Другим не менее важным делом правительства Елены Глинской стала военная реформа. Предыдущие войны выявили как сильные, так и слабые стороны русской армии. И одной из страшных язв в организации русских вооруженных сил было местничество. Местнические споры воевод не раз губили даже хорошо организованные военные экспедиции. Поэтому правительство решило начать военную реформу с ограничения местничества. В 1539 году был издан приговор "о местех в воеводах и в всяких посылках в всяком разряде не местничамися, кого с кем куды ни пошлют, чтобы воиньскому делу в том порухи не было". Впрочем, местничество этот приговор не искоренил. Максимум чего удалось добиться правительству, так это согласие знати служить в наиболее важных походах "без мест", но с условием, чтобы эти случаи не становились прецедентом. Поэтому, в соответствии с правительственными планами реорганизации армии в июле 1540 года был издан новый приговор о местничестве, подтвердивший и конкретизировавший постановление 1539 года о местнических делах. Но в отличие от предыдущего, новый приговор стремился не отменить, а лишь урегулировать местнические счёты. В нём прежде всего устанавливалось старшинство первого (большого) воеводы большого полка по отношению к воеводам всех других полков. Таким образом укреплялось единоначалие в армии.

Приговором были упорядочены местнические взаимоотношения между воеводами. Второй воевода большого полка должен быть "без мест" с большим воеводой полка правой руки (т. е. оба они приравнивались в служебном и местническом отношениях). Остальные воеводы — правой руки, передового и сторожевого полков — должны быть "не менее" большого воеводы правой руки; а воеводы левой руки — не меньше воевод передового и сторожевого полков. Следовательно, первые воеводы передового и сторожевого полков приравнивались к первому воеводе правой руки, который был "без мест" со вторым воеводой большого полка. Воеводы левой руки соответствовали воеводам передового и сторожевого полков, но признавались "меньшими" воеводами по сравнению с воеводами правой руки. Приговор повышал роль и самостоятельное значение воевод отдельных полков на время военных операций. Вместе с тем принятое решение было явной уступкой высшей знати, которая по преимуществу и назначалась на командные должности. Приговор в этой части был сформулирован так, что устанавливалось соподчинение воевод, но не устранялись возможности для местнических счетов. Приговор говорил, что воеводы должны быть "без мест", "не меньши" других и т. д., не предрешая вопроса об их местнических счетах. Это давало правительству при назначении на высшие командные должности лавировать, избегать наиболее вопиющих несуразностей порождаемых местничеством, не отменяя его окончательно.

Заключительная часть приговора запрещала местничество на "службе" с воеводами. Эта часть приговора безусловно содействовала укреплению дисциплины в армии, повышая роль воевод на время военных действий.

В целом июльский приговор 1540 года, ограничивавший местнические счёты на основе сложившейся практики взаимоотношений воевод в полках, имел большое значение для поднятия боеспособности армии. Однако его значение уменьшалось тем, что высшая знать не желала считаться с принятыми решениями и зачастую нарушала запреты, принятые в 1540 году. К тому же никаких санкций за нарушение постановления приговор 1540 года не вводил. Полная отмена местничества станет возможной лишь в следующих поколениях.

Наряду с попытками укрепления дисциплины поместной конницы начинает формироваться постоянное (стрелецкое) войско. Уже с начала XVI века в связи со значительными сдвигами, произошедшими в вооружении (распространение огнестрельного оружия), в составе русских вооруженных сил появляются отряды пищальников, которые и составили то основное ядро, из которого выросло стрелецкое войско (собственно сам термин стрельцы был взят у тех же пищальников — так их часто называли среди населения).

Предположительно, до военной реформы, пищальники состояли из так называемых "казенных людей" и пищальников "з городов". Казенные пищальники нанимались правительством на собранные им пищальные деньги, а городовые — были ополченцами, как и другие посошные люди, временно набиравшиеся для участия в том или ином походе. Таким образом, по мнению историка Николая Евгеньевича Носова, стрелецкая реформа сводилась к ликвидации практики набора пищальников-ополченцев и полной замены её "пищальными деньгами". Сами стрельцы, по его мнению, первоначально были выбором из "казенных пищальников".

