Наруто и Ли скрываются в одном из захваченных убежишь Орочимару. Кабуто, переметнувшийся на их сторону, берется за Ли, лишившегося почти всех внутренних органов. В тело чудом выжившего здоровяка пересаживаются новые Черви.

Из разговора между блондином и Кабуто выясняется, что эти организмы являются секретной военной разработкой одного из ученых, принадлежащего к неизвестной организации. Черви являются паразитическим организмами, открывающими в теле носителя пространственную дыру в другие измерения. Благодаря этому Рок Ли смог обрести свою жуткую силу — его аномальная выносливость и воля к жизни смогли адоптировать бьющую из-за грани энергию для поддержания тела в пике боевого состояния. Однако это имело и негативные последствия — Черви быстро размножались в теле носителя, и из-за этого Ли требовалось постоянно травиться различными ядами, чтобы держать количество паразитов на определенном уровне. Таким образом объясняется безумие и ядовитая кровь отступника.

Тем временем Коноха и полуразрушенная Суна обнаруживают отряды, которые должны были прийти на помощь во время нападения Наруто и Ли. Несколько сотен истерханных тел, в числе которых оказываются напарники Шикамару, выложены странным рисунком, напоминающим печать призыва. Находящиеся в подавленном состоянии силы двух деревень отправляются за стены суны, чтобы залечить раны. Неизвестная фигура выныривает из-под песка и, задержав взгляд на телах, исчезает в пространственной вспышке, и ее замечает находящийся в отдалении отряд Девяти Копий. Бойцы злятся и переносятся в неизвестность вместе со своим раненным лидером.

Темари, находящаяся в критическом состоянии, лежит в лазарете Песка. Цунаде, сама лишившаяся львиной доли сил и чакры, борется за жизнь девушки. Шикамару, находящийся у койки своей любви, молится всем известным богам, но по прошествии нескольких часов Темари умирает. Потерявший друзей и девушку, Нара клянется отомстить Року Ли.

Тем временем власть в Конохе захватывает Данзо. Став Шестым Хокаге, глава корня в несвойственной ему манере заключает военные соглашения со всеми кланами и деревнями, которые могут оказать помощь в войне. Прибывшие в Коноху Омега и Кимура встречаются с новым главой деревни. Происходит разговор, в которым выясняется суть таинственного плана "Истребление" — убийство всех потомков последователей древних богов (типа Морё). Вырезанные деревни и тысячи убитых породили напряжение между шиноби, пришедшими к этому странному соглашению, и главами государств. Омега объясняет Данхо свою цель, но тот отказывает ей в помощи при поиске пропавшего приемыша. Кимура угрожает Данзо, и тот, узнав этого человека, усмехается, сказав, что жизнь стариков подходит к концу. Омега и Такугава остаются в деревне, чтобы отдохнуть после путешествия.

Юрия и армия слуг Гун-кара пересекают Великую пустыню. Их путь длится уже больше года, но изможденные воины не потеряли ни одного человека, с фанатичной преданностью смотря в сторону горизонта. Туда, где лежат Пять Великих стран.

Обито отправляется на встречу с Проклятыми кланами — последователями учений Павших богов, избежавших гибели от Истребления Разрозненные кланы слабы и малочисленны, но глава Акацуки делает на них ставку в надвигающейся буре. Лидеры кланов и Обито договариваются совершить нападения на гробницы и темницы своих хозяев, чтобы выпустить Павших в мир и заручиться их поддержкой. Кто-то замечает, что один из сильнейших проклятых кланов сумел затеряться среди шиноби и не спешит помочь собратьям. Поняв, о ком идет речь, Обито берет это дело на себя.

Тем временем в убежище Корня Девять копий и бойцы Анбу тщетно пытаются усмирить гнев выздоровевшего Йомея. Тот стремится наплевать на план Отца и стереть угрозу в лице обретшего демоническую мощь Наруто Узумаки. Появившийся друг и наставник молодых людей Зеттон — глава ударного отряда Корня, втайне от Данзо соглашается помочь Йомею.

Наруто, освоившись со своей новой силой, решает избавиться от Ли. Тот, по его мнению, оказался слишком непредсказуемым, и несет в себе угрозу его планам. Завязывается бой, в ходе которого Ли, раненный и не оправившийся от боя с Иго-Огой, бежит, прихватив с собой Кусанаги и свой набор наркотиков. Наруто самоуверенно решает начать свой поход по уничтожению Пяти стран. Зная о надвигающемся ритуале обновления печати на темнице Морё, преступник отправляется в страну Демонов, уничтожив Кабуто и всю базу.

Прибыв в Страну Демонов, Наруто создает тысячи клонов и вместе с ними начинает опустошать небольшой край. Немногочисленные войска не могут даже приблизится к врагу, и в считанные часы отступник достигает столицы, где ему навстречу выходит сама Верховная Жрица Шион. Провозгласив этот момент началом новой эры, Наруто пытается убить Шион, но кулон надежно защищает ее. Разгневанный шиноби использует все доступные средства, чтобы уничтожить эту преграду, но даже демоническая йокай не может справиться с силой кулона. Шион предлагает отступнику заключить сделку — взамен своей жизни и печати от темницы Морё, Наруто должен пообещать не уничтожать эту страну и защитить ее во время нападений, которые по предсказаниям жрицы должны произойти в скором будущем. Заинтересованный непонятной силой кулона, которую не может прочесть даже его техника, Наруто соглашается, намереваясь предать наивную правительницу.

