Однако этим дело не ограничилось. По успешному завершению Собора царь в своем указе заявил о своем желании "учинити ему на своем государстве себе опричнину" — особый государев удел, которым он мог бы править в обход Думы и существовавших местнических порядков.

В опричнину переходила старая структура "Государева Двора". И если вне её оставались общегосударственные чины, то чины двора — оружничий, кравчий, конюший и т. д переходили в опричнину. Традиционная иерархия знатности сохранялась, однако местничество между собой строго воспрещается — служат "где государь укажет", и опричные службы не могут являться местническим прецедентом для потомков опричника. Традиционная практика предоставления думных чинов и высоких военных и административных должностей в строгом соответствии со знатностью происхождения ("породой") делало высшие государственные должности монополией группы наиболее знатных родов потомков Рюрика и Гедимина. Это закрывало для отпрысков младших ветвей знатных родов и для представителей менее знатных старомосковских боярских фамилий (потомков старинных бояр московских князей, отодвинутых на задний план княжескими родами) путь к успешной карьере. Создание особого опричного двора открывало для них такие возможности. В состав опричной Думы вошли члены старомосковских боярских родов — Плещеевы, Колычевы, Бутурлины, Годуновы, Захарьины. Впрочем, и некоторые княжата, решившие пойти за царем, отличились на опричной службе — так "всем родом" в опричнине служат Шуйские, и даже удельные князья Северщины — Трубецкой и Одоевский.

В составе опричнины оказывается вся структура царского двора со всем дворцовым хозяйством (и все придворные должности — оружничий, кравчий и т. д. становятся опричными), отдельная царская казна. Туда же царь забирает промысловые районы севера и все пункты соледобычи, а также черноземные районы юга, колонизируемые по мере строительства "Засечной черты", и объявленные собственностью "Государева Двора", под управлением которого оказываются не только дворцовые земли, но и часть черносошных, взятых царем "на свой обиход" и ряд государственных предприятий. Опричному командованию был подчинены как личное войско (рейтары, гусары, драгуны, Стремянной полк) царя, так и московский стрелецкий корпус — всего более 20 тыс. чел, ставшие в своем роде царской гвардией, предназначенной не только для подавления оппозиции, но и для проведения его политики. Все государственные дела шли обычным путем через Думу (во главе которой царь ставит двух преданных ему родственников — князей Бельского и Мстиславского), однако любое дело могло быть изъято царем из Думы и решено независимо от нее с помощью чиновников Двора. Широко распространяется практика ввода представителей опричнины в состав местного "земского" руководства с целью более эффективного влияния на ход дела и повышения их личной ответственности.

Другим ударом по верхушке знати стала ликвидация т. н. "белых слобод" — городских земель принадлежащих духовным лицам и светским феодалам и освобожденных от налогов, благодаря чему туда из Посада переходило множество ремесленников уходя тем самым от "государева тягла" и составляя серьезную конкуренцию мастеровым оставшимся под "тяглом". Осенью 1564 года царским указом было введено новое положение о городах, важнейшими постановлениями которого, в практическом его применении были следующие: 1) Все городские слободы светских и духовных землевладельцев с их населением безвозмездно передавались в посады в тягло. 2) Подгородние слободы и дворы землевладельцев "по посадской близости" также включались в посад с вознаграждением владельцев. Слободы и дворы, расположенные на бывшей посадской земле, "по посадской старине" отдавались в посад "без лет и бесповоротно за то: не строй на государевой земле слобод и не покупай посадской земли". Их население, если оно состояло из торговых, промышленных и ремесленных людей, "по торгу и промыслу" включалось в посадское тягло, а если из пашенных людей, то могло быть выведено владельцами слобод. 3) Подгородние земли в Москве на 4 версты от Земляного вала, а в остальных городах "по посадской старине" или "по посадской близости" конфисковались и безвозмездно передавались посадским людям. 4) Все посадские люди закладчики, за кем бы они ни жили, возвращались в тягло "по посадской старине"; "по посадскому родству" возвращались также ушедшие с посада сыновья от отцов, племянники от дядьев и т. п., если даже они успели превратиться в кабальных людей. 5) Все торгово-промышленные люди города, члены церковного клира, служилые приборные люди, владельческие крестьяне и бобыли, кроме кабальных людей, отдавались в посад в тягло "по торгу и промыслу". 6) Остальные должны были в трехмесячный срок продать посадским людям свои лавки, амбары, кузницы и другие торгово-промышленные заведения; после указанного срока эти заведения отбирались безденежно и передавались посадским людям. Люди, не входившие в состав посадской общины, — гости, гостинной и суконной сотен торговые люди, стрельцы и т. д., могли сохранить за собой эти промысловые угодья на посадах, только если они соглашались платить посадское тягло. 7) Заниматься в городе торговлей, промыслами, ремеслами, откупами и т. п. могли только черные посадские тяглые люди, а не духовенство, не владельческие крестьяне и бобыли и не служилые приборные люди.

