Риксдаг, созванный в 1563 г. для рассмотрения дела Юхана открылся 1 июня, а 7 июня был произнесён приговор над герцогом. Он был сформулирован в следующих словах: за нарушение присяги и конституции, за заключение в тюрьму уполномоченных короля, за сношения с Данией и Польшей, направленные против отечества, и, наконец, за упорный отказ явиться к королю — за все эти преступления герцог Юхан по законам Швеции лишается жизни, имущества и наследственных прав на шведскую корону.

До приведения приговора в исполнение Эрик XIV ещё раз обратился к Юхану и предлагал ему полное примирение на следующих условиях: чтобы при Юхане постоянно находились советники назначаемые королём, чтобы он не вмешивался ни в какие дела государства, не удалялся без разрешения короля из своего герцогства, даже в Швецию, отказался от права чеканить свою монету и освободил всех пленников. Право наследовать шведский трон он должен был, наконец, уступить своим младшим братьям Карлу и Магнусу; только после их смерти право на престол переходило к нему.

Как и ожидалось, Юхан отказался принять эти условия; жребий был брошен, началась междоусобная борьба двух братьев, война Финляндии и Швеции. Она застала Юхана совершенно неподготовленным и сосредоточилась около города Або — тогдашней столицы Финляндии. Осада Або началась в первых числах июля. Первый штурм был отбит, но вскоре в войсках Юхана начался ропот; многие отказывались биться с королевскими войсками, толпами дезертировали и даже угрожали выдать герцога королю. При таких обстоятельствах Юхан не решился продолжить борьбу и 12 августа сдал город. Угроза распада Шведского королевства была ликвидирована, но внутренние неурядицы негативно сказались на ситуации на фронтах.

В начале 1563 г. шведы из Смоланда сделали вторжение в Сконе. В марте они в третий раз принялись осаждать пограничную с Норвегией крепость Бохус, но и на этот раз не смогли взять её: своевременное прибытие свежих сил спасло крепость, и шведы должны были отступить. Летом датский военачальник Даниель Рантцау победоносно прошёл чрез Вестергётланд, нигде не встречая серьёзного сопротивления — большая часть шведских войск в то время находилась в Финляндии; а командующий шведскими силами генерал Шарль де Морне попал в плен. Ответная попытка шведов штурмом занять Хальмстад также не удалась.

Резко ухудшилась для шведов обстановка и на восточном фронте. Война с Данией вынудила Стокгольм сократить численность своих войск в Ливонии до минимума, по мере возможностей стараясь заменить "чистые" шведские части на отряды наёмников из местных жителей, благо длительная война, приведшая к массовому разорению как крестьян, так и дворян, способствовала росту численности соответствующего контингента. Таким образом, к 1563 г. собственно шведские солдаты находились только в гарнизоне Ревеля. Защита остальных крепостей была возложена на наёмников, что имело для Швеции в скором времени самые печальные последствия. Местные и европейские ландскнехты и гофлейты (ливонская кавалерия из разорившихся дворян), не уступая шведам в боеспособности, в то же время готовы были сражаться за своего нанимателя только за деньги и прочие материальные блага, а вот с ними как раз были большие проблемы. Королевская казна была пуста, а жалование бойцам задерживали по несколько месяцев. Пока у наёмников была возможность заниматься "самообеспечением" (проще говоря, грабежом) это не было критично (хотя и подрывало дисциплину, приводя к бунтам среди наёмных войск), но к концу 1562 г. русские создали довольно сильную "завесу" вокруг шведских владений, окончательно вынудив неприятеля перейти на фуражировку только за счёт населения подконтрольных районов. И уже очень скоро они проявили себя так, что для местных жителей все "ужасы московитского нашествия" померкли перед деятельностью распоясавшихся "защитников". По всей Эстляндии заполыхали крестьянские мятежи, вынудив военных запереться в крепостях и замках, выходить из которых они решались только крупными отрядами (одиночные солдаты и небольшие группы сильно рисковали закончить свой земной путь от рук "черни"). В этих условиях среди гофлейтов начались "нестроения", пошли разговоры о смене нанимателя, причём в качестве главного варианта рассматривалась кандидатура русского царя, которому предполагалось сдать находящиеся в руках наёмников крепости, в обмен на выплату задерживаемого шведами жалования.

Этой ситуацией просто не могли не воспользоваться в Москве, где царь ещё летом 1562 г. отдал распоряжение своим представителям начать массовую вербовку ливонцев на русскую службу. Одновременно с этим стал готовиться на следующий год новый поход на Ревель, поскольку обстановка на южной границе изменилась в пользу русских.

