Вторая половина лета и осень 1571 г. прошла в Средиземноморье под знаком постепенно затухающих действий турецкого флота и попыток организаторов Священной лиги заставить её участников действовать в единой связке и более энергично. В самый разгар осады Фамагусты, хорошо зная золотое правило о том, что лучшая защита — это нападение, командующий турецким флотом Муэдзинзаде Али-паша нанёс несколько ударов своих галерных эскадр по Криту. В результате молниеносного рейда в залив Суда турецкие галеры захватили пленников в прибрежных поселениях, от которых турки получили сведения о точных силах венецианского флота, базировавшихся на острове. Капудан-паша принял дерзкое решение о разделе своих сил на две части, одна из которых была нацелена на Канею (совр. Ханья) и Кандию (совр. Ираклион), вторая, под командованием Улудж Али, получила задачу захватить крепость в Ретимо (совр. Ретимнон).

20 июня Али-паша попытался захвать Кандию, что называется, с ходу, внезапной атакой. Однако бдительность проведитора Кверини позволила отразить эту попытку и, войска капудан-паши, понеся большие потери, вынуждены были отойти. Безуспешной оказалась и попытка овладеть находящейся поблизости крепостью Сан-Теодоро. Положение турецкого флота у побережья Крита осложнил сильный шторм, в результате которого двенадцать турецких галер снесло на мелководье, а три из них так и вообще разнесло в щепки.

Улудж Али был более удачлив. Ему удалось разграбить и сжечь Ретимо, захватив там двадцать два венецианских орудия.

Муэдзинзаде Али-паша после этих первых атак на венецианские владения на Крите отвёл и переформировал свой флот, затем направил галеры к островам Корфу, Занте (совр. Закинтос) и Кефалония (совр. Кефалиния). Турецкий адмирал трезво рассудил, что его сил не хватит для быстрого захвата крепости Корфу, поэтому он ограничился короткими вылазками на побережье венецианских владений в Адриатике, уничтожая всех, кто не успел укрыться за стенами крепостей. Лишь одна из крепостей Венеции — Сопот — была подвергнута осаде и, после жестокого боя с многократно превосходящими силами противника, сдалась на милость победителей. Но милости не последовало и гарнизон Сопота был полностью уничтожен.

Одновременно турецкие галеры под командованием Улудж Али крейсировали в водах Адриатики в поисках венецианских кораблей. Им удалось остановить венецианское транспортное судно, на борту которого находилось 800 солдат, предназначенных для усиления гарнизона Корфу. Бой продолжался одиннадцать часов, судно было захвачено лишь после того, как половина из всех находящихся там воинов погибла. После этого успеха алжирский бейлербей направился к Дубровнику, где укрылась от его преследования венецианская галера. Жители Рагузы, ссылаясь на свой нейтралитет, отказались выдать корабль, но тем не менее снабдили турецкого флотоводца подробной информацией о состоянии флота Священной лиги, после чего Улудж Али вернулся к основным силам капудан-паши.

Али-паша в это время разорял венецианские укрепления на побережье Адриатического моря. Наибольшее сопротивление он встретил у стен крепости Дульчиньо (совр. Улцин). Взятию этой крепости в Стамбуле придавали особое значение, поэтому на её захват были брошены большие силы. После двух недель кровопролитных боёв крепость пала. Однако турки понесли при её штурме большие потери. Кроме того, ещё одна беда подстерегала капудан-пашу в этих водах. Пока солдаты штурмовали крепость, гребцы с турецких галер массово дезертировали, что привело к значительному дефициту гребной силы на галерах Али-паши. После захвата Дульчиньо капудан-паша решил отвести свои галеры в Которский залив, в порт Херцег-Нови для ремонта, очистки и просмолки их корпусов. А корсары Улудж Али и Кара Ходжа со своими галерами получили приказ проникнуть как можно ближе к столице Республики, нарушая морские коммуникации в этом жизненно важном для Венеции районе.

Активные действия турецкого флота на подступах к Венеции при вялом сопротивлении венецианцев продолжались вплоть до середины сентября. Турки в ходе этих операций захватили до 7000 жителей этих районов, отправив их на галеры в качестве гребцов.

Но с середины сентября активность турок стала затухать. До них дошли сведения о сосредоточении флотов Священной лиги в Мессине. Надвигалась опасность генерального сражения, а между тем турецкий флот был ослаблен в людях и боевых припасах. Более того, возникла проблема с гребцами для галер. Активная оборона на южных рубежах Польши, Литвы и России привела к тому, что поток невольников, поступающий на турецкие рынки из Крыма, резко усох. Так, например, если в начале войны невольников-гребцов в турецком флоте хватало на 40 галер, то в 1571 г. их хватало всего на 20 галер. Захват пленников в Адриатическом море несколько облегчил положение, но это были разовые акции, в то время как туркам требовался постоянный источник поступления. Поэтому Муэдзинзаде Али-паша, как капудан-паша турецкого флота, в середине сентября принял решение направить все свои эскадры в Превезу, где провести тщательную подготовку кораблей и экипажей.

