Амбиции ордена иезуитов вызывали сначала отдельные опасения, а затем растущую оппозицию во многих европейских странах. Усиление позиций иезуитов в сфере образования вызывало недовольство университетских докторов теологии и епископата. Сами короли с опаской смотрели на рост могущества иезуитов. Возникали конфликты даже непосредственно с папским престолом. Папа Бенедикт XIV (1740—1758) часто жаловался приближенным на упрямство и неповиновение иезуитов. Папе пришлось напоминать генералу ордена о канонических правилах. Бенедикт XIV запретил иезуитам заниматься коммерцией и участвовать в работорговле.
Во второй половине XVIII в. недовольство орденом охватило несколько королевских дворов, царствующих династий и широкие круги аристократии. Против иезуитов объединились янсенисты и сторонники галликанства, духовенство и философы, энциклопедисты и масоны. Раздались первые требования о ликвидации «Общества Иисуса».
Преследования иезуитов начались в Португалии, где орден активно выступал против политического курса, проводившегося министром Помбалом. Последний развернул активную кампанию борьбы с иезуитами, особенно после того, как в 1756 г. стал премьер-министром и фактическим правителем государства. Часть монастырей была закрыта, а принадлежавшие им земли переданы государству.
После покушения на короля Португалии Жозе I в 1758 г. иезуитам было предъявлено обвинение в организации широкого антикоролевского заговора. В 1759 г. на этом основании многие португальские иезуиты были отправлены в тюрьмы, а остальные вывезены из страны морем и высажены на берега Папской области.
Новая гроза разразилась над иезуитами уже во Франции в 1760 г. Против иезуитов объединились все, кто выступал за ограничение власти папы и видел в них основную опору папства. Предлогом стало дело иезуита Лавалетта, владельца большого торгового дома на Мартинике. Он оказался разорен, объявил о банкротстве и неспособности выплатить задолженность в 3 млн ливров. Кредиторы, марсельские купцы, подали в суд, предъявив претензии непосредственно ордену. Орден, исключив отца Лавалетта из своих рядов, отказался брать долг на себя. Но иезуиты проиграли судебный процесс сначала в Марселе, а затем в Париже. Судебное разбирательство накалило страсти — общественность Франции с радостью и злорадством встретила приговор.
Вскоре началось еще одно судебное разбирательство — иезуитов обвинили в том, что их внутренние правила противоречат законам Франции, что в своих трудах и в учебных заведениях они распространяют пагубные для Франции идеи. В 1761 г. некоторые книги иезуитов были запрещены, французским подданным запретили вступать в орден, а самим иезуитам — вести преподавательскую деятельность. Однако король приостановил вступление в силу этого приговора на один год.
Попытки иезуитов и их сторонников использовать передышку были безуспешны. В 1762 г. в Руане вынесли первый приговор об упразднении ордена иезуитов: их обвинили в пропаганде извращенной морали и доктрины, в том, что они создают государство в государстве. Другие провинциальные парламенты высказались менее радикально — орден был запрещен не везде. Окончательное решение было за королевским советом. Людовик XV долго колебался, нов 1764 г. подписал эдикт о запрете «Общества Иисуса» во Франции. После этого конгрегация иезуитов во Франции распалась, хотя они и не были высланы из страны. Иезуитам было разрешено вести ограниченную проповедническую деятельность под надзором местного епископа галликанской церкви.
После того как орден потерял французскую и португальскую ветви, папа Климент XIII в булле «Apostolicum pescendi» от 1765 г. дал обществу новую апробацию и попытался опровергнуть выдвигавшиеся против иезуитов обвинения. Стремление папы спасти орден успеха не имело. Против «Общества Иисуса» выступила даже католическая Испания, где Карл III ограничил сферу активности иезуитов как в самой стране, так и в ее американских колониях. Они были смещены с высоких должностей, а два года спустя, в 1767 г., все иезуиты были арестованы и депортированы в Папскую область. Уже затем был издан ордонанс о запрете ордена. Аналогичные действия были предприняты в Неаполе сыном Карла III Фердинандом IV. В 1768 г. под предлогом столкновения с папским престолом из-за предпринятых церковных реформ герцог Пармский, внук Людовика XV и племянник испанского короля Карла III, изгнал орден из своих владений.
В ответ на эти действия папа Климент XIII направил представителям Бурбонской династии увещевательное послание, которое их возмутило. Поскольку герцог Пармский был вассалом папы, Климент XIII объявил о лишении его власти, что еще более раззадорило Бурбонов. Франция и Неаполь перешли к активным наступательным действиям, напав непосредственно на папские владения: Франция заняла Авиньон, Неаполь начал осаду Понтекорво и Беневенто.