Этот указ буквально привел в ярость представителей крупного светского землевладения и высшего духовенства, для которых "белые слободы" были крупнейшими источниками дохода. Многие члены Думы, такие как Александр Горбатый-Шуйский, Михаил Репнин, Иван Федоров-Челяднин, даже отказались подписать документ. А архиепископ Новгородский Пимен не выдержав, открыто назвал этот указ "бесовским, составленным по совету антихриста". Стало ясно, что миром дело решить не удастся.

Первым делом опричнины стал разгром верхушки Думы — Ростовских, Ярославских и Суздальских княжат, занимавших почти все боярские места. Землевладение бояр московских великих князей (как, вероятно, и бояр других княжеств, на которые делилась средневековая Русь в эпоху феодальной раздробленности) сформировалось сравнительно поздно — уже в XIV-XV веках, главным образом за счет княжеских пожалований. Владения не только членов виднейших боярских родов, но и князей Гедиминовичей, выехавших на русскую службу и породнившихся с великокняжеской семьей, были разбросаны по многим уездам, не образуя никакого компактного единства. Владения членов одних и тех же родов могли располагаться в совершенно разных уездах. Совсем иной характер имело родовое землевладение княжат. Это были земли, унаследованные ими от предков — бывших удельных государей. Поэтому, в отличие от владений московского боярства, родовые вотчины князей располагались компактно на территории того княжества, которым некогда владел их предок. Нормы права, установившиеся, по-видимому, еще в правление Ивана III, способствовали сохранению этих вотчин в руках княжат, запрещая продавать их родовые земли "мимо вотчич" (то есть за пределы круга родственников). Наличие в руках княжеских родов компактно расположенного значительного родового землевладения делало их влиятельной силой на территориях их бывших княжеств, центром притяжения для местных землевладельцев. Сверх того, по неписанной традиции, шедшей со времен присоединения этих земель к Москве, наместники, например, Ярославля назначались только из ярославских княжат. Содержа многочисленные свиты боевых холопов, и даже жалуя земли в поместья своим вассалам, они представляли внушительную силу, и именно они составляли основу оппозиции царю. В среде князей — потомков Рюрика, хорошо знавших, что они принадлежат к тому же роду, что и правитель, власть и личность монарха не были окружены таким ореолом, как в глазах других слоев дворянства.

В борьбе с ними царь действует формально по закону, в рамках правового поля. Прецедент был найден в деятельности Ивана III. Некогда он, желая отобрать у московских бояр пожалованные им после завоевания Новгорода вотчины на Новгородчине и раздать их в поместья, передал Новгород в удел своему сыну Василию. Московские бояре, служившие князю московскому, а не новгородскому, вынуждены были оставить свои новгородские вотчины.

Царь разыгрывает ту же комбинацию. Объявив сына Дмитрия соправителем, царь жалует ему в удел Суздаль, Ростов и Ярославль. Землевладельцы этих уездов должны были либо перейти из Москвы служить удельному князю, либо расстаться с вотчинами. Но "князь Дмитрий Иванович вотчинников местных на службу к себе принять не изволил".

На момент объявления указа о создании удела все княжата, имевшие боярский чин, были в Москве, откуда их уже не выпустили. После того, как вся верхушка Думы "едиными усты" выразила возмущение, на нее обрушились заготовленные царем репрессии. Все бояре-княжата, участвовавшие "в акции протеста" были арестованы опричниками. Признанный лидер Думы, князь Александр Горбатый-Суздальский, а также князь Шевырев были обезглавлены, а на прочих участников "опалу свою клал и животы их имал за себя: а иных сослал в вотчину свою в Казань на житье з женами и з детми". "Тово же году послал государь в своей государской опале князей Ярославских и Ростовских и иных многих князей и детей боярских в Казань и в Свияжской город на житье и в Чебоксарской город".

В то же время опричные отряды вступают в Ростов и Ярославль. Управление этими землями получает один из ближних советников царя Василий Михайлович Захарьин с чином Ростовского дворецкого (для управления уделом Дмитрия составляется особое ведомство — Ростовский Дворец, подведомственный лично царю). Княжеские вотчины описываются и идут в поместную раздачу дворянам, боевые холопы опальных княжат распускаются на волю, многие из них принимаются на государеву ратную службу и верстаются поместьями из вотчин их бывших хозяев. Движимое имущество и казна опальных отписывается на государя.