Неудачный (по сравнению с предыдущим 1561 годом) поход крымцев и отсутствие у престарелого султана Сулеймана желания идти на конфронтацию с Русским государством, подрывало позиции "партии войны" при дворе крымского хана. Естественно, что в этих условиях вес "русской" партии и её влияние на политику ханства возрастали. Одним словом, после возвращения хана из похода наметилось очередное потепление русско-крымских отношений. Более того, в 1563 г. хан даже отказался от предлагавшегося ему нового похода на "московского". Кроме того, Иван IV занял более гибкую позицию, согласившись на выплату "Магмет-Киреевых поминок", частично удовлетворив ханские запросы. Также, по приказу царя, в 1562 г. был срыт чрезвычайно беспокоивший крымцев Псельский городок. Таким образом возникли надежды на мирный договор с Крымом, и в Бахчисарай выехало русское посольство во главе с Афанасием Фёдоровичем Нагим. Впрочем, надежды, как показало время, оказались беспочвенны. Хотя сам Девлет Герай вроде бы хотел наладить отношения с Россией, но при этом выдвигал такие условия (от возвращения татарам Астрахани и Казани, и до увеличения размеров "поминок"), которые русская сторона просто не могла принять. Положение осложняло и взаимное недоверие, которое стороны испытывали друг к другу. Даже при достижении согласия по тому или иному вопросу, как заявлял сам Девлет Герай: "Государь де ваш не верит мне, а яз де не верю государю Вашему". Тем не менее, ведшиеся переговоры достигли такого важного результата, как обеспечение относительного мира на южных рубежах в 1563 г., благодаря которому русские наконец-то смогли сосредоточиться на северо-западном фронте.

Подготовка к новому походу на Ревель шла со всем тщанием. О его важности говорил хотя бы тот факт, что возглавил готовящуюся операцию лично царь. Начиная с сентября 1562 г. развернулась активная деятельность по сбору сил, и спустя два месяца, 30 ноября, основная группировка русских войск во главе с Иваном IV выступила из Москвы в сторону Новгорода, где объединившись с тамошними силами, должна была двинуться в сторону Ревеля.

Одновременно с наступлением на суше, планировалось развернуть боевые действия и на море. Не смотря на уничтожение шведами русских кораблей в Нарве, царь не отказался от мысли создать собственные военно-морские силы. Только вместо строительства своего флота, главным направлением деятельности стало привлечение на службу иностранных капитанов, желательно с их кораблями и экипажами. Подобное делалось и раньше, когда для охраны торговых трасс русские подчас нанимали целые эскадры (например, англичан). Теперь эту практику было решено развить. В 1562 г. датскому королю было отправлено послание с просьбой предоставить капитанов и прочих специалистов морского дела для службы русскому царю. Нуждавшийся в союзе с Русским государством Фредерик II не мог отказать Ивану IV в этой просьбе, и порекомендовал царю "королевского корсара" Карстена Роде

Датчанин получил официальное звание "царского морского атамана" и каперский патент, наделявший его полномочиями вести военные действия на море от имени России, а воеводам и приказным людям было дано указание: "...того атамана Карстена Роде и его скиперов товарищей и помощников в наши пристанища на море и на земле в береженьи и чести держать, запасу или что им надобно, как торг подымет, продать и не обидеть". По условиям договора, Роде должен был передавать царю каждое третье захваченное им судно и по лучшей пушке с двух остальных. Кроме того, в государственную казну должна была поступать и "десятая деньга" от продажи всех захваченных товаров.

Прибыв в 1562 г. в город Аренсбург на острове Эзель, Роде оснастив и вооружив дюжиной пушек небольшое одномачтовое судно и, набрав команду из 35 человек, в июне 1563 г. вышел в море. Вскоре, возле острова Борнхольм, они взяли на абордаж одномачтовый буер, шедший с грузом соли и сельдей. Захваченный буер вооружили, и часть команды пинки под началом Роде перешла на него, саму же пинку он поручил команде одного из своих лейтенантов.

Сбыв добычу на Борнхольме Роде снова вышел в море, уже на двух судах. Буер и пинка разошлись в разные стороны в поисках добычи, и, когда через восемь дней они вновь встретились в порту Борнхольма, каждый из капитанов привел по захваченному судну. Пинка захватила еще один буер с грузом ржи и отборных дубовых досок, а буер под командой Роде конвоировал взятый на абордаж большой корабль водоизмещением 160 тонн.

Здесь же, на Борнхольме, Роде прикупил у одного любекского купца восемь пушек и вооружил ими захваченный корабль, ставший флагманом его флотилии. Там же корсар принял на службу десяток датчан. Власти острова, бывшего в то время местом стоянки многих пиратских судов — этакой "балтийской Тортугой", встречали гостей, подобных Роде, всегда радушно, а датский адмирал, командовавший флотилией, базировавшейся на Борнхольме, считал "корсаров царя Ивана" союзниками и даже снабжал их лоциями и картами.

Флотилия Роде постепенно усиливалась, и к сентябрю под его командой — уже шесть вооруженных судов с полностью укомплектованными экипажами. Дерзость корсара, стремительный рост его сил уже не на шутку беспокоили шведскую корону. Против "московитских пиратов" повели настоящую охоту, пытаясь загнать их в ловушку и уничтожить. Однажды шведы настигли флотилию Роде и сумели потопить несколько его судов, но "московиты" прорвались к Копенгагену и укрылись в его порту под защитой пушек короля Дании. В течение первого месяца Карстену Роде удалось захватить еще 13 кораблей.

