После решения послать с Балтики на Дальний Восток еще одну эскадру, структура флота Тихого океана была реорганизована. Эскадра, находящаяся в Порт-Артуре стала именоваться "1-я эскадра флота Тихого океана", а отряд крейсеров получил название "Отдельный отряд крейсеров 1-й эскадры флота Тихого океана". Наместник на Дальнем Востоке адмирал Алексеев учредил на эскадре Тихого океана находящейся в Порт-Артуре новые должности: начальника отряда броненосцев (контр-адмирал князь Ухтомский, ввиду ремонта "Пересвета" флаг перенесен на "Ослябя"), начальника отряда крейсеров (капитан 1 ранга Рейценштейн), и начальника минной обороны (контр-адмирал Лощинский).
18 апреля корабли Добротворского прибыли в Камранг-бей. Петербургу удалось согласовать 20 суточную стоянку Русских кораблей в Камранг-бей. Силами машиных команд миноносцев, пароходов и крейсера велись ремонтные работы на миноносцах состояние машин на которых, было крайне плачевное.
19 апреля была предпринята третья по счёту, и самая массовая попытка запереть ворота Порт-Артура, в ней должны были принять участие 10 японских судов, груженных камнем, при поддержке канонерок "Акаги" и "Чокаи", миноносцев 9-й, 14-й и 16-й отрядов миноносцев. По пути к Порт-Артуру на "Фузан-Мару" вышла из строя машина, после чего он был взят на буксир и уведён на базу. Другие суда блокирования продолжили свой путь к русской крепости. Но внезапный шквал южного ветра, вздыбив штормом море, превратил операцию в безнадёжное предприятие. Корабли и брандеры под мощным напором волн и ветра, стали терять друг друга из виду. Командующий отрядом блокирования Хейаси, оценив обстановку принял решение отказаться от выполнения операции и вернуться на базу, но поскольку некоторые суда уже скрылись в непроглядной темноте штормового моря, сигнал о возвращении смогли получить только 3 брандера: "Сибате-Мару", "Едо-Мару" и "Аикоку-Мару". Остальные 7, в сопровождении нескольких миноносцев поодиночке продолжали двигаться к намеченной цели. Около часа ночи с канонерской лодки "Гиляк" заметили японский миноносец. По нему моментально открыли огонь. Береговые батареи поддержали лодку через полторы минуты. Спустя несколько минут с "Гиляка" заметили ещё 5 миноносцев и огонь перенесли на них. После нескольких видимых попаданий на одном из миноносцев произошёл взрыв и он скрылся в облаках дыма и пара. Первым достиг намеченного пункта брандер N4 "Микава-Мару" под командованием лейтенанта Сосоя, около входа в гавань его встретил японский миноносец и сообщил ему, что поскольку он первый, брандер должен войти в проход на предельной скорости. Прибавив скорости, брандер пошел к проходу, но тут же в 1 ч. 45 мин. был замечен и освещён прожекторами с фортов, после чего крепость открыла по нему огонь. В 2 ч. 5 мин. брандер, блокировав собой левую сторону прохода, остановился у Тигрового полуострова, но вскоре был торпедирован катером с броненосца "Пересвет" (мичман Беклемишев), 18 оставшихся в живых спустились в шлюпку и ушли в море. За "Микава-Мару" в проход вошёл брандер N10 "Сакура-Мару" под командой лейтенанта Сираиси и направившись к левой стороне прохода был взорван экипажем рядом с "Микава-Мару". Минный катер с "Ретвизана" (мичман Алексеев), подойдя вплотную к одному из брандеров, выпустил с дистанции в полукабельтова в него торпеду, которая, почти выйдя из трубы, застряла своей хвостовой частью в аппарате, в результате, чего катер вышел из боя, поскольку маневрировать с торчащей из аппарата торпедой было опасно. Брандер N5 "Тотоми-Мару" под командой лейтенанта Хонда, был сильно повреждён, его машина и руль вышли из строя и поэтому он не смог двигаться дальше. Осознавая свою беспомощность, пароход был взорван