Командующий Объединенным флотом адмирал Того в начале марта решил вторично попробовать закупорить русский флот в гавани. Возглавить отряд из 4 пароходов-брандеров ("Чийо-Мару", "Яхико-Мару", "Йонеяма-Мару" и "Фукуи-Мару") поручили герою февральского рейда капитан-лейтенанту Такео Хиросе, команды кораблей набиралась исключительно из добровольцев. Сопровождать брандеры до Порт-Артура должны были 6 миноносцев 9-го отряда миноносцев: "Хато", "Кари", "Манадзуру", "Касасаги", "Аотака" и "Цубаме". В 2 ч. 20 мин. ночи 14 марта прожектора крепости нащупали приближающиеся к рейду четыре парохода-заградителя и миноносцы. Крепостные батареи и корабли немедленно открыли по ним огонь. После первых выстрелов Макаров прибыл на канонерскую лодку "Бобер", стоявшую в проходе, и в течение нескольких часов руководил боем. В головной брандер "Фукуи-Мару" попала торпеда выпущенная миноносцем "Сильный" лейтенанта Криницкого. Взрывом у него был оторван форштевень, но носовая переборка уцелела и не позволила брандеру затонуть. Потерявший управление и осыпаемый со всех сторон снарядами, японский пароход развернулся вправо и уткнулся в берег под Золотой горой. В это время на "Сильном" случайно один из матросов ухватился за рычаг парового свистка. Над гаванью раздался протяжный гудок, который японские заградители приняли за сигнал ведущего и повернули за ним. Это предопределило полный провал операции противника. Еще два японских судна "Чийо-Мару" и "Яхико-Мару" приткнулись у Золотой горы. Четвертое судно "Йонеяма-Мару" затонувшее у Тигрового полуострова, было повреждено огнем береговых батарей и добито попаданием торпеды выпущенной миноносцем "Решительный". В лодке спущенной с брандера "Фукуи-Мару" погиб Хиросе. Однако бой на подступах к Порт-Артуру продолжался. "Сильный" получил повреждения от огня "Аотака" и "Цубаме", на нем был перебит паропровод и поврежден котел, вследствии чего миноносец вылетел на песчаную отмель у подножия Золотой горы (до восхода снят буксиром "Силач"). На русском миноносце погибли 7 матросов и инженер-механик Зверев. Лейтенант Криницкий и 12 матросов получили ранения. В это время среди вспышек выстрелов и света прожекторов к месту боя подошла канонерская лодка "Бобр" под флагом командующего. Вместе с канонерской лодкой "Отважный", ведя интенсивный артиллерийский огонь, они отогнали вражеские миноносцы. Миноносец "Аотака" поврежден попаданиями нескольких снарядов. Брошенные под берегом вражеские пароходы были осмотрены командами добровольцев под руководством лейтенантов М.А.Кедрова, Н.Н.Азарьева и мичмана Г.С.Пилсудского. Подрывные устройства были обезврежены, пожары потушены. С японских кораблей также была снята мелкокалиберная артиллерия и передана на усиление крепостной артиллерии. Когда утром 14 марта у Порт-Артура появился японский флот, ему навстречу благополучно вышла русская эскадра, убедив Того в очередном провале его замыслов. Не приняв боя, японские корабли отошли. Макаров для безопасности прохода приказал с брандера "Йонеяма-Мару", затонувшего под Маячной горой срезать надстройки и он превратившись в своеобразный мол, став надёжной защитой для пришвартовавшейся к нему 22 марта канонерской лодки "Гиляк". 28 марта Макаров решил затопить на внешнем рейде ещё 2 парохода КВЖД "Эдуард Бари" и "Шилка", и выставить дополнительное боновое заграждение. Кроме того, для обороны рейда были специально выделены береговые батареи, канонерские лодки и введено дежурство крейсеров, миноносцев и катеров у затопленных на рейде пароходов, бонах и минных заграждениях. У входа на рейд под Золотой горой дополнительно были установлены 120 мм орудия, снятые со вспомогательного крейсера "Ангара". Кроме того было оборона прохода была дополнительно усилена 3-я вновь сформированными флотскими батареями (16 х 75 мм/50 орудий). Учрежден тральный караван.
