И хотя Серебряный не стал мешать уйти остаткам турецких войск (около 15 тыс. чел.), но гибель большей части 100-тыс. армии в устье Дона вызвало в Стамбуле шок. Тем более, что выйдя из Мессины 16 сентября, в составе четырех эскадр, объединенный христианский флот двинулся небольшими дневными переходами через Тарент в Корфу, где часть его осталась, между тем как дон-Хуан с остальными кораблями 30 сентября стал на якорь на другой стороне пролива, у берегов Эпира, в защищенной бухте Гоменице. Отсюда флот отправился в Коринфский залив. 7 октября утром, в то время как флот обходил остров Оксию, на востоке показался турецкий флот, и здесь, у западного угла Этолии, при входе в Коринфский залив, разыгралось сражение, получившее название от города Лепанто, находившегося в 30 морских милях оттуда.

Флот союзников состоял из 205 кораблей, в том числе из шести венецианских галеасов; на судах было 20 тыс. солдат, не считая матросов и гребцов, так что общая численность экипажей доходила вероятно до 80 тыс. человек. Весь флот был выстроен развернутым фронтом в длинную линию, причем фланги несколько выдавались вперед. Левым флангом, примыкавшим к отмелям у берега и состоявшим из 63 галер, командовал венецианец Агостино Барбариго; правым флангом, выдававшимся в открытое море и состоявшим из 64 галер, командовал генуэзец Дориа. Дон-Хуан с 37 кораблями стоял в центре и имел при себе венецианцев Вениера и Колонну с их крупными флагманскими кораблями.

Такое построение соответствовало обычному боевому порядку, но в него были введены две особенности:

1) шесть венецианских галеасов под командой Дуодо были выдвинуты вперед перед центром, с целью использовать их сильное артиллерийское вооружение при самом приближении неприятеля;

2) позади центра, в виде резерва, были поставлены 35 галер под командой испанца, маркиза де Санта-Крус. Таким образом, вопреки общепринятому порядку, центр был очень усилен и состоял из трех линий.

Турецкий флот, под командой капудан-паши Али наступал в обычном строю, полукружием. Силу его определяют очень различно; вероятно, он был несколько многочисленнее флота союзников, приблизительно 220-230 кораблей. Большей частью это были галеры с недоукомплектованным экипажем. Али вытребовал из ближайших крепостей гарнизоны и посадил их на суда, но тем не менее экипажи эти оставляли желать лучшего, хотя по численности может быть несколько превышали экипажи союзников. У людей не было огнестрельного оружия, а только луки и самострелы; огнестрельное оружие советовали не брать, как ненадежное.

Правым крылом командовал Магомед Сироко, паша Александрийский; левым — Улуг-Али (эль-Лук Али), итальянский ренегат, который прославился своими разбойничьими подвигами; центром командовал сам Али. Оба турецкие фланга выдавались за неприятельские.

Атака произошла в полдень. Огонь шести венецианских галеасов оказался настолько действенным, что две неприятельские галеры были потоплены и еще несколько повреждено. Менее успешны были действия союзников, когда произошло столкновение флангов. На правом турецком фланге крайние корабли, по указаниям знающих местность людей, подошли к берегу ближе, чем расположились венецианцы, обошли их и атаковали одновременно с фланга и с фронта что поставило венецианцев в затруднительное положение. На другом фланге Дориа, чтобы не быть обойденным, рассредоточил свои корабли, что сейчас же заметил и использовал Улуг; он прорвал неприятельскую линию, причем взял в плен или уничтожил несколько галер Мальтийского ордена. Затем он схватился на абордаж с мальтийским флагманским кораблем, и, после долгого и жестокого боя, при помощи других своих кораблей, взял его на буксир и потащил в сторону. Тем временем на помощь подоспел начальник резерва Санта-Крус; он погнался за Улугом и, так как корабль и экипаж последнего сильно пострадали, принудил его обрубить буксир и освободил мальтийский корабль, на котором не оставалось в живых ни одного человека.

