Но этому красивому плану не суждено было сбыться. Дон Хуан не мог покинуть Мессину без приказа короля, а такого приказа не последовало. Формальным оправданием послужил, якобы, отказ нового папы продлить выплату церковных пожертвований в королевскую казну Испании после смерти Пия V. Кроме того, Филипп II приказал дону Хуану дождаться своего нового заместителя Гонсало Фернандеса де Кордова, назначенного вместо Луиса де Рекесенса.

И ещё, король заставил Хуана Австрийского дожидаться прибытия эскадры под командованием Джованни Андреа Дориа, флотоводческому таланту которого он очень доверял.

Филипп II явно тянул время. Причины этого были понятны: он хотел разобраться в истинной позиции нового папы и дождаться прояснения обстановки в Нидерландах. А между тем с уходящим временем уходило и стратегическое превосходство флота христиан в Восточном Средиземноморье.

Турки постарались по полной воспользоваться теми благоприятными возможностями, которые им предоставили разногласия между членами лиги. 21 июня их флот покинул Наваринскую бухту, и три дня спустя приблизились к западным берегам Канейского залива, захватили после осады монастырь Одигитрии, а оттуда двинулись к Канее. Далее турками был окружена островная крепость Сан-Теодоро, в которой комендант, не желая сдаваться врагу, поджёг пороховой склад, в результате чего погибло много турок и христиан. Войско подошло к Канее 27 июня 1572 года, и 22 августа, после почти двухмесячной осады, город сдался туркам на мягких условиях, которые разрешали желающим уехать из города или остаться в качестве подданных султана.

Эти действия турок наконец-то заставили военную машину Священной лиги заработать. Филипп II принял, наконец-то, решение действовать и в начале июля направил указание Хуану Австрийскому начать экспедицию в Левант. Но ещё до прибытия королевского послания, папский адмирал Маркантонио Колонна, не дождавшись согласия дона Хуана, вышел из Мессины 7 июля с флотом из 56 галер (13 — из состава папского флота, 18 — испанских и 25 венецианских). Дон Хуан с большей частью испанского флота направился в Палермо, с намерением взять затем курс на Алжир и Бизерту. Однако по пути его догнала галера с вышеуказанным посланием Филиппа II и он вернулся на Сицилию. Между тем Маркантонио Колонна с флотом 9 июля прибыл в Кротон, где пополнил запасы пресной воды и направился к мысу Санта-Мария ди Леука, где встретился с эскадрой Алваро де Басана в составе 36 галер и четрырёх парусников. Эскадра зашла в Отранто, вновь пополнила запасы воды и 15 июля прибыла на Корфу, где эскадру встретил венецианский флот под командованием Джакомо Фоскарини в составе 76 галер, шести галеасов и 25 галиотов. 20 июля объединённый христианский флот взял курс на Игуменицу.

С сугубо военной точки зрения это решение папского и венецианского адмиралов было не самым удачным. Оказать полноценную поддержку Криту они могли только разгромив турецкий флот, на что у них явно не хватало сил. Развернуть военные действия вдоль западного берега Мореи, гористого, неприветливого, изобилующего мелями и плохо снабжаемого пресной водой, тоже не выглядело здравой идеей. В этих краях, с конца лета дуют сильные ветры, сопровождаемые смерчами, и затопляют прибрежные равнины, так что море становится почти недоступным для галер с их низкой осадкой. К тому же на этом театре военных действий союзники не располагали удобными бухтами. Ни один из принадлежащих венецианцам островов, окружающих этот негостеприимный берег, ни слишком узкий Чириго (совр. Китира), почти нищий и не имеющий никаких источников питания, кроме виноградников, ни гористая и пустынная Кефалония не могут дать надёжного пристанища и снабдить продовольствием, что не менее важно. Кроме того, все они слишком удалены от побережья, чтобы действующий против него флот мог на них опираться. Немногие местности, которые могут служить плацдармом и укрытием, находятся в руках у турок: Левкада (совр. Лефкас) на север от Коринфского залива; Лепанто в самом заливе, и Наварин и Модон на юге от него.