После смерти Климента ХIII Франция и Испания постарались посадить в Риме послушного им первосвященника. Еще на конклаве францисканец Ганганелли, избравший после вступления на папский престол имя Климента XIV, передал испанскому кардиналу записку, в которой писал, что с точки зрения канонического права упразднение иезуитского ордена возможно, отметив, что мир папского престола с европейскими державами дороже ордена иезуитов. Вскоре после избрания Климент XIV дал более определенные обещания на этот счет, но с принятием решения медлил. Его попытки умилостивить Бурбонов потерпели провал, и в 1773 г. опубликованием бреве «Dominus ас redemptor» Климент XIV упразднил орден.
Иезуитам предписывалось перейти в другие ордена, либо подчиниться местным церковным властям и по предписанию епископа отправиться в любое назначенное им место для выполнения пастырских обязанностей. По требованию европейских государей, генерал ордена иезуитов Риччи, его помощники и некоторые члены ордена были арестованы с целью воспрепятствовать возможным попыткам восстановить орден. Большинство иезуитов подчинилось решению папы. После этого орден просуществовал еще три года в Польше и в прусской Силезии под защитой Екатерины II и Фридриха II. Новый папа Пий VI (1775—1799) благосклонно закрывал на это глаза. В 1775 г., после смерти Риччи, судебный процесс, начатый против арестованных иезуитов, был прекращен.
Упразднение ордена иезуитов было результатом объединенных усилий прежде всего глав католических европейских держав. «Просвещенные» монархи навязали свою волю переживавшему период упадка политического влияния папскому престолу. Папство показало себя полностью зависимым от европейских правителей, во имя мира с которыми глава римско-католической церкви пожертвовал своим самым действенным орудием и самой надежной опорой.
Ограничивалась деятельность и других религиозных орденов. Во Франции по указу короля в 1766 г. была сформирована комиссия для проведения монастырской реформы. Орденам запретили иметь более двух зданий в Париже и более одного в других городах. Пострижение в монашество разрешили лишь с 21 года мужчинам и с 18 лет женщинам; каждому монастырю был установлен лимит численности, прием новых лиц сверх этого количества запрещался под угрозой закрытия монастыря. Если же число монахов было меньше нормы, монастырь закрывали. В результате во Франции за 12 лет прекратили действовать 9 религиозных обществ, в том числе сервиты, целестинцы и антониты. В следующие 20 лет были закрыты 386 монастырей.
Аналогичные ограничительные меры были приняты в Австрии. В середине XVIII в. императрица Мария Терезия провела здесь ряд церковных реформ. Она запретила увеличение числа монастырей, ограничила рост церковного имущества, управление которым было поставлено под контроль представителей государства. Был введен запрет давать монашеский обет лицам до 25-летнего возраста, уничтожены налоговые привилегии духовенства, введено право королевской апробации на публикацию получаемых папских документов. Была реорганизована система теологического образования, иезуиты были лишены права преподавания. Из-под контроля церкви был выведен Венский университет. Из-за обширности епархий и связанных с этим трудностей по управлению ими был создан ряд новых церковных округов, на 24 уменьшено число нерабочих религиозных праздников. По всем пунктам реформ императрица и правительство старались добиться одобрения папского престола, поэтому реализация реформ проходила без значительных затруднений.
На многочисленные реформы Марии Терезии большое влияние оказала доктрина Феброния, которую в Австрии пропагандировал В. Эйбель, профессор канонического права Венского университета. Фебронианство можно назвать германской ипостасью галликанизма. В 1763 г. епископ И.-Н. Гонтгейм опубликовал книгу, в которой обосновывал систему организации церкви, аналогичную галликанской. Книга вышла под псевдонимом Ю. Феброний. Ее автор призывал вернуться к раннехристианской церкви и доказывал, что устроение истинной церкви не может быть монархическим. Иисус Христос не даровал епископу Рима то верховенство, которым тот пользуется сегодня. Конечно, папа является главой церкви и должен следить за выполнением канонов и сохранением чистоты веры. Но в отношении других епископов он не имеет нииаких особых юридических прав. Папа просто присвоил себе право утверждать или отстранять от кафедры епископов, быть представленным апостолическими нунциями перед европейскими государями. Его суждения по вопросам веры и морали могут вступать в силу лишь после их одобрения вселенским собором. Феброний предлагал папе римскому отказаться от присвоенных им себе привилегий и призывал католических государей заставить папу сделать это. Книги Феброния в 1765—1770 гт. выдержали три издания и были переведены на многие европейские языки.
