В результате, все княжеские вотчины, приобретенные "иногородцами" путем покупки или с приданным "после" великого князя Василия III в период 1533-1547 гг., отчуждались в казну за известную компенсацию по усмотрению правительства. Пересмотру не подлежали лишь сделки на княжеские и прочие вотчины, заключенные в 1548-1562 гг. Причиной исключения были земельные мероприятия, проведенные правительством в 1548 году в связи упорядочением военно-служилой системы землевладения и проверкой владельческих прав на земли. Результаты "землемерия" 1548 года не подвергались пересмотру: закон о конфискации не распространялся на 1548-1562 гг., и вся практика этого периода признавалась законной. Кроме того, хотя формально Уложение 1562 года не содержало специального пункта о церковном землевладении, но по существу оно ограничивало возможности дальнейшего роста земельных богатств монастырей, поскольку запрещалось отписывать вотчины монастырям.

Принятие Уложения вызвало массовое недовольство в среде родовой аристократии. Первыми запротестовали владельцы удельных княжеств, располагавшие внушительными силами и достаточно независимыми в своих поступках. Что вынудило царя пойти на крутые меры, с целью недопущения вооруженного выступления оппозиции. Еще в июле 1561 года был "поиман" князь Василий Глинский, признавшийся на следствии в своем намерении "отъехать" в Литву. Впрочем, с ним обошлись довольно мягко. После "покаяния" он был отпущен и вернулся на службу. Куда более жёстко обошлись с Иваном Бельским. В начале 1562 года он был взят под стражу, как раз в тот момент, когда Дума обсуждала Уложение о вотчинах, имевшее целью ограничить княжеское землевладение. В течение трёх месяцев Бельского содержали под надзором на Угрешском дворе в Москве. Все его имущество и двор были опечатаны, удельное княжество отобрано в казну. В ходе следствия Бельский был изобличен в заговоре и как повинный в государственной измене должен был предстать перед судом. Но Дума, церковное руководство и вся "земля" выступили против суда, выдвинув "поручителей" за его верность, вынудив царя 29 марта 1562 года освободить Бельского из-под стражи.

Летом 1562 года был получен донос от дьяка старицкого князя Савлука Ивана, "что княгиня Ефросинья и сын ее князь Владимир многие неправды царю и великому князю чинят (т. е. подбивают недовольную знать на выступление против царя. — Авт.) и того для содержат его скована в тюрьме". Царь приказал доставить к себе Савлука, и "по его слову" были проведены "многие сыски", которые подтвердили справедливость обвинений. Владимир Старицкий и его мать Ефросиния Старицкая предстали перед судом и были признаны виновными. Старицкий удел был конфискован в казну (позднее, часть его вернули Владимиру), княгиня Ефросиния была пострижена в монахини (впрочем, ее содержание в монастыре было весьма обеспеченным — последовавшие за ней слуги получили несколько тысяч четвертей земли в окрестностях монастыря, а сама княгиня организовала в Воскресенской обители мастерскую по вышивке).

Пострадали даже люди лично преданные царю. Так, после конфискации выморочной трети Новосильско-Одоевского удельного княжества "погрубил царю" один из наследников удела — Михаил Воротынский, за что на него и его брата Александра была наложена царская опала, а "вотчину их Новосиль и Одоев и Перемышль и в Воротынку их доли велел взять на себя".

Другим важным следствием войн со Швецией и Ливонией стала военная реформа. Война выявила целый ряд недостатков русской армии, исправление которых стало немаловажной задачей правительства. В первую очередь, главным бичом оставалось местничество. Не смотря на официальный запрет на местнические счета во время боевых действий, воеводы им всячески пренебрегали и вовсю спорили меж собой из-за "мест". Попытки силой заставить их отказаться от этого не имели большого успеха. И тогда возобладала идея создания особого (опричного) войска, которое стояло бы вне исконной иерархии русской знати, и где царь мог бы по своему усмотрению назначать и смещать военачальников. Первым шагом на пути к такому войску стала организацию двух рейтарских полков из ливонских "немцев", которые подчинялись непосредственно царю (минуя Думу). Опыт оказался удачным — постоянные рейтарские полки оказались более боеспособны чем поместная конница, хотя требовали от казны значительно больших затрат. Результатом стало решение расширить эту практику. Весной 1563 года по всей стране были разосланы грамоты о наборе на службу беспоместных детей боярских, которым предписывалось быть на "ратной службе" в Москве на постоянном государевом жаловании. При этом запрещалось "писать в службу" тех из них, "за которыми поместья есть". Как и рейтары они должны были служить только за государево денежное жалование, и только спустя пять лет службы получали от казны собственное поместье. Но попытка сформировать опричное войско только из "детей боярских" успеха не имела — количество пришедших записываться явно не хватало для комплектования штата. Тогда правительство смягчило условия набора, разрешив запись в войско "вольных охочих людей", что уже в первый год дало более тысячи новобранцев. Всего, к концу 60-х гг. опричное, или как его иногда называли, надворное (т. е. входящее в состав Государева Двора) войско состояло из 2-х рейтарских, одного гусарского (сформированного в основном из приехавших в Россию поляков и литвинов), 3-х драгунских (укомплектованных в основном из беспоместных сынов боярских и добровольцев из "черного люда") и Стремянного (комплектовался на основе поместной системы, но составлял личную гвардию царя) полков, общей численностью около 12 тыс. чел. Одновременно с этим было увеличена численность с 7 до 10 тыс. чел. стрелецкого войска, показавшего себя во время последних войн самой боеспособной частью русской армии.