недалеко от затопленного русского парохода "Хайлар", после чего оставшиеся в живых сошли в лодку и удалились к судам поддержки. После "Тотоми-Мару" в проход вошёл брандер N9 "Отари-Мару" под командой лейтенанта Номура. Сломав боновое заграждение, брандер подошёл к затонувшему русскому пароходу "Шилка" и после оставления парохода командой, "Отару-Мару" был взорван. В одно и тоже время с "Отару-Мару" в проход направился брандер N11 "Сагами-Мару" под командой лейтенанта Юаса и дойдя до потопленного русского парохода "Эдуард Барии", был торпедирован минным катером с броненосца "Победа" (прапорщик Добржанский), который взял часть его команды в плен. Брандер N12 "Аикоку-Мару" под командой лейтенанта Инузуки направился в середину прохода, но был торпедирован одним из русских минных катеров. Брандер N7 "Оми-Мару" под командой лейтенанта Такейнаги, получив большие повреждения, бросил якорь, не дойдя до прохода и был взорван экипажем. Последним брандером, который подошёл к проходу к гавани был N3 "Асагао-Мару". Но так как он подошел уже с рассветом, и все другие японские корабли были затоплены, то весь огонь крепости сосредоточился на этом пароходе, который, получив страшные повреждения и потеряв всякую возможность двигаться дальше экипаж, бежал на шлюпках. Пароход вскоре затонул. Ни один из затонувших пароходов не закрыл проход в море, из 158 бывших на брандерах, на борт миноносцев было поднято только 63. Командующий Хейаси, находясь на брандере "Сибате-Мару" подойдя к о. Янтао, решил с оставшимися судами продолжить операцию. Приблизившись к полуночи к Порт-Артуру, он обнаружил, что все японские пароходы исчезли в проходе. Подготовившись, он направился к намеченной цели, но когда до прохода оставалось несколько миль, на "Сибате-Мару" вышло из строя рулевое устройство и пока его пытались исправить, наступило утро и продолжение операции стало бессмысленным. Хейаси приказал поворачивать обратно. К 4 часам утра бой затих. А с рассветом стало видно, что часть экипажей брандеров пытается уйти на шлюпках. "Гиляк" моментально открыл огонь из пулемётов по уходящим шлюпкам, а береговые батареи открыли огонь по двум японским миноносцам, которые пытались поднять на борт уцелевших после ночной атаки. Накрытые артиллерийским огнем миноносцы немедленно отошли, не подобрав тех, кто был в шлюпках. Один из миноносцев загорелся и окутался клубами пара и вскоре скрылся в дыму. С мостиков затопленных брандеров, русские моряки сняли 30 японцев. Из японского официоза следует, что в ходе ночного боя тяжело поврежден миноносец N67. В него попало 3 снаряда, в результате чего он потерял ход, но японцам удалось его отбуксировать. На рассвете от артиллерийского огня получили повреждения "Хаябуса" и "Чидори". Два попадания получил так же миноносец "Аотака".
25 апреля минный катер "Авось" вышел на охоту из Порт-Артура. Катер был оснащен бензиновым двигателем системы Луцкого; его вооружение состояло из носового аппарата для метательных мин и двух бугельных торпедных аппаратов по бортам. Ночью он незаметно достиг Даляньваньского залива и укрылся в бухте Один (Дагушаньвань). В ночь на 27 апреля катер отправился на охоту в залив Керр. Однако вскоре неподалеку им был обнаружен японский миноносец. Рощаковский попытался незаметно проскочить мимо противника вдоль самого берега, но не рассчитал, и "Авось" сел на камни. Снять его с мели не удалось. В конце концов, катер пришлось взорвать, а команде — добираться до берега вплавь, и затем пешком до города Дальний. На следующий день лейтенант Рощаковский, получив команду встретить миноносцы Добротворского, на Китайской джонке ушел в Чифу, а оттуда с помощью дипломатов уехал Циндао, куда прибыл 5 мая.
