Адмирал Макаров прибыл в Порт-Артур 24 февраля. Первым кораблём который посетил Макаров, был броненосец "Цесаревич", поприветствовав команду, он спустился в кессон для того чтобы осмотреть пробоину и как ведутся восстановительные работы по её заделке. Обойдя все суда эскадры и портовое хозяйство, бывшее под командой контр-адмирала Греве, Макаров поднял свой флаг на бронепалубном крейсере 1 ранга "Аскольд", в свою очередь вице-адмирал Старк спустил свой на "Петропавловске", сдав дела новому командующему и сославшись на болезнь, уехал в Россию. Через несколько часов, броненосец "Ретвизан", подорванный в ночь начала войны, с помощью кессонов был снят с мели и отбуксирован во внутренний бассейн гавани для дальнейшего ремонта по заделыванию подводной пробоины. Разобравшись с безнаказанным обстрелом Владивостока крейсерами Камимуры, Макаров принял решение: капитана 1 ранга Рейценштейна за неспособность командовать "Отрядом крейсеров эскадры Тихого океана" от командования отрядом отстранить и направить в Порт-Артур, а на его место назначить, младшего флагмана эскадры Тихого океана контр-адмирала Иессена.
В ночь на 26 февраля, вице-адмирал Макаров выслал в дозор к восточному побережью Квантунского полуострова миноносцы "Решительный" и "Стерегущий". После полуночи в Порт-Артуре, заметили на горизонте какие-то огни, командующий флотом Тихого океана вице-адмирал С.О.Макаров приказал начальнику 1-го отряда миноносцев немедленно выйти в море, так как опасался, что неприятель может перехватить ушедшие вечером в дозор "Решительный" и "Стерегущий". В первый отряд, которым командовал капитан 1 ранга Матусевич, входили миноносцы "Выносливый", "Властный", "Бесстрашный" и "Внимательный". Четыре миноносца Матусевича в 3 ч. 30 мин. на полном ходу атаковали строй четырех японских миноносцев ("Сиракумо", "Асасиво", "Акацуки" и "Касуми" под командованием капитана 1 ранга А.Сейдзиро). Бой проходил на очень близких дистанциях и в общей сложности продолжался около часа. "Выносливый" быстро добился нескольких попаданий в головной корабль противника, но и сам получил снаряд в машинное отделение и на некоторое время потерял ход. "Сиракумо" прошел у него под кормой и успел сделать несколько выстрелов из малокалиберных пушек. В 3 ч. 45 мин. осколками снаряда попавшего в рубку был легко ранен капитан 1 ранга Матусевич, взрывом другого снаряда был тяжело ранен мичман Заев. Из машинного отделения вырвался горячий пар; взрывом были перебиты трубы отработанного пара обеих машин. Подошедший на помощь "Властный" предпринял попытку протаранить "Асасиво", но японскому миноносцу удалось увернуться от почти лобового удара. Несколько минут спустя к "Властному" приблизился миноносец "Касуми" и осветил его прожектором. Вновь вспыхнула перестрелка. Не выдержав русского огня, японец погасил огни и резко изменил курс. Шедшие концевыми "Внимательный" и "Бесстрашный" стреляли по замыкающему миноносцу "Акацуки". Стрельба наших кораблей оказалась достаточно эффективной: русские снаряды повредили машину "Акацуки" и перебили главную паровую магистраль. Окутанный клубами пара японский миноносец вскоре потерял ход. Его командир Н.Суецуги запросил помощи. На его счастье рядом оказался "Касуми". После перестрелки противники разошлись и растворились в темноте. Общий итог сражения выглядел так: русские потеряли 3 убитыми и 21 ранеными, японцы 7 убитыми и 10 ранеными. Как свидельствует японский официоз в "Асасиво" было достигнуто 8 попаданий, в "Касуми" попало 10 снарядов. Тяжелые повреждения так же получил и "Акацуки". Сразу после боя потерявшие друг друга в темноте миноносцы 1-го отряда поодиночке ушли к берегу Ляотешаня, где согласно инструкции, находилась точка рандеву. Убедившись, что все корабли на месте, Матусевич приказал командиру "Внимательного" взять на буксир "Выносливый", наиболее тяжело повреждённый в бою. Выполняя приказание, "Внимательный" не рассчитал циркуляции и столкнулся с "Властным", пропоров тому левый борт в районе машинного отделения. К счастью, дело ограничилось затоплением лишь одного отсека и "Властный" на одной машине добрался до Порт-Артура. В 7 часов отряд вернулся в Порт-Артур. "Решительный" и "Стерегущий" на рассвете в проливе Ляотешань