Летом 1540 года от имени великого князя Ивана IV Васильевича было учреждено "выборных стрельцов ис пищалей 3000 человек, а велел им жити в Воробьевой слободе, а головы у них учинил детей боярских". Было создано 6 "статей" (или "приказов") по 500 человек стрельцов с "головами" во главе. Стрелецкие "статьи" делились на сотни, имевшие своих сотников, пятидесятников и десятских. Жалование стрельцам определили по 4 руб. в год, стрелецкие головы и сотники получили большие поместные оклады. Кроме этого стрельцы получали от государства усадебное (дворовое) место, где каждый стрелец обязан был построить дом, дворовые и хозяйственные постройки, разбить на приусадебном участке огород, сад, на что получал вспомоществование от казны в размере одного рубля. Стрелец владел своим двором до тех пор, пока нёс службу. После его кончины двор сохранялся за семьей, если кто-либо из взрослых сыновей или племянников был "прибран" на стрелецкую службу. Продать свой двор приборным людям разрешалось лишь в случае перевода на новое место, при этом вырученные от продажи недвижимого имущества деньги входили в сумму, выдаваемую стрельцу на переселение.

Вскоре после учреждения шести московских стрелецких "статей" был осуществления "прибор" стрельцов и в других городах, как правило переводя на постоянную службу "старых", "гораздых" стрелять из ружей, пищальников.

Для комплектования, снабжения, вооружения, обучения стрельцов была создана Стрелецкая изба (позднее приказ), в чьё ведение перешли также административно-военные и судебные функции в отношении стрельцов.

Однако военная реформа, и прежде всего попытки усилить главную ударную силу русского войска — поместной конницы выявили проблему нехватки находящихся под контролем правительства земельных фондов для испомещения (наделения землей) всех служилых людей. Что заставило правительство искать новых средств для обеспечения землёю численно возросшего поместного войска. Было ещё два источника, к которым можно было обратиться: земли крупных вотчинников и владения церкви. И когда в феврале 1546 года открылся освященный собор, который должен был произвести отбор "святых" для общерусского церковного почитания (в реальной истории это было сделано на освященных соборах 1547 и 1549 гг.), правительство созвало расширенное совещание (фактически ставшее первым земским собором), на котором присутствовали Дума, освященный собор, воеводы, а также дети боярские и дворяне "большие" (московские).

28 февраля великий князь вместе с митрополитом Даниилом и боярами "уложил, что во всех городех Московские земли наместником детей боярских не судити ни в чём, опричь душегубства и татьбы и розбоя с поличным, да грамоты свои жалованые о том во все городы детем боярским послал".

Это решение собора показывало, что правительство собиралось в дальнейшем использовать поддержку не только высшей знати, но и дворян. Оно недвусмысленно намекало, что крупная земельная аристократия должна поступиться рядом своих привилегий в пользу основной массы служилого люда.

Ещё более решительно эта правительственная политика проявилась в следующем году, когда было принято решение о принятии Иваном IV царского титула. Уже дед Ивана IV именовал себя "царем всея Руси". Правда, он воздержался от официального принятия этого титула, не рассчитывая на то, что соседние государства признают его за ним (Иван III употреблял его только в сношениях с Ливонским орденом и некоторыми немецкими князьями).

Подготовка к коронации началась ещё в конце 1546 года, а 16 января 1547 года, после торжественного богослужения в Успенском соборе в Кремле митрополит Даниил возложил на голову Ивана IV шапку Мономаха — символ царской власти. Таким образом, Москва приравнивала своего государя к императору Священной Римской империи, который в тогдашней "иерархии титулов" считался главнейшим в Европе.

Одновременно с этим был поднят вопрос о женитьбе 16-летнего монарха. Как когда-то Иван III пытался найти своему сыну Василию невесту среди дочерей иноземных государей, так и сейчас в качестве возможной супруги юного царя в первую очередь искали иностранную принцессу (как и в реальной истории, в которой Иван IV первоначально "помышлял есми женитись в ыных царствах у короля у которого или у царя которого"). Самой подходящей кандидатурой сочли одну из дочерей польского короля Сигизмунда I, брак с которой мог бы, наконец, покончить с длящимся ещё с конца XV столетия конфликтом с Великим княжеством Литовским. А поскольку в 40-е годы XVI века Русь входила не как ослабленное вспыхнувшей после кончины Василия III внутренней смутой и установившимся боярским правлением страной, которой со всех сторон угрожали враги (особенно совершенно опустошившие в реальной истории восточные районы казанцы), а сильным и спаянным государством, то в Кракове к этой идее отнеслись с интересом. Тем более что идею этого брака горячо поддержали в Литве, где в нём также увидели возможность наконец-то прекратить постоянные войны с Москвой. Впрочем, нельзя сказать, чтобы переговоры шли легко. У Сигизмунда I было несколько дочерей, после просмотра которых русские остановили свой выбор на самой младшей — Екатерине (род. в 1526 году). В принципе сам Сигизмунд I был не против, но на пути к возможному браку стала препятствие в виде принадлежности невесты к римской католической церкви. Русские твёрдо стояли на том, что в случае замужества Екатерина должна перейти в православие. В то время как Сигизмунд I, демонстрировавший в политике свою верность католицизму, настаивал на сохранении за невестой права исповедовать римский католический обряд. Переговоры велись больше года и сдвинулись с мертвой точки только после кончины Сигизмунда I в начале апреля 1548 года, когда к власти пришёл его сын Сигизмунд II Август, находящийся под сильным влиянием распространившихся в то время по Европе реформационных идей. Тем более что по совету "доброхотов" русского царя в Литве к этому делу было решено подключить римскую курию. Ещё в 1547 г. в Риме появилась небольшая делегация немцев состоящих на русской службе, которая от имени Ивана IV вступила в переговоры с тогдашним папой Павлом III, с целью добиться от него разрешения на переход дочери польского короля в православие, а также заручиться возможной поддержкой в случае войны с Турцией. Павел III, сам пытавшийся организовать "союз христианских государей" для борьбы против Османской империи, тепло встретил русских представителей, тем более, что в Риме всерьез надеялись в результате переговоров склонить Ивана IV к переходу в католицизм и тем самым пополнить паству викария св. Петра. Таким образом, разрешение на переход Екатерины Ягеллон в православие было получено и в феврале 1549 года в Москве состоялось её бракосочетание с царём.