Позже из размышлений Шион выясняется причина настолько опрометчивого решения — ее семья некогда являлась одним из Проклятых кланов, но предала своего Бога, заточив его на долгие века. Однако без подпитки силой от Морё сила жриц слабела от поколения к поколению, и Шион уже не уверена, что ее наследница сможет совладать с безумным божеством. Именно поэтому девушка решается заручиться поддержкой Наруто — тот, имея огромную демоническую мощь, может полностью уничтожить заточенного Бога и прекратить цикл запечатываний. Именно с силой Морё, которая не является чакрой, связаны пророческие способности Шион и сила ее кулона. Из-за того, что сила Павшего не имеет ничего общего с чакрой, Наруто не может прочесть защитную технику кулона.

Тем временем Шикамару вместе с другими шиноби, участвовавшими в битве под Суной, возвращается в Коноху. Молодой человек подавлен и находится на грани отчаяния, потому как понимает, что для победы над Ли ему не хватит даже гениального ума — нужна сила. Из откровенного разговора с отцом Шикамару выясняет, что существует способ использовать техники их клана с помощью иной силы, отличной от чакры, но Шикаку всячески отговаривает сына от этого пути. Становится очевидно, что клан Нара также был одним из Проклятых семейств, но они предпочли отречься от своего Бога, чтобы жить в мире.

Шикамару встречается с Омегой и Кимурой. После быстрого знакомства, жена Третьего Раикаге понимает, что перед ней полезный союзник и предлагает вместе начать охоту на отступников. Зная о славе, витающей вокруг двух знаменитых шиноби, Шикамару соглашается, и отряд из трех человек покидает Коноху.

Тем временем Ли находится на грани между окончательной потерей рассудка и смертью от пожирающих его Червей. Даже его навыков медика не хватает, чтобы вернуть тело в нормальное состояние. Начавшиеся галлюцинации и голос его умершей матери ведет его все глубже во тьму. Уничтожая все на своем пути, Ли направляется в единственное место, имеющее для него какой-то смысл — в ненавистную ему Коноху, чтобы найти ответы на свои вопросы.

Наруто успешно отражает редкие нападения наемников и бойцов Павших кланов. Шион не спешит начать ритуал и вместо этого пытается найти способ изменить судьбу Наруто. Но разговоры и просьбы разбиваются о стену жгучей ненависти ко всему живому, которая живет в шиноби и с которой тот еще не до конца освоился. Проходит несколько месяцев, прежде чем Шион решается отправиться к темнице Морё. Во время одного особенно крупного нападения на жрицу, в результате которого Наруто с огромным трудом уничтожает лидера одного из Проклятых кланов — человека, способного управлять временным потоком, Шион оказывается заперта внутри собственного сознания. Наруто понимает, что является единственным, кто может пробиться к ее разуму, но кулон надежно защищает тело жрицы от любого, кто имеет злой умысел по отношению к девушке. Потерявшие надежду люди Шион покидают ее, и Наруто решает самостоятельно доставить жрицу к месту запечатывания, не задумываясь о мотиве своих поступков.

Во время похода, оставшись наедине с бессознательной девушкой, Узумаки снова задумывается о смысле своего существования. Обладая почти бесконечным запасом чакры, он, по большому счету, является едва ли не самым сильным шиноби в мире. Сделанное после битвы с Йомеем решение разрушить весь мир, теперь, после всего произошедшего, становится для Наруто большим вопросом. Он чувствует, что ненависть поглощает его существо, но Узумаки не желает превращаться в безмозглое животное. Из воспоминаний о разговоре с Шион узнается, что жрица предлагала парню остаться в ее стране и обрести то, чего никогда не было у отступника — покой. Мысли о мирной жизни в сознании Наруто конфликтуют со злобой, которой бурлит его чакра. Блондин впервые за свою жизнь задумывается о последствиях своих преступлений.

Ли вторгается в храм Огня. Убив всех послушников и почти разрушив здание, он требует у главного жреца всю медицинскую помощь, которую храм способен оказать. В это время боевая группа Корня нападет на Рока. После короткого сражения Ли понимает, что не способен справиться с сотней шиноби в своем плачевном состоянии и пытается бежать. Его ловит Зеттон и отправляет пленника на тайную базу Корня.