встретились с четырьмя японскими миноносцами 3-го отряда ("Акебоно", "Сазанами", "Синономе" и "Усугумо" под командованием капитана 2 ранга Цуция). Японские корабли превосходили наши и по количеству орудий, и по скорости. Видя, что боя не избежать оба наших миноносца пошли на прорыв к Порт-Артуру под защиту береговых батарей, до которого оставалось менее 20 миль. "Решительному" под командованием капитана 2 ранга Боссе удалось, повредив японские миноносцы "Акебоно" и "Сазанами" прорваться. Позже к японцам на помощь подошли крейсера "Акаси" и "Сума". "Стерегущий" из-за повреждения машин не смог развить полный ход, но продолжал мужественно сражаться один против шестерых. Осколками снаряда смертельно ранило командира корабля лейтенанта Сергеева. Командование на себя принял старший офицер лейтенант Головизнин. В 6 ч. 40 мин. японский снаряд повредил два смежных паровых котла и миноносец стал быстро терять ход. Японцы начали расстреливали миноносец в упор. К 7 часам орудия "Стерегущего" замолчали. На воде качался лишь разрушенный остов миноносца, без труб и мачт с искореженными бортами и палубой, усеянный телами его защитников. Погибли все 4 офицера и 45 из 49 матросов. В 7 ч. 40 мин. к борту "Стерегущего" подошел вельбот с "Сазанами" под командованием мичмана Ямазаки Хирата. Поднявшись на борт полузатопленного миноносца, японцы начали готовить его к буксировке. Были сняты и переправлены на "Сазанами" машинист 2-й статьи Новиков и кочегар Осинин, а также подобранные из воды минно-машинный квартимейстер Юрьев и кочегар Хиринский — только эти четверо и остались в живых. Осмотрев миноносец и выбросив за борт все горючие материалы, японцы к 8 часам завели буксир на подошедший "Сазанами". В 8 ч. 23 мин. буксир лопнул и пока японцы готовились подать стальной трос, открыли огонь русские береговые батареи и со стороны Порт-Артура показались русские крейсера "Новик" (под флагом вице-адмирала Макарова) и "Баян". Не желая рисковать, японцы, покинули "Стерегущий", поручив "Усугумо" добить его. Однако в последний момент истребитель был отозван, так как в случае боя мог оказаться между русскими крейсерами и приближавшимися к Порт-Артуру кораблями 4-го японского боевого отряда. В 9 ч. 15 мин. всеми оставленный "Стерегущий" затонул в семи милях на OSO от Ляотешанского маяка. В бою со "Стерегущим" и "Решительным" противник тоже понес значительный урон, был сильно поврежден миноносец "Акебоно", в который в общей сложности попало 27 снарядов. В "Сазанами" попало 8 снарядов, один нижний чин погиб и один ранен. "Синономе" получил легкие повреждения. "Усугумо" потерь и повреждений в бою не имел. Когда "Новик" и "Баян" подошли к месту гибели "Стерегущего" на воде кроме обломков, ничего больше не было.
В это время появилась, шедшая для обстрела Порт-Артура, японская эскадра (13 вымпелов). Макарову пришлось повернуть крейсера на обратный курс. Как только "Новик" и "Баян" вошли в порт, 3 японских броненосца, находясь вне видимости береговых батарей, открыли перекидной огонь через полуостров Ляотешань по эскадре находящейся на внутреннем рейде, а позже по городу, стрельбу же корректировали крейсера находящиеся напротив прохода в Порт-Артурскую гавань. Русские суда не могли выйти в море ввиду начавшегося отлива. Особого вреда (за исключением 8 погибших и 20 раненых) этот обстрел не принёс. Тем не менее, от близкого разрыва получил повреждение "Ретвизан", но заставил задуматься Макарова о безопасности судов и города. В 9 часов вице-адмирал Макаров поднял свой флаг на "Петропавловске" и в 10 часов пятым по счёту вышел на внешний рейд, с целью вывести эскадру в море на поиски врага и завязывания с ним боя. Предварительно протралив рейд, в 10 ч. 20 мин. русские корабли в строе кильватера направились в море. В 11 ч. 50 мин. будучи на параллели Ляотешаня эскадра прибавила ход, перестроившись в походный ордер. Вначале Макаров вёл эскадру на восток в надежде встретить противника. Однако противника обнаружить не удалось, и эскадра занялась практическими эволюциями. В 16 часов не прекращая эволюций, эскадра подошла к Порт-Артуру и в 19 часов все корабли втянулись на внутренний рейд. На следующий день "Амур" выставил мины в районе предыдущей стрельбы японцев.
