором настаивали не только протестанты, но и католики. Император надеялся использовать собор в своих интересах как средство борьбы с Реформацией, давления на папство, утверждения своего преобладания в Европе. Подготовка собора продолжалась почти десять лет. После всевозможных проволочек собор начал свои заседания в декабре 1545 г. в североитальянском городе Тренто (лат. Tridentum), входившем в состав Империи. Тридентский собор, заседания которого продолжались 18 лет, призван был консолидировать все силы, остававшиеся верными Святому престолу. Его постановлениями католическая церковь определила свое отношение к протестантизму, осудив основные догматы новых учений.
В Тренто взяло верх консервативное, строго папистское направление. Этому способствовали значительное влияние иезуитов на выработку и принятие соборных постановлений, беззастенчивая и ловкая деятельность папских легатов, председательствовавших на соборе и присвоивших безраздельное право вносить предложения на его рассмотрение, послушность указаниям из Рима большинства участников с решающим голосом. Папство сумело отстоять собственную власть от покушений собора на верховенство и от притязаний епископов, требовавших независимости, и воспротивиться сколько-нибудь серьезным нововведениям и преобразованиям в церкви.
Уже в первые месяцы работы собора было постановлено, что апостольское предание должно почитаться наравне со Священным писанием: этим утверждалась преемственность установлений средневековой церкви и отвергался протестантский тезис об исключительном авторитете Писания в делах веры. Было подтверждено декретом, что латинский перевод Библии должен считаться аутентичным, или годным для догматических доказательств; за церковью сохранялось исключительное право толковать Священное писание.
Постановления собора о первородном грехе, об оправдании, о таинствах дополняли предшествующие. Путь для компромиссного решения вероисповедных разногласий был закрыт. Протестанты, пославшие представителей на вторую сессию собора (май 1551— апрель 1552 г.), обусловили свое участие в заседаниях требованием провозгласить собор выше папы, а уже принятые без них соборные постановления признать недействительными. Это было неприемлемо как для курии, так и для отцов собора.
На третьем этапе работы собора (январь 1562 — декабрь 1563 г.) папство столкнулось с широкой оппозицией епископов, преобразовательными устремлениями могущественнейших светских владык и некоторых национальных церквей католической части Европы. Речь шла о реформе иерархии, богослужения, церковных порядков и нравов. Отсутствие единства дало возможность строгим ревнителям католической ортодоксии сохранить в неприкосновенности устои церкви. Декретом о мессе подтверждалось все, что было усвоено обычаем, отвергались лишь некоторые суеверия; были сохранены немые и заупокойные обедни, а также латинский язык при богослужении и свершении обрядов. Брак священников не допускался. Причастие под обоими видами, т. е. хлебом и вином, собор провозгласил небожественным установлением, признав церковь вправе его регулировать по своему усмотрению, что давало удобный повод воспротивиться популярному требованию о предоставлении мирянам чаши. Вопрос о епископской резиденции, который обсуждался в канонах, касавшихся таинства священства, вызвал на заключительном этапе ожесточенные дискуссии. Еще в 1547 г. был принят декрет против епископов, пренебрегавших своими пастырскими обязанностями. В 1562—1563 гг. большая группа прелатов высказалась за то, чтобы провозгласить божественными установление и права епископского сана. Это требование затрагивало самые важные принципы иерархии, подрывая верховную власть папы, авторитарный строй католической церкви. Дело кончилось компромиссом, выгодным папству. Иерархия была признана необходимой, епископская власть — законной, особым каноном — законность епископов, утвержденных папой. Таким образом, сам «собор монархическую власть папы поставил на место аристократической власти собравшихся на синод епископов».
Общая реформа нравов и управления духовенством, декретированная собором, предусматривала правила назначения и определяла круг обязанностей кардиналов и епископов, предписывала ежегодное проведение епархиальных и раз в три года провинциальных синодов, усиление епископского надзора за подопечным духовенством, реорганизацию соборных капитулов, монашеских орденов. Из постановлений, касавшихся низшего клира, важнейшее повелевало в каждой епархии учредить семинарии для пестования молодых священников. Вводились также меры против злоупотреблений, сеявших в церкви смуту и подрывавших ее авторитет: упорядочивалось управление церковными имуществами, воспрещались торговля духовными должностями, всякого рода вымогательства, сосредоточение в одних руках нескольких бенефициев.
Принятием наспех составленных декретов о чистилище, индульгенциях, почитании святых, мощей и церковных образов собор завершил работу в декабре 1563 г. В январе 1564 г. Пий IV утвердил его постановления, оставив за Святым престолом исключительное право их толкования. Все дело собора было поставлено в полную зависимость от папы, власть которого признавалась высшей и непререкаемой. Победа римской курии — итог предшествовавшего развития церкви — отражала ситуацию, сложившуюся в ней по мере развертывания Контрреформации, когда верх взяли наиболее реакционные круги, приверженные идеалу папского главенства в церкви и господства церкви над государством. Из-за покушений Рима на прерогативы светской власти Франция не признала собор, а Филипп II, швейцарские католические кантоны, князья католической части Империи опубликовали его декреты не сразу и с оговорками.