Очнувшись, Ли обнаруживает себя на операционном столе с содранной кожей и выпотрошенным животом. Черви поддерживаю в нем жизнь, и обезумевший от боли Ли снова начинает видеть призрак матери, обвиняющей его в своей смерти. Приходит Данзо, и Шестой рассказывает Року, что тот является единственным выжившим экспериментом по выведению нового вида шиноби. Оказывается, организация, создавшая Червей, занималась созданием искусственного человека с повышенным порогом боли, выносливостью и силой. Результатом должны были стать сверхшиноби, но на деле получился Ли — не владеющий чакрой человек, способный вынести практически все нагрузки на тело. Корень уничтожил все результаты исследований, но глава лаборатории, из чьего генетического материала и получился Ли, успел спрятать младенца и его суррогатную мать от глаз шиноби. Несколько лет спустя Джираи обнаружили пропавших и уничтожили дом Ли и его мать. Однако мягкотелость саннина не позволила ему убить ребенка и тот с разрешения Третьего был оставлен в Конохе.

Став носителем Червя, Ли стал единственным подтверждением определенного успеха эксперимента. Данзо собирается создать армию таких же шиноби, которые смогут контролировать силу Червей, и для этого ему требуется Ли в качестве исходного материала. Уходя, Данзо рассказывает Року, что его мать пыталась бросить сына и бежать, но не успела. Ли теряет остатки разума и, разрушив лабораторию, бежит с базы Корня, потеряв все связи со своей человеческой природой.

Наруто и Шион прибывают к месту запечатывания Морё. На них нападают Акацуки и члены Проклятых кланов. В решающий момент Наруто встает перед выбором: бросить Шион, освободив Морё и спася свою жизнь, либо попытаться защитить жрицу и уничтожить Павшего. За сражением наблюдает Йомей, разведчик армии Страны Весны и отряд Омеги. В самую последнюю секунду Наруто решает попытаться вновь стать человеком и, уже лишенный прямого злого умысла, помогает Шион очнуться. Наруто с помощью клонов задерживает врагов, и вместе с Шион уничтожает Морё. Обито в гневе хочет добить изможденного отступника, но его останавливает Зетсу, заметивший наблюдателей. Акацуки ретируются вместе с Проклятыми кланами. Наруто просит Шион помочь ему вновь стать человеком.

Йомей докладывает отцу о действиях Наруто. Тот решает подождать, пока остальные Копья освоятся со своей новой силой, и уже тогда захватить Узумаки.

Ли оказывается в Великой пустыне, куда без оглядки бежал несколько дней. Там его находят разведчики армии Гун-кара и ведут потерявшего сознание человека без кожи к Юрии.

Йосу приглашает королеву Юкиэ провести смотр армии. Десятки тысяч воинов, напичканные аппаратами профессора Икисаги готовы и ждут приказов. Юкиэ приказывает Йосу начать захват стран-соседей, но так, чтобы ни одной вести об этом не просочилось в другие края.

Омега, Кимура и Шикамару встречаются с братьями Учиха. Те выжили после схватки с Наруто, но остались покалеченными. Жажда возмездия заставляет их присоединиться к Омеге, которая решает в первую очередь отправиться на поиски Рока Ли.

Юрия понимает, что до Пяти Великих стран всего несколько дней пути, но медлит так как чувствует, что вдали от Императора их сила слабеет. Встретив Ли, девушка решает, что в Пяти странах царит жестокое рабство и принимает решение освободить всех невольников как можно скорее. Вторжение начинается.

Проходит три неспокойных года. Четвертая Мировая война шиноби началась, и в ней выделились несколько основных противоборствующих сторон: Альянс шиноби под предводительством Шестого Хокаге Данзо, Акацуки с армией из сотен отступников и Проклятых кланов, могущественное королевство Весны, в кратчайшие сроки завоевавшее обширные территории и располагающее огромной армией, а также передовые отряды армии вторжения Империи Гун-кара.

За эти три года Наруто находит в себе силы обрести покой вместе с Шион. Он остается главной причиной того, что страна демонов практически не участвует в горниле войны. Между Наруто, пытающимся научиться спокойствию, и Шион существует сильная связь. Наруто задумывается над тем, чтобы сбежать вместе со своей любовью куда-нибудь, где их не достанут враги.

Шион в одном из своих видений снова видит Отца. В этот раз таинственный старик дает Йомею разрешение на убийство Узумаки. Обеспокоенная за Наруто, Шион пытается найти способ скрыть отступника. Об этом узнает сам Наруто, и убеждает девушку в том, что не нуждается в защите. Скрепя сердце Шион соглашается, надеясь на невероятную силу парня. В конце разговора Шион говорит Наруто о своей беременности.

Ли, потерявший все свои силы и лишенный разума, живет у Юрии. Та ухаживает за инвалидом, одновременно руководя вторжением. Силы Императора быстро продвигаются к береговой линии, сметая с пути любого противника. Передовые отряды докладывают об источнике огромной силы в нескольких километрах от ставки командира. Юрия отправляет брата и сестру на разведку.

Чия и Ичио сталкиваются с Наруто. Превратившись в демонов, они нападают на отступника, но встречают достойный отпор, которого ранее не знали. Сила блондина оказывается равной их командной работе. Сам блондин шокировано пытается понять, откуда взялись два незнакомца с силой, равной настоящим биджу. Все заканчивается тем, что брат и сестра решают сбежать, а не продолжать бой с опасным противником.