Но союзники расчитывали на восстание Мореи, согласно уверениям и обещаниям многочисленных греческих изгнанников в Европе. С этой точки зрения, если принимать в расчёт возможное греческое выступление, то Морея была вполне подходящей ареной сухопутной войны. Её гористая местность исключала возможность массового развёртывания турецкой конницы; она оставалась в стороне от контролируемых турками дорог, и таким образом, казалось, была предрасположена к оккупации силам христиан. Но когда союзники прибыли на место, они не обнаружили там ни малейших признаков волнений. Обещанное восстание местных жителей не произошло, полностью спутав первоначальные планы адмиралов. В Игуменице флот остановился, и были направлены две галеры к острову Чериго на разведку. Здесь флот провёл несколько дней, отбиваясь от атак турецкой конницы, препятствующей пополнению запасов воды. Пришлось высаживать на берег десант для отражения турецких атак. Во время стоянки у Игуменицы Колонна получил письмо от Хуана Австрийского от 16 июля, который сообщал о своём отплытии на соединение с остальным флотом и давал указание ожидать его на Корфу. Это означало необходимость флоту Колонны возвращаться из Игуменицы на Корфу. Командующий венецианской эскадрой и слышать не хотел о возвращении, так как это означала дальнейшее промедление в начале боевых действий против турецкого флота. Колонна, после недолгих колебаний, также решил продолжать начатую кампанию. Оба адмирала, таким образом, отказались выполнять приказ своего главнокомандующего. После возвращения посланных на разведку галер, так и не сумевших получить информацию о турецком флоте, 29 июля христианский флот оставил Игуменицу и направился на Кефалонию. Здесь к ним присоединились 12 галер и 2 галиота с Крита под командованием Марко Кверини. Численность христианского флота достигла 145 галер, шести галеасов, 25 галиотов и 22 парусных кораблей. 2 августа армада прибыла к Занте (совр. Закинф), где пополнила запасы свежих овощей и фруктов и воды, после чего направились к острову Чериго, где узнали, что буквально накануне их прихода 4 августа здесь пополняли запасы воды шестьдесят турецких галер на восточном берегу острова. В настоящее время турецкий флот находится в Монемвасии, на расстоянии не более сорока миль от Чериго.

Немногим больше суток спустя после прибытия христианского флота на Чериго Али-паша вывел свой флот из Монемвасии с намерением провести доразведку флота противника и в случае отсутствия в его составе испанской эскадры — атаковать и уничтожить его.

Маркантонио Колонна развернул свой флот к битве. Центральная эскадра ордера насчитывала 58 галер, включая флагманские галеры Маркантонио Колонны, венецианского капитан-генерала Фоскарини и командующего испанской эскадрой мальтийского рыцаря Жиля де Андраде. Правым крылом (40 галер) командовал генеральный проведитор венецианского флота Джакомо Соранцо, левым (также 40 галер) — другой венецианский проведитор Антонио да Канале. Перед центром находились два венецианских галеаса, в тылу — семь галер резерва и несколько галиотов и бригантин. Весь ордер занимал пространство от острова Серви (совр. Элафониси) до острова Драгонера у входа в залив Сан-Никколо.

Ветер был слабый, поэтому галеасы и парусные корабли очень медленно сближались с турецким флотом, развернувшимся к этому времени напротив боевого ордера христиан. Как только снаряды венецианских галеасов и парусников стали доставать до турецких галер, Али-паша дал команду поставить дымовую завесу и под ее прикрытием направился к выходу в открытое море. Турецкие галеры были меньше и маневренней христианских, поэтому они стали охватывать левый фланг флота Колонны. Однако нарушить боевые порядки христиан турецкий адмирал не смог, Колонна медленно развернул строй своих галер фронтом к противнику и вывел на новые позиции свои галеасы и тяжёлые парусники. Али-паша попытался прорваться сквозь строй христиан между эскадрами центра и одного из флангов, однако Колонна не позволил ему этого сделать, удерживая плотный строй своих галер.

К этому времени стало темнеть и Али-паша принял решение вывести свой флот из соприкосновения с противником и отвести его в Лаконский залив, в порт Коккала.

Колонна, потеряв контакт с противником, также решил отвести свои галеры на Чериго, где пополнить запасы воды и дать отдых гребцам.

На следующий день, 8 августа 1572 года, Колонна послал одну галеру и галиот на Корфу, где по его расчётам должен был находиться Хуан Австрийский, с предостережением не выходить из базы, так как со своими пятьюдесятью галерами и тридцатью парусными судами он легко мог стать добычей превосходящих сил турок. Главнокомандующему рекомендовалось дожидаться флота на Корфу.

9 августа Колонна и Фоскарини вывели свои эскадры из порта на Чериго и взяли курс на Корфу для соединения с эскадрой дона Хуана. На рассвете 10 августа они вновь повстречались с флотом Али-паши, который вышел из порта Коккала и огибал мыс Матапан.

Проведитор Соранцо, который командовал правым флангом христиан, с двумя галеасами и небольшим числом галер устремился вперед, ведя артиллерийский огонь по турецким кораблям. Турецкий левый фланг отступил, увлекая за собой корабли Соранцо. Между отрядом проведитора и основными силами христиан появился разрыв, чем не замедлил воспользоваться командующий турецким флотом. Возникла серьёзная угроза для христиан. Эскадра Соранцо оказалась полностью изолированной от ядра христианского флота и была на волосок от гибели. Но сказалось явное преимущество христиан в тяжёлой артиллерии. Огонь галеасов и парусников вынудил Али-пашу отступить к мысу Матапан, а затем и вовсе направить свой флот в гавани Модона и Наварино, чтобы спасти флот от надвигающегося шторма.

Галеры христиан вернулись в закрытые бухты Чериго, где оставались четыре дня. Всё это время командиры обсуждали план дальнейших действий. Идти ли на Корфу налегке, оставив галеасы и тяжёлые парусники на Чериго? Но смогут ли галеры христиан проскочить без поддержки артиллерии тяжёлых кораблей мимо турецкого флота? И не сожгут ли турки парусники христиан, лишившиеся поддержки галерного флота? В конце концов было решено направиться на Занте, и далее на Корфу в полном составе. Переход прошел в целом благополучно и объединённый флот 17 августа успешно прибыл на Занте.