Тем временем, после долгих проволочек, 23 августа в Мессине наконец-то собрался союзный флот, состоящий их испанской, венецианской, генуэзской, мальтийской и папской эскадр. Во главе него испанский король Филипп II поставил своего сводного брата Хуана Австрийского. Это решение было весьма удачным. Молодой (родился в 1547 г.) внебрачный сын покойного императора Карла V, мог не только благодаря своему происхождению требовать безусловного подчинения от остальных командующих объединённым флотом, но уже проявил себя как толковый военачальник при подавлении мятежа морисков в Гранаде.

Но на этом хорошие известия, пожалуй, для союзников и заканчивались. Постоянные задержки привели к тому, что "на носу" была осень и начало сезона штормов. Из-за чего многие настаивали на том, чтобы ограничиться исключительно оборонительной тактикой. Все расчёты делались на то, что союзный флот перезимует в Мессине и лишь весной следующего года начнёт активные боевые действия. К тому же зарядили дожди, заставившие отложить выход флота из Мессины на несколько дней. Но Хуан Австрийский был настроен на активные действия и намерен был отправиться к Корфу, где наиболее вероятно находился турецкий флот. Поэтому, 16 сентября, как только прекратились дожди, союзный флот вышел из Мессины. Однако время было упущено. Задержка выхода флота Священной лиги была на руку турецким эскадрам. Капудан-паша уже получил информацию о концентрации сил противника в Мессине и принял срочные меры, чтобы как можно скорее покинуть Адриатику и собрать в одном месте свои разрозненные силы, перегруппировать их и обеспечить всем необходимым для встречи противника. Осада всех венецианских крепостей в Далмации была снята, войска спешно возвращались на корабли.

К середине сентября флот Османской империи собрался в Превезе. Его главнокомандующий — капудан-паша Муэдзинзаде Али — полагал морскую кампанию 1571 г. завершённой. Кроме того, Али-паша неправильно оценил главную цель, которую ставил перед собой флот христиан. Он был уверен, что основной удар корабли Священной лиги нанесут по укрепленным пунктам турок на Далматинском побережье (многие военачальники христиан как раз и настаивали на такой стратегии, так что Али-паша был недалёк от истины). Исходя из такой стратегической оценки, Али-паша дал указание направить в эти крепости основные запасы продовольствия, боеприпасов и резервы личного состава. Это решение обескровило флот, обернулось некомплектом экипажей и солдат на кораблях. Более того, не предвидя крупного сражения в текущем году, капудан-паша позволил вернуться в свои дома сипахам.

Ввиду того, что турецкий флот практически с марта находился в море, кораблям требовался ремонт и очистка подводной части корпусов. Учитывая всё это, Али-паша принимает решение перейти со своим флотом в Лепанто (совр. Нафпактос), где он собирался пополнить запасы продовольствия и заняться ремонтом галер. К 27 сентября последний турецкий корабль вошел в гавань Лепанто. И лишь получив свежую информацию о передвижениях эскадр противника, капудан-паша принимает срочные меры по набору личного состава из гарнизонов прилежащих крепостей и местного населения. В реальной истории Муэдзинзаде Али-пашу вынудили принять закончившийся для него разгромом бой с флотом Священной лиги лишь категоричные приказы из Стамбула и недооценка сил противника. Но при описываемом развитии событий турецкий флот несколько слабее (из-за нехватки гребцов и необходимости отправить часть кораблей в Чёрное море), а султанский двор занят подготовкой к войне с Польшей и в этой ситуации не настаивает на активных действиях. Таким образом, под защитой береговых укреплений, турецкий флот мог в полной безопасности готовиться к зиме, а подошедший в начале октября союзный флот вынужден был ограничиться лишь блокадой выхода из залива, не решаясь "атаковать зверя в его логове". Время работало на турок. Через пару-тройку недель должен был закончиться благоприятный для галер сезон и ещё до этого срока корабли противника вынуждены будут уйти домой. Шторм, разрозившийся в ночь с 7 по 8 октября, поторопил командование союзного флота с принятием этого решения, и 1 ноября 1571 г. корабли Священной лиги вернулись в Мессину.