Выход к Балтийскому морю (получение хороших гаваней) так же подвиг царя на восстановление русского военного флота. Первоначально, в основу русского флота легли захваченные купеческие корабли, которые переоборудовали в военные, а также два корабля были куплены в Любеке. И хотя внезапная атака Нарвы силами шведского флота привела к гибели стоявших в порту кораблей, царь не опустил руки. По всей Европе была развёрнута вербовка специалистов, как мореходов, так и корабелов. Благодаря чему к концу 60-х гг. Россия вновь имела флот из 12 кораблей. Что было явно недостаточно. Требовалось создание собственной базы для кораблестроительной промышленности, но вопрос упирался в недостаток требуемых мастеров. Попытки нанять корабельщиков в Англии не увенчались успехом — Елизавета, королева Английская отказалась предоставить России требуемых специалистов (хотя русскому посольству, буквально тайком, удалось завербовать и вывезти нескольких "мастеровых людей"). Эта проблема так занимала Ивана IV, что когда в Италию отправилось русское посольство, одним из первых пунктов данного им наказа был поиск и вербовка "корабельщиков", с целью строительства в России собственного флота.

Меж тем, затянувшаяся война со Швецией всё сильнее вскрывала противоречия между царём и оппозицией в лице представителей высшей русской знати, которые используя своё влияние на Думу и административно-управленческий аппарат, активно противодействовали его политике, неоднократно срывали претворение в жизнь царских планов (как по проведению внутренних реформ, так и военных действий). В некотором роде вехой стала кончина 31 декабря 1563 года митрополита Макария, смерть которого привела к крупным изменениям во внутренней политике. Макарий был весьма авторитетной личностью в обществе и пользовался огромным уважением царя, который постоянно прислушивался к его советам. Долгое время Макарий, будучи сторонником компромиссной политики, сдерживал Ивана IV в его попытках жесткими мерами обуздать знать и добиться от нее полного повиновения. Но с его уходом положение резко поменялась. Так, на последовавшем 9 февраля Освящённом соборе по личному предложению Ивана IV было принято решение уравнять митрополита в знаках святительской власти с новгородским и казанским архиепископами. Отныне митрополит должен был носить белый клобук, на него распространялась та привилегия, которой до того времени пользовались лишь новгородский архиепископ. Получил он право запечатывать свои грамоты красным воском подобно казанскому и новгородскому владыке. После чего царь сделал неожиданный шаг — в обход высших иерархов Церкви предложил на место митрополита своего личного духовника Афанасия, которого Собор под сильным давлением царя утвердил 24 февраля 1564 года. Эта кандидатура вызвала недовольство среди высшего духовенства, но более чем устраивала Ивана IV, поскольку новый митрополит не обладая большим авторитетом и влиянием был сильно зависим от поддержки суверена и не мог столь же решительно, как Макарий, противостоять намерениям царя по укреплению самодержавной власти.

Впрочем, стремления Ивана IV к установлению своей единоличной власти не были прихотью одного человека. Перед страной стоял ряд проблем для решения которых требовались радикальные меры. Прежде всего это касалось влияния крупной знати на дела государства. Одной из мер, благодаря которой знать влияла на царя, было т. н. "поручительство" (или "печалование"). Когда кто-то из вельмож совершал преступление и навлекал на себя этим царскую опалу, то тут же группа знатных лиц вступалась за него перед царем, поручаясь на него крупной суммой денег, которую они обязывались выплатить в случае совершения им повторного преступления. Будучи внешне верноподданнической акцией "печалование" фактически превратилось в открытый шантаж власти со стороны власть имущих, в результате чего царь часто не мог покарать даже лиц совершивших государственную измену. Дело доходило до того, что царь не мог укомплектовать правительство — Думу компетентными сотрудниками, поскольку знать упорно требовала комплектования правительства "по породе", что не самым лучшим образом сказывалось на качестве работы правительства.