Доктрина Феброния вызвала критику католического духовенства, теологов, в том числе и протестантских. Папа Климент ХIII осудил книгу в 1764 г. В Риме сочинения Феброния были внесены в «Индекс запрещенных книг», и немецким католичеспим епископам было предписано публично выступить с осуждением нового учения. Папа Пий VI (1775—1799) категоричеспи потребовал от автора подчинения церковной дисциплине, и в 1778 г. Гонтгейм написал требуемое самоопровержение. Но у Гонтгейма были и сторонники, в том числе и из епископата. Немецкие архиепископы-курфюрсты пытались урегулировать отношения с Римом, добившись для немецкой церкви большей самостоятельности. В 1786 г. собравшееся в Эмсе германское духовенство представило папскому престолу петицию из 23 статей. Рим на уступки не пошел и категорически отказался удовлетворить эти пожелания.
После смерти в 1780 г. Марии Терезии ее сын, император Иосиф II, под влиянием князя Кауница решил продолжать религиозные реформы авторитарными методами. Он проводил их так, как считал нужным, полагая себя главой национальной церкви и не обращая внимания ни на римского папу, ни на каноническое право, ни на национальный епископат. Подобное вмешательство светского государя в дела церкви получило название «иосифизм». Император распространил необходимость государственного утверждения на епископские распоряжения, упразднил существовавший особый церковный суд для лиц духовного звания, в 1786 г. разрешил использовать на литургии немецкий язык. Были запрещены все монастыри чисто созерцательного направления (картузианские, камальдаленские, кармелитские, францисканские и капуцинские), а также значительная часть нищенствующих орденов. В целом было закрыто около 600 монастырей и духовных братств. Многим монастырям было запрещено принимать новых членов в течение 12 лет.
На доходы с имущества упраздненных монастырей были учреждены новые церковные округа. Реформатам, лютеранам и православным было разрешено отправлять богослужение по обрядам своей веры (правда, был запрещен колокольный звон). Епархиальные семинарии были заменены пятью генеральными семинариями, учителями в которых назначались лишь те лица, которые разделяли основные реформаторские идеи императора. Даже порядок богослужения был до мельчайших деталей регламентирован особым императорским ордонансом. Казалось, что Иосиф II хочет полностью изолировать австрийскую церковь от Рима.
Разнохарактерность принимаемых решении, авторитарное и часто оскорбительное для духовенства вмешательство Иосифа II в сферу чисто церковной компетенции вызывали недовольство и противодействие значительного числа епископов и высшего духовенства. Папа Пий VI, обеспокоенный неуемной активностью Иосифа II, в 1782 г. сам отправился в Вену для того, чтобы оказать давление на императора. Однако месячное пребывание Пия VI в Вене не принесло ничего: император не хотел обсуждать свои церковные реформы с папой.
Второй сын Марии Терезии, великий герцог Тосканский Леопольд, сначала шел по стопам матери, но затем начал действовать методами брата. Перенеся свою активность в сферу чисто религиозную, он избегал любых переговоров с Римом. Леопольд хотел провести коренные реформы в церкви через епархиальные синоды и утвердить их на Тосканском общенациональном синоде. Но из 18 епископов великого герцогства Тосканского взгляды Леопольда разделили лишь трое. Из-за оппозиции епископов Леопольд был вынужден отказаться от проведения национального синода и попытался провести реформы авторитарно, но затем отказался и от этого.
Во второй половине XVII в. в католицизме возникло учение мистической направленности — квиетизм (от лат. quietus — спокойный). В 1675 г. испанский священник М. де Молинос (1628—1696), живший в Риме, опубликовал сочинение «Духовный путеводитель», где доказывал, что христианское совершенство — это полный покой, пассивная созерцательность и отрешенность души при абсолютной внутренней преданности Богу. Молинос предлагал предаться божественной любви, призывал к мистическому созерцанию Бога, к отказу от любых действий и желаний, к абсолютному покою и принятию любой судьбы как Божьего дара. Он утверждал, что ни молитвы, ни таинства, ни добрые дела, ни даже соблюдение принципов христианской морали не имеют никакого значения. В 1687 г. Молинос был осужден на пожизненное заключение по обвинению в ереси и аморальности. Его учение было осуждено папой Иннокентием XI.
Во Франции аналогичные мистические идеи проповедовали барнабитский священник отец Лакомб и Жанна Гюйон (1648—1717), которая целью мистического опыта считала пассивное созерцание божественного света и чистой божественной любви. Архиепископ Камбрэ Ф. Фенелон после знакомства с Гюйон увлекся ее мистическим учением и написал несколько работ о своем понимании христианского совершенства, высшей степенью которого является чистая, немотивированная любовь. Под давлением Людовика XIV и такого авторитета французской церкви, как Боссюэ, в 1699 г. работы Фенелона были осуждены церковью, которая обвинила его в безразличии к загробному воздаянию. Фенелон подчинился Риму и оставил свои мистические увлечения. Лакомб и Гюйон были приговорены к 17 и 10 годам соответственно. Рассчитанный на элитарную аудиторию квиетизм широкого распространения не получил.