По итогам последнего боя с японскими миноносцами капитан 1 ранга Матусевич обратил внимание командующего эскадры на значительное превосходство японцев в артиллерии и предложил вместо кормовых 47 мм орудий установить 75 мм орудие. Орудия предлагалось взять с кораблей эскадры. Данное предложение утверждено Макаровым и с 5 марта по 19 мая на всех истребителях, в том числе прорвавшихся из числа отряда Виренниуса, кормовая 47 мм пушка была заменена на 75 мм орудие (23 75 мм/50 установлено на миноносцы, 4 75 мм/50 на минные крейсера).
2 марта "Ослябя", "Аврора", "Алмаз" и "Смоленск" вышли из Сингапура в Шанхай. Корабли II эшелона, под командованием Добротворского прибыли в Коломбо. Переход был тяжелейшим, большую часть перехода миноносцы шли на буксире у крейсера и транспортов.
По ходатайству генералов Стесселя, Белого и Кондратенко с кораблей начали снимать мелкокалиберную артиллерию для усиления сухопутной обороны крепости (использовались в качестве противоштурмовых) При этом на просьбу в отношении 6" орудий Канэ моряки ответили категорическим отказом. Моряки предложили в свою очередь ослабить Приморский фронт крепости, соорудив дерево-землянные позиции, где установить 9" и 11" орудия и мортиры с Приморского фронта, так как эффективность такой стрельбы по морским целям стремительно приближалась к нолю на реальных дистанциях, с которых Японцы обстреливали базу. Всего в течении марта с кораблей эскадры для нужд сухопутной обороны крепости было снято: 4 6"/28, 2 6"/23, 12 107 мм/20, 29 2.5"/19 (десантных), 105 47 мм/43, 155 37 мм/23, 36 пулеметов. Были полностью разоружены парусно-винтовые крейсера "Забияка", "Джигит", "Разбойник". Снимались так же стрелковый боезапас и винтовки. Сформировано несколько десантных рот, кроме этого расчеты морских орудий установленных на сухопутном фронте зачастую также комплектовались моряками.
В ночь с 8 на 9 марта 4-й и 5-й отряды истребителей провели безрезултатную атаки на русские суда защищавшие вход на рейд. В течении ночи произошли несколько перестрелок.
9 марта на рассвете Японская эскадра в составе 6 броненосцев, 6 бронепалубных крейсеров и 8 миноносцев вновь подошла к Порт-Артуру. Два японских броненосца "Фудзи" и "Ясима" заняли позиции за Ляотешанем и открыли перекидной огонь по внутреннему рейду. Но русские организовали корректировку стрельбу с наблюдательного пункта на высотах полуострова. Ответный огонь вели "Ретвизан" и "Победа". Некоторое время спустя открыла, огонь наспех оборудованная батарея на Ляотешане. С "Ретвизана" было сделано 13 выстрелов, а с "Победы" 16. В результате "Фудзи" предположительно получил одно попадание с "Победы". Адмирал Макаров решил вывести свой флот на внешний рейд и под прикрытием береговых батарей дать бой японцам. Выйдя всего за 1,5 часа в составе 3 броненосцев и 4 крейсеров, да ещё в малую воду, он тем самым, как говорят японские источники произвёл ошеломляющий эффект на них. Неожидая, как и самого выхода русских, так и ответного огня через Ляотешань, Того отозвал выделенные для бомбардировки Порт-Артура "Фудзи" и "Ясима", которые выпустив около сотни снарядов по Порт-Артуру так и не добились ни одного серьёзного попадания. Макаров направился в море и взял курс по направлению к бухте Тахэ. С моря на поддержку японских броненосцев, спешили 5 броненосных крейсеров, срочно вызванных по радио адмиралом Того. С приближением японских броненосных крейсеров "Петропавловск", склонился несколько к югу и сделал выстрел из 12" орудия по головному крейсеру противника. Снаряд упал со значительным недолётом. В этот момент японские броненосцы повернули навстречу русской эскадре, которая в свою очередь изменила курс на пересечку броненосным крейсерам. Опасаясь за крейсера, адмирал Того повернул на соединение с ними, провожаемый залпом из башен "Петропавловска". Макаров продолжал идти на противника, в это время в 12 ч. 10 мин. на внешний рейд вышли броненосцы "Пересвет" и "Победа", которые из-за своей большой осадки не смогли выйти вместе с другими броненосцами. Однако Того, соединившись со своими крейсерами, повернул на юг и даже не отвечая на огонь "Петропавловска", скрылся за горизонтом.