Папство вышло из соборных битв со всеми своими прежними притязаниями. Добившись осуждения Реформации и всех новшеств, несших угрозу католицизму, оно использовало постановления собора, чтобы превратить церковь под своим главенством в строго централизованную организацию, способную расширить свое влияние в массах верующих, сосредоточить силы для активной наступательной борьбы с религиозными противниками.
Важнейшим моментом церковной реорганизации явилась реформа центрального управления. Пий V ввел жесткую экономию, вдвое сократил римский двор, установил санкции против злоупотреблений и распущенности духовенства, запретил пожалование церковных имений в лен, стремясь положить конец образованию из них независимых владений. Значительно увеличивалась роль собственной папской канцелярии в управлении церковными делами. Коллегия кардиналов при Сиксте V (1585—1590) была ограничена 70 членами; из них по образцу уже имевшихся создавались комитеты, или конгрегации, общее число которых составило 15. Эти конгрегации занимались общими делами церкви и вопросами управления Папской областью. Еженедельные консистории всех кардиналов, находившихся в Риме, продолжались, но их функции становились все более формальными. Коллегия кардиналов в результате реорганизации окончательно потеряла прежнее значение и превратилась в административный орган папской политики, полностью подчиненный папе. Абсолютистские тенденции в церковном строе восторжествовали.
В понтификат Григория XIII (1572—1585) были учреждены постоянные нунциатуры при дворах светских и духовных государей, прежде всего в Германии. Представители Рима стали проводниками контрреформационной политики во всех уголках Европы, координируя усилия католической реакции для борьбы с протестантизмом.
Рядом реформ вводилось единообразие в католическую литургию, исправлялись богослужебные книги и обряды, предусматривались меры для надлежащей подготовки священников. При Сиксте V в 1588 г. была создана специальная конгрегация по церковным обрядам. Во второй половине XVI — начале XVII в. в ряде изданий были уточнены католические ритуалы и церемонии. По решению Тридентского собора вышло новое исправленное издание Вульгаты (1592 г.). Все эти меры должны были служить упрочению католической церкви изнутри как общины верующих, внеся ясность, порядок и единообразие в отправление религиозного культа.
Политическая мысль Контрреформации строилась на признании верховенства папы в делах духовных и светских. Правда, иезуит Роберто Бёллармино (ум. 1621 г.) учил, что у Святого престола нет прямой власти в мирских делах, а есть только власть косвенная. Однако его собрат по ордену Франсиско де Суарес (ум. 1617 г.), последовательнее развивая теократический идеал, признавал за папой безоговорочное право низлагать монархов и освобождать их подданных от присяги. В стремлении принизить светскую власть перед духовной, якобы только и обладающей прямым божественным происхождением, иезуиты провозглашали народ носителем верховной власти, которой он может по своему выбору наделять то или иное лицо. Испанский иезуит Хуан де Мариана (ум. 1623 г.) делал крайние выводы из этого учения и доказывал истинность особенно популярной в кругах фанатичных ревнителей католицизма идеи о праве подданных восстать и свергнуть государя, даже убить его, если он оскорбляет религию или злоупотребляет властью. Разумеется, это право не распространялось на такие абсолютистские монархии, как испанская.
Против иезуитов выступили во Франции и других странах поборники независимости национальных церквей и светской государственности. Паоло Сарпи, монах и советник венецианского правительства в борьбе с с папой Павлом V, возражая Беллармино и Адаму Таннеру, развивал положение, нашедшее широкий отклик по всей Европе, о том, что в мирских делах только государство обладает властью, полученной непосредственно от Бога.
Контрреформационный католицизм поначалу враждебно отнесся к мистике. Хуан де Вальдес (ум. 1540 г.) и его последователи в Неаполе были заподозрены в ереси, а течение «алумбрадос» в Испании подверглось в середине XVI в. беспощадному преследованию инквизиции. В мистике церковь настораживала проповедь внутренней религиозности и самоуглубления, выдвижение на первый план субъективного опыта, а не официально признанного откровения, предпочтение личного самоусовершенствования церковным таинствам и обрядам. Однако уже иезуиты, и прежде всего Лойола в «Духовных упражнениях», обратились к мистике как к главному средству воспитания, поставив внутренний опыт целиком под контроль руководителя, подвергнув тщательной регламентации всякое движение души. Это был путь не к озарению и созерцанию, но к абсолютному послушанию, когда приносились в жертву собственная воля человека и способность суждения, все сугубо личные чувства и влечения. Другое направление, не сразу принятое церковью, представляла Тереса де Хесус (ум. 1582 г.). Основываясь на традициях испанской и нидерландской мистики, она учила погружению в религиозный экстаз, в глубины внутреннего созерцания. Под ее влиянием находился Франциск Сальский (ум. 1622 г.). Он сделал мистику столь популярной, особенно в высших слоях общества, что некоторые ее элементы стали неотъемлемой частью контрреформационного идеала благочестия.