Большая часть опальных была в следующем году помилована, движимость и казна возвращены, но вместо конфискованных вотчин им были пожалованы поместья, разбросанные в разных уездах России. Что обернулось для них изменением статуса. Царь велел по служилой принадлежности написать их дворянами по колонизируемым окраинным уездам. В состав "Государева Двора", в котором ростовские, стародубские и ярославские князья до опричнины занимали видное и почетное место, не входили представители дворянства окраин — Поволжья (начиная с Нижнего Новгорода), Смоленщины, Северской земли. Поэтому превращение князей — потомков Рюрика в земских помещиков Северщины означало их фактическое исключение из состава Двора как объединения людей, причастных к управлению Русским государством. В новом положении они могли рассчитывать на какую-то карьеру лишь в пределах Северщины, либо в опричнине (но для них врата в "государеву светлость" были узкими, и открылись впоследствии только для их детей). Только в виде особой милости за верную службу царь возвращал некоторых великородных потомков Всеволода Большое Гнездо в "московские списки", снова открывая им доступ к высшим государственным должностям.

В то же время, многие из конфискованных земель царь передавал в качестве поместий опричникам, во-первых, развивая поместную систему, систему "службы от земли", свободную от старых местнических привилегий и ставшую со временем основной базой материального обеспечения дворянского войска. Во-вторых, таким образом "разбавлялись" ряды коренных землевладельцев, не позволяя им выступит единым фронтом.

Среди прочего состава Думы — Гедиминовичей и старомосковских бояр — расправа с княжатами-Рюриковичами вызвала неоднозначную реакцию, многие отнеслись негативно, понимая, что ставится под сомнение сам принцип осуществления назначений в соответствии с "породой". Но царю удается расколоть данный слой, пожаловав в бояре вместо "выбылых" княжат ряд представителей старомосковских фамилий, и повысив до боярства окольничих — Челядниных, Шереметевых и Морозовых. Во главе Думы встают вполне преданные царю его родственники Гедиминовичи — Мстиславский и Бельский.

В 1567 году царь вновь изъял у двоюродного брата Владимира Андреевича его удел — Старицу, Верею и Алексин, и дал ему новый — Дмитров, Звенигород и Боровск. В этом же году царь возвращает из ссылки Михаила Воротынского, и жалует ему вместо отобранного Новосиля Стародуб-Ряполовский.

К 1569 году положение относительно стабилизируется. Несколько бояр попадают в ссылки и тюрьмы, несколько бегут в Литву, но массовых репрессий нет — благодаря отсутствию войны и снижению налогов нет голода 1568-69 годов и последующей эпидемии, недоимок и свирепых правежей. Правящее боярство недовольно существованием опричнины, при которой царь может легально изъять из его ведения любое государственное дело, а присланные им опричные представители (как правило на роль "вторых воевод") отслеживают деятельность своих "земских" начальников. Но, не имея никакой поддержки в народе и дворянстве, которые вполне довольны царем, помалкивает.

Начало 60-х гг. также ознаменовалась в стране массовым городовым строительством. Рост доходов и отсутствие войны привело к строительному буму, как государственному, так и частной застройки. Так, в 19 верстах ниже по течению от Динабурга, на месте впадения речки Шуницы в Западную Двину, по приказу царя была заложена новая крепость, которая должна была прикрывать западные рубежи Русского государства, а также дороги, ведущие на Полоцк и Псков. Она представляла собой совершенно новое в фортификационном отношении укрепление и была рассчитана на ведение оборонительных боев в условиях широкого применения артиллерии. Со стороны набережной Западной Двины крепость ограждалась земляным валом длиной 170 метров, а с других сторон — примерно 100 метров. С трех сторон укрепления дополнительно были усилены шестью небольшими земляными бастионами. Впоследствии из этой крепости вырос город Двинск. Было начато строительство новых укреплений в Пскове, Велиже, Смоленске, которые должны были прикрыть западные границы государства в случае возможной войны с Литвой. Масштаб строительства был таков, что потребовалось создание особой структуры занимавшейся конкретно этой деятельностью. Поэтому в 1563 году был образован Приказ каменных дел, занимавшийся как заготовкой строительного камня (включая кирпич) так и строительством каменных сооружений. Одновременно с этим правительство, пользуясь установившимся миром с Крымом, форсировало завершение грандиозных оборонительных работ по всей пограничной линии, начатых еще в начале 20-х гг. XVI века. Ежегодно там трудились тысячи посошных людей, собранных из различных уездов, возводя засеки от северских городов до мещерских лесов, стараясь управиться до той поры, "когда лес листом оденется". После этого работы прекращались, чтобы возобновится весной следующего года. Возводились дополнительные укрепления и регулярно возобновлялись старые фортификационные сооружения по "берегу" — второго рубежа русской обороны. Строятся новые города, например Воронеж (1565 г.), Ливны (1565 г.), Белгород (1576 г.), Старый Оскол (1573 г.) или Валуйки (1573 г.), которые при этом варианте основываются на два десятилетия раньше, чем в реальной истории. Для охраны возводимых укреплений был принят "Приговор о станичной и сторожевой службе", который регламентировал пограничную охрану, устанавливая "разряды" порубежной службы.