Несмотря на храбрость, Улуг все-таки был скорее морским разбойником, чем флотоводцем, так как после этого он бросил руководство своей эскадрой и уже не достиг больше никаких успехов; таким образом, на правом фланге равновесие было восстановлено.

Наиболее упорный бой происходил, однако, в центре, где дон-Хуан, как только неприятельский центр подошел ближе, яростно набросился на большую галеру капудан-паши, который со своей стороны тоже бросился на дон-Хуана. Первый же залп турецких орудий повредил грот-мачту "Реала". При столкновении "клюв" турецкого судна проник в неприятельский корабль до четвертой скамьи; начался жестокий абордажный бой, продолжавшийся очень долго, в котором дон-Хуан лично показал пример блестящей храбрости. Бой этот окончился в пользу союзников еще до того, как на помощь своему главнокомандующему подошли корабли из резерва (Колонна). Али покончил с собой, не пожелав сдаться в плен. Пример дон-Хуана воспламенил окружающих и воодушевил всю линию центра. Следуя примеру дон-Хуана, Александр Фарнезе недалеко от него захватил одну из самых больших турецких галер; затем началась общая свалка, в которой абордажные бои следовали один за другим.

В это время пал командир правого турецкого крыла, Магомед Сироко, а около 30 его галер сели на мель. Среди экипажей их началась паника, люди прыгали через борт и вброд спешили к берегу; паника распространилась и на другие турецкие галеры. Когда победа уже была решена, пал один из союзных командиров, Барбариго, которому стрела попала в глаз.

При столкновении обеих боевых линий возникла общая свалка. Артиллерия, которая в те времена вообще получила еще недостаточное развитие и ограничивалась исключительно огнем с носа, могла оказывать только очень незначительное влияние во время свалки, и все дело решалось почти исключительно абордажным боем. В рукопашном же бою испытанные испанские солдаты (испанская пехота в те времена считалась лучшей в мире) и немецкие ландскнехты, имевшие лучшее вооружение, стояли выше турецких солдат, даже янычар; точно также и стрелки союзников стояли выше неприятельских, вооруженных только луками и самострелами. Вследствие всего этого, после нескольких часов жестокого боя, в 4 часа пополудни, победа склонилась на сторону христиан. Однако турки только поздно вечером окончательно прекратили бой и остатки их флота отступили.

Улуг-Али с 30-40 кораблями ушел на юг; союзники, все корабли которых принимали участие в бою и более или менее пострадали, не были в силах его преследовать. Это были единственные турецкие корабли из всего громадного флота, которым удалось уйти, и таким образом, потери турок составляли около 200 кораблей, из которых более половины было захвачено. Из правого турецкого крыла около 30-и кораблей пристали к берегу, при чем остатки их экипажей попрятались. Эти корабли, и еще много других, были сожжены, 117 галер было захвачено победителями с крупной добычей, в числе которой было 117 тяжелых и 256 легких орудий, т. е. в среднем по три орудия на каждом корабле. Потери турок людьми исчисляются в 25 тыс. убитых и 3,5 тыс. пленных матросов; солдаты, по-видимому, были все перебиты. В числе убитых, вероятно, не указаны рабы-гребцы; их было взято в плен около 15 тыс., в том числе около 12 тыс. христиан, которые были отпущены на свободу.

Союзники тоже понесли значительные потери офицерами и солдатами; потери эти составляли 10 тысяч человек (убитых было 7,6 тыс. чел. и, кроме того, в ближайшие дни умерло 2,5 тыс. тяжело раненых); кораблей они потеряли только 15.