14 марта, в Шанхае контр-адмирал Вирениус довел до командиров судов отряда задачу на прорыв. Согласно приказа, подписанного Макаровым и Алексеевым "Ослябя", "Аврора", "Смоленск" шли на прорыв в Порт-Артур, а "Алмазу" было поручено провести демонстрацию, у японского побережья и затем в обход Японии, идти во Владивосток. В 8 ч. 30 мин. корабли ушли с внешнего рейда Шанхая курсом к Корейскому проливу. За дневное время суток корабли отряда встретили несколько трампов идущих в Шанхай. В 22 часа корабли легли на курс NW, курс прорыва в блокированный Порт-Артур. Получив информацию в отношении кораблей Вирениуса, и считая, что русские идут на прорыв во Владивосток, Императорская главная штаб квартира передала распоряжение вице-адмиралу Камимура, предпринять меры по перехвату и уничтожению русских кораблей. Рано утром 15 марта "Алмаз" обстрелял маяк на о.Готто-ретто. Несколькими часами позже потопил рыбацкую шхуну в 7 милях от о.Хонде, и затем обстрелял маяк на острове, и еще одну шхуну повредил, после чего она выбросилась на берег. Вице-адмирал Камимура, предполагая, что имеет дело с отрядом Вирениуса, прорывающимся во Владивосток, с эскадрой из четырех броненосных крейсеров: "Идзумо", "Адзума", "Якумо", "Ивате" и двух бронепалубных крейсеров: "Иосино" и "Кассаги" вышел на рассвете в море к о-ву Чеджудо, рассчитывая перехватить и уничтожить русские корабли. В середине дня информация об обстрелах была передана на корабли Камимуры, который немедленно сменил курс и пошел на SW. После обстрелов "Алмаз" увеличив ход до 14 узлов, ушел на юг, в океан.
15 марта, в Индийском океане в ходе сильнейшего шторма погиб, с экипажем миноносец "Бедовый", после выхода из строя котлов.
17 марта в 3 ч. 40 мин. миноносцы 9-го отряда миноносцев "Хато", "Кари", "Манадзуру", "Касасаги", "Аотака", выполнявшие роль, блокадного дозора наткнулись на русские корабли, шедшие 14 узловым ходом. Попытавшись атаковать, были встречены огнем, и сумели выпустить 3 торпеды с дальней дистанции, не добившись попаданий. Русские ситали, что потопили миноносец, однако фактически "Манадзуру" получил попадание двух 75 мм снарядов а "Аотака" поврежден осколками от близкого разрыва. В 3 ч. 50 мин. радиотелеграфисты "Авроры" установили связь со станцией на Золотой Горе. Эскадра начала экстренно готовится к выходу и в 6 ч. 30 мин. начала выходить на внешний рейд. К 8 ч. 40 мин. на внешний рейд вышли 4 эскадренных броненосца, 4 крейсера, 2 минных крейсера и 4 миноносца. В 7 ч. 40 мин. на юге открылись дымы. Спустя 20 минут корабли были опознаны как корабли Вирениуса. В 8 ч. 27 мин. на северо-востоке были обнаружены дымы крейсеров японского блокадного дозора. Предполагая, что японские главные силы, на подходе, Макаров встретив Вирениуса, вернулся к 12 часам в гавань Порт-Артура. Правда, не обошлось без происшествий. Входя в проход "Смоленск" повредил себе борт и винт об затопленный японский брандер, потерял ход, но был отбуксирован к пирсу портовыми буксирами. После завершения удачного прохода в Порт-Артур, по распоряжению Авелана Вирениус убыл в Мукден, а оттуда в Петербург.
