Українські націоналісти бачили у війні можливість актуалізації українського питання і нагоду вибороти незалежність. У цій справі керівництво ОУН співпрацювало тоді з головним ворогом Польщі — Німеччиною. Оунівці сподівалися на її допомогу в розгортанні масового національного повстання на західноукраїнських землях. Підготовка до зриву розпочалась ще влітку 1939 р. Незважаючи на масові арешти, було проведено низку військових таборів, через які перейшло близько тисячі підпільників. Проте Німеччина в останні дні перед початком війни поміняла свої плани і, зважаючи на пакт із СРСР, вирішила не використовувати української карти. Тому український внесок у фронтову війну проти Польщі обмежився участю в кампанії 1939 р. невеликого «легіону Сушка».
Більшість оунівців в Україні не підтримувала узгодження дій із німцями, тому Крайова екзекутива ОУН, щойно розпочалася Друга світова війна, оголосила мобілізацію членства. Таким чином вона убезпечила їх від призову у польську армію і дістала можливість самостійно втілити плановане повстання.
Тим часом польська влада в перший тиждень війни посилила репресії проти українців: інтерновано близько семи тисяч активістів громадсько-політичного життя, сталося кілька випадків убивств українців як підозрілих у нелояльності, було спалено кілька українських сіл.
10 вересня члени ОУН захопили місто Миколаїв на Львівщині. Упродовж кількох днів українську владу встановлено також у довколишніх селах. Для швидкого придушення цього повстання сюди стягнули поліцію з усього повіту, їй на допомогу прислали підрозділи з Дрогобича, Самбора, Бережан, Станиславова. Загальна кількість сил становила близько 3000 вояків.
Незважаючи на чисельну, збройну та професійну перевагу війська й поліції, повстанці чинили завзятий опір. Біля села Надітич стався бій, у якому, згідно зі звітом ОУН, повстанський підрозділ з 18 осіб вбив 43 поліцаїв. Здолавши опір, поліція увійшла в село, розстріляла директора місцевої школи Михайла Святого та священика Романа Божика, спалила 180 будинків.
Паралельно повстання за участі оунівців спалахують в інших повітах Галичини й перекидаються на Волинь. На теренах Полісся місцевий провідник ОУН Петро Башук створив повстанські відділи під назвою Поліське Лозове Козацтво, які налічували 218 осіб. Це формування нападало на польське військо та поліцію, а 22 вересня навіть захопило місто Дорогочин.
Реакція влади на внутрішні заворушення у момент, коли почалася війна із зовнішнім ворогом, була жорстокою. Підпоручник польської армії, який брав участь у придушенні повстань, Кароль Вітольд Дашкевич згадує: «15 вересня отримав наказ вийти з 50-ма найкращими вояками до села Надітичі, де 2 компанії поліції від ранку здобували село /.../. Оборонялося аж до вечора до 19 години. Коли над’їхав, село вже було здобуте при втратах поліції 7 вбитих і 20 важко поранених. Село було спалене. Зловлений піп і вчитель розстріляні». Інший польський командир, Вітольд Заянчковський, який діяв на Волині, писав: «Кожне село, з якого стріляли до наших військ, спалено, а затриманих зі зброєю в руках розстрілювали».
Незважаючи на жорстокі дії польських вояків, активний розвиток повстань перервався тільки після приходу 17 вересня на Західну Україну Червоної армії, яку з хлібом-сіллю зустрічали прокомуністично налаштовані українці. Вони теж з ентузіазмом сприйняли початок війни та падіння польської держави, щиро вірячи в «торжество історичної справедливості», яким стало для них приєднання земель Західної України до УРСР.
Але сутички між українцями й поляками відбувалися навіть після встановлення червоної адміністрації. У доповіді НКВД від 29 вересня 1939 р. зафіксовано прибуття в місто Городницю Житомирської області понад 200 українців, мешканців волинських сіл Людвипіль та Устє, які втекли, рятуючись від колишніх польських жандармів, що погрожували їм розправою за спроби повернути забрані раніше будинки та земельні ділянки.
Загальний звіт підпільників про події першої половини вересня під назвою «Результати повстань на Західній Україні у вересні 1939 року» свідчить: повстання відбулися в 20 повітах, 183 населених пунктах, участь у них узяли 7729 осіб. Під час боїв із польською поліцією та армією знищено не менше 5 українських сіл, оунівці, відповідно, знищили 4 польські колонії. Втрати українців — 160 вбитих, 53 поранених, польські — 796 вбитих, 36 поранених. Проте всі ці локальні виступи так і не переросли в загальнонаціональне повстання. Польські автори часто подають ці повстання як антипольські, іноді говорять про них як про початок масового знищення поляків. Хоча документи чітко показують, що метою повстання було відродження української держави, а не винищення поляків. Місцеві пропагандисти ОУН підготували тоді листівки зі зверненням до поляків. У них сформульовано заклик не виступати проти відділів ОУН і бути лояльними до встановлюваної української влади.
У вересні 1939 р. паралельно з виступами українських націоналістів почалися повстання, організовані комуністами. Особливо багато їх було на Волині та Поліссі. На думку американського історика Яна Томаша Гросса, ці заворушення були не тільки місцевою ініціативою, але значною мірою були спровоковані й підтримувані радянською владою. На підтвердження своєї тези він наводить багато випадків, коли учасники таких акцій після встановлення нової влади ставали її офіційними представниками в міліції чи в місцевих органах влади.