Весть об этих победах возбудила во всей Европе неописуемое ликование, и породила надежды на полный разгром Османской империи, которая уже долгое время была угрозой христианской Европе. Казалось после таких поражений Турция просто не сможет восстановиться. Но этим ожиданиям не дано было сбыться. Сразу же после победы у Лепанто между союзниками возникли споры по поводу дальнейших действий. Венецианцы настаивали на необходимости завоевать Морею (конечно, в пользу Венеции), что не устраивало дон-Хуана Австрийского, который не желал таскать каштаны из огня для других и предложил идти в Архипелаг, запереть Дарданеллы, отрезать подвоз припасов к Константинополю, а может быть и взять его штурмом, как сделал Дандоло в 1204 году. Но о таких решительных действиях не хотели и слышать испанцы, предлагавшие действовать против Алжира. Все это постепенно привело к развалу коалиции. К тому же понтифик Пий V, который был душой этой войны, умер, и тогда венецианская сеньория, поняв что союз с Испанией ничего кроме военных расходов не приносит (не говоря уже о том, что затягивание войны сильно било по кошельку венецианских коммерсантов делающих деньги на торговле с Турцией), в марте 1573 года сочла за лучшее заключить с султаном сепаратный мир, причем, мир этот был заключен втайне от союзников. Кипр, составлявший предмет спора и другие отнятые у венецианцев владения, остались за турками, а кроме того венецианцы заплатили им 300 тыс. дукатов контрибуции, получая взамен гарантии неприкосновенности остальных своих владений и торговых связей.

Испания продолжала вести войну с Турцией, но уже не на востоке. Дон-Хуан хотел завоевать Тунис и создать там собственное королевство. Филипп II изъявил свое согласие на это предприятие, и в начале октября 1573 года дон-Хуан с большим флотом (155 галер) и армией (27 тыс. чел.) переправился в Африку, занял без сопротивления Тунис, укрепил его, а затем захватил и Бизерту. Оставив там там сильный гарнизон, он возвратился в Неаполь. Однако план его сделаться тунисским королем, хотя и был горячо поддержан папой, был решительно отвергнут Филиппом II, который вместо Туниса отправил Хуана в Ломбардию. Тем временем турки, восстановившие свои военно-морские силы после поражения, в сентябре 1574 года направив флот 230 судов и 40 тыс. чел. снова отвоевали Тунис.

Изменилось положение и на севере. После заключения мира с Турцией Венеция отказалась от всех своих обязательств по отношению к России отказавшись прислать обещанные субсидии и мастеров. Так же поступила и Испания, ссылаясь на свои расходы и отсутствие денег в казне. Кроме того, 30 сентября 1568 года в Швеции короля Эрика сменил в результате государственного переворота его брат Юхан и политика Стокгольма кардинально изменилась. Если Эрик считал необходимым поддерживать хорошие отношения с Россией, то его брат круто поменял внешнеполитические ориентиры, стремясь уничтожить русскую балтийскую торговлю, для чего вновь стал поддерживать шведских пиратов, нападавших на торговые корабли идущие в или из русских портов. В результате только одни любекские купцы понесли от морского разбоя убытки больше чем на 100 тысяч талеров. Попытка русской дипломатии решить мирным путем эту проблему не имела успеха, и тогда русским послам в Европе был отправлен тайный приказ найти человека, имеющего авторитет среди моряков и знающего не понаслышке о морских сражениях. Они выбрали Карстена Роде, авантюриста из Дании, который согласился заниматься морским разбоем на Балтике во благо Русского государства и ради собственной выгоды.

Датчанин получил официальное звание "царского морского атамана" и каперский патент, наделявший его полномочиями вести военные действия на море от имени России: "...силой врагов взять, а их корабли огнем и мечом сыскать, зацеплять и истреблять, согласно нашего величества грамоты... А нашим воеводам и приказным людям того атамана Карстена Роде и его скиперов товарищей и помощников в наши пристанища на море и на земле в береженьи и чести держать, запасу или что им надобно, как торг подымет, продать и не обидеть". По условиям договора, Роде должен был передавать царю каждое третье захваченное им судно и по лучшей пушке с двух остальных. Кроме того, в государственную казну должна была поступать и "десятая деньга" от продажи всех захваченных товаров.