Успехи Роде вдохновили русское правительство на расширение практики каперства, и русским посольским чиновникам и купцам, торгующим за границей, было дано задание — искать подходящих людей, которые согласились бы действовать на Балтике в русских интересах. Базой для них был сделан Пернау, опираясь на который каперы должны были: "Силой врагов взять, а их корабли огнем и мечом сыскать, зацеплять и истреблять, согласно нашего величества грамоты...".

Желающие очень скоро нашлись. Охваченная войной Балтика плодила всевозможных "джентельменов удачи" в огромном количестве, и многие из них были не против обрести покровителя в лице могущественного русского монарха. Английские, немецкие и даже польские капитаны поступали на службу, и получив соотвествующий патент, отправлялись в море охотиться на шведские, а также померанские и данцигские суда (купцы последних двух регионов, не смотря на войну, продолжали вести активную торговлю со Швецией, поставляя ей необходимые припасы).

Тем временем, в первых числах января 1563 г. передовые отряды 30-тысячной русской армии достигла Дерпта. Появление столь крупных сил вызвало панику в Эстляндии. Давно не получавшие жалования отряды наёмников вступили в переговоры с русскими представителями, обещая передать вверенные им крепости, а в Ревеле 7 января вспыхнул мятеж гофлейтов под командованием Каспара фон Ольденбока, которые арестовав шведского губернатора Хенрика Классона Горна, разоружили шведский гарнизон и заняв городской замок объявили, что вынуждены действовать подобным образом только по причине долговременной задержки с выплатой положенного жалования, которое, не смотря на все предыдущие просьбы так и не было прислано. И как только они получат искомое, то немедленно покинут замок. С этой целью с Горном ими был заключен договор, по которому тот передавал Ольденбоку управление замком, а в ответ последний отпускал Горна со шведскими ландскнехтами в город.

12 января к командирам гофлейтов находившихся в области Вик прибыли посланцы из Дерпта, чтобы от имени русского царя сговориться с гофлейтами на счёт замков Гапсаля и Лоде. После почти двухнедельных переговоров, 25 января эти замки были переданы гофлейтами русским, которые обещали заплатить им всё остальное жалованье.

31 января русские войска подошли к Ревелю, и стали окапываться. 3-4 февраля против городских стен начали сооружать осадные укрепления и устанавливать орудия. 4 февраля русскими войсками была предпринята первая попытка штурма. Стрельцам удалось захватить часть стены, но они были выбиты оттуда, потеряв около 30 человек. В этот же день производился первый крупномасштабный артиллерийский обстрел города, который длился до вечера. После этого обстрела осажденные начали переговоры, чтобы затянуть время и, избавив город от обстрела, дождаться помощи от шведов. Переговоры велись в течение 4-7 февраля. Так как Горном не были оговорены условия, чтобы на время переговоров были приостановлены осадные работы, русские войска воспользовались этим и в ночь с 5 на 6 февраля установили осадные орудия у самых стен города. Вечером 7 февраля к Ревелю подошла русская тяжёлая артиллерия и Иван IV на переговорах потребовал безоговорочной капитуляции. На что Горн ответил категорическим отказом, и 8 февраля переговоры были окончательно сорваны.

Но неожиданный удар ожидал ревельцев со стороны гофлейтов. Каспар фон Ольденбок давно тяготился службой шведам и был готов "сменить флаг", ведя переговоры на этот счёт с русскими. Ночью с 8 по 9 февраля он впустил в замок 200 русских стрельцов, перейдя со своими людьми на службу царю. Это привело к деморализации ревельцев, которые лишившись своей главной твердыни, открыто заговорили о сдаче города Ивану IV. Горн пытался уговорить горожан на продолжение сопротивления, обещая скорую поддержку Эрика XIV, но пришедшие известия о вспыхнувшем конфликте между королём и его братом, сделали надежды на шведскую помощь призрачными. Вечером того же дня депутация городского магистрата появилась в царской ставке, начав переговоры об условиях капитуляции. Попытки шведского губернатора, засевшего в городском Соборе, противодействовать им не увенчались успехом, и 10 февраля ревельское ополчение открыло ворота, впуская русские войска в город. Горн, с немногими оставшимися у него людьми, ещё два дня отказывался признать сдачу города, но утром 12 февраля, получив от царя гарантии неприкосновенности для себя и своих людей, покинул Собор и со знамёнами и оружием погрузившись на корабли отбыл в Швецию.

Захват Ревеля по сути ставил точку в претензиях русских. И хотя сам царь был настроен на продолжении военных действий, предполагая вторжение в Финляндию, но Дума высказалась резко против. Вместо этого бояре предложили воспользоваться рознью между королём и его братом, с целью достичь поставленных целей дипломатическими методами. Царь нехотя был вынужден уступить. В Стокгольм был отправлен посланник, который должен был передать Эрику XIV предложение Ивана IV о прекращении войны и заключении мира на условиях полного отказа со стороны шведов от претензий на Эстляндию и признания русско-шведской границы в Финляндии согласно Ореховского мирного договора 1323 г.