Но неприятности союзников этим не ограничились. Окончившийся ничем морской поход привёл Священную лигу в состояние кризиса. Незадолго до выхода флота в море, посланник французского короля 9 сентября вручил венецианскому дожу письмо, переданное ему Карлом IX. В нём король предлагал посредничество и помощь в заключении "выгодного мира, или продолжительного перемирия, за которым может последовать мир". Разве это не лучше, "чем противостоять столь могучему противнику, который находится так близко от подвластных вам провинций", говорил далее король, и Синьория, лишь недавно вступившая в Священную лигу, выслушивала всё это довольно благосклонно. Положение обострялось и противоречиями между союзниками о будущем театре военных действий. Венеция настаивала на операциях в восточной части Средиземноморья, с целью защитить свои греческие владения и блокировать подвоз продовольствия в Стамбул. Но испанцы не желали "таскать каштаны из огня" для венецианцев и хотели использовать флот для атак Алжира, Туниса и Триполи. На экспедиции против Туниса настаивал и Хуан Австрийский. Пию V пришлось приложить немало усилий для улаживания разногласий между членами лиги. Этому в немалой степени поспособствовали пришедшие в ноябре 1571 г. сообщения из Польши об объявлении ей турками войны и начале военных сборов. Эти известия вдохновили участников Священной лиги, частично сгладив противоречия, на продолжение войны и 10 февраля 1572 г. в Ватиканском дворце был подписан обновлённый договор между участниками лиги. Испания окончательно соглашалась, что военные действия в предстоящем году будут вестись в Леванте. Она откладывала предложенную экспедицию против Туниса и Бизерты, а её галеры вместе с галерами Святого престола и Венеции будут искать встречи с турецким флотом в восточной части Средиземного моря.

Впрочем, к будущему противостоянию готовились не только союзники. В Османской империи хорошо понимали опасность войны на два фронта и стремились вывести из игры хотя бы одного из своих противников до того, как армия султана отправиться на север. В качестве объекта для удара была выбрана Венеция. Благополучие этой итальянской республики целиком и полностью зависело от торговли с Турцией, что приводило к нестойкости её руководства в патронируемой понтификом антитурецкой борьбе и стремлению заключить мир, пусть даже ценой уступок. Надо было показать венецианцам, что для них продолжение войны будет означать только дальнейшие потери (как экономические, так и территориальные), и что для Венеции лучше хоть плохой, но мир. Требовалось нанести венецианцам такой удар, после которого те сами запросили бы Стамбул о снисхождении и прекращении войны. Оставалось выбрать такую цель. Венецианские крепости в Далмации отпадали сразу — они были хорошо укреплены, находились недалеко от Венеции (что позволяло последней обеспечить им поддержку), а местное население было настроено против турок. По тем же причинам отпали и Ионические острова. К тому же они находились слишком близко от Италии, и флот Священной лиги мог относительно легко и быстро прийти на помощь гарнизонам этих островов. Куда более подходящей целью выглядел Крит. Расположенный в южной части Эгейского моря, остров занимал важное стратегическое положение, так как фактически замыкал выход из Эгеиды. Что делало его весьма привлекательной добычей, с точки зрения турок. К тому же, расположив флот в удобных бухтах Мореи (совр. Пелопоннес), можно было отрезать Крит от поддержки со стороны христианских флотов.

В конце апреля 1572 г. турецкий флот вышел из Стамбула, отправившись в сторону Мореи. Для дезинформации противника был распространён слух о том, что турецкий флот готовится захватить остров Корфу (совр. Керкира), и действительно, первоначально турецкие галеры прошли мимо Крита, бросив якорь в Наварине (совр. Пилос). Венецианцы лихорадочно укреплялись на Корфу и взывали к своим союзникам. Но их призывы были гласом вопиющего в пустыне. 1 мая 1572 г. в Риме скончался понтифик Пий V, бывший душой и сердцем коалиции, а его преемник, взошедший на престол под именем Григория XIII, хотя и не уступал Пию V по накалу антитурецких заявлений, но не обладал харизмой, строгостью и авторитетом своего предшественника. Заложенный Пием V фундамент священного союза христианских государств дал трещину. Каждый из бывших союзников по лиге был поглощён решением своих проблем. Филипп II готовился к военным действия с Францией, так как уже очевидной стала поддержка фламандских повстанцев французскими протестантами. Ходили слухи, что Карл IX или по крайней мере его подданные-гугеноты вот-вот пересекут границу Фландрии. Держать 20 тысяч своих бойцов в Леванте в этих условиях было непозволительной роскошью. И король 17 мая пишет дону Хуану, находящемуся в Мессине, секретное послание, в котором приказывает командующему флотом "незаметно и хитро" отложить левантийскую операцию, продолжая вместе с тем работы по доукомплектованию флота и снабжению его продовольствием и боеприпасами. В другом своем послании, на этот раз своему послу Гранвеллу в Рим, Филипп II пишет, что в связи со смертью папы лучшим вариантом будет атаковать флотом Алжир, используя для этого созданный в рамках лиги потенциал.

Несмотря на всю скрытность, новые планы испанского короля быстро стали известны. Венецианцы встревожились не на шутку и настояли, чтобы новый папа связался с испанским королём. Папа в резких тонах написал Филиппу о невозможности менять планы на кампанию 1572 года, напомнив об обязательствах Испании по договору Священной лиги. В июне в Мессине стал собираться союзный флот. В начале августа корабли лиги должны были направиться на Корфу, а затем выйти в море для освобождения от турок Мореи и Негропонта (совр. Эвбея). Предполагалось, что операция эта получит поддержку восставших греков и займёт пятнадцать-двадцать дней. Если объединённому христианскому флоту удастся встретить основные силы турок на море, предполагалось вступить с ними в бой и в случае успеха планировалось дальше направиться на Стамбул.