Ночью 30 марта японский пароход "Кориу-Мару" под командой капитана 2 ранга Ода, в сопровождении 4, 5 и 14-го отряда миноносцев, вышел в заданную точку перед Крестовой горой и приступил к постановке минного заграждения. Минная банка была благополучно поставлена. 31 марта в 6 ч. 25 мин. на стол Х.Того легла радиограмма от Ода: "Приказ выполнен в соответствии с планом". В 6 ч. 30 мин. Х.Того вышел со своим флотом к Порт-Артуру. К этому времени его силы усилились двумя броненосными крейсерами 1 класса "Ниссин" и "Кассуга", купленные Японией у Аргентины. Командующий флотом Тихого океана вице-адмирал Макаров получил агентурные сведения, что в районе островов Эллиот будут сосредоточены транспортные суда с японскими войсками для последующей их переброски на Квантунский полуостров. Макаров в ночь на 31 марта решил послать на перехват десанта группу миноносцев, а на утро вывести в море из Порт-Артура русскую эскадру для окончательного уничтожения транспортных судов противника. В рейд к островам Эллиот вышли два отряда в составе 8 миноносцев: "Сторожевой", "Смелый", "Страшный", "Расторопный", "Бесшумный", "Боевой", "Выносливый" и "Грозовой". Подойдя к намеченным островам, миноносцы в целях маскировки закрыли кильватерные огни, в результате, шедшие концевыми "Страшный" и "Смелый" отстали и потерялись в темноте. Не обнаружив у островов ни одного японского судна, основная группа пошла дальше к острову Саншантао. На рассвете в разных направлениях моря были замечены дымы многочисленных кораблей. Справедливо полагая, что это корабли главных японских сил, встреча с которыми в светлое время без поддержки больших кораблей была бы безрассудством, миноносцы повернули к Порт-Артуру, и благополучно возвратились. Один из отставших миноносцев "Смелый" под командованием лейтенанта Бахирева после безуспешных попыток найти свой отряд с рассветом также взял курс на базу. Другой миноносец "Страшный" около 4 часов утра заметил очертания 4 миноносцев и, решив, что это свои, вступил им в кильватер. На рассвете командир миноносцев капитан 2 ранга Юрасовский приказал поднять на "Страшном" флаг и свои позывные. В ответ раздались орудийные выстрелы, так как корабли оказались японскими истребителями. Путь к Порт-Артуру был отрезан и "Страшный" вступил в неравный бой с 6 миноносцами противника. Первым же попавшим в "Страшный" снарядом был убит Юрасовский и выведено из строя носовое 75 мм орудие. В командование миноносцем вступил лейтенант Малеев. Развив полный ход и отстреливаясь из кормового 75 мм орудия и бортовых 47 мм пушек, русский миноносец попытался прорваться сквозь строй японских кораблей, но в этот момент от очередного вражеского снаряда взрывается торпеда в кормовом торпедном аппарате. Последствия взрыва оказались ужасны. Разворочена палуба, разбиты цилиндры обеих машин, перебита главная паровая магистраль, убиты или ранены прислуга торпедного аппарата, кормового орудия и многие из машинной команды вместе с инженер-механиком Дмитриевым. Миноносец окутался паром и потерял ход. На "Страшном" уже не осталось ни одного исправного орудия, но лейтенант Малеев до конца продолжал отстреливаться из дюймовой митральезы Норденфельда, снятой им самим с затопленного японского брандера. Первая же очередь сначала опустошила японскую шлюпку с десантом предназначенным для захвата русского миноносца, другая прошлась по палубе ближайшего японского миноносца, мостик которого за пару секунд покрылся телами мёртвых и раненых. Японские корабли подошли к "Страшному" на расстояние 70-80 метров и стали расстреливать его в упор. Сражённый взрывом снаряда Малеев исчез в вихре дыма и пламени. Потеряв в полуторачасовом бою всех офицеров и три четверти команды, в 5 ч. 30 мин. "Страшный" стал погружаться. В это время подходивший к Порт-Артуру "Смелый", услышав позади выстрелы, пошел на помощь. Когда он приблизился к месту боя, японские миноносцы повернули на него, поэтому лейтенант Бахирев начал отходить к Порт-Артуру. В 5 ч. 50 мин. по разработанному Макаровым плану на внешний рейд Порт-Артура вышел крейсер "Баян". Приняв сообщение от Бахирева о бедственном положении "Страшного", командир "Баяна" капитан I ранга Вирен полным ходом повел свой корабль на помощь. Но было поздно. В 6 ч. 15 мин. "Страшный" затонул. Подойдя к месту гибели миноносца, крейсер подобрал из воды только 5 матросов. В этот момент, по "Баяну" открыли огонь японские крейсера шедшие с SO. Отстреливаясь "Баян" направился к Порт-Артуру. Тем временем на внешний рейд вице-адмирал Макаров выводил броненосцы и крейсера своей эскадры. Не