Прибыв в 1569 году в город Аренсбург на острове Эзель, Роде оснастив и вооружив дюжиной пушек небольшое одномачтовое судно и, набрав команду из 35 человек, в июне 1570 года вышел в море. Вскоре, возле острова Борнхольм, они взяли на абордаж одномачтовый буер, шедший с грузом соли и сельдей. Захваченный буер вооружили, и часть команды пинки под началом Роде перешла на него, саму же пинку он поручил команде одного из своих лейтенантов.

Сбыв добычу на Борнхольме Роде снова вышел в море, уже на двух судах. Буер и пинка разошлись в разные стороны в поисках добычи, и, когда через восемь дней они вновь встретились в порту Борнхольма, каждый из капитанов привел по захваченному судну. Пинка захватила еще один буер с грузом ржи и отборных дубовых досок, а буер под командой Роде конвоировал взятый на абордаж большой корабль водоизмещением 160 тонн.

Здесь же, на Борнхольме, Роде прикупил у одного любекского купца восемь пушек и вооружил ими захваченный корабль, ставший флагманом его флотилии. Там же корсар принял на службу десяток датчан. Власти острова, бывшего в то время местом стоянки многих пиратских судов — этакой "балтийской Тортугой", встречали гостей, подобных Роде, всегда радушно, а датский адмирал, командовавший флотилией, базировавшейся на Борнхольме, считал "корсаров царя Ивана" союзниками и даже снабжал их лоциями и картами.

Флотилия Роде постепенно усиливалась, и к сентябрю под его командой — уже шесть вооруженных судов с полностью укомплектованными экипажами. Дерзость корсара, стремительный рост его сил уже не на шутку беспокоили шведскую корону. Против "московитских пиратов" повели настоящую охоту, пытаясь загнать их в ловушку и уничтожить. Однажды шведы настигли флотилию Роде и сумели потопить несколько его судов, но "московиты" прорвались к Копенгагену и укрылись в его порту под защитой пушек короля Дании. В течение первого месяца Карстену Роде удалось захватить еще 13 кораблей.

Тогда король Юхан в сентябре 1570 г. приказал своему флоту подвергнуть бомбардировке Колывань с целью сжечь стоявшие там корабли и разрушить городские склады, рассчитывая такой "демонстрацией сили" оказать нажим на Россию, занятой войной на юге. Но результаты бомбардировки оказались совершенно противоположны ожидаемым. Большинство населения Колывани составляли переселенные туда жители русского Севера, в том числе и поморы, не привыкшие к подобному европейскому "маниру". А потому потушив пожары и подсчитав убытки, колыванцы тут же стали собираться для похода в Швецию за "компенсацией". Переправившись через залив они опустошили побережье Финляндии и пограбив тамошние селения вернулись назад, получив полное одобрение своим действиям в Москве, которая будучи связанной борьбой с Турцией не могла сама пойти на риск прямого конфликта с Швецией и войны на два фронта. Тем более, что в следующем году Москве и вовсе было не до взаимных претензий с Стокгольмом. Расследование обстоятельств татарского набега 1571 года выявило наличие заговора возглавляемого конюшенным И.П. Федоровым-Челядниным, который согласно обвинению "навел" татар на столицу, рассчитывая использовать возникшую замятню для ареста Ивана IV и опираясь на собственную многочисленную вооруженную свиту произвести государственный переворот с целью посадить на престол князя Владимира Старицкого, который после взятия под стражу тут же выдал царю всех своих сторонников. По стране прокатилась новая волна арестов, затронувшая даже верхушку Думы. По выдвинутым обвинениям были признаны виновными и казнены конюшенный Иван Федоров-Челяднин, окольничий Михаил Колычев и трое его сыновей — Булат, Семен, Мина, князья Андрей Катырев, Федор Троекуров, Михаил Репнин, Юрий Кашин, Петр Горенский, Никита и Андрей Черные-Оболенские, окольничий Михаил Лыков. Одновременно с этим внезапно скончались приняв яд князь Владимир Старицкий с супругой. Что породило слухи о том, что их заставил сделать это сам царь не желавший предавать своего ближайшего родственника открытому суду.