11 марта на внешнем рейде Шанхая, после 9 суточного перехода, отдали якорь суда I эшелона контр-адмирала Вирениуса. Немедленно корабли приступили к погрузке угля с "Вастфельса". Через консула распространялись противоречивые слухи, что якобы Русские собрались перехватывать пароходы идущие в Японию с грузом военной контрабанды, а также, что планируется рейд вдоль западного побережья Японии. Об этом так же под "большим секретом" поведал британскому журналисту один из офицеров отряда.
Утром 13 марта русская эскадра (5 эскадренных броненосцев, 4 крейсера, 2 минных крейсера и 5 миноносцев) начала выход в открытое море к островам Мяо-Тао для проведения эволюций по перестроению судов в составе эскадры, в случае встречи с неприятелем Макаров собирался принять бой с последующим отходом к Порт-Артуру. Пройдя на юг от Порт-Артура около 5 миль, эскадра свернула на SW. Крейсеру "Новик" совместно с 3 миноносцами: "Боевой", "Внимательный" и "Грозовой" Макаров дал указание обследовать два северных острова группы Мяо-Тао. В 7 ч. 30 мин. с русской эскадры на юго-востоке был обнаружен большой дым и несколько труб. Последовал сигнал "Приготовиться к бою". Однако, по приближении к дыму, обнаружилось, что это были 4 коммерческих парохода под английским флагом. Крейсеру "Аскольд" было приказано осмотреть эти пароходы и по освидетельствовании их оказалось, что они следуют из Шанхая в Инкоу пустыми, с тем, чтобы в последнем пункте получить груз. Пароходы были отпущены. Эскадра уже приближалась к Мяо-Тао. В это время "Новик" направил в пролив, разделяющий оба северных острова 2 из 3-х приданных ему миноносцев. Вскоре в 9 ч. 5 мин. у о.Тоцзидао был замечен японский буксир "Ханьен-Мару", который тащил за собой китайскую джонку. "Внимательный" с расстояния в полмили сделал два предупредительных выстрела. Буксир остановился, и в это же время часть экипажа стала поспешно пересаживаться в джонку, после чего обрубила канат и постаралась уйти от погони. Но посланный в погоню паровой катер догнал беглецов и привез 4 задержанных японцев и массу телеграмм. После допроса стало ясно, что они направлялись к Порт-Артуру и после высадки на берег, должны были заниматься шпионской деятельностью в тылу русских войск. После снятия экипажа, буксир и джонка были потоплены огнём крейсера "Новик" и миноносца "Боевой". Пока "Новик" осматривал японский буксир, броненосец "Пересвет" (капитан 1 ранга Бойсман) столкнулся с броненосцем "Севастополь" (капитан 1 ранга Чернышёв) помяв ему винт и сделав вмятину в борту. В 9 ч. 50 мин. "Севастополю" было приказано идти в гавань. В эту минуту по беспроволочному телеграфу с Золотой горы, было передано сообщение о появлении на юго-востоке от Порт-Артура 12 военных судов. В 10 ч. 40 мин. эскадра взяла обратный курс к Порт-Артуру. Донесение оказалось ложным, так как за военные корабли были приняты 4 английских парохода, которые осматривал "Аскольд". К 13 часам эскадра благополучно прибыла на внешний рейд. После разбирательства следственной комиссии, "По вопросу об аварии броненосца "Севастополь", признавшей ответственным за аварию Чернышёва, вице-адмирал Макаров отстранил последнего от командования броненосцем и назначил на его место капитана 2 ранга фон Эссена, который до этого командовал крейсером "Новик". Взамен ушедшего на повышение Эссена, командиром "Новика", вице-адмирал Макаров назначил капитана 2 ранга Иванова 14-го, но из-за болезни последнего тифом, командовать крейсером стал капитан 2 ранга Шульц. Бойсмана пока оставили командовать броненосцем, хотя замену ему Макаров уже нашёл, в лице командира интернированной в Шанхае канонерской лодки "Манчжур" капитана 2 ранга Кроуна, который должен был прибыть в Порт-Артур в ближайшее время. На место начальника Артурского порта, взамен смещённого за безалаберное руководство, контр-адмирала Греве, Макаров назначил бывшего командира броненосца "Цесаревич" капитана 1 ранга Григоровича, (позднее присвоено звание контр-адмирала), который вступил в должность 27 марта 1904 года. В должность командира "Цесаревича", после сдачи Григоровичем своих полномочий, должен был вступить, старый друг и соплаватель Макарова по арктическим морям, бывший командир ледокола "Ермак" капитан 2 ранга Васильев.