Ввиду того, что от Занте было совсем недалеко до Кефалонии и Корфу, военный совет флота решил оставить тяжёлые парусники на этом острове, а на галерах и галеасах продолжить путь на соединение с эскадрой дона Хуана. 20 августа флот прибыл на Кефалонию, провёл там двое суток и 22 августа переместился на Левкаду.

Между тем главнокомандующий объединенным флотом Священной лиги дон Хуан Австрийский, прибывший на Корфу еще 9 августа, вот уже две недели с нетерпением ожидал прибытия кораблей Колонны и Фоскарини. Не выдержав ожидания, он 28 августа посылает две галеры с приказом Колонне "без промедления привести армаду на Корфу". Папский адмирал, получив приказ, поворачивает свои корабли назад к Занте, где забирает парусники и 31 августа 1572 года флот в полном составе прибывает в Игуменицу. Там он пополняет запасы воды и, получив повторное напоминание дона Хуана, направляется на Корфу, где соединяется наконец с пятьюдесятью галерами и пятью галиотами дона Хуана и двумя галеасами герцога Тосканы.

Дон Хуан распорядился провести очистку подводной части прибывших кораблей, их конопатку и смоление, запастись водой на десять дней, после чего 7 сентября 1572 года отдал приказ флоту начать движение для поиска флота противника.

9 сентября разведка донесла, что "турецкий флот в составе 218 галер и 50 галиотов находится в Наварино и выказывает явное намерение дать сражение противнику". Дон Хуан на следующий же день вышел из Игуменицы с 195 галерами, 25 галиотами, восемью галеасами и 30 тяжёлыми парусниками, приказав лёгким фрегатам и бригантинам держаться в тылу эскадры. Дон Хуан Австрийский шёл в центре "баталии" (65 галер эскадры центра), флагманские галеры папского и венецианского флотов шли по обоим бортам от него. Правым крылом из пятидесяти галер командовал Альваро де Басан (маркиз де Санта Крус), левое крыло также из пятидесяти галер находилось под командованием Соранцо, а тридцатью галерами резерва командовал Хуан де Кардона. Перед боевыми порядками на расстоянии 8 миль днём и 4 миль ночью шёл авангард. К 12 сентября "Католическая армада" (термин хрониста Сервиа) достигла гаваней Кефалонии.

15 сентября флот христиан выдвинулся к островам Строфадес, расположенным примерно на полпути от Занте до Наварино. Дон Хуан провёл на островах весь световой день, надеясь под покровом ночи совершить переход к месту базирования турецкого флота и на рассвете напасть на него. Но турки не зевали и накануне прихода христианского флота покинули Наварино, переместившись со всем флотом в хорошо укрепленную гавань Модона.

Обмен артиллерийским огнём между флотами 16 сентября не дал никаких видимых результатов. Тем не менее, многие участники сражения полагали, что если бы в этот вечер, вместо того, чтобы удалиться на стоянку, дон Хуан продолжил сражение, он мог взять штуром Модон и разбить там турецкий флот. В осаждённом порту царила паника, и как позднее говорил Сервантес, турки были готовы покинуть галеры: "и держали наготове платье и башмаки с тем, чтобы, не дожидаясь, когда их разобьют, бежать сухопутьем".

Упущенная возможность больше не представилась. Али-паша действовал быстро. Христиане полагали, что он ничего не предпринимает, в то время как он разоружил часть своего флота, чтобы разместить снятые с него пушки в горах, окружающих город. Вкупе с имеющимися укреплениями они делали его неприступным.

Флот Священной лиги стал на якорь у острова Сапиенца, находящегося примерно в одной миле от выхода из Модона. 18 сентября несколько галер направились для пополнения запасов воды к берегу, расположенному милях в 5 от турецкой крепости Корон. Солдаты, посланные за водой, были атакованы турками, что потребовало высадки дополнительного десанта с кораблей Хуана Австрийского, чтобы загнать турок в их крепость. На флагманской галере непрерывно совещался высший командный состав флота, пытаясь выработать план взятия Модона. но к единому мнению командиры так и не пришли. Не хватало сил, и дон Хуан направляет отряд кораблей на Занте за подкреплением, а остальные силы заводит в спокойную гавань Наварино, продолжая наблюдать за действиями противника в Модоне.

Когда 20 сентября около тридцати турецких галер вышли из Модона, пытаясь выяснить дислокацию и намерения "Католической армады", дон Хуан послал резерв своего флота под командованием Альваро де Басана на их перехват, но турки, лучше ориентирующиеся в прибрежных водах Мореи, смогли благополучно вернуться к основным своим силам. Али-паша вытащил основную часть флота на берег, кормой вперед, создав дополнительную артиллерийскую защиту гавани за счёт мощных носовых пушек своих галер.