дожидаясь выхода всей эскадры, Макаров на броненосце "Петропавловск", в сопровождении броненосца "Полтава", крейсеров "Баян", "Аскольд" и "Новик" пошел навстречу врагу. В 8 ч. 15 мин. крейсера противника открыли огонь по русским кораблям. Макаров ответил и заставил японцев отойти. В 8 ч. 40 мин. на горизонте появились главные силы противника: 6 броненосцев и 2 новейших броненосных крейсера "Ниссин" и "Кассуга". Русский отряд в это время отошел от базы на 17 миль и оказался в невыгодном положении. Выводя японскую эскадру под удар главных русских сил, Макаров повернул к Порт-Артуру. На внешнем рейде к командующему присоединились броненосцы "Ослабя", "Победа" и "Пересвет". После перестроения Макаров на "Петропавловске" вновь повернул навстречу японским кораблям с намерениями дать им бой под прикрытием береговых батарей. Но в 9 ч. 43 мин. в 2 милях от полуострова Тигровый Хвост "Петропавловск" наскочил на минную банку. У правого борта раздался хорошо слышимый над морем взрыв, затем второй под мостиком и более сильный. Броненосец окутался дымом и паром, накренился на правый борт и объятый пламенем, носом ушел под воду. Все это произошло в течение 2 минут. Спасти удалось только командира корабля капитана 1 ранга Яковлева, начальника военно-морского отдела штаба флота капитана 2 ранга великого князя Кирилла Владимировича, флагманского артиллерийского офицера капитана 2 ранга Мякишева, 5 младших офицеров и 73 матроса. В числе погибших на "Петропавловске" 24 офицеров были — вице-адмирал Макаров, начальник штаба контр-адмирал Молас, начальник военного отдела штаба флота профессор академии Генштаба полковник Агапеев, флаг-офицер эскадры капитан 2 ранга Васильев, флагманский минный офицер капитан 2 ранга Шульц, только что прибывший в Порт-Артур и назначенный командиром "Пересвета" капитан 2 ранга Кроун, флагманский штурман полковник Коробицын, флаг-офицеры: лейтенант Дукельский, лейтенант Кубе, мичман Бурачок, 13 офицеров из экипажа броненосца, 2 врача, священник, 2 военных чиновника, выдающийся русский художник Верещагин и 620 матросов. Контр-адмирал князь Ухтомский, принявший командование эскадрой, опасаясь атаки японского флота, дал сигнал выстроиться в колонну за "Пересветом" и повернул к Порт-Артуру. Во время перестроения на мине подорвался броненосец "Пересвет", но остался на плаву и дошел до внутреннего рейда. Японский командующий адмирал Того не стал развивать успех, все это время, оставаясь в пассивной роли наблюдателя. Около 3 часов дня Объединенный флот ушел от Порт-Артура, оставив для наблюдения 3-й боевой отряд.
Вскоре после гибели вице-адмирала Макарова, в Порт-Артур прибыл наместник и Главнокомандующий Российскими вооружёнными силами на Дальнем Востоке адмирал Алексеев, который принял на себя командование флотом Тихого океана, до той поры пока в Порт-Артур не прибудет из Санкт-Петербурга, только, что назначенный командовать флотом Тихого океана, член адмиралтейств-совета вице-адмирал Скрыдлов. Вместе с ним из столицы выезжал, назначенный командовать эскадрой Тихого океана вице-адмирал Безобразов. Адмирал Алексеев подняв 3 апреля свой флаг на "Севастополе" у которого были погнуты лопасти винтов, молча дал понять, что выходить в море он не собирается и следовательно русские корабли перестали выполнять те обязанности, для которых они были предназначены, даже обязательное дежурство крейсеров на внешнем рейде было отменено. Рано утром 2 апреля Х.Того подошёл к Порт-Артуру, для того, чтобы произвести третью бомбардировку города и порта. Подойдя на предельную дистанцию выстрела главных калибров, японские крейсера: "Ниссин" и "Кассуга" открыли огонь, их огонь корректировали вставшие напротив прохода крейсера: "Кассаги" и "Такасаго". Из крепости им отвечал перекидным огнём, фактически только броненосец "Пересвет", отправив в сторону неприятеля 28 из 34 снарядов в общей сложности выпущенных по неприятелю русской эскадрой и добившись одного достоверного попадания в броненосный крейсер "Ниссин". Эскадренный броненосец "Севастополь" также открыл огонь по неприятелю, но после третьего залпа при угле возвышения 15 градусов, сломался станок одного 12" орудия носовой башни, ремонт которого в условиях Порт-Артура был невозможен, в результате чего броненосец лишился одного из четырёх орудий главного калибра, что сильно снизило его артиллерийскую мощь. Выпустив по русской крепости не менее полутора сотен снарядов и не добившись ни одного серьёзного попадания, неприятельские корабли скрылись из поля видимости русских береговых наблюдательных постов и ушли в море.