Во внутренней политике в эти годы правительство продолжало наступление на собственность и привилегии церкви. Для чего царь пошёл на соглашение с нестяжателями, бывшие во времена регентства его матери в оппозиции правящему режиму. Правда политика сближения с нестяжателями требовала от власти уступок, в качестве которых, было освобождение из-под стражи и возвращения ему вотчины молодого князя Владимира Андреевича Старицкого, а также перевод из "тесного затвора" в Троице-Сергиев монастырь Максима Грека. После чего в конце мая 1547 года, после кончины митрополита Даниила, Иван IV выдвинул на первосвятительскую кафедру связанного с нестяжателями настоятеля Троице-Сергиева монастыря Иоасафа Скрипицына. В том же 1547 году на рязанскую и казанскую епископальные кафедры были поставлены нестяжатели Кассиан (а реальной истории иосифлянин Михаил) и Филипп (из рода Колычевых).

В июне 1547 года на созванном Земском соборе был составлен новый законодательный кодекс (в общий чертах повторяющий Стоглав 1550 года реальной истории), который заменил устаревший Судебник 1497 года.

Почти одновременно с разработкой нового законодательного кодекса правительство принимало меры к подготовке секуляризации церковно-монастырского землевладения. Уже давно нестяжатели, например такие как Нил Сорский и Вассиан Патрикеев, идеологически обосновывали необходимость ликвидации земельных богатств церкви. Представитель крайнего течения нестяжателей — старец Артемий сначала говорил Ивану IV, а затем и писал в послании к церковному собору, что следует "села отнимати у монастырей".

15 сентября 1547 г. правительство обсуждало с митрополитом Иоасафом вопрос о церковно-монастырских слободах, стремясь конкретизировать общие положения нового Судебника, касавшиеся запрета ухода в заклад к монастырям торговых людей и ремесленников, выходящих таким образом из-под "тягла". Не смотря на яростное сопротивление духовных лиц, им запрещалось основывать новые слободы, хотя старые за ними сохранялись. Из "белых" (освобожденных от государственных податей) слобод на посад выводились бежавшие туда посадских люди закладчики. Запрещалось впредь приём в эти слободы городских людей новоприходцев (кроме казаков). В запустевшие слободы разрешалось сзывать людей, но из сельских местностей (за неделю до и после Юрьева дня), а не с посада. В те же сроки разрешался выход слободским людям на посад или в деревню. Кроме того, в церковно-монастырских слободах запрещалось ставить новые дворы (за исключением случаев семейного раздела), а также предусматривалось решением суда включение существующих слобод в государево "тягло" путём изъятия из юрисдикции беломестца.

С таким настроем правительство начало подготовку к новому церковно-земскому собору, созванному в январе 1548 года. На нём были приняты специальные постановления, касающиеся укрепления церковного благочиния, в том числе о церковных службах, обрядах и внутреннем распорядке в церквах, о порядке церковного пения и колокольного звона. Введено было беспрекословное подчинение священников и дьяконов протопопам, которые вместе с "поповскими старостами" обязаны были следить за исправным отправлением церковных служб и поведением церковного клира. Непослушание протопопам, пьянство, небрежность в церковном богослужении наказывалась отлучением от церкви. Подтверждено было запрещение служить в церкви "вдовым" попам, а также строгое наказание за симонию, т. е. поставление на церковные должности "по мзде".

С целью подготовки грамотных кадров священников и дьяконов постановлено создать специальное училище в Москве и других городах. Было отдано распоряжение священникам поддерживать в сохранности иконы и проверять "исправность" церковных книг путём сравнения их с "добрыми переводами".