В июне 1564 года Иван IV неожиданно для всех объявил о созыве Земского собора, на который были приглашены, помимо членов Думы и высшего духовенства, представители дворянства, приказные люди и богатейшее купечество. Одновременно к Москве подтягивались верные царю силы — в первую очередь стрелецкое войско, а также ряд поместных полков, на чью преданность Иван IV мог рассчитывать. И по открытии "Собора вся земли", от имени царя собравшимся была зачитана речь царя в которой он жаловался на "теснины и неправды великие" которые он претерпевает от знати, и от которых "большие убытки государству", после чего Иван IV потребовал ликвидировать традиционное право членов Думы и высших церковных иерархов "печаловаться" за вельмож, совершивших те или иные проступки, которое Дума активно использовала для защиты своих членов в противостоянии с царем, и с которым в предшествующие годы ему приходилось считаться. Царь ставил перед обществом дилемму: или он получит право наказывать изменников по своему усмотрению, или государство будет не в состоянии успешно вести борьбу с внешними врагами по вине светской и церковной знати.

Но царское предложение встретило яростное сопротивление среди высшей знати и духовенства, которые яростно отстаивали свои интересы на Соборе. И тогда Иван IV пошел на крайние меры, объявив, что ввиду непринятия своих условий он отрекается от власти, оставляя престол своему сыну (поскольку в реальной истории Екатерина Ягеллонка, будучи супругой шведского короля Юхана III, родила последнему одного сына и двух дочерей, то эта ситуация спроецирована и на её вероятный брак с Иваном IV). Подобное решение вопроса было с удовлетворением воспринято оппозицией, рассчитывавшей развернуться при малолетнем царевиче, но тут в дело вмешалась "третья сила", а именно "чёрный люд". Перспектива ухода государя и наступления "безгосударного времени", когда вельможи могут делать все что захотят, не могла не взволновать московских горожан. В конфликте царя со знатью население столицы решительно встало на сторону Ивана IV. Слух о возможном отречении царя мгновенно распространился по всей Москве. Вскоре площадь перед дворцом запрудила громадная толпа вооруженных горожан, окруживших место заседания Собора и её представители, допущенные в покои, предъявили заседающим своё требование полностью согласиться с царскими предложениями, а то иначе "они сами тех потребят". Фактически правящей элите был поставлен ультиматум. Она должна была отказаться от традиционных обычаев, ограничивавших свободу действий государя, или ей угрожала война со своим законным правителем, и в этой войне к услугам царя было сосредоточенное под Москвой вооруженное дворянское войско и поддержка населения Москвы. Решившись выступить против своего государя, правящая элита оказалась бы в весьма неблагоприятных условиях, особенно учитывая явную враждебность к ним населения. Детей боярских невозможно было поднять на войну для защиты прав узкого круга вельмож, а ведь только об этих правах шла речь в царском послании. К этому стоит добавить, что в отличие от ряда стран средневековой Европы эти права нигде не были письменно зафиксированы, государь не приносил присяги их соблюдать, и, соответственно, не существовало "права на сопротивление" в случае их нарушения. В результате высшее духовенство и Дума обратились к царю с челобитьем, чтобы "гнев бы свой и опалу с них сложил и на государстве бы был и своими бы государствы владел и правил, как ему, государю, годно; и хто будет ему, государю, и его государьству изменники и лиходеи, и над теми в животе и в казни его государьская воля". По сути это была их полная и безоговорочная капитуляция.

Вдохновленный этим успехом Иван IV, решил воспользоваться благоприятным моментом и вновь перейти в наступление на церковь с целью сокращения ее землевладения. Еще Собор 1548 года отменил иммунные привилегии (налоговые льготы) церковных земель, запретил отдавать в монастыри земли "на помин души" и повелел заменять их денежным эквивалентом, отдавая сами имения дальним родственникам или государю. Также монастырям и епископату было запрещено покупать вотчины, брать имения под залог и вообще увеличивать церковные земли. В случае необходимости иметь земли для пропитания братии (например, при основании нового монастыря), велено было обращаться к царю — "бить челом государю". Таким образом, Собор 1548 года существенно ограничил экономическую независимость Церкви. Соборное решение стало поворотным моментом в истории монастырского землевладения, что было связано, с одной стороны, с возраставшими притязаниями государства, с другой, — с имевшими место злоупотреблениями, которые в это время все чаще стали встречаться в монастырской жизни. Тем самым был сделан крупный шаг в направлении еще большего подчинения Церкви государству.

Но, не смотря на это в руках Церкви все еще оставались огромные богатства. И весьма значительную часть этих обширных владений составляли земли, которые Иван IV твердо решил вернуть государству. Для чего вынес и добился принятия на Соборе постановления о проверке всех владельческих грамот, находящихся на руках у монастырей и епископов. Отдельной строкой шли митрополичьи земли. Не желая ссориться митрополитом Иван IV не стал упоминать о его владениях на Соборе и трогать его личные земли.