Імовірно, радянське керівництво побоювалося, що йому доведеться натрапити на тривалий польський опір на новоприєднаних теренах. У такому випадку ефективною зброєю могли стати внутрішні заворушення за участі українців та білорусів. Саме тому 17 вересня з літаків масово розкидали листівки за підписом командарма С. Тимошенка із закликом: «Зброєю, косами, вилами і сокирами бий вічних ворогів — польських панів». Радянська пропаганда дала свої результати — в окремих регіонах (зокрема, на Волині та Поліссі, де позиції прокомуністичних сил були сильнішими) сталися вбивства поляків, передовсім осадників. Їхніми виконавцями були українські селяни, які піддавалися на радянські провокації, оскільки справді належали до найбільш упосліджених у соціальному й національному плані верств населення Другої Речі Посполитої.
Повстання у вересні 1939 р. стали прологом до війни між українцями й поляками, яка спалахне через три роки. У ній теж змішаються визвольна боротьба українських націоналістів, протистояння їй з боку польських політичних сил, селянський бунт та радянські провокації.
Знову разом під ворожою окупацією
Участь українців у новостворених органах влади, українізація цих земель на фоні усунення польського домінування з культури, освіти та економіки регіону в перші місяці радянської окупації створювали уявлення про українськість нової влади. Враження про привілейоване становище українців посилили політичні репресії радянського режиму, які на початковому етапі торкнулися передусім польського національного руху, хоча захопили тоді й українців. «Радянська окупація, — читаємо в польському документі, — викликала негативне ставлення польського суспільства до українців, слушно, а часом і не слушно підозрюваних в ініціюваннях большевицьких розпоряджень, спрямованих проти польського суспільства».
Відомий історик Іван Патриляк наголошує, що політику загравання з українцями восени 1939 р. проводили як радянська, так і нацистська влада на контрольованих ними теренах: «Українізація освіти (створення 6 тисяч україномовних шкіл), культури, адміністративного апарату в новоприєднаних областях Радянської України, поряд із націоналізацією земель і нерухомості багатих польських власників та депортацією сотень тисяч поляків у Сибір, створювала ілюзію встановлення «української влади» на колишніх «східних кресах» Речі Посполитої. Аналогічною була позиція нацистів на території Генерального губернаторства [9]. Там із політично свідомих і націоналістично налаштованих українців формували низові органи адміністративного управління, допоміжну поліцію, відділи охорони підприємств».
Усі ці елементи лягли в основу стереотипу про «зраду» українців, безпосередню участь у ліквідації польської держави, загальну прорадянську налаштованість. Цю опінію підтримували окремі політичні сили, які таким чином намагалися зняти з себе відповідальність за поразки вересня 1939 р. Міф про «удар у спину» від українців матиме довге життя і відіграватиме значну роль в ескалації польсько-українського конфлікту. Він стане ще одним каменем спотикання на шляху зближення двох народів у ситуації, яка, здавалося б, сприяла цьому.
Такі умови склалися вже через кілька місяців після утвердження радянської влади. Адже в 1939—1941 рр. поруч із Союзом збройної боротьби (Związek Walki Zbrojnej) та іншими підпільними польськими організаціями мішенню для НКВД став український визвольний рух на чолі з ОУН. Слідом за депортованими поляками на схід потяглися ешелони з українцями. Проте наявність спільного небезпечного ворога, який завдавав нещадних ударів обом народам, не стала достатньою платформою для бодай започаткування українсько-польського порозуміння на Західній Україні. Принаймні, жодних документів, які свідчили би про якісь спроби його налагодження в 1939—1941 рр., не віднайдено.
Більше того, окремі польські націоналістичні групи вважали своїм головним ворогом українців і закликали зосередити зусилля саме на боротьбі з ними. В інструкціях про розвідувальну працю, виданих у Львові «Начальним комітетом визволення східних теренів», вказувалося на необхідність вивчення діяльності українських легальних та нелегальних організацій. Адже після відродження Польщі може виникнути «потреба широких арештів з метою запобігання можливому виступу українців». Додатком до інструкцій було звернення «Громадянину Польщі під радянською окупацією», де містилися вказівки щодо ставлення до українців. «Як складуться умови після завершення війни, невідомо, — читаємо в документі, — однак припускаємо, що в найгіршому випадку може дійти до якогось плебісциту, і, якщо не зробимо відповідних приготувань, східні терени можуть раз і назавжди лишитися при радянській Росії. Тому мусимо намагатися очистити східні терени від інтелігентів русинів-українців. Вони єдині можуть бути перешкодою втілення наших цілей (планів): коли прийде відповідна хвилина, вони всі стануть по радянському боці і, маючи за собою селянство, можуть унеможливити наші плани». Далі йдуть конкретні, у стилі Макіавеллі, вказівки, як треба нищити українців, зокрема й руками радянської влади, представляючи їх націоналістами. «Тутешніх українців-русинів намагайся підбурювати проти радянської влади, страш їх, що буде голод, що москалі всіх їх вивезуть вглиб Росії /.../. Намовляй їх виїжджати масово до Німеччини, бо таким чином позбудемося найбільших ворогів /.../. Намовляй до протирадянського повстання, а потім давай знати про все радянській владі». Невідомо, наскільки впливовою серед поляків була організація, яка видавала такі вказівки, наскільки вона формувала їхні настрої. Але за умови цілковитої відсутності в польського політикуму офіційної позиції щодо українців такі крайньонаціоналістичні заяви набували суспільного резонансу.