21 апреля после получения первых сообщений о высадке японских войск на территорию Квантунского п-ова наместник Манчжурии адмирал Алексеев со своим штабом (93 чел.) выехал по ж/д в г.Ляоян. К южным островам группы Эллиот, возле г.Бицзыво, подошли японскиe транспорта с войсками 2 Армии генерала Оку, конвоируемые судами эскадры адмирала Того. Первый эшелон в 26 транспортов с войсками 1-й и 3-й дивизий подошел к Бицзыво. Началась массовая высадка японских войск на Ляодунский полуостров. 2-я японская армия, численностью около 35 тысяч человек при 216 орудиях под командованием генерал-лейтенанта барона Ясукаты Око приступила к высадке в порту Бицзыво, всего лишь в 65 километрах к северо-востоку от Порт-Артурской крепости. Первыми высадились моряки-десантники, которые приступили к постройке пристаней. После этого с транспортов высадились три пехотные дивизии и отдельная артиллерийская бригада. При малой воде шлюпки останавливались в 1 км от берега, откуда японская пехота шла почти по пояс в воде. На какое-то время японцам пришлось задержать высадку войск. Совершенно неожиданно для них на берегу оказался казачий разъезд 1-го Верхнеудинского полка забайкальцев. Неприятель не ожидал увидеть у Бицзыво русских. Сотня казаков-бурятов шла к берегу без боевого охранения, и потому японцам удалось окружить ее большими силами пехоты. Забайкальцам пришлось прорываться из вражеского кольца с боем.
22 апреля передовой отряд японцев захватил ст.Пуандян на ж/д Порт-Артур — Мукден. В это время через станцию проходил на север состав с наместником адмиралом Алексеевым и его штабом. Японцы обстреляли вагоны. В Бицзыво продолжилась высадка второй японской армии генерала Оку. Высадка, происходила в б.Ентоа и прикрывалась флотом. В десантной операции было задействовано в общей сложности 83 транспорта (из них в первом эшелоне 26), с которых в течении последующих 8 дней было высажено в общей сложности 50 тыс.человек (36 пехотных батальонов, 17 эскадронов, 216 орудй с прислугой). 24 апреля японский отряд занял ст.Порт-Адамс, перерезав телеграфную линию, соединявшую Порт-Артур с г.Мукден. Начавшийся шторм вынудил японцев прекратить высадку 2 Армии генерала Оку в Бицзыво. Японский диверсионный отряд вернулся в г.Бицзыво, повредив мост на ж/д Порт-Артур — Мукден в р-не ст.Пуандян. В полдень другой диверсионный отряд был послан с задачей разрушить ж/д путь между ст.Порт-Адамс и Саншилипу. Японские войска обстреляли русский поезд на ст.Пуандян, на следующий день взвод 4 Заамурского ж/д батальона восстановил разрушенный японцами ж/д мост в районе ст.Пуандян; по восстановленному пути прошел поезд с боеприпасами для Порт-Артура. Это оказался последний поезд. Пехотный отряд 2 Армии генерала Оку повредил телеграф и ж/д возле г.Ланкоу, в 4 милях севернее ст.Саншилипу. Производя разведку в окрестностях г.Дагушань, японские войска окружили сотню русских казаков. Казаки пробились из окружения к п.Слуен, потеряв 10 человек убитыми и 6 пленными, японцы потеряли одного солдата.
Продвигаясь на юг, армия барона Ясукаты Оку практически не встречала сопротивления противника и вскоре, 28 апреля, перерезала железную дорогу, которая связывала русскую крепость с КВЖД и Мукденом. Японские миноносцы высадили диверсионный десант в заливе Керр, который прервал телеграфную связь с Порт-Артуром. Части 2 Армии генерала Оку вновь заняли ж/д Порт-Артур — Мукден, окончательно отрезав Порт-Артур от Манчжурии. Началась осада Порт-Артура.
Японские броненосцы регулярно крейсировали на расстоянии 10 миль от крепости. Опасаясь, что такая активность противника может предвещать еще одну бомбардировку или попытку блокировать гавань, адмирал Витгефт приказал произвести, под прикрытием береговых батарей, постановку минных заграждений в 6-ти милях от берега. 1 мая минный заградитель "Амур" прикрываемый 6 миноносцами скрытно выставил 50 мин на путях движения блокадного дозора, в 10 милях от берега. При этом миноносцы "Скорый", "Сердитый", "Смелый" и "Стройный" обеспечивали траление импровизированными тралами Шульца. Высадку очредного японского десанта в бухте Керр встретил русский отряд численностью около 350 штыков. Огнем из винтовок и 2-х орудий десант вынудили вернуться обратно на корабли.
Май 1904 года оказался для японского флота крайне неудачным постигло множество неудач. 1 мая у м.Робинсон подорвался на мине и затонул авизо "Мияко". Вечером того же дня в ходе траления б.Керр подорвался на мине и затонул миноносец "48". Следующий день 2 мая 1904 года в военной истории Страны восходящего солнца был назван "Черным днем Японского флота". В ночь с 1-го на 2-е мая крейсер "Иосино" был протаранен броненосным крейсером "Кассуга" у м. Шаньдунь и затонул. "Кассуга" получил, в свою очередь, настолько серьезные повреждения, что его пришлось на буксире отвести в базу для длительного ремонта. На "Иосино" погибло 32 офицера и кондуктора и 287 нижних чинов. Этим неприятности у японцев не закончились.
Японский отряд, под флагом контр-адмирала Насиба, следуя от Эллиотов, блокадным дозором в 10 ч. 50 мин. напоролся на русскую минное заграждение. Эскадренный броненосец "Хацусе" подорвался на мине. Вслед за ним подорвался на двух минах и "Ясима". При попытке буксировки в 12.33 "Хацусе" подорвался на мине повторно и затонул в течении нескольких минут. При катастрофе погибло 36 офицеров и кондукторов, 445 нижних чинов и 12 вольнонаемных. Попытка русских минных сил, всеми наличными силами в 16 боеготовых истребителей в развитие успеха атаковать японские корабли, была сорвана огнем японцев. Русские повреждений не имели. По японским источникам были обстреляны из пушек и пулеметов шлюпки с спасавшимися. Эскадренный броненосец "Ясима" направился к Энкаунтер Рок, но так как вода прибывала, то в 17 ч. 41 мин. броненосец встал на якорь и вскоре затонул. Контр-Адмирал Насиба тем временем перешел на борт авизо "Тацута" и тем же вечером продемонстрировал свою феноменальную невезучесть, так как у юго -восточного берега о.Канглу "Тацута" вылетел на камни. 4 мая канонерская лодка "Акаги" протаранила канонерскую лодку "Осима", которая вскоре затонула, а близ Порт-Артура подорвался на русской мине и пошел на дно истребитель "Акацуки", погибло 23 человека.
Рсские в ходе активной минной войны у Порт-Артура добились существенного успеха. Главными героями той войны стали минный заградитель "Амур" и его славный командир капитан 2-го ранга Иванов, пустившие на дно два вражеских эскадренных броненосца. Командир "Амура" стал одним из героев русско-японской войны. Он был награжден орденом Святого Георгия 4-й степени и Золотым оружием с надписью "За храбрость".
Опасность, которую несли в себе минные заградительные постановки Тихоокеанской эскадры, вынудили командующего японским Соединенным флотом на какое-то время снизить свою активность при ведении бомбардировок Порт-Артура с моря.
3-го мая русский отряд генерала Зыкова, выдвинутый от главных сил армии на 150 верст, был отозван назад ранее, прежде чeм, выяснил размеры высадки японцев. На южном фронте, когда авангарды японцев показались на дорогах к пп.Саншилипу и Игядянь и обнаружилось намерение противника атаковать Цзиньчжоускую позицию, генерал-майор Фок, по предложению командующего Квантунским укрепрайоном генерала Стесселя, предпринял усиленную рекогносцировку для выяснения численности непpиятеля. После встречного боя с частями 2-й армии генерала Оку в районе деревни Шисалитеза — Чифаньтань, русские отряды генерала Надеина и подполковника Мачабели по приказу командира 4 Восточно-Сибирской стрелковой дивизии генерал-майора Фока отошли к Цзиньчжоу. В бою японцы потеряли убитыми 171 человек, русские 188 человек.
